基于Kingfisher Flex系统树木叶片RNA的提取方法比较及优化

随着林木功能基因组学的发展,如何快速高效地提取高质量的核酸变得越来越重要。本研究基于Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统,以细叶桉叶片为材料,利用5种磁珠法RNA提取试剂盒(A/B/C/D/E)比较提取RNA的质量和纯度,筛选出试剂盒C为最佳试剂盒。在试剂盒C默认提取程序基础上,利用正交设计L9(34),研究Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上不同洗涤速度、洗脱速度及时间等机器参数对提取RNA的浓度和纯度的影响。正交试验结果表明,对提取RNA的浓度和纯度影响最大的机器参数是洗涤速度,正交试验最优程序组合下提取RNA的纯度稍优于试剂盒C,但是得率仅为试剂盒C的1/3,综合比较后确认试剂盒C默认程序为提取细叶桉叶片RNA的最优提取程序。另外利用试剂盒C也分别对降香黄檀、大果紫檀、油楠、檀香、黑木相思和柚木这六个树种的叶片RNA进行提取,结果表明提取出的RNA均满足cDNA建库以及转录组测序实验的要求。本研究建立了Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上树木叶片RNA的高效提取方法,对树木叶片高通量RNA提取有重要的应用价值,并为其他树种在提取RNA程序上对相关参数进行优化和设置提供了参考。