黄瓜EST中SSR的分布特征分析

从葫芦科基因组数据库下载513 801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381 022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15 665个,检出率为4.11%。单、二和三核苷酸重复为主导类型,占EST-SSR总数的95.98%。A/T、AG/CT和AAG/CTT作为单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占EST-SSR总数的21.43%、15.68%和19.27%。