分段位序比对法揭示两个序列之间关系

采用同元素位序(REON)比对法可以减少50%以上的比对(无效比对),对于含有20种氨基酸(元素)的蛋白质序列可以减少95%左右的比对(无效比对),比对的效率还会随组成序列元素种类的增加而增大.如果结合合理的分段,可以进一步减少无用比对,合理的分段数可以使比对的复杂度趋于O(n)=～n.采用同位序差元素特征比较法(IODC)也可以实现复杂度无限趋近于n的目的.用同元素位序比对法比对两个细胞色素c只用了787次比对(是Needleman和Wunsch的动态规划法或Gibbs和McIntyre的点阵法的1/15),用REON比对法结合IODC比对DHAR的完整cds核酸序列(长度分别为645和693个核苷酸)只进行了15 526次比对(可以减少到约700次左右,而动态规划法与点阵法需要446 985次比对);比对DHAR的氨基酸序列(长度分别为210和214个氨基酸)只用了242次比对.而且插入与缺失不会对比对结果产生任何影响.     

基于文献计量分析的土壤微生物残体研究态势

土壤微生物残体是当前的热点研究领域,本研究在系统描述1991～2022年期间土壤微生物残体领域的研究现状及研究热点的基础上,分析了该领域尚存的一些有待解决的问题,有助于相关学者加深对该研究领域的理解,对进一步聚焦土壤微生物残体领域的研究方向具有重要参考价值。采用文献计量方法,对1991～2022年期间WOS(Web of Science)核心合集数据库收录的该研究领域论文的数量、被引频次、作者、国家（地区）、研究机构、期刊以及关键词进行统计。基于VOSviewer可视化软件分析贡献居前的作者、国家（地区）、研究机构、期刊以及重要关键词。(1)在1991～2022年间,中国学者在本研究领域共发表论文179篇,排名世界第一,占该领域全部文章总数的54.41%。(2)根据年度发文量,该领域的研究历程大体可分为三个阶段,分别为萌芽期（1991～2003年）、波动发展期（2004～2015年）和指数增长期（2016～2022年）。(3)何红波、梁超、张旭东以及丁雪丽是本研究领域的核心作者。(4)中国科学院是核心研究机构。(5)Soil Biology&Biochemistry为WOS数据...