生防菌株PF-1基于全基因组数据的分类鉴定及拮抗能力分析

基于全基因组数据,确定生防菌株PF-1的分类地位,验证其对植物病原菌的拮抗作用以及挖掘其潜在的生防功能。通过全基因组中16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析方法确定生防菌株PF-1的分类地位,通过平板对峙方法研究其对马铃薯枯萎病菌和棉花黄萎病菌的拮抗能力;利用antiSMASH软件分析和预测菌株PF-1的抗生素相关基因并挖掘其生防潜力。基于16S rRNA基因序列的系统发育分析及基因组分析结果,PF-1被鉴定为防御假单胞菌(Pseudomonas protegens),同时发现PF-1基因组中存在15种次生代谢产物基因簇,具有良好的抑制病原菌生长和提高植物抗病性的能力,在农业中具有良好的应用前景。     

MDV Meq基因簇miRNAs基因缺失株的致病性

为了探讨Meq基因簇microRNAs(Meq-clustered miRNAs)对马立克氏病病毒(Mareks disease virus,MDV)致病性的影响,本研究将MDV Meq-clustered miRNAs基因缺失株GX0101ΔMeq-miRNAs感染1日龄SPF鸡,并于感染后90d内进行毒株致死率、致肿瘤率、鸡体质量、免疫器官指数和鸡血液中病毒含量等方面的检测。结果显示:1日龄SPF鸡在接种GX0101ΔMeq-miRNAs后90d内累计死亡率和眼观肿瘤发生率分别为4%和8%,与亲本株GX0101BAC相比分别下降了23.5倍和2.5倍;与鸡胚成纤维细胞(chicken fibroblast cells,CEF)阴性对照相比,GX0101△Meq-miRNAs感染鸡在整个试验期间体质量差异均不显著(P0.05);在感染后14~21d,GX0101△Meq-miRNAs组的法氏囊指数和胸腺指数均显著降低(P0.05);与亲本株相比,GX0101△Meq-miRNAs在血液中的含量及导致的显微肿瘤发生率均下降。结果表明:MDV Meq-clustered miRNAs基因的缺失降低了MDV的致病性,Meq-clustered miRNAs具有调控MDV致病性的功能。     

恩拉霉素作用机制及基因簇改造研究进展

恩拉霉素是一种环状多肽类抗生素,只需添加微量就呈现出优良的促进生长和改善饲料利用效率的作用,目前作为一种全新的饲料添加剂得到了广泛应用.本文总结了恩拉霉素的结构、作用机制、生物合成基因簇及其改造等万面的研究进展.     

牛场中BVDV的基因簇：直接从牛血清中进行病毒的基因鉴定和分析

牛病毒性腹泻病毒(BVDV)在大多数养牛的国家呈地方性流行,在全世界造成巨大的经济损失。BVDV感染可造成不同的结果,有亚临床疾病、腹泻、呼吸道疾病和生殖障碍,易感牛在妊娠头3个月感染可产出对BVDV免疫耐受的永久感染(PI)牛,PI牛可能为先天性免疫缺陷或表现正常但生长迟缓并对再次感染的敏感性增加。分离的BVDV株间有一明显的遗传的和抗原性的异质性。病毒中和试验可以证实株间的差异,但试图用这种方式将病毒划分为血清型还未被普遍接受。BVDV基因组5-UIR序列测定揭示出毒株间高度的可变性。抗原性上明显不同的毒株,称为基因型(…     

鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区启动子活性鉴定与分析

文章采用基因定点突变和报告基因技术作A/T富集区启动子鉴定和转录调控分析,研究鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区是否具有启动子活性。PromPredict预测分析提示miR-17-92基因簇上游-388～-444 bp处可能是启动子区域。转录因子结合位点分析发现,A/T富集区存在3个E2F1潜在结合位点,分别位于miR-17-92基因簇上游-1 273 bp(结合位点1)、-1 186 bp(结合位点2)和-753 bp(结合位点3)处。报告基因活性分析发现,鸡miR-17-92基因簇上游A/T富集区具有启动子活性,其中miR-17-92基因簇上游-440/-1区域启动子活性最强。共转染分析显示,转录因子E2F1极显著抑制该A/T富集区启动子活性(P<0.01);进一步定点突变分析表明E2F1通过E2F1结合位点1和2抑制A/T富集区启动子活性。报告基因分析发现,与对A/T富集区启动子作用不同,E2F1促进miR-17-92基因簇宿主基因(MIR17HG)启动子活性。文章首次发现鸡miR-17-92基因簇上游存在一个新的转录调控区,对揭示鸡miR-17-92基因簇转录调控具有重要意义。     

胡椒瘟病生防菌 Bacillus subtilis VD18R19 全基因组测序及 比较基因组学分析

Bacillus subtilis VD18R19 具有促进胡椒生长和防治胡椒瘟病的效果,全基因组测序是其分子机理研究和开发 利用的重要基础。本研究采用第二代 Illumina 平台与第三代 PacBio 平台相结合的测序技术,对生防菌 VD18R19 进行 全基因组测序,并进行比较基因组学分析。结果发现,VD18R19 全基因组大小为 4 123 380 bp,GC 含量为 43.80%, 编码基因 4 245 个;含有 tRNA 85 个、rRNA 30 个、sRNA 33 个;含有串联重复序列 60 个,其中小卫星 DNA 43 个、 微卫星 DNA 1 个;共线性分析、core-pan 基因分析及基因家族分析结果均显示 VD18R19 与模式菌株 B. subtilis 168 具 有高度的同源性;antiSMASH 软件预测及同源序列比对结果显示,VD18R19 菌株中含有 6 个抑菌次生代谢产物合成基 因簇,编码 surfactin、plipastatin、bacillibactin、bacilysin、bacillaene、subtilosin A 等抑菌物质,其合成途径涵盖了核 糖体途径、非核糖体途径和聚酮合酶途径。本研究为深入研究生防菌 VD18R19 的分子机理奠定生物信息学基础,有利 于生防菌株及其抑菌次生代谢产物的开发和利用。     

番茄分子遗传图谱构建和晚疫病抗性基因簇ph-3的QTL分析

 【目的】挖掘番茄晚疫病抗性基因紧密连锁的分子标记,为番茄抗晚疫病种质资源的利用及分子标记辅助选择育种提供理论和实践依据。【方法】利用含番茄晚疫病抗性基因ph-1,2,3的L3708（Lycopersicon.pimpinellifolium）为父本,感病的优良品系04968（L.esculentum）为母本培育的260个F2单株为图谱构建群体,通过AFLP、SSR 2种分子标记进行遗传分析,构建分子遗传图谱。根据苗期接种番茄晚疫病病原菌生理小种T1,2的抗性反应,利用复合区间作图法,进行QTL定位。【结果】构建了包含12个连锁群的分子遗传图谱,其中包含3个SSR标记和149个AFLP标记。该图谱覆盖整个基因组总长度1 443.07 cM,平均图距9.50 cM。检测到了5个与抗性基因簇ph-3相关的QTL位点,其中Qph3-1位于第3连锁群上,可以解释的表型变异为26.59% 。Qph3-2位于第1染色体上,可以解释的表型变异为54.86%,Qph3-3、Qph3-4和Qph3-5,位于第9连锁群上,可以解释的表型变异分别为9.24%、10.27%和36.49%。QTL 遗传效应表现为加性和显性。【结论】所得5 个分子标记可作为选育抗晚疫病番茄品种的重要分子标记辅助选择工具。     

后生动物线粒体基因组基因次序重组规律分析

后生动物线粒体基因组由于其大小和基因数目的相对稳定,被认为是研究后生动物系统发育关系的一种理想模型。后生动物线粒体基因组大多有37个基因,包括22个tRNA编码基因和13个蛋白编码基因,它们的排列顺序也被认为是研究后生动物线粒体基因组很好的材料。通过对来自NCBI数据库的2 511种后生动物线粒体基因组提取的基因次序,包括对基因的倒置、共有基因簇、基因的缺失和重复、相邻位置的基因交换等重组形式的概述,综述了近年来对动物线粒体基因组基因次序重组的研究状况。     

武夷菌素部分生物合成基因簇的克隆和分析

不吸水链霉菌武夷变种Streptomyces ahygroscopicus var.wuyiensis CK-15是从福建省武夷山土样中分离得到的一株链霉菌,其代谢产物武夷菌素对果蔬真菌病害具有良好的防治效果,但是因其产量低的缺点限制了武夷菌素工业化生产和农业生产中的应用。为了实现利用基因工程培育高产新菌株的目标,首先要获得武夷菌素的生物合成基因。根据大环内酯类抗生素聚酮合成酶基因设计引物筛选菌株CK-15的基因组文库,共获得9个阳性克隆。克隆和测序获得3个较长scaffold片段,序列总长度达53.291 kb,其中包含了14个可能阅读框,通过同源比对证实该序列与S.noursei ATCC 11455的制霉素生物合成基因有很高的同源性。本研究为进一步研究武夷菌素生物合成基因的功能,并通过基因工程培育高产新菌株奠定了基础。     

重庆市南岸区农村居民点整理潜力研究

为得出重庆市南岸区农村居民点整理潜力,对农村集体建设用地流转提供客观依据以及农村居民点用地管理提供理论支撑。采用人均农村居民点建设用地标准测算法对至2020年农村居民点整理潜力进行测算,然后采用闲置宅基地抽样调查法对其进行修正,获得农村居民点整理潜力。根据整理潜力和南岸区实际情况,对农村居民点合理布局进行了规划,并制作2020年重庆市南岸区农村居民点用地分布图。