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1.
采用高通量测序技术对被茶饼病病菌侵染的茶树叶片进行转录组测序,筛选得到差异基因359个,其中248个上调表达,111个下调表达。差异基因中有216个获得GO(Gene ontology)数据库功能注释,主要涉及到生物合成过程、催化活性、细胞过程等诸多生理生化过程;KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库富集分析发现,共有106个基因被注释到47个代谢通路中,其中,单萜生物合成、卟啉和叶绿素代谢、核糖体、氮代谢、双萜生物合成、植物病原互作等通路显著富集。有32个差异基因被鉴定为转录因子,分布在16个转录因子家族中。利用实时荧光定量PCR(Real time quantitative PCR,qRT-PCR)验证了随机挑选的差异基因在感病叶片和未感病叶片中的相对表达量,与转录组测序结果的变化趋势一致。结果表明,茶树响应病原菌侵染是一个复杂的过程,大量基因被诱导或抑制表达,与抗病相关的转录因子被大量激活且上调表达。本研究为深入挖掘茶树抗病基因及进一步研究抗病分子机制提供了理论依据。  相似文献   
2.
本文对茶足柄瘤蚜茧蜂滞育组与正常发育组进行转录组测序,筛选差异表达基因,根据功能注释发现这些滞育关联基因主要与碳水化合物代谢、脂质代谢以及信号转导等途径相关。借助KEGG数据库,共筛选出滞育期间401个与脂代谢相关的差异基因,在滞育期间呈现不同程度的上调表达,涉及了脂肪酸生物合成、甘油脂代谢、类固醇生物合成等代谢途径,除与脂质合成相关的脂肪酸合成酶、超长链脂肪酸延伸酶基因上调表达外,与脂质分解相关的酶,如酯酶同样上调表达,可能与提高茶足柄瘤蚜茧蜂免疫力有关;与激素合成相关基因的上调表达,可能抑制茶足柄瘤蚜茧蜂卵巢发育。  相似文献   
3.
为探究高丹草杂种及其亲本间单核苷酸变异与其杂种优势形成的关系,以高丹草杂种及其亲本的根、茎和叶组织为试验材料,采用Illumina Hiseq 2000进行转录组测序。对平均长度达58 122 160 bp的各测序样品序列信息进行检测后,均检测到不少于58 000个SNP位点,位于基因内的SNP个数显著多于位于基因间的SNP个数, SNP发生频率为1/741bp,平均转换颠换比为1.00∶1.53。在所有变异类型中,C/T和G/A发生频率最高。经过筛选得到198(21%)个极显著偏向性等位基因表达偏向性SNP,其中65%偏向父本白壳苏丹草,并且很多在白壳苏丹草中具有高水平基因表达的转录本,在高丹草杂种中的等位基因表达也偏向白壳苏丹草。在3种组织中,分别有79%、78%和82%转录本的2个亲本等位基因表现出相对平衡的表达水平,说明与顺式作用相比,反式作用可能更多地影响了等位基因的特异性表达。选择6个极显著偏向性等位基因表达偏向性SNP-unigene进行qRT-PCR验证,这些基因的差异基因表达模式与RNA-Seq分析结果一致。本研究采用Illumina测序技术研究等位基因表达,为高丹草杂种优势分析提供了依据,也为其他饲草作物的相关研究提供了理论参考。  相似文献   
4.
Veterinary medicine is marching forward with genomics grasped firmly in one fist. Genomics has been part of our veterinary tool bag for some time in various guises, but the breadth and depth of its ramifications can be daunting. This article is designed to provide toe‐holds for veterinarians to enjoy a better understanding of genomics – a truly fascinating area of science.  相似文献   
5.
Low-molecular-weight fucoidan (LMWF) is a sulfated polysaccharide extracted from brown seaweed that presents antithrombotic and pro-angiogenic properties. However, its mechanism of action is not well-characterized. Here, we studied the effects of LMWF on cell signaling and whole genome expression in human umbilical vein endothelial cells and endothelial colony forming cells. We observed that LMWF and vascular endothelial growth factor had synergistic effects on cell signaling, and more interestingly that LMWF by itself, in the absence of other growth factors, was able to trigger the activation of the PI3K/AKT pathway, which plays a crucial role in angiogenesis and vasculogenesis. We also observed that the effects of LMWF on cell migration were PI3K/AKT-dependent and that LMWF modulated the expression of genes involved at different levels of the neovessel formation process, such as cell migration and cytoskeleton organization, cell mobilization and homing. This provides a better understanding of LMWF’s mechanism of action and confirms that it could be an interesting therapeutic approach for vascular repair.  相似文献   
6.
转录组学技术在水产动物研究中的运用   总被引:5,自引:3,他引:2  
近年来,转录组学技术及其在水产动物中的研究备受研究者的广泛关注.转录组学技术主要有基于杂交技术和测序技术为基础的两大类技术;两类技术在水产动物的转录组学研究中均得到了广泛运用.尤其是二代测序技术的出现使得水产动物的转录组学研究达到了前所未有的热度.本实验综述了近年来水产动物在免疫应答、生长发育、生物进化和毒理学方面的转录组学研究进展.在综述已有成果的基础上,分析了转录组学技术自身存在的局限性和现阶段转录组学在水产动物研究中面临的问题与挑战,并对未来水产动物转录组学研究趋势进行了展望.  相似文献   
7.
8.
9.
将苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,简称Bt)8010在LB液体培养基30℃、230r/min下振荡培养,通过生长曲线测定(OD600)和显微镜观察,分别在8、30、39、42h和46h取样得到营养生长期、孢子囊期和裂解期样品来提取总RNA。通过对试剂提取方法的改进,找到一种方法可以很有效的提取Bt3个不同分化发育时期(营养生长期、孢子囊期和裂解期)的总RNA。提取的总RNA质量很好,可以进行cDNA合成、RT-PCR和转录组学研究等下游实验。  相似文献   
10.
乳酸菌具有黏附宿主细胞或黏膜、抑制病原菌生长、维持机体微生态平衡、增强宿主免疫力等促进宿主健康的作用,同时在食品工业、抗菌剂生产和体内发酵中也发挥重要作用,但目前对乳酸菌发挥益生作用的具体分子机制的描述不多。为探明乳酸菌自身及其在宿主中的新功能和调控机制,可采用组学技术进行研究。根据中心法则衍生出的组学方法包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学。单组学技术在乳酸菌研究中的应用可深入探索乳酸菌发挥的功能及其作用机制。多组学技术的应用可突破单一组学技术的局限性,从不同维度综合分析乳酸菌的潜在功能,进一步预测乳酸菌自身及其在宿主中发挥的作用。作者综述了几种常用于乳酸菌分离鉴定及功能研究领域的组学技术,阐述了多组学技术在乳酸菌功能及其机制研究中的应用概况,为进一步探明乳酸菌的潜在功能提供可行的技术方法和方向。  相似文献   
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