大豆巢式关联作图(NAM)群体构建及花色和种皮色遗传分析

巢式关联作图(Nested Association Mapping, NAM)群体在作物学遗传与育种研究中具有广泛的应用。本研究在前期大豆种质资源评价基础上,利用35份不同地区来源的代表性种质与中豆41 (公共母本)杂交,构建了一套大豆NAM群体。PCA和聚类分析发现,不同亲本组合的RIL群体基本聚在一起,显示出清晰的遗传结构。利用该NAM群体亲本间花色和种皮色具有显著差异的RIL群体进行全基因组关联分析,定位到1个主要位点qFC13-1与花色显著关联,该位点与W1位点重合;定位到12个位点与种皮色显著相关,其中9个位点为3种以上方法共定位,3个位点为2种方法共定位,包括4个已知位点和8个新位点。研究结果表明,构建的NAM群体适于进行大豆相关性状遗传分析,为大豆复杂性状的遗传解析和育种实践提供了良好的基础材料。     

抗稻瘟病三系籼型水稻不育系长农1A的选育

长农1A是以隆801B/华37B的杂交后代作父本,以金23A为母本进行测交和连续多代择优回交选育而成的野败型早籼三系不育系。具有花粉败育彻底、不育性稳定、异交结实率高、抗稻瘟病、综合性状优良等特点,2016年8月分别通过安徽省和湖北省农作物品种审定委员会组织的技术鉴定,2017年4月通过湖北省农作物品种审定委员会审定。     

抗稻瘟病水稻三系不育系长农2A的选育

长农2A是以隆801B/川香29B的杂交后代作父本,以金23A为母本进行测交,经过连续多代择优回交选育而成的早籼型野败水稻三系不育系。该不育系具有不育性稳定、花粉败育彻底、异交结实率高、抗稻瘟病、综合农艺性状优良等特点,2016年8月通过安徽省农作物品种审定委员会审定和安徽省种子管理站组织的技术鉴定。     

基于本地BLAST的高通量引物设计R包（LightPrimer）及其应用

引物优劣是PCR反应成败的重要影响因素之一，当前引物设计软件存在通量低、操作复杂、开源性不高等不足。本文开发了一款基于R语言和本地BLAST的针对克隆、qRT-PCR、SNP和InDel标记的高通量引物设计软件（LightPrimer）。该软件通过序列信息从基因组当中提取特定序列，进行片段化处理，然后将片段与基因组进行本地BLAST比对，通过序列特异性指数和比对位点数筛选高特异性片段，然后对Tm值、GC含量、扩增片段长度、引物长度、引物3'末端匹配、末端GC碱基和引物二聚体进行筛选，得到候选引物列表，并通过序列评价诊断图为引物优化提供参考。该软件具有高通量、操作简便、跨平台、开源等特点，可为现有引物设计软件提供有益补充。软件可从github下载（https://github.com/YangtzeSoyGDB/LightPrimer.git）。