3个群体方斑东风螺线粒体COI基因的遗传多样性分析

采用PCR产物直接测序法对来自福建东山、广东湛江和广西北海的3个群体方斑东风螺(Babylonia areolata)的COI基因进行比较分析。结果表明:COI基因片段长度为680 bp,碱基组成显示A+T比例较高,约为62.42%;种群间多态位点数为32,单倍型多样性指数为0.707±0.092,核苷酸多态性指数为0.001 85±0.000 39,平均核苷酸差异数为1.252。以泥东风螺(Babylonia lutosa)和织纹螺(Nassarius)为外群,构建了NJ系统发育树,其拓扑结构显示,3个群体的方斑东风螺首先聚类到一起,然后与泥东风螺聚为一支,与织纹螺形成不同的分支。     

葡萄牙牡蛎外套膜转录组测序及壳色基因挖掘

采用Illumina高通量测序平台对黑壳与金壳葡萄牙牡蛎(Crassostrea angulata)外套膜组织开展转录组测序研究,其中黑壳组总计产出5 857 718 092 nt数据,筛选后的干净阅读子58 004 560个;金壳组产出6 727 447 326 nt数据,干净阅读子66 614 854个。将发掘的新基因与COG、GO、KEGG、Swiss-Prot、NR数据库进行序列比对,最终得到各数据库注释的新基因数量分别为147、397、203、567、1 347个。通过对差异表达基因的序列进行生物学功能注释和聚类分析以及利用已知贝壳基质蛋白序列进行搜索,鉴定出14条可能与壳色表达有关的贝壳基质蛋白基因,其中5条下调基因可能与金壳基因表达相关。