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1.
【目的】筛选特定试验条件下二化螟(
Chilo suppressalis )稳定表达的内参基因,为二化螟基因表达研究奠定基础。【方法】根据二化螟转录组测序结果挑选出11个候选基因,利用实时荧光定量PCR测定其在二化螟不同发育历期、不同组织、温度处理、杀虫剂处理、取食不同饲料、取食不同水稻、dsRNA处理和混合样品的表达量,利用RefFinder、BestKeeper、GeNorm和NormFinder等软件和
ΔCt 值对11个候选基因的稳定性进行评估。【结果】5种分析方法表明,在二化螟不同发育历期稳定性较高的内参基因是
AK 、
RPL10 和
EF1 ,不同组织中稳定性较高的内参基因是
EF1 、
TUB 和
ACTB ,不同温度下较稳定的内参基因为
TUB 、
RPL10 和
EF1 ,杀虫剂处理样品中较稳定的是
TF4 和
ACTA ,取食不同饲料较稳定的是
TUB 、
TF4 、
EF1 和
RPL10 ,取食不同品种水稻较稳定的是
TUB 和
EF1 ,dsRNA处理样品中较稳定的是
TUB 、
AK 、
ACTB 和
EF1 ,混合样品中较稳定的是
EF1、TUB 和
ACTB 。【结论】为不同试验条件下选择合适的内参基因提供了参考,也有利于在二化螟基因表达研究中获得更加可靠准确的数据。
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2.
为了筛选甜樱桃花芽不同发育时期均稳定表达的内参基因,以甜樱桃桑提娜和黔樱一号不同发育时期花芽为材料,通过
qRT-PCR 技术检测28S rRNA、EF1-a1、EF1-a2、UBC、RPL13、18S rRNA、RSP3、CYP40、ACT2和α-TUB3等10个常用看家基因的表达水平,并利用GeNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1a2和RSP3在所有样品中稳定性最好。分别以EF-1a2、RSP3及EF-1a2+RSP3作为内参基因检测不同发育时期花芽生长素运输载体AUX1基因及生长素响应因子ARF基因的表达模式,该2个基因在不同内参基因标定下表达模式相同。表明EF-1a2、RSP3及EF-1a2+RSP3可作为甜樱桃花芽不同发育时期的内参基因。
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3.
长期栖息于潮间带的动物能够感知当地的潮汐规律,形成潮汐记忆的能力。本研究以栖息于潮间带的瘤背石磺(Onchidium reevesii)为对象,研究其通过感知潮汐来临时产生的低频声音来调节其行为与潮汐节律相协调的分子机制。通过RACE-PCR技术克隆到CaM-like基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析和
qRT-PCR 实验。结果显示,瘤背石磺CaM-like基因的cDNA全长2321 bp,包括5′非编码区(UTR)366 bp,3′非编码区(UTR)1337 bp,618 bp的开放阅读框编码206个氨基酸;预测该基因编码的多肽链的原子数量是3165,分子量约为23029.64 kD,理论等电点4.64,分子式是C_(1018)H_(1544)N_(274)O_(320)S_9。N端信号肽由29个氨基酸组成。氨基酸序列比对构建系统进化树,结果显示瘤背石磺CaM-like基因与静水椎实螺(Lymnaea stagnalis)、光滑双脐螺(Biomphalaria glabrata)的CaM-like基因的亲缘关系最接近,这与传统形态学分类相吻合。在实验室内模拟潮汐中低频声音刺激瘤背石磺,应用
qRT-PCR 检测CaM-like基因在不同组织的分布情况,结果显示CaM-like mRNA在瘤背石磺不同组织均有表达,但神经节部位的表达量显著高于背部皮肤、腹足、肠、肝胰腺、口器和蛋白腺等组织(P0.05),推测其可能参与神经系统的可塑性调节。荧光定量结果显示CaM-like、CaMKII基因分别在25 Hz和50 Hz低频声波下刺激12.4 h表达量较高,初步推测其能感知25~50 Hz声波频率。这可能与栖息于潮间带中的瘤背石磺长期感知12.4 h半日潮潮汐周期节律,形成潮汐记忆有关。本研究将为进一步深入了解瘤背石磺感知潮汐节律的分子机制奠定基础,也为探究海洋动物由海洋向陆地进化过程中对环境的适应机制提供依据。
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4.
旨在过表达Bud C进而上调2,3-丁二醇(2,3-Butanediol,2,3-BD)的合成,通过基因工程手段构建整合载体p R1SW-Bud C,经PCR和酶切双重验证后将其电转化至产酸克雷伯氏菌(Klebsiella oxytoca)HD79。结果经卡那霉素筛选,获得一株菌株K.oxytoca HD79-01。以原始菌株为对照,摇瓶发酵检测2,3-BD含量和相关酶活,q RT-PCR检测Bud C表达差异,最终Bud C在HD79-01中转录水平的表达量为HD79的45.25倍(P0.01)。摇瓶发酵显示2,3-BD的最高产量、转化率和生产强度分别提高了24.54%、10.97%、45.08%[分别为30.818±0.003 g/L、0.253±0.013 g/g、0.43±0.01 g/(L·h)],酶活提高了3.61倍(0.563±0.003 U/mg)。因此,2,3-丁二醇脱氢酶基因(Bud C)过表达菌株构建不仅成功的提高了2,3-BD的产量也为实现2,3-BD的工业化生产奠定基础。
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5.
【目的】通过沉默海岛棉GbF3’H基因及共沉默GbF3’H、GbCHI和Gb DFR基因,研究其在海岛棉抗枯萎病中的作用。【方法】以海岛棉抗病材料06-146为研究对象,GhCLA1基因为阳性对照,空载体为阴性对照,构建海岛棉TRV2-Gb F3’H沉默载体,协同课题组前期构建的TRV2-CHI和TRV2-DFR载体,利用病毒诱导的基因沉默技术(Virus-induced gene silencing,VIGS)分别进行Gb F3’H基因单独沉默以及GbF3’H、GbCHI和Gb DFR这3种基因共沉默试验。通过实时荧光定量聚合酶链式反应(Quantitative real time-polymerase chain reaction,q RT-PCR)分析各处理样品中基因沉默情况;设置室内接种枯萎病菌试验测定病情指数,分析各沉默材料对枯萎病的抗性差异。【结果】q RT-PCR结果显示,海岛棉GbF3’H基因沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量比空载体对照低,Gb F3’H、GbCHI和GbDFR这3种基因共沉默后其在海岛棉根、茎和叶中的表达量均比空载体对照低。病情指数调查结果显示,野生型<空载体对照相似文献
6.
实时定量PCR(
qRT-PCR )是分析功能基因表达水平的常用方法之一,
qRT-PCR 数据统计分析离不开合适内参基因的选择。为了选择中国小麦花叶病毒(
Chinese wheat mosaic virus , CWMV)侵染条件下的小麦内参基因,本实验通过PCR扩增效率和扩增特异性分析,从10个持家基因中选择8个候选基因,然后以接种CWMV的小麦样品为材料,利用
qRT-PCR 技术进一步检测上述8个基因在CWMV侵染条件下小麦样品中的时空表达特性。基于这些数据,通过geNorm、NormFinder程序分析,结果表明,2个小麦基因(即26
S 和
CDC )在CWMV侵染前后以及不同组织中表达最为稳定,26
S 和
CDC 组合可选作CWMV与小麦互作过程中功能基因表达分析的内参基因。
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8.
细胞色素c氧化酶(COX)是线粒体电子传递链的末端酶,COX6A是细胞色素c氧化酶的核编码亚基之一。为丰富花鲈(基因及相关miRNAs在花鲈渗透调节机制中的潜在作用,本研究开展了花鲈cox6a基因的miRNAs,并对其与)。系统进化树分析进一步确认了两个花鲈在垂体、脑、肝脏和肾脏中的表达量较高,基因的miRNA:miR-30e-5p、miR-223、miR-200a-3p和miR-155-5p,但没有发现可能靶定基因以及miR-30e-5p、miR-223、miR-200a-3p都呈现显著差异表达,而miR-155-5p仅在适应高盐环境时出现了显著的差异表达。这表明,基因和4个miRNAs在花鲈的渗透调节过程中发挥潜在作用。其中miR-30e-5p、miR-223和miR-200a-3p的表达趋势与cox6a2基因的表达调控。本研究为探讨花鲈适应不同盐度环境的渗透调节机制提供了基础数据。
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9.
采用RT-PCR和RACE技术从‘香玲’核桃(Juglans regia L.‘Xiangling’)叶片中克隆了1个脱水素基因JrDHN(GenBank 登录号KC503061.1),其全长1 056 bp,具有528 bp的开放阅读框,编码175个氨基酸组成的多肽,具有LEA家族成员的特征多肽序列,属于典型的Y
2 SK
2 型脱水素。以核桃18S基因为内参,对‘香玲’核桃JrDHN在4 ℃胁迫下的表达模式进行了初步的研究,结果表明低温诱导下叶片中JrDHN的表达增加,4 ℃处理4 h后达到最大值;自然越冬条件下,花芽中JrDHN表达量呈先上升后下降的趋势,在12月份表达量最高,推测JrDHN在核桃对低温胁迫响应中发挥重要功能。‘香玲’JrDHN在雌花中表达量高,其次是叶片和树皮,在花芽中最低。单核苷酸多态性分析JrDHN序列中有30个SNPs位点和11个Indels;单倍型分析显示12份核桃材料可分为10个单倍型,单倍型多样性为0.9697。
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10.
1. The aim of this study was to describe the role of Nucleotide-binding oligomerization domain-containing protein 1 (
NOD1 ) receptor signalling in chicken.
2. Tissue-specific expression analysis of NOD1 , receptor-interacting serine-threonine kinase 2 (RIPK2 ), nuclear factor kappa B (NF-κB ) and mitogen-activated protein kinase 11 (MAPK11 or p38 ) by quantitative real-time PCR (qRT-PCR ) revealed their wide distribution in various organs and tissues.
3. Salmonella pullorum infection activated NOD1 receptor signalling in vivo and in vitro , resulting in significant induction of downstream signalling molecules RIPK2 , NF-κB/p65 , MAPK11/p38 and the effector molecules IL-1b and IL-8 .
4. Activation of NOD1 by its agonist bacterial γ-D-glutamyl-meso-diaminopimelic acid (iE-DAP) in HD11 cells induced the adapter molecular RIPK2 and activated the NF-κB/p65 and MAPK11/p38 pathways, resulting in an increase in IL-8 but not IL-1β . Additionally, inhibition of NOD1 using NOD1 -shRNA resulted in downregulation of RIPK2 , MAPK11 and IL-8 , while NF-κB/p65 and IL-1β were unaltered.
5. These results highlight the important role of NOD1 receptors in eliciting the innate immune response following pathogenic invasion in chicken. 相似文献