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1.
旨在调查四川地区藏猪戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)的流行情况和遗传演化,作者用RT-PCR法对2018—2020年采集自四川省甘孜藏族自治州和阿坝藏族自治州的22个藏猪场332份藏猪粪便样本进行HEV检测,并对阳性样本进行基因分型。RT-PCR检测结果表明HEV核酸阳性率为20.48%(68/332,95% CI=16.3%~25.2%),22个规模藏猪场中HEV猪场阳性率为77.27%(17/22,95% CI=54.6%~92.2%),健康样本阳性率为2.86%(3/105,95% CI=0.6%~8.1%),腹泻样本阳性率为28.63%(65/227,95% CI=22.8%~35.0%),系统进化分析显示所有阳性株均为G4型。为了进一步研究该地区流行毒株的演化过程,以贝叶斯进化分析软件进行分歧时间估算,结果表明,藏猪流行毒株的分歧时间最早为1999年,最晚为2016年。并分别从每年的样本中挑选1份阳性样本得到全基因组序列,核酸序列相似性为89.5%~93.1%。通过对3条全基因组重组分析发现SWU/301/2019存在重组现象,SWU/301/2019重组区域位于ORF1的3 746—4 655 bp。本研究首次对四川地区藏猪源HEV进行调查,结果表明四川藏猪中存在一定程度的HEV感染,为四川地区对藏猪感染HEV的防治以及深入研究四川藏猪源HEV遗传变异及生物学特性提供了参考依据。  相似文献   
2.
  目的  分析竹类植物不同组织部位及不同处理方法对其基因组大小的影响,可提高植物基因组大小测定精度。  方法  以竹类植物叶片和笋为材料,以水稻Oryza sativa为参照,设置细胞核染色时间为1、3、5、7、9、12、18、24和30 min共9个梯度,利用流式细胞仪对不同组织部位及处理的基因组大小进行分析。  结果  ①对同一竹种而言,其叶片和笋流式峰形图相似,基因组大小仅存在微小差异,差值为0.04~0.20 pg。②不同竹种对染色时间要求不同,其中,唐竹Sinobambusa tootsik、花叶唐竹Sinobambusa tootisik f. albo-striata、平安竹Pseudosasa japonica var. tsutsumiana、曙筋矢竹Pseudosasa japonica f. akebono、美丽箬竹Indocalamus decorus、花叶赤竹Sasaella glabra f. albo-striata及红秆寒竹Chimonobambusa mamorea f. variegata染色1 min即达到最大荧光峰值,孝顺竹Bambusa multiplex和黄皮绿筋竹Phyllostachys sulphurea染色3 min达到最大峰值,茶竿竹Pseudosasa amabilis var. amabilis和柳叶细竹Thyrsostachy ssiamensis染色5 min达到最大峰值,仅黄皮刚竹Phyllostachys sulphurea(叶片)7 min达到最大峰值。③12个竹种的荧光强度在1~30 min内存在较大变化,除茶竿竹、柳叶细竹、孝顺竹叶片及唐竹笋外,其他竹种的荧光强度变化值均在5%以上,特别是平安竹和花叶赤竹变化更大,分别为12.93%和12.88%。④热带木本竹种孝顺竹和柳叶细竹基因组大小为(1.64±0.54)~(2.69±1.01) pg,其他10个温带竹种基因组大小为(3.76±1.51)~(5.73±1.85) pg。10个温带竹种中,刚竹属Phyllostachys竹种基因组较小,大小为(3.76±1.51)~(3.91±0.95) pg,其他竹属的一些竹种基因组较大,大小为(4.82±0.54)~(5.73±1.85) pg。  结论  ①竹类植物叶片和笋均可作为基因组大小分析材料,细胞核染色时间对基因组大小测定结果存在一定影响,染色时间以3~5 min最佳。②热带木本竹种基因组大小明显小于温带木本竹种,温带木本竹种中,刚竹属竹种的基因组大小明显小于其他竹种。图1表5参29  相似文献   
3.
油菜多室角果是一种高产相关性状,本研究对桑日白油菜(srb)多室性状的遗传调控机制进行研究。性状分析表明,该突变体具有稳定的多室角果表型,单株多室角果比例为94.7%~100.0%,每角果平均3.5个心皮。遗传上srb突变体中的多室性状受1对隐性核基因控制。比较测序分析发现,srb中BrCLV3基因的CLE motif中存在一种新的单核苷酸突变(C/G),可导致其保守结构域的第12位组氨酸突变为天冬氨酸,将该位点命名为Brclv3Asp12。利用SNP标记进行分离群体的鉴定,证实Brclv3Asp12中的C/G单核苷酸变异与多室表型共分离。转基因互补测验和体外多肽的处理试验进一步证实,该材料中控制多室性状位点Brclv3Asp12突变导致了CLV3多肽活性的减弱,是形成多室角果性状的原因。本研究初步阐明了白菜型油菜srb多室性状形成的机制。  相似文献   
4.
CRISPR是细菌或古生菌对入侵到体内的病毒,通过核酸特异性识别、Cas9蛋白酶切割产生的一种天然免疫系统。基于CRISPR/Cas9系统的基因组编辑技术,通过sgRNA介导和Cas9蛋白切割实现对靶基因的定点编辑。因其操作简便、编辑效率高、适用范围广的特点,迅速成为研究植物、动物、微生物基因功能的重要手段。同时,随着大量基因组信息和相应数据库的广泛建立,CRISPR/Cas9技术利用反向遗传学,配合生物信息技术,成为遗传改良、创新特异种质的一种极有效的新手段。本文主要对CRISPR/Cas系统的基本原理、CRISPR/Cas9基因编辑技术的作用机制,以及CRISPR/Cas9技术在粮油作物遗传改良、品种选育研究中取得的进展进行了综述,为遗传育种工作者利用该技术进行遗传改良和品种优化升级育提供有效的参考。  相似文献   
5.
田春育  武自念  李贤松  李志勇 《草地学报》2021,29(12):2678-2684
为阐明扁蓿豆(Medicago ruthenica)叶绿体基因组密码子使用模式,以其50条蛋白编码序列(CDS)为对象,利用软件CodonW 1.4.2、Excel以及在线程序对其ENC,RSCU,GC含量、中性绘图、PR2-plot、最优密码子等进行分析得到以下结果:基因组平均GC含量为40.58%,其中GC1>GC2>GC3;ENC的取值介于35.77~56.62之间,表明密码子使用偏好性较弱;基因组中共有30个密码子RSCU>1,其中29个以A/U结尾;ENC-plot绘图分析结果中多数基因分布于标准曲线下方,22个基因ENC比值在—0.05~0.05之间,密码子偏好性主要受选择影响;PR2-plot分析表明碱基T的使用频率大于A,G大于C,说明密码子偏好性还受其他因素影响;该基因组中共有UUU,UUA,ACU等11个最优密码子并均以A/U结尾。以上研究结果可为扁蓿豆叶绿体基因组优良基因利用提供理论与基础。  相似文献   
6.
为探索土壤微生态对稻-油系统周年耕作方式的响应机制,利用湘北洞庭湖区长期免耕直播土壤,设置稻-油轮作试验,通过比较双免耕双直播和旋耕抛栽土壤中酶活性、微生物数量、群落多样性和菌群功能等指标的差异,研究不同耕作方式对土壤微生态的影响。宏基因组测序表明,细菌群落在2种耕作方式下组成相似,双免耕双直播下细菌多样性更高;真菌群落在不同耕作方式下有不同的真菌类型,但旋耕抛栽下真菌多样性更高。菌群功能分析显示,需氧和兼性厌氧原核微生物相对丰度在双免耕双直播中较高;与氮代谢相关的原核微生物相对丰度在双免耕双直播中较高,而与碳代谢相关的原核微生物的相对丰度在旋耕抛栽中较高。可培养微生物数量测定表明,免耕土壤中可培养细菌、真菌、放线菌和硝化细菌的数量都较旋耕极显著降低,而氨化细菌数量极显著增加。酶活性分析表明,双免耕双直播土壤中的脲酶活性比旋耕抛栽提高了58.12%,而转化酶、磷酸酶和纤维素酶的活性分别降低了28.57%、11.00%和57.73%。本研究表明稻-油轮作双免耕双直播的耕作方式有利于提高土壤中细菌的多样性、需氧和兼性厌氧原核微生物的相对丰度,有利于土壤中氮的转化和利用,为洞庭湖区稻-油系统合理耕作方式的选择提供依据。  相似文献   
7.
以收集的16份茉莉花资源及50份实生种质为材料,以玉米B73为内参,采用流式细胞术估测茉莉花基因组大小,并以二倍体品种为对照,计算茉莉花染色体倍性。结果表明:内参与待测样品峰值能完全分开,无重叠峰,峰型清晰集中,可对茉莉花基因组大小进行有效估测;供试材料中有56份二倍体,基因组大小为0.54~0.63 Gb,有7份三倍体,基因组大小为0.79~0.96 Gb,有3份四倍体,基因组大小为1.04~1.12 Gb;从收集的资源中鉴定出二倍体和三倍体,未见四倍体,而从实生种质中鉴定出3个四倍体、2个三倍体,表明实生选种是茉莉花种质创新的一条有效途径;在已明确花冠类型的材料中,三倍体及四倍体均为单瓣型茉莉。该研究结果为茉莉花倍性育种及实生选种提供科学依据。  相似文献   
8.
花生分子育种研究进展   总被引:2,自引:0,他引:2  
随着高通量测序技术、基因组学分析技术和分子生物学技术的发展,分子育种已成为花生育种的重要手段之一。在新一代高通量测序技术的影响下,大量的花生功能基因和分子标记被挖掘出来,遗传连锁图谱更加精细化,强化了分子标记与常规育种的有机结合,促进了花生转基因技术发展。本文对国内外花生分子育种的研究进展进行综述,并对花生分子育种的主要问题和发展前景进行了讨论。  相似文献   
9.
为了更好地了解肉牛(Bos taurus)的脂肪沉积机制,以安格斯牛(Aberdeen Angus)和西门塔尔牛(Simmental cattle)为模型,通过对2种脂肪组织(肾周脂肪和背皮下脂肪)进行RNA测序,确定转录组图谱。分析4个组织中共同的高表达基因,以及2个组织之间的差异表达基因。结果显示,每个样品获得约10.99 Gb数据,并注释总共23 472个基因。在50个高度表达的共同基因中,发现脂肪酸结合蛋白4(Fatty Acid Binding Protein4, FABP4),脂肪形成调节因子(Adipogenesis Regulatory Factor,ADIRF)和硬脂酰辅酶A去饱和酶(Stearoyl-CoA Desaturase,SCD)是与脂肪沉积相关的基因,表明这3个基因可能在脂肪沉积中发挥作用。在安格斯牛和西门塔尔牛的肾周脂肪与皮下脂肪组织之间分别鉴定出1 678个和1 955个差异表达基因。GO分析表明,一些DEG与代谢有关。KEGG途径分析显示,PPAR信号途径、甘油酯代谢和ECM-受体相互作用途径富集丰富。在背皮下脂肪中,PPAR信号途径和甘油脂代谢中的3个基因:视黄酸X受体α(retinoid X receptor alpha,RXRA)、C1q肿瘤坏死因子相关蛋白7(C1q and TNF related 7, C1QTNF7)和单酰甘油-O-酰基转移酶2(Monoacylglycerol O-acyltransferase 2, MOGAT2)上调;6个基因:肉碱脂酰转移酶1B(Carnitine Palmitoyltransferase 1B, CPT1B) 、解偶联蛋白1(Uncoupling Protein 1, UCP1)、 脂肪酸结合蛋白3(Fatty Acid Binding Protein 3, FABP3)、 脂肪酸转位酶(Fatty Acid Translocation enzyme, CD36) 、脂蛋白1( LPIN1) 和甘油-3-磷酸酰基转移酶3(Glycerol-3-phosphate Acyltransferase 3, GPAT3)表达量下调。在ECM-受体相互作用中,发现Ⅰ型胶原Α1(Collagen Type I alpha 1 Chain, COL1A1)、III型胶原Α1(Collagen Type III alpha 1 Chain, COL3A1) 、Ⅰ型胶原Α2(Collagen Type I alpha 2 Chain, COL1A2)和II型胶原Α1(Collagen Type II alpha 1 Chain, COL2A1)在牛的背皮下脂肪中上调,而层粘连蛋白γ3(Laminin Subunit gamma 3 , LAMC3) 和粘连蛋白γ2(Laminin Subunit gamma 2, LAMC2)的表达量下调。为验证转录组的准确性,对差异基因 COL1A1 COL3A1RXRA LPIN1 GPAT3进行qPCR验证,结果显示qPCR结果与转录组测序数据基本一致。本研究揭示了肉牛不同脂肪组织中复杂的转录组图谱,发掘了参与脂肪沉积的候选基因。  相似文献   
10.
To tackle the growing problem of antibiotic resistance, it is essential to identify new bioactive compounds that are effective against resistant microbes and safe to use. Natural products and their derivatives are, and will continue to be, an important source of these molecules. Sea sponges harbour a diverse microbiome that co-exists with the sponge, and these bacterial communities produce a rich array of bioactive metabolites for protection and resource competition. For these reasons, the sponge microbiota constitutes a potential source of clinically relevant natural products. To date, efforts in bioprospecting for these compounds have focused predominantly on sponge specimens isolated from shallow water, with much still to be learned about samples from the deep sea. Here we report the isolation of a new Micromonospora strain, designated 28ISP2-46T, recovered from the microbiome of a mid-Atlantic deep-sea sponge. Whole-genome sequencing reveals the capacity of this bacterium to produce a diverse array of natural products, including kosinostatin and isoquinocycline B, which exhibit both antibiotic and antitumour properties. Both compounds were isolated from 28ISP2-46T fermentation broths and were found to be effective against a plethora of multidrug-resistant clinical isolates. This study suggests that the marine production of isoquinocyclines may be more widespread than previously supposed and demonstrates the value of targeting the deep-sea sponge microbiome as a source of novel microbial life with exploitable biosynthetic potential.  相似文献   
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