大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的加权一步法全基因组关联分析

旨在使用加权一步法全基因组关联分析方法,充分利用群体的表型、系谱和基因型信息,探索与大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚相关的候选基因。本研究收集21 754头大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的表型记录数据,其中基因型数据个体共1 259头。通过方差分析和加权一步法全基因组关联分析,确定性状显著相关的数量性状基因座(quantitative trait locus, QTL)。并进行基因注释、GO(gene ontology)功能和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。计算结果表明,大白猪眼肌面积、估计瘦肉率和背膘厚的遗传力分别为0.450 6±0.017 3、0.496 8±0.017 4和0.475 8±0.017 2。利用加权一步法全基因组关联分析,定位到与眼肌面积显著相关的候选QTL区域10个,与估计瘦肉率显著相关的候选QTL区域8个,与背膘厚显著相关的候选QTL区域12个。后续基因注释、GO功能和KEGG通路富集分析显示,与眼肌面积相关的候选基因36个,共富集到7个条目;与估计瘦肉率相关的候选基因29个,共富集...     

3款猪50K SNP芯片基因型填充至序列数据的效果评估

【目的】利用猪 50K SNP（Single nucleotide polymorphisms） 芯片开展基因组育种已经得到了广泛的应用与认可。基因型填充可在不增加基因型检测成本的前提下大幅提高基因型数据量,有利于开展复杂性状的遗传解析与遗传评估。本研究旨在评估 3 款猪 SNP 芯片基因型填充至序列数据的填充效果。【方法】选用 3 款芯片共同检测的 48 头杜洛克猪群体作为填充的目标群体,260 头猪的全基因组测序数据作为参考群体,使用Beagle5.1 软件进行基因型填充,对比 3 款不同猪 SNP 芯片纽勤 50K、中芯一号 50K 和液相 50K 基因型填充至序列数据的填充效果。【结果】 3 款芯片原始的 SNP 数分别为 50 697、57 466 和 50 885 个。填充至序列后,未质控时位点填充准确性 （基因型一致性） 分别为 0.886、0.886 和 0.898,质控过滤 DR²（Dosage R-squared）<0.95 的位点后,填充准确性 （基因型一致性） 分别提升至 0.974、0.976 和 0.969,位点数分别为 3 39...     

大白猪乳头数对繁殖性状的影响及其遗传参数估计

本研究主要对大白猪的繁殖性状和乳头数进行遗传参数估计,评估遗传趋势和表型趋势,并探究乳头数对母猪繁殖性状的影响。将乳头数作为繁殖性状的固定效应,对影响大白猪繁殖性状的固定效应进行方差分析,运用DMU软件的DMUAI和DMU4模块,利用单/多性状动物模型估计大白猪繁殖性状和乳头数的遗传参数,并评估这些性状的遗传趋势和表型趋势。结果发现,乳头数对校正21日龄窝重的影响在P<0.05水平显著,对校正21日龄均重的影响在P<0.001水平显著;大白猪乳头数的遗传力为0.156±0.023,属于中等遗传力性状,各繁殖性状的遗传力范围为0.010～0.092,属于低遗传力性状;各繁殖性状遗传相关的范围为-0.306～0.978,表型相关的范围为-0.055～0.970;各繁殖性状的遗传趋势和表型趋势均为先下降后上升,表明该群体的繁殖性状早期选育成效不佳,但在选育后期有所提升。乳头数和校正21日龄均重的遗传趋势和表型趋势波动比较大,表明这2个性状在该群体中并未被选育,在后期选育时,该群体应注重乳头数的选育,以提高大白母猪的繁殖性能。     

华南地区公猪精液性状遗传参数估计

本研究旨在对华南地区公猪精液性状进行遗传参数估计及估计育种值准确性分析,并评估各精液性状间的遗传相关和表型相关,以及不同固定效应对这些性状的影响,为种公猪的选育和生产管理提供参考依据。本研究收集了华南地区某核心公猪站2020—2022年924头公猪23 470条精液测定记录,利用R软件对影响公猪精液性状的固定效应进行方差分析及显著性检验,利用DMU软件单/多性状重复力模型计算各精液性状的遗传参数和这些性状间的遗传相关和表型相关,并评估各性状估计育种值的准确性。结果显示：品种、年份、季节、公猪胎次、公猪同窝仔猪数和公猪总乳头数等固定效应对各精液性状的影响不同;精液体积、精液密度、精子活力、直线前进运动精子比例、精子畸形率、总精子数的遗传力和重复力分别为0.23、0.28、0.19、0.21、0.298、0.14和0.33、0.32、0.29、0.22、0.63、0.22,各精液性状均具有中等遗传力,精液性状间的表型相关在-0.42～0.58,遗传相关在-0.67～0.55;估计育种值准确性在0.59～0.89,具有较高可信度。以上结果表明,可以通过对精液性状进行选择来提高种公猪精液质量和...