通过多基因组比较的方法在5种绿球蓝细菌中识别基因组岛(英文)

为探索水平基因转移在绿球蓝细菌基因组多样性中的作用,5个高光适应性绿球蓝细菌基因组被比较.先用BLASTP两两最佳匹配搜索和基因位置保守性的方法预测直系同源基因,并进一步计算每个基因组中所有基因在其他4种绿球蓝细菌基因组中直系同源基因的数量,从而达到识别外源基因的目的;而基因组岛是指由1个或几个连续外源基因组成的区域.结果表明:在5个绿球蓝细菌基因组中共识别出了16至52个不等的基因组岛,它们中的许多基因在病毒基因组或富含病毒的环境样本中都有同源基因.以上这些结果显示,在绿球蓝细菌中,病毒可能介导了基因的水平转移,从而导致了基因组的多样性.     

化肥减量配施有机肥对青贮玉米产量、营养品质及土壤养分的影响

为了探讨化肥减量配施有机肥对西南地区青贮玉米产量、品质以及土样养分的影响,于2019,2020年以青贮玉米渝青386为研究对象,连续2 a分析了化肥减量配施有机肥对青贮玉米农艺、产量品质以及土壤养分含量和肥料利用率的影响。结果表明,不同施肥处理对青贮玉米产量影响达显著水平,有机肥和缓控肥混施处理产量最高,达55 084.75 kg/hm²,干物质产量达24 192.11 kg/hm²。缓控肥常量和缓控肥减量20%青贮玉米产量差异不显著,表明采用缓控肥可实现化学肥料减施20%。缓控肥常量处理下玉米植株氮、磷、钾积累量均为最大,分别为234.83,173.75,35.72 kg/hm²。缓控肥与有机肥混施处理下青贮玉米氮肥偏生产力最大为166.46 kg/kg,缓控肥减量20%处理下氮素吸收效率最高为0.80 kg/kg,说明有机肥和无机肥混施可以提高青贮玉米生产力。缓控肥与有机肥混施处理下青贮玉米粗脂肪含量最高,有机肥的施用可以提高青贮玉米粗脂肪含量,同时也增加了酸性洗涤纤维的含量。青贮玉米产量与脲酶、过氧化氢酶、有效磷含...     

利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉 米单核苷酸多态性标记的开发

针对简单重复序列（SSR）标记密度不足、单核苷酸多态性（SNP）标记开发一般只基于2种基因型的序列差异,用以检测其他基因型的材料时多态性不高,不能满足玉米基因精细定位需要的现状,本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签（EST）,结合运用各种生物信息学软件,开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析,拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物,开发出12388 个SNP标记（www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html）,包含34721个SNP位点。其中,6008个标记只含单一SNP位点,12762个位点的多态性信息含量（PIC）大于04,具有高度多态性。     

承包造林合同性质区分与案件审理

承包造林合同，是指约定承包人为发包人完成一定的植树造林工作并收取报酬，或者约定承包人在交付承包费的条件下承包经营发包人的林地并获取林木财产收益的合同。按照《森林法》的规定，在承包造林合同中享有发包权的主体有两种：一种是对森林资源负有保护、管理和监督等行政职能的国家各级林业主管部门；另一种是享有林地所有权的集体所有制单位和享有林地使用权或承包经营权的单位和个人。因享有发包权主体的不同，承包造林合同的性质就有了区别，正确区分两种不同性质的承包造林合同是审理好该类案件的关键所在。两种不同性质的承包造林…     

高粱全基因组内含子标记的开发

通过分析已公布的658个随机挑选的SSR标记在12个高粱属材料中的多态性信息,发现基因中内含子标记较非内含子标记有更高的多态性,因此,本研究利用生物信息学方法进行了高粱全基因组内含子标记的开发。首先,对高粱29448条CDS序列进行内含子位点挖掘,找到115545个内含子位点。其次,在内含子两侧的序列上设计引物,经e-PCR在高粱基因组上筛选及定位,共获得82742个单拷贝内含子标记。其在染色体上数量变异范围为3794个（5号染色体）～15371个（1号染色体）之间,平均每条染色体上8237个。此外还构建了1个公共数据库（www.sicau.edu.cn/web/yms/sip/SIP.html）,以便研究人员下载及使用。     

两种磷水平下玉米产量性状的变化及其QTL定位

为了解低磷胁迫下玉米产量性状的影响及其遗传基础,以玉米重组自交系为研究材料,分别在低磷处理和正常条件下,比较供试群体的产量及构成性状的变化,并运用复合区间作图法对其进行QTL定位。结果表明,单株产量、穗重和轴重等性状受低磷胁迫影响较大,出籽率、穗行数和粒深等性状受低磷胁迫影响较小;通径分析表明,低磷胁迫主要通过影响行粒数、百粒质量和粒深构成性状导致了单株产量的损失。在2种磷水平下共检测到23个产量及其构成性状QTL;单个QTL可解释的表型变异为4.32%~14.77%;其中,标记区间bnlg666~umc1141和umc1108~bnlg1258分布了不同性状的多个QTL。这些成簇分布QTL的染色体区域和低磷胁迫条件QTL,可为开展玉米耐低磷分子育种提供参考。     

玉米DUF1685基因家族的鉴定和进化分析

本研究共鉴定出16个单、双子叶植物和卷柏的211个DUF1685基因家族成员。蛋白理化性质分析表明,211个DUF1685s基因的氨基酸序列长度为83~1071 aa,分子量为9.2~116.3 kDa,理论等电点为3.66~11.90。系统发育进化分析表明,DUF1685基因家族被划分了3个亚家族（Class I、Class II和Class III）,Class I和Class II亚家族产生A1和A2、B1和B2的事件发生在单、双子叶植物分化后,同时A1和B2分支（成员均为双子叶植物基因）出现了基因扩张现象。保守基序和基因结构分析结果表明,同一亚家族成员之间保守基序相似,211个DUF1685基因家族成员中大部分含有1个内含子,少部分基因含有2个及以上内含子或者不含内含子。选择压分析表明,DUF1685基因家族在进化过程中相关位点受到正向选择,这可能是导致部分基因发生功能变化的原因。共线性分析表明,片段复制事件可能是玉米DUF1685基因扩增和进化的潜在驱动力。基因启动子区域顺式元件分析结果表明,玉米DUF1685基因启动子区域含有光响应元件、ABA和非生物胁迫相关的顺式作用元件,推测这些基因可能参与玉米对非生物胁迫的响应。转录组数据分析表明,玉米DUF1685基因与特定组织（成熟花粉）的生长发育相关。本研究从多方面探究了玉米DUF1685基因家族的功能和进化情况,以期为今后深入研究玉米DUF1685基因生物学功能和进化关系提供理论参考。