利用配对RNA-seq数据筛选显著差异背膘厚度松辽黑猪背最长肌差异表达基因

本研究旨在利用转录组测序技术鉴定松辽黑猪背最长肌组织中的差异表达基因（DEGs）,找出与猪脂肪沉积相关的潜在候选基因。通过对松辽黑猪进行活体背膘厚测定,选择具有极端背膘厚的3对个体（高、低各3头）为研究对象。取背最长肌组织提取RNA,并对其进行双末端转录组测序,然后,基于edgeR包的配对方法筛选差异基因,并进行生物学功能富集分析。结果鉴定出590个差异表达基因,其中,188个基因在高背膘厚组猪背最长肌组织中高表达,402个基因在低背膘厚组猪背最长肌组织中高表达。通过生物学功能分析发现,有42条显著富集通路,鉴定出的与脂肪沉积相关的通路有脂肪酸代谢、不饱和脂肪酸的生物合成以及PPAR信号通路等,筛选出FABP3、FADS1、FADS2、OLR1、ACSL1、LIPA和PLIN2为脂肪沉积性状的候选基因。该研究结果为进一步探究松辽黑猪肌内脂肪分子调控机制提供了参考。     

基于高通量转录组测序技术构建猪脂肪沉积的lncRNA和miRNA相关ceRNA调控网络

脂肪沉积性状是养猪生产中的重要经济性状,也与生猪养殖的经济效益密切相关。课题组前期对3对具有极端背膘厚度的长白猪全同胞个体的背部皮下脂肪组织样本进行链特异性建库RNA测序和小RNA测序鉴定lncRNA和miRNA,通过差异表达分析,共得到220个lncRNA和18个miRNA在高、低背膘组间差异表达。本研究进一步分析它们的生物学功能,进行靶向关系预测和靶基因功能富集分析,并构建猪脂肪沉积的lncRNA和miRNA相关ceRNA调控网络。结果发现,差异表达lncRNA及miRNA靶基因能够显著富集到多个糖脂代谢相关的通路,如“脂肪细胞分化”、“糖酵解/糖异生”等。最终成功构建了一个与脂肪沉积过程密切相关的ceRNA调控网络,包含9个差异表达lncRNA,6个差异表达miRNA和25个靶基因。本研究结果为探究非编码RNA在猪脂肪沉积过程中的功能及其分子调控机制提供了新的思路。     

系统分析多组织转录组鉴定影响猪脂肪沉积的关键基因

旨在挖掘影响松辽黑猪脂肪沉积的关键基因及脂肪、肝和肌肉在体内的功能。本研究选择体重100 kg左右健康且背膘厚差异显著的6头(高、低各3头)松辽黑猪为试验动物,利用高通量转录组测序技术检测其脂肪、肝和背最长肌组织中基因的表达水平,鉴定不同脂肪沉积猪和不同组织中的差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。结果表明,在不同分组的猪中发现135个差异表达基因,其中部分参与了PPAR信号通路、AMPK信号通路、代谢通路、脂肪酸代谢和甘油代谢等通路。经生物学功能分析发现,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因为影响猪脂肪沉积的关键基因。在不同组织的差异表达表达基因中,脂肪组织中高表达的基因显著富集在胰岛素信号通路、MAPK信号通路、三羧酸循环、氧化磷酸化等通路;肝中高表达基因显著富集在多种物质的代谢、脂肪酸的降解、氨基酸的合成等通路;背最长肌中高表达的基因主要参与了蛋白质的降解、PI3K-Akt信号通路、氧化磷酸化通路、Wnt信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等通路。不同组间差异表达基因分析结果提示,EHHADH、ME1、SCD、OLR1、PHGDH、ACLY、LEP和CYP超家族基因等基因是影响脂肪沉积的关键基因;不同组织间差异表达基因表明,脂肪组织是脂肪合成的主要部位,而肝和肌肉组织主要涉及脂肪酸的降解。本研究结果对脂肪性状的遗传改良、机理解析有一定意义。     

影响仔猪血清免疫球蛋白浓度及早期发育性能的因素研究

本研究采用酶联免疫吸附分析法(ELISA)对长白、大白和杜洛克3个品种初生仔猪血清中IgA、IgM、IgG浓度进行了测定,并对其影响因素及其对早期仔猪体重的影响进行分析。结果表明:品种和胎次对仔猪血清IgA浓度的影响差异极显著(P<0.01),品种效应对IgM浓度有显著影响(P<0.05),初生重对IgG浓度影响极显著(P<0.01),性别对免疫球蛋白浓度无显著影响(P>0.05)。品种及初生重对仔猪7日龄体重、14日龄体重、0-7日龄日增重、0-14日龄日增重影响极显著(P<0.01)。仔猪血清IgG浓度与7日龄体重存在正相关关系,相关系数为0.1562(P<0.01)。     

不同养殖模式猪场的成本及效率分析

<正>我国是当前世界第一猪肉生产和消费大国,其产销量皆占全球的50%左右。随着我国养猪生产业的发展,我国猪场的标准化规模化的养殖比重进一步提高,能繁母猪的生产能力明显提高。但是,我国养猪业的整体水平与世界先进水平相比仍有较大的差距。以2015年能繁母猪年提供断奶仔猪数指标为例,丹麦、荷兰、美国、法国、德国和加拿大等国均在25头以上,其中丹麦和荷兰更是分别达到     

猪EPOR和MYPN基因SNPs检测及其与肉质、胴体性状关联分析

对EPOR、MYPN 2个候选基因进行SNPs检测,并与肉质性状的关联分析,以期为分子育种提供依据。采用PCR-SSCP及PCR-RFLP方法对目的基因片段进行SNPs检测,结果显示,在研究群体内,EPOR基因不存在SNP,而MYPN基因存在2个SNP。用SAS软件对MYPN基因的2个SNP位点与部分肉质、胴体性状进行关联分析,结果表明,在本试验群体中,SNP1对背膘厚、导电性、眼肌面积和肌内脂肪的影响都达到了显著水平(P＜0.05);SNP2对其中的背膘厚和肌内脂肪含量影响达到了显著水平(P＜0.05);另外性别、品种对部分性状也有较大影响（P＜0.05）。结合本研究结果和其它相关研究结果,可以推断MYPN基因可能是影响肉质、胴体性状的主效基因或与控制这些性状的主效基因连锁,可以作为肉质、胴体性状的候选基因。     

影响母猪综合繁殖力的固定效应分析

对来源于种猪遗传评估数据库的5039条母猪繁殖数据进行分析,数据包括31个猪场,7个品种,共16450个胎次。建立固定效应模型,对胎均窝产仔数LS1、胎均窝产活仔数LSBA1、胎均出生窝重LWM及综合繁殖力性状周期均窝产仔数LS2、周期均窝产活仔数LSBA2、周期均出生窝重LW2进行最小二乘分析．着重讨论场效应、品种效应、母猪出生胎次、母猪初生重和母猪初配日龄对母猪繁殖能力的影响,分析综合繁殖力性状的优势。结果表明：场效应、品种效应、母猪初生重对所有性状影响显著（P〈0．01）,母猪出生胎次对母猪综合繁殖力性状影响显著（P〈0．01）,母猪初配日龄对LW2影响显著（P〈0．01）。综上,综合繁殖力性状比LS1．LSBA1．LW1对效应因子母猪出生胎次、母猪初配日龄的反应更为敏感。     

瘦肉型黑猪育种群MC1R、KIT基因多态性研究

研究旨在探索以毛色基因MC1R、KIT等位基因基因型分析应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作的可行性。实验群体包括从瘦肉型黑猪育种群中随机选择的长白猪、大白猪、杜洛克猪各108头,北京黑猪24头。另外选择杜洛克×民猪F1代15头作为对照。选择MC1R外显子区,KIT基因外显子3、18、19、21为候选目的片段。测序确认SNP位点后,进行PCR-RFLP并统计等位基因频率。结果表明:MC1R基因外显子区-51G/A(北京黑猪上携带)、-372G/A(长白猪,大白猪上携带)、-589,729T-G/C-A(杜洛克猪上携带)频率均为1,而KIT基因外显子19-156T/C(北京黑猪上携带)突变频率为0.938。结果提示,MC1R、KIT基因上的SNP位点结合PCR-RFLP方法可以应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作。     

肠道微生物与宿主遗传背景互作关系的研究进展

哺乳动物的肠道寄居着大量而且种类繁多的微生物,它们受到宿主基因和环境尤其是食物的影响。近年来,随着宏基因组的出现和测序技术的不断发展,关于人和其他动物的肠道微生物研究日益深入。肠道微生物与人类肥胖和Ⅱ型糖尿病相关性的发现等,进一步加强了科学界对于肠道微生物的关注度。然而,对于肠道微生物与宿主的密切联系以及相互作用机制仍然需要深入研究。本文简要论述了肠道微生物对宿主的功能贡献和宿主的遗传背景对肠道微生物的影响。