小麦淀粉合酶基因家族成员的表达差异分析

籽粒淀粉的含量和结构影响小麦的产量和品质,而淀粉合酶在淀粉合成中起着关键作用。植物淀粉合酶基因经多次复制和功能分化,形成了具有不同功能特性的多成员大家族。为揭示淀粉合酶基因家族成员间的序列特性和表达差异,本研究参考已知的水稻淀粉合酶蛋白序列,对小麦全基因组中的淀粉合酶基因进行鉴定,并对其进行差异表达分析。结果共鉴定到27个小麦淀粉合酶基因,这些基因分布在1A/1B/1D、2A/2B/2D、6A/6B/6D、7A/7B/7D染色体上,可分为Group A和Group B两大类,Group A包含TaGBSS、 TaSSⅠ、 TaSSⅡ三个亚家族,所编码的蛋白均具有motif1~motif10,且motif排列顺序一致;Group B包含 TaSSⅢ、 TaSSⅣ两个亚家族,所编码的蛋白都缺少motif9和motif10,另外 TaSSⅢ亚家族还缺少motif8。与玉米、水稻、高粱、拟南芥不同,小麦淀粉合酶基因没有 TaSSⅤ亚家族。同一亚家族内不同基因具有明显的表达差异,其中, TaGBSSⅠ、 TaSSⅡa和 TaSSⅢa在胚乳中特异表达;小麦相同部分同源群内的淀粉合酶基因间在不同组织和不同发育时期也存在表达差异, TaSSⅡa-B和 TaSSⅡa-D在授粉后20 d和30 d的胚乳中表达量比 TaSSⅡa-A高。差异表达的淀粉合酶基因启动子中的胚乳特异表达元件（RY-element、AACA-motif和ACGTOSGLUB1）存在类型和数量差异。     

黄瓜CDPK基因家族的鉴定与进化特征分析

[目的]对黄瓜基因组中CDPK基因的鉴定和进化特征的分析,为深入探索黄瓜CDPK蛋白生物学功能提供理论依据.[方法]用生物信息学方法,在黄瓜的全基因组范围内鉴定C DPK基因,并分析该基因的结构、染色体分布、进化关系及功能域.[结果]在黄瓜全基因组库中总共鉴定出17个CsCPKs,被分为4类;所有CsCPKs均含有6～...     

玉米AGPase小亚基基因的扩张分析

采用生物信息学方法分析AGPase家族基因的系统发育关系和基因结构特征，基于玉米B73参考基因组(AGPv4)新鉴定玉米AGPase小亚基编码基因，同时根据序列比对结果重新注释基因组中发生扩张的AGPS片段基因。结果表明，新鉴定并重新注释的ZmAGPS2-3、ZmAGPS2-4、ZmAGPS2-5基因包含1个序列高度相似的外显子，由祖先基因ZmAGPS2-2的多个外显子(无内含子)序列拼接形成。其编码蛋白的保守结构域存在不同程度的缺失，且这3个基因在染色体上的位置无共线性关系，也不相邻。因此推测，ZmAGPS2-3、ZmAGPS2-4和ZmAGPS2-5基因起源方式为反转录转座复制，在演化过程中丢失了部分序列后成为功能缺失的假基因。