青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性

利用PCR技术扩增青海湖3个不同地区（黑马河，布哈河，沙柳河）的青海湖裸鲤（Cormnocypris przewalskii（Kessler））线粒体D-loop基因片段，测定该基因片段1 005bp序列。通过线粒体基因组D-loop区序列比较分析，对比3个不同地区的83尾青海湖裸鲤的遗传结构进行研究，共检测出多态性位点65个，其中有1个插入位点（b3，nt-569），2个缺失位点（s6和b37，nt-169、nt-170），多态性位点数62。3个群体内的多态性位点分别为黑马河51个、布哈河38个、沙柳河39个，平均核苷酸位点差异数分别为9.377、7.782和7.510。结果表明，不同地区的遗传距离分别为黑马河群体与布哈河群体间的平均遗传距离最小（0.01093），布哈河群体与沙柳河群体次之（0.01423），黑马河群体与沙柳河群体的遗传平均距离最大（0.01909）。3个群体间的遗传平均距离都在0.01以上，而且3个群体间总的遗传分化指数为0.01926，基因流为12.73。UPGMA法构建的分子系统树中，沙柳河群体聚成一支，黑马河和布哈河群体混杂在一起，聚成一支。从序列差异的分析中得出，沙柳河群体与黑马河和布哈河群体的亲缘关系较远；黑马河和布哈河群体亲缘关系较近。以上数据还表明，青海湖裸鲤3个繁殖群体间具有较弱的遗传分化，洄游到同一河流里进行交配繁殖的群体内基因交流作用比较大，而洄游到不同河流进行繁殖的群体间的基因交流相对较小。  

中国五大湖三角帆蚌群体遗传多样性及亲缘关系的SSR分析

采用微卫星技术，将9对微卫星引物用于我国五大淡水湖三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）群体，即鄱阳湖（PY）、洞庭湖（DT）、太湖（TH）、巢湖（CH）、洪泽湖（HZ ）群体的遗传多样性及亲缘关系的研究。数据经TFPGA软件估算，分别完成不同群体位点的杂合度值、群体间遗传距离和相似指数计算及聚类分析，确立了5个群体间的亲缘关系。研究结果表明：（1）三角帆蚌5个群体的平均表观杂合度0.4964～0.5621，期望杂合度0.5540～0.6270，多态信息含量0.4061～0.4665，其中鄱阳湖群体遗传多样性最高，而洪泽湖群体最低。（2）五个群体遗传相似度在0.8947以上，遗传距离在0.0267～0.1113。聚类分析结果显示，鄱阳湖、巢湖与太湖聚在一起，亲缘关系较近，而洞庭湖群体与洪泽湖群体亲缘关系较近。（3）鄱阳湖三角帆蚌种质最好，并具有很好的育种潜力。  

洪泽湖日本沼虾 9 个野生群体遗传多样性微卫星分析

利用微卫星标记分析了洪泽湖避风港、蒋坝、鲍集等9个日本沼虾(Macrobrachium nipponense)野生群体的遗传多样性.结果表明,8个微卫星位点呈现高度多态性;每个群体中至少有5个位点显示杂合不足,显著偏离了Hardy-Weinberg平衡;9个日本沼虾野生群体均表现出较高的遗传多样性水平,洪泽湖中、东部避风港和蒋坝等群体遗传多样性高于西部鲍集和界集群体.突变-漂移平衡分析表明,洪泽湖日本沼虾群体部分位点杂合显著过剩,表明洪泽湖日本沼虾群体部分位点偏离了突变-漂移平衡,但近期没有经历过瓶颈效应,群体数量也没有下降.群体间F-统计量及AMOVA分析表明,群体遗传分化极显著(F_(ST)=0.064 3,P<0.01);基于D_A遗传距离构建的NJ和UPGMA聚类树均显示,地理位置相邻的群体聚在一起.结论认为,洪泽湖日本沼虾群体具有丰富的遗传多样性,在洪泽湖地区建立日本沼虾种质资源自然保护区,可以更好地有效保护洪泽湖水域的日本沼虾种质资源.  

大黄鱼连续4代选育群体遗传多样性与遗传结构的微卫星分析

利用13个多态性微卫星位点分析了大黄鱼官井洋优快01品系F1到F44个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F413个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(FST)渐次变小(F1～F2为0.0619,F2～F3为0.0511,F3～F4则为0.0475)。随着选育的进行,微卫星位点LYC0002和LYC0054等位基因频率有规律地发生变化,推测其可能与选育性状存在遗传上的相关。结果表明,经过连续4代的选育,部分不利基因遭到淘汰,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合、稳定,经进一步的选育可望获得较稳定的品系。  

中华绒螯蟹人工选育群体的遗传多样性

利用10对微卫星引物对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)长江水系天然群体、人工选育F_4A级群体、F_4B级群体以及江苏射阳群体共95个体进行遗传多样性分析.F_4A、F_4B选育起始群体均来源于固城湖国家级长江水系中华绒螫蟹原种场,射阳群体为江苏省河蟹养殖普遍采用的苗种,其亲本为当地养殖河蟹.结果表明,中华绒螫蟹4个群体的平均观察杂合度(H_o)分别为0.805 3、0.8197、0.8105、0.8100,平均期望杂合度(H_e)分别为0.7149、0.716 1、0.7262、0.7286.其中,人工选育F_4A级以及B级群体的遗传多样性指数均高于天然群体,但是无显著性差异(P>0.05).总体而言,本研究中4个群体的遗传多样性均处在较高水平,其中射阳群体的平均期望杂合度最高,天然群体最低,各群体间遗传多样性亦无显著性差异(P>0.05).聚类分析结果发现,大然群体、F_4A级和F_4B级选育群体聚为一支,而射阳群体单独聚为一支,表明人工选育中华绒螯蟹群体与长江水系天然群体间没有发生显著性遗传分化.  

3个仿刺参地理种群遗传变异的微卫星DNA分析

运用微卫星DNA技术对仿刺参烟台群体、威海群体、大连群体的3个野生群各20个个体进行了遗传分析。对9个基因位点进行了扩增,共获得了59个等位基因。评估了9对微卫星引物的多态信息含量(PIC),范围在0.5129~0.8794之间。结果表明:3个野生群体的平均杂合度观测值分别为0.6416、0.6595、0.5824,平均杂合度期望值分别为0.7641、0.7161、0.7364;在Hardy-Weinberg平衡条件下,进行了P检验,发现3个群体均有位点发生了显著偏离;对3个群体进行了配对Fst值计算,发现3个群体之间遗传分化较弱。从变异贡献率来看,95.68%的变异来自个体之间,4.32%的变异来自群体之间。经过聚类分析,发现威海群体和大连群体之间亲缘关系较近,烟台群体与前两群体亲缘关系较远。  

皱纹盘鲍遗传多样性的RAPD分析

对采自山东长岛和辽宁大连海域的两个自然群体皱纹盘鲍的遗传多样性进行了RAPD分析。16个随机引物在两群体中共检测到了179个位点,其中,长岛和大连群体中的多态位点数分别为88和91个,两群体的多态位点百分率分别为49·16%和50·84%;Shannon′s多样性指数(H0)分别为0·2496和0·2668。有70%以上的遗传变异来自群体内,显示两群体内均有较高程度的遗传变异。研究结果表明,长岛和大连的皱纹盘鲍群体已出现了明显的遗传分化。  

福建近海蓝圆鲹种群遗传多样性的AFLP分析

以往研究表明,福建近海的蓝圆鲹分属2个地理种群,即东海西部种群和闽南—粤东近海地方种群。为研究这两个群系的遗传结构,对蓝圆鲹闽东(30尾)和闽南(32尾)种群进行了AFLP分析,8对选择性引物在2个种群62个个体中,共扩增出563个位点,其中多态位点364个。闽东和闽南种群的多态位点比例、Nei遗传多样性指数和Shannon遗传多样性指数分别为62.70%、58.97%,0.1875、0.1809和0.2878、0.2763。与其他鱼类对比显示,福建近海蓝圆鲹种群的遗传多样性水平高,说明种群遗传结构尚未遭到明显破坏;基因分化系数GST、Shannon遗传多样性指数和AMOVA分析均显示蓝圆鲹的遗传变异主要来源于种群内,而种群间无明显的遗传分化。Nm显示2个种群间基因交流频繁。种群的显性基因型频率分布和位点差异数分布显示2个种群有基本相同的群体遗传结构。结果表明,蓝圆鲹闽东和闽南种群间无明显的遗传差异,因此可将福建海域的蓝圆鲹划归同一个管理保护单元。较强的扩散能力及海洋环流可能是造成福建近海蓝圆鲹种群间遗传同质性较高的原因。  

Genetic diversity of oriental river prawn (Macrobrachium nipponense De Haan) revealed by ISSR markers

日本沼虾(Macrobrachium nipponense)是中国分布范围广、经济价值较大的一种重要淡水虾类.随着养殖规模的不断扩大,如何保持养殖群体的遗传品质已引起了人们的重视.但迄今为止,养殖的日本沼虾均来自未经系统遗传选育的野生群体,而养殖病害的日趋严重和养成规格、品质的下降已严重影响到日本沼虾养殖产业的健康发展.研究野生群体的遗传结构和遗传分化,揭示其遗传多样性是制定合理有效的保护和管理策略的前提和基础.ISSR(Inter-simple sequence repeats,简单重复序列中间区域)标记技术具有实验重复性好、信息量大、多态性高等优点,是一种理想的检测群体遗传变异的分子标记.因此,本研究应用ISSR标记技术对日本沼虾5个地理群体进行了初步的遗传分析,以期为合理开发和利用日本沼虾天然资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供理论依据.本研究对采自江苏苏州、江西南昌、云南西双版纳、湖北宜都和新疆博湖的5个地理群体进行了初步研究.从50个ISSR引物中筛选出9个条带清晰、稳定性和重复性好,且产生相对较多条带的引物用于全部DNA样品的PCR扩增.对日本沼虾5个地理群体的群体遗传分析表明,在所有榆测到的清晰且可重复的142个有效位点中,多态位点有138个.物种水平上,多态位点百分率(PPL)、等位基因数(No)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(Ⅰ)分别为97.18%、1.972、0.312、0.120和0.323.而在群体水平上,5个地理群体的多态位点百分率为29.58%～61.97%;等位基因数(No)为1.296～1.620;有效等位基因数(Ne)为1.165～1.281;Nei's基因多样性指数(H)为0.098～0.172;Shannon信息指数(Ⅰ)为0.147～0.267.从各个地理群体看,江西南昌群体的遗传多样性最高(PPB:61.97%,No:1.620,Ne:1.281,H:0.172,I:0.267),而湖北宜都群体最低(PPB:29.58%,No:1.296,Ne:1.165,H:0.098,I:0.147).群体内遗传多样度(HS)和总基因多样度(HT)分别为0.135和0.201,根据遗传多样性水平在群体内(HS)和群体间(HT-HS)的分化,各个群体之间的Nei's基因分化系数[GST=(HT-HS)/HT]是0.327.AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的38.59%,而61.41%的遗传变异源于群体内,群体之间表现出较高水平的遗传分化.与其他群体相比,新疆博湖群体和江苏苏州群体差异最小(FST:0.1923,遗传距离D:0.0542),而新疆博湖群体与云南西双版纳群体差异最大(FST:0.5950,D:0.1559).采用UPGMA法构建的分子系统树显示,5个地理群体明显地聚为2个族群,来自新疆博湖和江苏苏州的日本沼虾群体聚为一支,而江西南昌、湖北宜都和云南西双版纳的群体聚在一起.本研究使用9条引物对5个地理群体进行了扩增,共检测到138个多态位点,各群体的多态位点百分率(PPL)为29.58%～61.97%.与其他相关研究结果进行比较,发现对日本沼虾而言,ISSR技术是一个理想的检测群体遗传变异的分子标记.与其他群体相比,新疆博湖群体和江苏苏州群体各遗传参数均相近,且UPGMA系统树亦显示新疆博湖群体和江苏苏州群体的亲缘关系较近,推测它们可能来自同一个祖先群体.与其他野生群体相比,江西南昌群体的遗传多样性最高,该群体采自江西省鄱阳湖,鄱阳湖是中国最大的淡水湖泊,它接纳赣江、抚河、信江、饶河、修河5大河及博阳河、漳田河、潼津河的来水经调蓄后由湖口注入长江,是一个过水性、吞吐型、季节型的湖泊.上游河流汇入鄱阳湖引起群体迁移使不同生态型的基因交流,增加了迁入地的遗传多样性.从遗传角度来讲,一个物种保持足够的遗传变异性是适应不同生境、生存和进化的首要保证.因此,较高水平的遗传多样性对于保护和利用野生群体具有重要意义.本研究表明,在日本沼虾的多样性研究方面,ISSR标记技术是一个非常有效的检测群体遗传变异的遗传标记.研究结果可以为合理开发和利用日本沼虾自然野生资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供基础资料.  

长江、珠江、黑龙江水系野生鲢遗传多样性的微卫星分析

采用34个微卫星分子标记，对长江（湘江、监利、枞阳）、珠江、黑龙江（抚远）鲢共5个群体的观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e )、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(N_e)等进行了遗传检测，根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离，以卡方检验估计Hardy-Weinberg平衡，以近交系数(F_ST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时，基于Nei氏标准遗传距离获得NJ聚类图。共检测出154个等位基因，其中有80个共有基因。位点等位基因1～9个不等，平均等位基因4.666 7，平均有效等位基因2.948 9。5群体平均观测杂合度为0.329 5～0.461 9，平均期望杂合度为0.500 2～0.552 9，平均多态信息含量为0.443 5～0.493 0。表明5群体为中度多态，遗传多样性较低，且长江不同地理群体的遗传多样性也有差异，但差异不显著。通过群体间遗传相似性和遗传距离比较显示：长江3个群体间遗传相似系数最大，遗传距离最小；黑龙江与长江鲢群体间相似系数较大（平均0.871 8），遗传距离较小（平均0.137 4）表明二者遗传分化亦最小；珠江鲢与长江鲢间的相似系数最小（平均0.831 0），遗传距离最大（平均0.185 2），其遗传分化差异较大，结果未显现出群体间遗传差异的大小与其地理距离远近呈正相关。