豆天蛾核型多角体病毒泛素基因的序列分析

为了对CbNPV ubiquitin基因序列进行分析,并对目前已知全基因组序列的杆状病毒的泛素氨基酸序列进行比较。从豆天蛾幼虫尸体中分离纯化豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV),提取基因组DNA,进行基因组测序。序列分析发现一个长度为252 bp的读码框序列与泛素基因同源性很高,该基因编码83个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果表明,CbNPV泛素的氨基酸序列与20种杆状病毒泛素的氨基酸序列的同源性在66.3%~82.1%,并且维持泛素功能所必需的氨基酸序列,在大部分杆状病毒中也都保守存在。     

能产生多角体的可线性化杆状病毒的构建

【目的】改进用于同源重组研究的制备杆状病毒DNA的方法。【方法】采用PCR方法从BmNPV中扩增出多角体基因,并在其两端引入Bsu36 I酶切位点。将此片段克隆入转移载体pBacPAK8中,与线性化的杆状病毒DNA共转染昆虫细胞,获得重组病毒。该病毒能形成多角体,便于纯化,同时可以被 Bsu36 I酶切。该重组病毒的多角体纯化后被裂解,并提取病毒DNA。病毒DNA经Bsu36 I酶切后,与含gfp基因的转移质粒共转染家蚕BmN细胞,在荧光显微镜下观察重组病毒的转染效率。【结果】BmNPV多角体基因克隆入转移载体pBacPAK8中后,与线性化的AcPak6及BmPak6 DNA共转染sf细胞及BmN细胞,均能产生大量的多角体。获得的重组病毒DNA经酶切后,进一步与含gfp基因的转移质粒共转染的实验表明,这种改造后的重组病毒仍具有较高的转染重组率。【结论】本实验成功地对用于同源重组的杆状病毒DNA进行了改进,简化了病毒DNA的纯化方法,并且重组效率较高。     

豆天蛾核型多角体病毒F蛋白基因的克隆和序列分析

从豆天蛾幼虫虫体中分离纯化出一种新型的豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV),提取基因组DNA,进行基因组测序。结果发现一个与杆状病毒F蛋白基因同源性很高的读码框序列,该长度为2 109 bp,编码702个氨基酸。氨基酸序列同源性分析表明:CbNPV F蛋白与II类NPV和I类NPV F蛋白的同源性分别为32.9%~61.8%和8.0%~16.1%,并且将它与多种I类NPV杆状病毒同功能蛋白GP64进行分析,同源性在9.1%~11.4%,表明CbNPV F蛋白与I类NPV的F及GP64蛋白的同源性很低,因此认为CbNPV属于II类NPV。     

豆天蛾核型多角体病毒gp41同源基因的克隆和序列分析

 【目的】对豆天蛾核型多角体病毒（CbNPV）的gp41同源基因进行克隆和序列分析，为进一步研究该病毒基因组的结构打下基础。【方法】从豆天蛾幼虫尸体中分离纯化了豆天蛾核型多角体病毒，提取其基因组DNA，用shotgun法构建了DNA片段的文库，并进行了全基因组测序。对CbNPV的gp41同源基因进行序列分析。【结果】CbNPV的gp41同源基因长度为933 bp，编码310个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果表明，CbNPV GP41与I类NPV及II类NPV GP41的同源性分别为53%～61%和56%～73%。【结论】初步推测，CbNPV与II类NPV的亲缘关系可能更近。     

新分离的豆天蛾核型多角体病毒sod基因的序列分析

从感病的豆天蛾幼虫中分离和纯化了一种新的豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV).为进一步了解该病毒的分子生物学特征,提取了基因组DNA,采用Shotgun方法构建了病毒DNA的文库,对其中一些克隆分析发现一长度为465 bp的读码框,编码154个氨基酸,在GenBank中没有发现同源性极高的核苷酸序列.但该基因的编码产物与sod基因同源性较高,与NPVs及GVs的同源性分别为67%～82%和54%～59%,并且更接近于II类NPV.在CbNPVsod基因的氨基酸序列中一些与SOD活性相关的位点及维持空间构型二硫键的位点均保守.CbNPV的全基因组序列有待进一步解析.     

豆天蛾核型多角体病毒和雀纹天蛾核型多角体病毒光解酶基因的功能鉴定

为研究豆天蛾核型多角体病毒(Clbi NPV)和雀纹天蛾核型多角体病毒(Thja NPV)的光解酶是否具有修复由紫外线辐射引起的DNA损伤的功能,本试验分析了2种光解酶基因对大肠杆菌和家蚕(Bm)细胞抵御紫外线能力的影响。结果显示,来源于Thja NPV的野生型光解酶基因(Thjaphr)的表达显著提高了大肠杆菌的光修复能力,而来源于Clbi NPV的突变型光解酶基因(Clbiphr)没有光修复功能。在紫外线处理的Bm细胞中,野生型及突变型光解酶基因均没有表现出光修复活性。亚细胞定位结果显示,Thjaphr及Clbi NPV光解酶基因大的开放阅读框(Clbiphr2)定位于家蚕细胞的细胞核,小的开放阅读框(Clbiphr1)仅在细胞质中积累。     

茶尺蠖核型多角体病毒SalI 1.1 k片段的克隆及gp41部分序列分析

茶尺蠖核型多角体病毒(EoNPV)是尚未完成基因组测序的一种杆状病毒.为了解其基因组的信息,从病虫中分离纯化了茶尺蠖NPV,提取基因组DNA,构建了EoNPV DNA的SalI酶切片段文库,并对阳性克隆进行测序,获得了EoNPV gp41基因的部分序列.序列同源性分析结果表明,EoNPV与LdMNPV之间gp41基因的同源性较高,而与AcMNPV及BmNPV的同源性较低.     

普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系cyclophilin基因的克隆与序列分析

利用RT-PCR的方法从普通小麦-簇毛麦6VS/6AL易位系克隆到1个cyp基因,命名为Ta-Hv-cyp。该基因全长为599 bp,编码1条171个氨基酸残基的多肽,具有保守的功能位点W128和胞质型CyP蛋白特有的插入序列KSGKPLH48~54。BLAST分析表明,推导的Ta-Hv-CyP蛋白分别与小麦、水稻、玉米、拟南芥的胞质型CyP具有98%,88%,85%和80%的氨基酸序列一致性。构建的进化树显示,推导的Ta-Hv-CyP蛋白与单子叶植物胞质型CyPs的亲缘关系较近。     

大枣炭疽病菌ZJ01菌株的分离鉴定及纤维素酶活性分析

从腐烂大枣中筛选到1株产纤维素酶的菌株ZJ01,利用ITS序列进行分子鉴定,该菌株属于围小丛壳(Glomerella cingulata),为大枣炭疽病菌。对菌株ZJ01所产羧甲基纤维素酶(CMCase)、滤纸酶(FPase)和β-葡萄糖苷酶(BG)等3种纤维素酶的最适pH值、最适反应温度进行了分析,并比较了不同pH值、温度、金属离子等对3种纤维素酶活性的影响。采用CMC-SDS-PAGE技术对CMC酶进行活性染色,发现3个透明条带,分子量大小在31.0～42.7 ku之间,结果表明该菌种能分泌3种类型的内切纤维素酶。     

豆天蛾核型多角体病毒光解酶变异基因序列的解析

对新近发现的豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV)进行分离纯化,提取其基因组DNA,用Shotgun法构建了DNA片段的文库,并进行了全基因组测序.根据序列分析的结果,发现了一段长为1 694 bp的光解酶类似基因序列,但与已报道的杆状病毒光解酶基因序列相对比,发生了一个碱基的缺失,从而使其分裂成2个小的读码框:Cbphr-1,和Cbphr-2.结构域分析结果表明,所有已知DNA光解酶都具有的CPD-DNA光解酶结构域和FAD-结合结构域在CbNPV中也存在.