黔北麻羊Tβ4基因多态性及生物信息学分析

本研究旨在对黔北麻羊胸腺素β4(thymosin beta 4,Tβ4)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊Tβ4基因序列(登录号:NC_030810和NW_017189516),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序获得黔北麻羊Tβ4基因X染色体第1、2、3外显子和3号染色体第1外显子序列进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对黔北麻羊Tβ4基因进行同源性、系统进化树、理化性质、疏水性、卷曲螺旋、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、结构域、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构分析。结果显示,共筛选出10个SNPs,分别为:G55C、C82T、G112A、C129T、G216A、G431A、G551T、T579A、A609G和A619G。同源性比对分析结果显示,黔北麻羊与黄牛、马、野猪、人、裸滨鼠、褐家鼠、小家鼠和原鸡Tβ4基因核苷酸序列同源性分别为97.8%、96.3%、95.6%、94.1%、94.8%、91.1%、92.6%和86.7%。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊Tβ4蛋白理论等电点为5.02,亲水值最小为-3.011,无疏水性氨基酸,无卷曲螺旋,不是跨膜蛋白,无信号肽存在,分布在细胞核(60.9%)、线粒体(4.3%)、细胞骨架(17.4%)和细胞质(17.4%),有1个THY结构域,有1个苏氨酸磷酸化位点,无N糖基化位点,有4个O糖基化位点。二级结构分析显示,C129T突变使其蛋白质二级结构中α-螺旋增加,无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊Tβ4基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择提供了参考依据。     

黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析

筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。     

黔北麻羊MEF2D基因多态性及生物信息学分析

本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2 D基因序列(登录号:NC_030810),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性,构建系统进化树,并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示,共筛选出3个SNPs:Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示,黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近,与野猪和人的亲缘关系较近,与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74,亲水值最小为-2.867,疏水值最大为1.933,为非跨膜蛋白,无信号肽。二级结构显示,Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加,β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2 D基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。     

瘦素基因的研究进展

瘦素(leptin,LEP)是白色脂肪分泌的一种蛋白质激素,在哺乳动物中,LEP是一种16-ku的肽类激素,在能量平衡的神经内分泌和外周调节中发挥重要作用,是反应体脂含量和调节体重、摄食的重要信号因子。在人类疾病方面,LEP基因的表达对很多疾病的发生起着重要的调控作用,尤其是LEP基因的突变可能导致肥胖、糖尿病和乳腺癌等疾病;在畜牧生产上,LEP基因的表达对牛、羊和猪的采食和生长性状影响显著。为了加深对LEP基因的认识,作者对LEP基因的结构及LEP的分布、结构和功能进行了总结,并对近几年LEP基因在疾病和畜牧生产方面的研究进展进行了综述。     

黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性与生物信息学分析

【目的】为黔北麻羊种质资源的综合开发利用提供参考。【方法】应用DNA池结合PCR产物直接测序方法检测黔北麻羊DKK1基因CDS区及部分内含子的多态性,应用生物信息学方法对黔北麻羊DKK1基因的蛋白特性进行预测和分析。【结果】在黔北麻羊的DKK1基因CDS区及部分内含子序列中筛选出8个SNP位点,分别为第1内含子C1626T位点,第3内含子A3083G位点,编码区的T3000C、T3228C、T3238C、G3240A、T3271A和T3411C位点。其中,T3271A为错义突变,导致半胱氨酸(Cys)变为丝氨酸(Ser),其他编码区的SNP位点均为同义突变。DKK1基因的CDS区包含有1条长789 bp的核苷酸序列,编码262个氨基酸,蛋白分子量为28 349.17 D;DKK1基因编码的整个多肽链表现为亲水性,并具有信号肽序列,剪切位点最有可能位于第31~32位氨基酸,在第15~37位氨基酸间存在1个典型的跨膜结构域;其二级结构主要由α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲组成,属于mixed型蛋白;黔北麻羊DKK1基因编码的氨基酸与普通山羊、绵羊和牛等物种均具有较高同源性,基因系统进化情况与其亲缘关系基本一致。【结论】DKK1基因在进化上较保守,其可作为动物骨骼生长发育研究和相关疾病鉴定的重要候选基因。     

黔北麻羊Tβ4基因多态性及生物信息学分析

本研究旨在对黔北麻羊胸腺素β4（thymosin beta 4,Tβ4）基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊Tβ4基因序列（登录号：NC_030810和NW_017189516）,应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序获得黔北麻羊Tβ4基因X染色体第1、2、3外显子和3号染色体第1外显子序列进行多态性分析,利用生物信息学分析软件对黔北麻羊Tβ4基因进行同源性、系统进化树、理化性质、疏水性、卷曲螺旋、跨膜结构、信号肽、亚细胞定位、结构域、磷酸化位点、糖基化位点、二级结构和三级结构分析。结果显示,共筛选出10个SNPs,分别为：G55C、C82T、G112A、C129T、G216A、G431A、G551T、T579A、A609G和A619G。同源性比对分析结果显示,黔北麻羊与黄牛、马、野猪、人、裸滨鼠、褐家鼠、小家鼠和原鸡Tβ4基因核苷酸序列同源性分别为97.8%、96.3%、95.6%、94.1%、94.8%、91.1%、92.6%和86.7%。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊Tβ4蛋白理论等电点为5.02,亲水值最小为-3.011,无疏水性氨基酸,无卷曲螺旋,不是跨膜蛋白,无信号肽存在,分布在细胞核（60.9%）、线粒体（4.3%）、细胞骨架（17.4%）和细胞质（17.4%）,有1个THY结构域,有1个苏氨酸磷酸化位点,无N糖基化位点,有4个O糖基化位点。二级结构分析显示,C129T突变使其蛋白质二级结构中α-螺旋增加,无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊Tβ4基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择提供了参考依据。     

贵州省肉羊产业发展现状调查和发展模式思考

贵州省作为西南地区牛羊发展潜力省份之一,具有生态环境优良、产业发展基础好、品种资源丰富、饲草种类多样的发展优势,但近年来,贵州省肉羊产业整体发展处于徘徊状态。为探索适合贵州肉羊产业发展模式,本文在前期调研走访的基础上,结合贵州省肉羊产业发展现状和特点,分析当前存在的问题,提出一些适合贵州省肉羊产业发展模式的建议,以期为贵州省肉羊高质量发展提供参考。     

贵州高原草甸冬季放牧山羊的主要采食植物种类及营养价值

为贵州高原草甸冬季放牧山羊营养研究和科学补饲提供参考依据,对贵州高原草甸冬季放牧山羊主要采食植物种类及其营养成分进行测定,采用灰度理论综合分析法分析评价山羊主要采食植物的营养价值。结果表明:冬季山羊采食植物种类为33种,主要采食植物有白三叶、光叶紫花苕、平枝栒子、扁核木、小果蔷薇、覆盆子叶、一年蓬、大籽蒿、千里光、细柄草、鸭茅、繁缕、马桑及密蒙花等14种;营养价值相对较高的植物有野油菜、萝卜菜、光叶紫花苕、羊奶子、鸭茅、大籽蒿、马桑、白三叶、一年蓬、野棉花、繁缕、牛奶子、扁核木、大橿子树叶、千里光、鸡树条、无刺橿子树叶和密蒙花。贵州高原草甸冬季山羊采食的牧草种类丰富,营养价值较高,可适度放牧利用。     

黔北麻羊TYR基因多态性及生物信息学分析

为研究黔北麻羊毛色形成的遗传机制,本实验对黔北麻羊哺乳动物酪氨酸酶(TYR)基因外显子区域运用混合DNA池结合PCR产物直接测序方法进行多态性分析,在TYR基因外显子区域共筛选出5个SNPs,分别为Exon1-G617A、Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)、Exon5-T1862C;进而利用生物信息学分析软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构及蛋白质二级结构和三级结构分析,发现Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)引起m RNA二级结构的改变,其中Exon1-G685T、Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-T1862C突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低,其错义突变位点Exon3-C1236T(Asn-Lys)、Exon5-C1578T(Gly-Glu)均引起蛋白质二级结构和三级结构的改变。