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1.
【目的】籽粒性状是影响小麦产量的重要因素,通过对小麦籽粒性状进行全基因组关联分析,发掘控制小麦籽粒性状显著位点,为小麦籽粒性状的遗传改良研究提供理论参考。【方法】以在新疆种植的121份小麦为材料,利用小麦50K SNP芯片,对粒长、粒宽、籽粒长宽比、籽粒面积、籽粒周长和千粒重6个性状进行基于混合线性模型MLM(Q+K)的全基因组关联分析。【结果】在不同环境间6个籽粒性状均表现出广泛的表型变异,其中千粒重变异系数最大为13.91%—17.79%,各籽粒性状遗传力为0.85—0.90。多态性信息含量PIC值为0.09—0.38,最小等位基因频率MAF值为0.05—0.50。群体结构分析表明,试验所用自然群体可分为4个亚群。GWAS结果表明,共检测到592个与6个性状显著关联位点(P<0.001),其中,涉及6个性状的29个SNP在2个及以上的环境中被重复检测到,分布于1A(5)、1B(2)、1D、2A(5)、3B、5A、5D、6B(4)、6D、7B和7D(7)染色体上,解释9.3%—22.7%的表型变异。检测到6个与粒长稳定的关联位点,分布在1A、2A和7D染色体上,解释9.9%—22.7%的表型变异;检测到2个与粒宽稳定的关联位点,分布在3B和5D染色体上,解释9.6%—12.2%的表型变异;检测到6个与籽粒长宽比稳定的关联位点,分布在2A(2)、5A、7B和7D(2)染色体上,解释10.1%—19.4%的表型变异;检测到3个与籽粒面积稳定的关联位点,分布在1A、1B和1D染色体上,解释9.9%—18.2%的表型变异;检测到6个与籽粒周长稳定的关联位点,分布在1A(2)、2A、6D和7D(2)染色体上,解释9.3%—22.6%的表型变异;检测到6个与千粒重稳定的关联位点,分布在1B、2A和6B染色体上,解释9.7%—12.9%的表型变异。挖掘到5个控制小麦籽粒性状一因多效显著关联位点,分布在1A、2A(2)和7D(2)染色体上,解释9.9%—22.7%的表型变异。【结论】本研究材料遗传多样性丰富,在自然群体中共发现29个与6个籽粒性状在2个及以上环境中稳定显著的关联位点。  相似文献   
2.
The meal value of Soybean for monogastric animals is determined partly by sucrose, raffinose and stachyose. Of these, sucrose is desirable, while raffinose and stachyose are indigestible, causing flatulence and abdominal discomfort. The objective of this study was to identify quantitative trait loci (QTL) controlling seed sucrose, raffinose, and stachyose in a set of 140 SoyNAM (Nested Association Mapping) recombinant inbred lines (RILs), developed from the cross between lines IA3023 and LD02‐4485. A total of 3,038 SNP markers from the Illumina SoyNAM BeadChip SNP were used to map the QTLs for sucrose and the RFOs, raffinose, and stachyose. Significant genotypic differences (p < .001) among RILs were observed for sucrose, raffinose and stachyose contents across years. A 3038 Illumina SoyNAM BeadChip SNPs identified three QTLs for sucrose, one on chromosome 1, explaining 10% variance and two on chromosome 3 each explaining 22%. Raffinose QTL was detected on chromosome 6, explaining 6% variance. The mapped QTLs were novel and spanned regions harbouring candidate genes with roles in plant growth including seed development.  相似文献   
3.
为筛选与蝴蝶兰花黄白底色相关的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphism,SNP)位点,以'黄金豹'蝴蝶兰(♀)和'白天使'蝴蝶兰(♂)及其杂交后代为实验材料,选择33个分布在5个不同颜色分布类型组群中的黄色底色杂交后代和仅有的2个纯黄色个体作为黄色底色群体,35个分布在对应5个颜色分布类型组群中的白色底色杂交后代作为白色底色群体,分别提取DNA并等量混合后构建2个不同底色DNA混池,采用特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)结合BSA技术,对与花底色密切相关的候选标记进行鉴定。结果表明:共获得164 874个SLAF标签,其中含21 031个多态性SLAF标签,多态率为12.76%。SLAF标记在亲本中的平均序列深度为42×,在子代中的平均序列深度为46×。关联分析表明,在阈值0.745 5时,筛选得到15个与花底色相关的SLAF候选标记,具27个SNP位点。采用SNaPshot测序技术在2个亲本、11个子代和4个不同的种质资源中验证SNP位点,筛选发现,Marker35886和Marker70907的2个SNP位点与相关SLAF序列中的SNP位点一致,对花底色的鉴定准确率分别为66.67%和73.33%,组合准确率达93.33%。本研究筛选到的2个SNP位点可作为有效的分子标记位点在蝴蝶兰育种早期进行辅助选择。  相似文献   
4.
紫苏(Perilla frutescens(L.))是一种药食兼用型的植物,具有丰富的营养价值和药用价值,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对30份紫苏种质资源进行了分子标记开发,以‘日本晴’(水稻)为对照,测序获得紫苏全基因组范围内的SNP分子标记。通过测序共获得106.92 Mb Reads数据,各样本Reads数据在1742153~9815872之间,样本平均测序质量值Q30为95.91%;平均GC含量为39.16%。通过生物信息学分析,本研究获得406599个SLAF标签,样本的平均测序深度为19.13倍,其中多态性的SLAF标签共有140387个,共得到419223个群体SNP标记。利用开发的SNP分子标记将30份紫苏种质资源分为2组,紫苏SNP分子标记的研究可为紫苏的遗传图谱构建、种质资源鉴定以及农艺性状的关联分析提供理论基础。  相似文献   
5.
6.
Fsp27基因在动物脂肪代谢过程中发挥着重要的调控作用。为了研究Fsp27基因5'UTR区g.16767667位点G>A突变与绵羊尾脂沉积能力的关联性,以尾脂沉积能力极强的脂尾(臀)型绵羊品种阿勒泰羊(Ovis aries)为研究对象,采用PCR-SSCP及测序技术研究了该SNP位点不同基因型在阿勒泰羊群体中的分布,并通过比较不同基因型个体尾形数据的差异,评估其与阿勒泰羊尾脂沉积能力的关联性。结果表明,在阿勒泰羊群体中Fsp27基因5'UTR区g.16767667位点G>A突变可以检测到GG、AG和AA三种基因型,基因型频率分别47.2%、38.4%和14.4%;卡方检验结果表明该位点在阿勒泰羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。通过250只不同基因型阿勒泰羊尾形数据对比发现,GG和AG基因型个体脂尾(臀)的长、宽和厚3项数据均显著高于AA基因型个体(P<0.05),GG基因型个体亦略高于AG基因型个体,但差异不显著(P>0.05),推断G等位基因有利于阿勒泰羊尾脂沉积。  相似文献   
7.
【背景】苹果(Malus×domestica Borkh)是我国主要栽培果树树种之一,但部分苹果产区由于夏、秋季的大量集中降雨和排水不良等造成果园涝害频繁发生,导致苹果树叶片黄化、脱落,果实品质和产量下降。【目的】鉴定苹果耐涝相关基因,为苹果耐涝分子标记辅助育种和优质高产栽培提供依据。【方法】以耐涝苹果砧木G41和不耐涝苹果砧木新疆野苹果(M. sieverii (Ledeb) Roem.)及其构建的包含495个F1杂交后代为材料,从F1杂交群体中挑选出耐涝和不耐涝株系各50株,构建两个极端性状DNA混池,采用简化基因组测序(SLAF-seq)技术,开发SLAF标签和SNP标记,结合苹果基因组信息和遗传关联性分析,对苹果耐涝基因进行定位及候选基因预测,并对候选基因在耐涝差异的株系中进行淹水胁迫下的表达分析。【结果】以‘金冠’苹果为参考基因组,共开发119 072个SLAF标签,其中多态性SLAF有11 133个。通过序列分析和检测SNP位点,共获得6 237 071个SNP,其中高质量SNP有170 617个。通过ED和SNP-index方法关联分析,获得一个与耐涝性状紧密关联的候选区域,位于苹果第10号染色体1.94—3.25 Mb,关联区域大小为1.31 Mb,关联区域内包含120个基因。对该区域内基因进行功能注释,发现一个与呼吸代谢相关的基因—乙醇脱氢酶基因ADH1(MD10G1014500),在淹水处理后1、2、4和6 d,该基因在耐涝植株中的表达量显著高于不耐涝植株。【结论】将苹果耐涝基因定位于第10号染色体1.94—3.25 Mb处,筛选到可能与苹果耐涝相关的候选基因MD10G1014500,可用于苹果耐涝基因的克隆和功能解析。  相似文献   
8.
对不同年份育成的21个小麦品种(系)进行全基因组扫描,通过分析遗传距离和染色体区段/位点,明确其亲缘关系远近和遗传差异。分析可知,获得的2029个SNP基因位点在B基因组拥有较高的遗传多样性,其次是A和D基因组;在7个同源群中,第3和第6同源群呈现出较高的遗传多样性,而第1和第4同源群的遗传多样性较低;21条染色体中,3A、1B、6B染色体的遗传多样性较高,而1A、6A的遗传多样性偏低。对21份供试材料依据审定(育成)年份分析其群体的平均遗传距离,不同年份品种间的平均遗传距离先增大后减小,遗传多样性逐渐降低;21份供试材料间的遗传相似系数在0.69~0.99之间,大致可聚为4个类群,同一年份的品种一般聚在一起,与其系谱关系吻合。构建并分析供试材料的基因型图谱发现,00s、10s和现在育成的小麦品种(系)共有SNP和共有染色体区段分别主要在A、D和B基因组,对应已发表性状同不同年份育种目标吻合。同时发现21份供试材料均含有25个共同SNP位点,分布在1A、5A、6A、7A、2B、3B、6B、1D、2D、3D和7D染色体上,且每条染色体上分布的SNP位点数目均不相同,通过对应已发表性状进一步证实在品种(系)组配与选育过程中注重产量、株高、分蘖数、抽穗期、灌浆速率和抗病等性状的选择。以上研究结果可为今后小麦新品种组配和选育提供参考依据。  相似文献   
9.
为了获得对虾生长差异的分子机制,通过比较不同生长速率凡纳滨对虾的转录组(速长组和慢长组),获得了一条编码P450的差异表达基因,经过cDNA全长验证后命名为LvCYP2J3-like,其开放阅读框为1 488 bp,编码495个aa,含有一个完整的P450功能域,功能分析表明,该基因可能参与了蜕皮激素的灭活。方差分析表明,LvCYP2J3-like在不同组织、发育阶段和蜕皮周期的表达量都存在显著性差异,并且速长群体的表达量显著性低于慢长群体。表明该基因参与了发育和蜕皮过程,其表达量与环境胁迫关系密切。在LvCYP2J3-like和其预测转录因子基因中分别发现了4和11个速长组和慢长组等位基因频率显著差异的单核苷酸多态性(SNP)标记,说明这些基因遗传差异与其活性和表达量相关,从而影响生长速率。研究结果为凡纳滨对虾遗传和育种研究提供了参考资料。  相似文献   
10.
试验旨在研究中国荷斯坦奶牛真核生物翻译延伸因子1D(eukaryotic translation elongation factor 1 delta,EEF1D)基因的多态性及其与产奶性状的相关性。利用Sequenom MassARRAY SNP分型技术对宁夏地区1 252头中国荷斯坦奶牛EEF1D基因的多态性进行了检测,并对其多态位点不同基因型和组合基因型与产奶性状进行了关联分析。结果显示,EEF1D基因的5'侧翼区存在2个SNPs位点,即EEF1D-1和EEF1D-3;经检测发现,EEF1D-1存在2种基因型,EEF1D-3存在3种基因型。χ2检验表明,中国荷斯坦奶牛在EEF1D-1位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P < 0.05),在EEF1D-3位点未偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P > 0.05);EEF1D-1和EEF1D-3位点多态信息含量(PIC)分别为0.10和0.28,分别呈现低度多态和中度多态。在试验群体中,EEF1D-1位点对乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P<0.01),对305 d产奶量性状的效应达到显著水平(P<0.05);EEF1D-3位点对305 d产奶量、乳脂率和乳蛋白率性状的效应均达到极显著水平(P<0.01);EEF1D基因的优势基因型组合GG-AG和GG-GG个体乳脂率均显著高于GG-AA组合个体(P<0.05)。说明EEF1D基因可以作为影响中国荷斯坦奶牛产奶性状的候选基因用于标记辅助选择。  相似文献   
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