影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

旨在分析藏猪和大约克夏猪(180日龄)背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA (lncRNAs)和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据.本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪(n-3)和大约克夏公猪(n-3)为研究对象,收集背最长肌肉品...     

河南地方猪mtDNA D-loop序列遗传多样性 及系统进化分析

为了解河南省地方猪种的遗传资源状况,探究猪种间的亲缘关系,对河南省地方猪种(南阳黑猪、确山黑猪、淮南猪、豫西黑猪)及2个参考猪种(莱芜黑猪、二花脸猪)和野猪共计282个样本的mtDNA D-loop序列进行PCR扩增及序列测定,并结合GenBank中3个国外猪种(杜洛克猪、长白猪、约克夏猪)的38条mtDNA D-loop序列,进行单倍型、遗传多样性、系统发育树、网络分析、歧点分布分析。结果表明,河南省地方猪4个品种共236条序列,定义了32种单倍型,单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(Pi)分别为0.788～0.854、0.001 56～0.004 55。构建的NJ系统进化树将所有样本分为2个独立分支,一支包含所有河南各猪种和部分约克夏猪,另一支全部为引进猪种,表明河南地方猪和3个国外猪种具有2个明显不同的母系起源。网络中介图和歧点分布显示,在历史驯养过程中,整个河南地方猪群体曾经历过群体扩张事件。说明河南地方猪种具有较为丰富的遗传多样性,且彼此之间有一定的基因交流。     

使用GWAS和Meta-GWAS鉴定与猪甘油三酯含量相关候选基因

本实验旨在挖掘影响猪甘油三酯(TG)含量的有效SNP位点以及候选基因,为生产优良猪肉的选育工作提供理论依据。收集Beadchips 60K SNP芯片分型莱芜猪、二花脸猪和杜洛克×(长白×约克郡)(DLY)群体共1 256头猪的数据,并运用FarmCPU模型对1 256头猪的TG含量进行全基因组关联分析(GenomeWide AssociationStudy,GWAS)及Meta-GWAS分析。GWAS分析结果显示：共检测到32个与TG含量相关的SNP位点,其中莱芜猪中有6个(P<1.8×10^-5),二花脸猪中有8个(P<1.8×10^-5),DLY中有18个(P<1.8×10^-5);Meta-GWAS分析结果显示：发现2个与TG含量相关的新SNP位点;并利用Ensembl数据库,在显著SNP位点上下游0.5 Mb区域内进行基因鉴定,一共发现8个与TG含量调控有关的候选基因,其中在莱芜猪中发现的基因为PDCD6IP;在二花脸猪中发现的基因为CD24、ADGRF5和ADAMTS5;在DLY中发现的基因为DM...     

豫西黑猪与确山黑猪体尺指标、屠宰性能、肉品质及血液指标比较分析

为了解豫西黑猪屠宰性能、肉品质等遗传性状,以及与河南地方猪确山黑猪间的差异,本研究挑选相同条件下健康的豫西黑猪（120.28 kg±6.96 kg）和确山黑猪（117.80 kg±8.76 kg）各8头,按相关规定开展体尺指标、屠宰性能、肉品质及血液指标测定,即对豫西黑猪与确山黑猪体尺指标（体高、体长、胸围、管围等）、屠宰性能（胴体重、胴体长、皮率、骨率、屠宰率等）、肉品质（肉色、大理石纹、pH、肌内脂肪、粗灰分等）、血液指标（白细胞数、红细胞数、血小板数、血小板压积等）及两种猪肌肉氨基酸含量进行了测定。结果表明,豫西黑猪体长、胴体长、皮率和头重均显著低于确山黑猪（P<0.05）,背膘厚、瘦肉率、脾脏重、心脏重和眼肌面积均极显著或显著高于确山黑猪（P<0.01;P<0.05）。在肉品质方面,豫西黑猪大理石纹评分、pH_{45 min}、pH_{24 h}、粗蛋白质及粗灰分含量均显著或极显著低于确山黑猪（P<0.05;P<0.01）,但水分和磷含量均显著或极显著高于确山黑猪（P<0.05;P<0.01）。在血液指标方面,豫西黑猪血小板数目和血小板压积均极显著低于确山黑猪（P<0.01）,但其他指标与确山黑猪无明显差异（P>0.05）。豫西黑猪精氨酸、缬氨酸和组氨酸含量均显著或极显著高于确山黑猪（P<0.05;P<0.01）,甘氨酸含量极显著低于确山黑猪（P<0.01）。综上所述,豫西黑猪和确山黑猪在体尺指标、肉品质及血液指标方面均无明显差异,在屠宰性能方面豫西黑猪稍优于确山黑猪,均可为消费者提供品质优良的猪肉。     

全基因组关联分析鉴定大白猪生长性状遗传变异及候选基因

生长性状是猪重要的经济性状之一，提升生长性状是生猪遗传改良的主要目标。为鉴定与猪生长性状显著相关的位点，筛选与猪生长性状相关的功能基因，本研究利用GeneSeek Genomic Profiler(GGP)猪50K SNP芯片对1 805头大白猪百公斤日龄（Age to 100 kg,AGE）、百公斤背膘厚（Backfat Thickness to100kg,BF）、眼肌深度（LoinMuscleDepth,LMD）3个性状进行全基因组关联分析。结果显示，AIREMLF90软件计算AGE、BF和LMD遗传力分别是0.17、0.53和0.28，属于中高遗传力性状。AGE与BF遗传相关为-0.08，表型相关为-0.16，均为负相关关系。AGE与LMD遗传相关为-0.11，表型相关为-0.36，均为负相关关系。BF与LMD遗传相关为0.04，表型相关为0.12，均为正相关关系。AGE筛选到6个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,BF筛选到11个全基因组水平显著SNPs和10个染色体水平显著SNPs,LMD筛选到3个全基因组水平显著SNPs和11个染色体水平显著SNPs。利...     

大白母猪发情期前后唾液蛋白组学分析

为解决养猪生产中传统发情鉴定法工作量大、准确率低等问题,本研究以经产大白母猪为研究对象,将发情周期分为发情前3天(PE),发情期(E)和发情后3天(AE)3个阶段,分别收集口腔中唾液,提取唾液蛋白,使用Lable-free定量蛋白组学技术对3个阶段的唾液蛋白组进行质谱检测,并通过蛋白质组学定性定量软件Maxquant进...     

部分河南地方猪与藏猪选择信号分析

本实验旨在对部分河南地方猪和藏猪筛选全基因组选择信号,研究它们之间的遗传分化情况和基因交流情况。实验基于淮南猪、南阳黑猪、确山黑猪、河南野猪、藏猪以及中国野猪6个猪品种共计66个个体的全基因组重测序数据,通过多种软件对重测序数据进行群体结构分析和选择信号分析,同时利用TreeMix软件对河南地方猪与藏猪进行基因流分析。结果显示：河南地方猪、藏猪与野猪的遗传关系比较远,而河南地方猪和藏猪之间的遗传关系较近。通过群体分化指数（Fixation indices,Fst）方法进行选择信号分析,并对分析结果进行基因功能注释和富集分析,共找到369个基因,GO和KEGG富集分析显示,这些基因主要富集于RNA聚合酶II对转录的负调控通路、神经营养因子信号通路等通路,通过查阅文献得到47个与重要性状相关的候选基因。基因流分析显示藏猪与确山黑猪有基因交流情况。     

豫西黑猪与确山黑猪体尺指标、屠宰性能、肉品质及血液指标比较分析

为了解豫西黑猪屠宰性能、肉品质等遗传性状,以及与河南地方猪确山黑猪间的差异,本研究挑选相同条件下健康的豫西黑猪(120.28 kg±6.96 kg)和确山黑猪(117.80 kg±8.76 kg)各8头,按相关规定开展体尺指标、屠宰性能、肉品质及血液指标测定,即对豫西黑猪与确山黑猪体尺指标(体高、体长、胸围、管围等)、屠宰性能(胴体重、胴体长、皮率、骨率、屠宰率等)、肉品质(肉色、大理石纹、pH、肌内脂肪、粗灰分等)、血液指标(白细胞数、红细胞数、血小板数、血小板压积等)及两种猪肌肉氨基酸含量进行了测定。结果表明,豫西黑猪体长、胴体长、皮率和头重均显著低于确山黑猪(P0.05),背膘厚、瘦肉率、脾脏重、心脏重和眼肌面积均极显著或显著高于确山黑猪(P0.01;P0.05)。在肉品质方面,豫西黑猪大理石纹评分、pH_(45 min)、pH_(24 h)、粗蛋白质及粗灰分含量均显著或极显著低于确山黑猪(P0.05;P0.01),但水分和磷含量均显著或极显著高于确山黑猪(P0.05;P0.01)。在血液指标方面,豫西黑猪血小板数目和血小板压积均极显著低于确山黑猪(P0.01),但其他指标与确山黑猪无明显差异(P0.05)。豫西黑猪精氨酸、缬氨酸和组氨酸含量均显著或极显著高于确山黑猪(P0.05;P0.01),甘氨酸含量极显著低于确山黑猪(P0.01)。综上所述,豫西黑猪和确山黑猪在体尺指标、肉品质及血液指标方面均无明显差异,在屠宰性能方面豫西黑猪稍优于确山黑猪,均可为消费者提供品质优良的猪肉。     

胎次、季节对淮南猪繁殖性能的影响

为了解不同胎次、季节对淮南猪繁殖性能的影响,对878头淮南猪2 131窝的繁殖记录进行统计分析。结果表明:随着母猪胎次的增加,淮南猪的产仔性能呈现先升高再稳定最后降低的趋势。在第4胎时,其总产仔数显著高于第1胎(P0.05),活仔数和健仔数显著高于第1胎与第7胎及7胎以上的母猪(P0.05)。在第5胎时,淮南猪的死胎数最多,显著高于1～3胎(P0.05)。在第6胎时淮南猪的木乃伊胎数最多,显著高于3、4、5、7胎及7胎以上(P0.05)。在配种季节方面,秋季配种时,其总产仔数、活仔数和健仔数最多,显著高于春季(P0.05)。在分娩季节方面,冬季分娩时,其总产仔数、活仔数和健仔数最多,显著高于秋季(P0.05)。研究表明,淮南猪在第2～6胎时繁殖性能较优,并且在秋季适宜配种,冬季适宜分娩。     

豫农黑猪体尺性状遗传参数估计的模型研究

【目的】为提高豫农黑猪体尺性状遗传参数估计的准确性,加快豫农黑猪选育进展。【方法】利用最佳线性无偏预测(best linear unbiased prediction, BLUP)和基因组最佳线性无偏预测(genomic best linear unbiased prediction, GBLUP)2种方法,构建3个单性状动物模型,即基于BLUP的模型1、基于GBLUP的模型2以及基于包含基因组近交系数GBLUP的模型3,采用平均信息约束性最大似然算法(average information restricted maximum likelihood, AIREML)对702头豫农黑猪体尺性状的遗传参数进行估计。【结果】在遗传参数估计的准确性方面,模型1估计的准确性低于模型2和3;模型3和模型2相比,提高了胸围、腿臀围和眼肌深度性状遗传参数估计的准确性。模型3估计体高、腿臀围、背膘厚和眼肌深度的遗传力为0.566、0.302、0.467和0.652,属于高遗传力性状;体长、胸围和管围的遗传力为0.152、0.122和0.255,属于中遗传力性状。体尺性状间的表型相关系数为-0.009～...