基于3种线粒体基因的珠母贝属系统进化关系

为了研究珠母贝属的分类地位和系统演化情况,通过聚合酶链式反应技术(PCR)扩增并直接测序出雷州半岛珠母贝属中的马氏珠母贝、大珠母贝、珠母贝、斑珠母贝和黑珠母贝的3种线粒体基因(12S r RNA、16S r RNA和COⅠ)部分序列,分析其碱基组成和种间遗传距离。同时结合Gen Bank上发表的白珠母贝序列,构建珠母贝属的分子系统树。结果显示,5种珍珠贝的3种基因部分序列碱基AT含量大于GC含量,与其他无脊椎动物线粒体DNA序列基本一致,序列都处于高度饱和的状态。系统分析显示,构建的分子系统树与传统的形态分类基本一致。在黑珠母贝和白珠母贝亲缘关系上,3种线粒体DNA片段在碱基组成、种间遗传距离和系统进化树上都显示黑珠母贝和白珠母贝非常相近,可以认为是同一种中的2个亚种。在斑珠母贝的亲缘关系上,系统分析显示斑珠母贝与黑珠母贝和白珠母贝更为接近。研究表明,大珠母贝和珠母贝在系统进化中较早的分离出来,是一个比较原始的种类。3种分子标记对马氏珠母贝亲缘关系分析上存在一定差异,根据现有的数据尚不足以得出结论,需进一步做分子系统研究并结合形态特征和解剖结构进行分析。     

华南6水系与澜沧江-湄公河攀鲈线粒体ND2基因的遗传多样性分析

测定了中国华南6水系及澜沧江(云南勐腊)-湄公河流域(柬埔寨洞里萨湖)的125尾攀鲈(Anabas testudineus)线粒体部分ND2基因1 010 bp序列,分析发现39个变异位点和12个单倍型,总遗传多样性较低(h=0.369,π=0.003 8),推测可能经历过严重的瓶颈效应;中国攀鲈群体遗传多样性更低(h=0.282,π=0.000 4),处于边缘区的中国攀鲈群体是造成低遗传多样性的主要原因。在单倍型网络图中柬埔寨和中国攀鲈各自聚类,具有明显地理结构和谱系结构,推测地质运动和气候变化导致基因交流受阻所致。核苷酸错配图和中性检验表明中国群体经历过种群扩张,时间约为(5.94~4.13)万年前。华南水系群体间基因交流通畅,不存在明显分化;但与云南澜沧江群体间分化大而显著(FST=0.775,P0.01),AMOVA分析显示变异主要来自组群间(77.41%),推测二者分化时间约为(4.0~2.8)万年前,云南群体受末次冰期的影响,基因交流受阻而出现分化。中国群体和柬埔寨群体可作为2个管理单位进行保护;就中国群体而言,韩江水系群体遗传多样性最高,建议优先保护;澜沧江与华南水系间群体分化显著且遗传多样性极低,建议对澜沧江水系群体进行保护,以避免种质资源灭绝。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

不同地理群体三疣梭子蟹mtDNA本底甲基化水平分析

利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)线粒体基因组甲基化分析的BSP(Bisulfite sequencing PCR)引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体(江苏连云港)和莱州湾群体(山东东营)线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明:海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因(NADH脱氢酶亚基2)位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CHH类型,还有少量Cp G类型。该研究结果说明,莱州湾群体和海州湾群体线粒体基因组本底水平上的甲基化特征存在一定差异,相关研究值得进一步深入探讨。     

基于线粒体COⅠ基因序列的辽宁沿海细纹子鱼群体遗传多样性分析

细纹子鱼(Liparis tanakae)主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海,已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一,并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此,有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体COⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体(n=20)和黄海北部群体(n=34)的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明,长度为623 bp的COⅠ基因片段,其A、T、G、C碱基的平均含量分别为22.3%,32.4%,26.9%,18.4%。在2个群体54 ind个体中共检测得到8个单倍型,其单倍型间遗传差异为0.2%~0.6%。两个群体的单倍型多样性指数和核苷酸多态性指数分别在0.56±0.06和0.70±0.05、0.001 0±0.000 9和0.001 7±0.001 3之间。分子方差分析显示两群体间无遗传分化。核苷酸不配对分析表明,细纹子鱼群体在50 000~116 000年前经历了群体扩张。     

二倍体和四倍体泥鳅线粒体ND-5/6基因多态性的PCR-RFLP分析

采用PCR-RFLP分析方法,对洞庭湖、武汉两地的二倍体和四倍体泥鳅线粒体DNAND-5/6基因多态性及4个群体遗传变异和遗传关系进行了研究。结果表明,120尾泥鳅mtDNAND-5/6扩增片段长度均为2.2kb;从13种限制性内切核酸酶中筛选出6种多态性内切酶(HaeⅢ、DraⅠ、RsaⅠ、TaqⅠ、HinfⅠ、MspⅠ),对扩增产物进行酶切,共检测到66种单倍型。泥鳅群体内单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.7679～0.9385和0.01041～0.03212;其中,洞庭湖二倍体核苷酸多样性最高(0.03212),武汉二倍体其次(0.02452),二倍体群体内核苷酸多样性高于四倍体。群体间的核苷酸多样性(π)大小为0.02588～0.04144,平均值为(0.031737±0.000005)。群体间的核苷酸歧化距离(δ)大小为0.00462～0.01617,平均值为(0.010659±0.000003);其中,武汉二倍体和四倍体之间的核苷酸歧化距离最大(0.01617),武汉四倍体和洞庭湖二倍体之间的核苷酸歧化距离最小(0.00462)。MonteCarlo模拟x2检验表明,4个群体间的单倍型频率存在极...     

线粒体DNA标记在昆虫学研究中的应用进展

综述了昆虫线粒体DNA（mtDNA）的特点、mtDNA标记优缺点及该标记在昆虫学研究中的应用。目前应用mtDNA作分子遗传标记主要用来进行昆虫分类单元的鉴定、物种或种群的系统发育、遗传多样性、基因流、起源及杂交带的研究,但由于mtDNA标记的缺点,因此常需与其他标记技术结合使用才能获得更可靠的结果。     

竹荚鱼属鱼类线粒体DNA控制区结构及其系统发育分析

采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹煲鱼（Trachurus japonicus）线粒体DNA控制区基因全序列，并结合从GenBank中下载的8种竹笑鱼属相应序列，对竹煲鱼属控制区序列进行了结构分析，识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域，并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB—F、CSB—E和CSB—D，以及保守序列区的保守序列CSBl、CSB2和CSB3。以鳜（Sinipercachuatsi）作为外群，使用邻接法和最大简约法构建了9种竹荚鱼属的系统发育树。竹笑鱼属鱼类为单系类群，蓝竹煲鱼（rpicturatus）、智利竹笑鱼（zmurphyi）、太平洋竹笑鱼（zsymmetricus）、南非竹荚鱼（rcapensis）和竹荚鱼（rtrachurus）构成一支，地中海竹笑鱼（zmediterraneus）、青背竹笑鱼（zdeclivis）、日本竹荚鱼（rjaponicus）和新西兰竹荚鱼（rnovaezelandiae）为另一支；日本竹笑鱼未单独成一支，而是聚人青背竹笑鱼和新西兰竹笑鱼之间，初步猜测日本竹笑鱼和新西兰竹荚鱼为同种异名。     

Phylogeny of Limenitidinae Butterflies （Lepidoptera： Nymphalidae） Inferred from Mitochondrial Cytochrome Oxidase I Gene Sequences

The phylogenetic analyses of the subfamily Limenitidinae are performed based on 1471 bp of mtDNA cytochrome oxidase subunit I (C01) gene sequence data which were obtained from 21 individuals spanning 9 genera, along with those of 17species obtained from GenBank, using Apatura iris, Aglais urticae, and Polyura dolon as outgroup species. Although the transitions at the third codon positions of the COI data set were highly saturated, they were still retained for analysis as they contain the majority of the phylogenetic information, and thus, the maximum pasimony (MP) under different weighting schemes and maximum likelihood (ML) trees were reconstructed in this study. The results showed that within this subfamily, the results based on the COI gene sequences are approximately identical to the traditional classification results. However, the clustering of Lexias pardalis and Tanaecia julii within the genus Euthalia as well as the clustering of Phaedyma aspasia within the genus Neptis with weak support are different from that of the current classification scheme made by Chinese scholars. The genus Limenitis is splited into two subelusters in the trees constructed by using MP and ML methods. These results support one of the strongest hypotheses for the tribe relationships within Limenitidinae.     

黔北一新鱼种遵义小钝吻鮠线粒体DNA的分离纯化

用差速离心法和改进的碱裂解法分离纯化遵义小钝吻鮠线粒体DNA,紫外检测其OD260/OD280在1.78～1.85,并计算出该鱼肝组织线粒体DNA的含量为0.613μg/g。纯化样品经紫外分析仪在200～290 nm波长范围内扫描,呈现典型的DNA吸收峰,其最大吸收峰在259～260 nm。以λDNA/HindⅢ的完全酶切片段作为相对分子量标准,利用电泳迁移率与分子量的对数的线性关系,由已知片段大小推算出遵义小钝吻鮠mtDNA分子大小为(15.44±0.16)kb。