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1.
全基因组选择育种策略及在水产动物育种中的应用前景   总被引:1,自引:0,他引:1  
全基因组选择的概念自2001年由Meuwissen等提出后便引起了动物育种工作者的广泛关注.目前,澳大利亚、新西兰、荷兰、美国的研究小组已经应用该方法进行了优质种牛的选择育种,并取得了很好的效果.此外在鸡和猪的选择育种中也有该方法的应用,但在水产动物选育中尚未见该方法使用的报道.本文对“全基因组选择育种”的概念和提出背景进行了归纳,对全基因组选择育种的优势进行了阐述,并详细介绍了其具体的策略,总结了目前全基因组育种所广泛采用的方法以及取得的成果,旨在为该方法在水产动物育种方面的应用研究提供科学参考.  相似文献
2.
紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
利用EST 数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和 A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。 根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,〖JP2〗14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083~〖JP〗0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7~0.615 4和0.155 4~0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。  相似文献
3.
基于EST序列的鲤鱼生长相关SNP发掘   总被引:1,自引:0,他引:1  
以本研究室454测序获得的EST序列和公共数据库中下载的共255,768条鲤鱼EST序列为源序列,鉴定出与生长相关的EST序列5,375条;采用QualitySNP软件,在31个EST重叠群中检测到69个可信度高的与生长相关的SNP,SNP发生频率为0.29/100个碱基。其中包括转换型35个,颠换型30个和缺失型4个。非同义SNP为46个,同义SNP为23个,二者比值为2.0。对所鉴定的SNP进行注释表明,这些包含SNP的生长相关基因归为20类,数量最多的为血纤维蛋白溶酶原基因4个、其次是载脂蛋白基因和磷酸甘油醛脱氢酶基因分别为3个。本研究所开发的SNP将促进鲤鱼生长性状的分子基础研究,为鲤鱼分子育种服务。  相似文献
4.
凡纳滨对虾α-淀粉酶基因的SNPs检测   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF 2个品种共40个样本的α-淀粉酶基因(GenBank序列号:AJ133526)的单核苷酸多态性(SNP)进行了研究。找到9个SNPs,分别为:C127T、A138G、T951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。  相似文献
5.
SNP的研究进展及其在家畜育种中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
石磊  岳文斌 《畜禽业》2007,200(3):2-4
单核苷酸多态性(SNP)作为新的遗传标记,已广泛应用于动物遗传育种、基因定位、克隆和遗传多样性等方面的研究。文章对SNP的概念、检测方法进行了详细阐述,并综述了SNP在动物遗传育种和家畜繁殖技术中的应用。  相似文献
6.
单核苷酸多态性(SNP)是继限制性片段长度多态性和微卫星之后,新发展起来的第3代分析标记。具有密度高、双等住基因、易实现自动化检测的特点。作为新的遗传标记,SNP已广泛应用于基因定位、克隆和遗传多样性的研究。文章对SNP的概念、检测方法及其在畜牧业研究生产中的应用作一综述。并提出了SNP研究中遇到的一些问题。  相似文献
7.
生长激素( GH)基因能够影响动物的生长,是一个与生长性状有关的基因。以315尾甘肃金鳟( Oncorhyn-chus mykiss)为研究材料,分析了GH基因外显子区域多态性,并对基因型与生长性状进行了关联性分析。 PCR-SSCP分析结果显示B等位基因在外显子2区域第903 bp处发生G/C突变,存在3种基因型AA、 AB和BB。 D等位基因在外显子5区域第3049 bp处发生T/G的突变,在3094 bp处发生C/A的突变,其中第3049 bp处发生的T/G的突变导致第157位氨基酸由组氨酸变为谷氨酰胺,为有义突变,共检测到3种基因型CC、 CD和DD个体。最小二乘法分析表明, BB基因型的全长值和体长值都显著高于AA和AB基因型( P<0.05)。 T3049 G和C3094 A突变点对全长、体长和体重均有显著性影响( P<0.05),其中CC基因型的全长值、体长值和体重值都高于DD和CD基因型。在标记辅助育种中,这些分子标记可以为甘肃金鳟遗传改良提供基础的数据和参考。  相似文献
8.
利用磁珠富集法随机筛选了大菱鲆(Scophthalmus maximus)基因组7820bp的序列,获得了35个SNP标记,SNP标记的含量约为0.448%。超过68%的SNP标记由碱基转换造成,不足29%的SNP标记由碱基的颠换造成。使用磁珠富集法对目的基因KC70的检测发现,725bp的片段上发现7个SNP标记。此结果证实,该方法不仅能够随机筛选基因组SNP标记,还能筛选目的基因的SNP标记。  相似文献
9.
利用已构建的仿刺参cDNA文库得到的线粒体DNA(mtDNA)相关基因序列设计扩增引物,测定了大连仿刺参线粒体基因组全序列,并对其进行了基因构成和进化分析。仿刺参线粒体基因组序列长16 109bp,其基因构成与其他后口动物基本一致,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和3个主要的非编码区。在其37个基因中,ND6、tRNASer(AGN)、tRNAGln、tRNAAla、tRNAVal、TrnaAsp位于L链上,其余均位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除ND1的起始密码子为GTG外,其余均以ATG作为起始密码子;除Cytb以"T"作为终止密码子外,其他蛋白质基因均具有完全的终止密码子,且在已知的棘皮动物线粒体蛋白质基因中,部分基因的起始和终止密码子表现出一定的纲内特异性。比较分析了大连、青岛、威海仿刺参线粒体基因组,三者的基因组成和排列相同,碱基组成相近,蛋白质编码基因的起始和终止密码子完全一致,但存在核苷酸和氨基酸序列的差异。三者的控制区序列存在多个插入/缺失和SNP位点。根据COI、Cytb和ND4计算了三者之间的遗传距离为0.006~0.018,遗传距离分析和系统进化关系分析都显示青岛仿刺参和威海仿刺参的关系较大连仿刺参更近。  相似文献
10.
本文利用生物信息学软件分析了鲤(Cyprinus carpio)基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明:鲤与斑马鱼(Danio rerio)的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑(Salmo salar)等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛(Callorhinchus milii)和鳐(Leucoraja erinacea)的同源性最低为74.5%,与三种鸟类的同源性为75%左右。这结果也说明,Hox同源框基因序列在进化上高度保守。在序列比较的同时发现了2个鲤的SNP位点,T101C和A213G。上述研究结果,对于保护生物多样性(尤其是遗传多样性)的研究,揭示生物进化历程及机理具有十分重要的意义。  相似文献
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