生防菌株PF-1基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析

基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌(Pseudomonas protegens),同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。     

2株生防细菌协同拮抗马铃薯疮痂病及其防治效果研究

为筛选出对马铃薯疮痂病具有显著拮抗作用且较强田间防效的生防细菌,采用室内平皿拮抗及田间防效应用试验,检测菌株对马铃薯疮痂病的抑制效果.采用对峙培养试验确定了荧光假单孢菌、解淀粉芽孢杆菌菌体及其发酵菌液对马铃薯疮痂病菌均有明显抑菌效果,抑菌圈直径分别为11、5 mm和15、9 mm;将2种菌株发酵菌液按照1:1、2:1复配后,抑菌圈直径分别提高至17、28 mm,说明2种菌液复配对马铃薯疮痂病菌的抑制作用可以起到一定增效效果.通过田间防效试验验证了单一菌肥施用及2种菌肥混合施用对马铃薯疮痂病的防治效果.单一菌肥对马铃薯疮痂病的防效荧光假单孢菌(73.18％)优于解淀粉芽孢杆菌(49.31％),而2种菌肥配施防效显著优于单一菌肥,防效达91.7％.说明荧光假单孢菌及解淀粉芽孢杆菌2种菌肥配施可以有效防治马铃薯疮痂病,在田间应用及推广过程中具有巨大的潜力.     

实时荧光定量环介导等温扩增方法检测马铃薯黑胫病菌

正由马铃薯黑胫果胶杆菌Pectobacterium atrosepticum引起的生产上日趋严重的马铃薯黑胫病,其初侵染来源是带菌种薯(Mattinen et al.,2008),种薯带菌数量直接决定田间病害发生的严重程度。因此,播种前明确种薯中马铃薯黑胫果胶杆菌的含量至关重要。目前国内外应用实时荧光定量PCR方法对病原菌进行定量检测已有很多(娄兵海等,2014),但还未见利用实时荧光定量环介导等温扩增     

血红丛赤壳属交配群Ⅵ全基因组候选效应分子的预测和分析

血红丛赤壳属交配群Ⅵ(Nectria haematococca mating population Ⅵ)是茄镰孢豌豆专化型(Fusarium solani f. sp. pisi)的有性态,由其引起的豌豆镰孢根腐病是豌豆上最重要的病害之一。对该菌候选效应分子进行预测,并对其特征进行明确。通过全基因组测序获得Nectria haematococca mpⅥ LQ1菌株全基因组信息,利用Signal P、TMHMM、Protcomp、big-PI Predictor 和Target P等生物信息学软件和预测程序对其中9 912条蛋白序列进行候选效应分子预测,再通过对上述蛋白半胱氨酸含量、信号肽长度和冗余性分析,获得229个符合条件的候选效应分子,其中大部分为功能未知的假定蛋白。利用生物信息学方法预测出血红丛赤壳属交配群Ⅵ LQ1的候选效应分子,为进一步研究血红丛赤壳属交配群Ⅵ的致病机制奠定了基础,并为其他病原菌效应分子的预测与分析提供了参考。