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1.
牛星状病毒(BAstV)是我国新发的犊牛腹泻病原,本试验的目的是建立检测BAstV的Real-time PCR方法。根据BAstV流行株的ORF1a基因序列设计引物,通过优化反应条件和体系,成功建立基于EvaGreen检测BAstV的Real-time PCR方法。结果表明,该检测方法的Ct值与标准品模板在1.36×101~1.36×108拷贝/μL线性关系良好,相关系数R2=0.999,扩增效率为93.79%;该方法可特异性检出BAstV,对犊牛腹泻其他相关病原呈阴性;最低检测下限为13.6拷贝/μL;批间和批内的变异系数均小于2%,重复性好。对2017年9月至2019年5月采自河南省的221份犊牛腹泻样本进行检测,BAstV的检出率为18.1%(40/221),采样场阳性率为100.0%(14/14)。本试验所建方法灵敏度高、特异性强、稳定性好,为BAstV的检测和流行病学调查提供了有力手段。 相似文献
2.
为监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的基因变异情况,采用RT-PCR方法对某猪场疑似患有猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的猪组织样品进行鉴定,测序获得全基因,并对该毒株的NSP2基因缺失特征同源性和遗传进化及重组情况进行分析。结果显示:该猪场感染猪体的病原体为PRRSV,该毒株被命名为180404-2fei;180404-2fei毒株的NSP2区存在131(111+1+19)个氨基酸的不连续缺失,与报道的类NADC30毒株缺失特征一致;180404-2fei的NSP2基因与NADC30毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为92.2%和90.1%,180404-2fei毒株的ORF5基因与NADC30的核苷酸及氨基酸序列同源性分别为93.5%和92.0%;遗传进化和重组分析结果表明,180404-2fei毒株属于NADC30-Like亚群,可能是由NADC30与HP-PRRSV重组而来。本研究通过对一株类NADC30 PRRSV的全基因组序列进行分析,为研究PRRSV的遗传变异和PRRS的防控提供了参考依据。 相似文献
3.
2017~2018年华中地区猪圆环病毒2型分子流行病学分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了解华中地区近年来猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行情况,本中心对来自华中地区湖北、湖南、河南的1592份疑似PCV2感染病料进行了PCR鉴定,对部分阳性样品进行ORF2基因的克隆与测序,并进行同源性分析和遗传进化分析。结果表明:1592份样品中,有1091份样品检测为PCV2阳性,阳性率为68.53%,3个省份的PCV2感染率相近;其中38株PCV2 ORF2基因序列同源性为89.5%~100%,与参考序列的同源性为81.1%~99.9%;遗传进化分析显示,33株序列为PCV2d基因型,4株序列为PCV2b基因型,1株序列为PCV2a基因型。本研究结果表明,2017~2018年间华中地区PCV2流行的基因型以PCV2d为主,该结果对临床上PCV2的防控具有一定的指导意义,同时也为PCV2新型疫苗的研制积累了有效材料。 相似文献
4.
为研究马疱疹病毒1型(EHV-1-XJ2015)新疆伊犁分离株致病基因型,评估新疆EHV-1-XJ2015的潜在风险因素,本试验设计特异性引物,应用PCR技术扩增EHV-1-XJ2015分离株ORF30基因相应区域,连接至克隆载体,成功构建重组质粒pMD19-T-ORF30。测序结果表明,EHV-1-XJ2015毒株ORF30基因2 254 bp处为A,且编码天冬酰胺(N),分析证明EHV-1-XJ2015基因型为非神经型毒株,毒力倾向表现为流产型毒株;遗传进化显示,EHV-1-XJ2015毒株与日本分离株90c16、00c19、HH1、NY03为同一分支,氨基酸同源性最高为100%。本研究结果为开展EHV-1分子流行病学调查研究及为新疆地区现有诊断方法和防控措施的评估提供理论依据。 相似文献
5.
2016-2017年江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒分子流行病学调查及ORF5基因变异分析 总被引:1,自引:1,他引:0
为了解近年来江西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)分子流行病学和其遗传变异情况,本次调查于2016-2017年从江西省各地区规模化猪场采集453份疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)的病料,采用RT-PCR方法对所有病料进行检测。结果发现,其中321份病料为PRRSV阳性,阳性率为70.86%,各地区的阳性率在19.15%~84.85%之间。挑选14份阳性样品测序后,经ORF5基因序列分析,江西地区各PRRSV毒株ORF5基因的核苷酸同源性为83%~100%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性在59.9%~98.5%之间。基于ORF5基因的进化树分析表明,14个测序毒株均为美洲型毒株,其中有4株为基因亚型Ⅰ,即高致病性毒株(HP-PRRSV);3株为基因亚型Ⅱ,即经典毒株;3株为基因亚型Ⅲ,即NADC30-like毒株;4株为新出现的基因亚型Ⅳ。氨基酸序列比对分析表明,基因亚型Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ毒株ORF5基因编码的GP5蛋白氨基酸在3个表位及2个重要的抗原相关区域存在较大变异,其中以NADC30毒株为代表的基因亚型Ⅲ毒株和以GD1404毒株为代表的基因亚型Ⅳ毒株均表现出独有的氨基酸变异,这些变异可能会影响GP5蛋白的免疫原性。本次调查结果表明,2016-2017年江西地区PRRSV流行出现了新形势,美洲型毒株出现了多基因亚型共同存在的局面,以高致病性毒株(HP-PRRSV)为主,NADC30-like毒株和新基因亚型等新毒株的比例较高,同时还存在经典毒株;持续实时监测PRRSV的毒株流行和变异情况,可为临床诊断、药物和疫苗开发及PRRS的科学防控提供依据。 相似文献
6.
为了解猫杯状病毒形态特征及遗传演化情况,采用F81细胞从患病宠物猫的鼻拭子样品中分离获得1株猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV),命名为SH1。经电镜观察,病毒粒子呈球形,无囊膜,符合FCV的形态特征。采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和衣壳蛋白基因(ORF2)序列的分析。结果显示:分离株与国内外参考株的ORF2序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~79.7%和84.5%~90.9%;ORF2基因的遗传演化分析显示,30株FCV毒株形成两大分支,即基因群Ⅰ和Ⅱ,分离株属于基因群Ⅰ;进一步分析发现,基因群Ⅰ和Ⅱ主要在377、539和557氨基酸位点存在差异,基因群Ⅰ和Ⅱ分别为N、A、G和K、V、S。研究结果为FCV感染的防控提供科学依据。 相似文献
7.
为探究河南省猪流行性腹泻病毒部分毒株的遗传进化情况,采用RT-PCR对2017年2月至2018年1月在河南省部分地区猪场收集到的25份PEDV阳性病料进行ORF3和N基因的扩增,并对其进行克隆、序列比对及遗传进化分析。结果显示,PEDV毒株的ORF3基因序列是由675个核苷酸组成的,与经典毒株CV777之间核苷酸及氨基酸同源性分别为95.2%~97.5%和95.1%~96.9%。N基因之间的核苷酸与氨基酸同源性分别为96.2%~100%和93.8%~99.8%;与经典毒株CV777核苷酸与氨基酸的同源性分别为94.7%~95.8%和93.2%~96.8%。河南部分地区PEDV流行毒株与经典毒株CV777不在同一分支,说明猪场暴发猪流行性腹泻与免疫接种疫苗后依旧难以控制的原因,可能与大多数PEDV河南流行株发生变异有关。 相似文献
8.
白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段; ORF23/24只出现11 945 bp的缺失片段; ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45 bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性; ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性; ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。 相似文献
9.
为了解猪细环病毒(Torque teno sus virus, TTSuVs)在吉林部分规模化猪场的流行及其遗传变异情况。本研究对2017-2018年间,来自吉林地区10家规模化猪场的574份血清样本进行TTSuVs流行情况调查。并根据收地点,对20株TTSuVs进行ORF1全基因序列扩增及遗传变异性分析。结果显示:TTSuV1感染率为35.0%;TTSuV2感染率为63.2%;TTSuV1与TTSuV2混合感染率为30.3%;10株TTSuV1测序株之间的核苷酸同源性为75.7%-94.7%,氨基酸同源性为48.1%-88.2%;10株TTSuV2测序株之间的核苷酸同源性为77.5%-93.7%,氨基酸同源性为70.6%-87.4%;且吉林地区流行的TTSuV1均属于TTSuV1-lb型,而TTSuV2流行情况较为复杂,各种亚型均有涉及。 相似文献
10.
为确诊广东省阳江市某规模化猪场(存栏800头母猪)保育猪发病死亡的原因,本试验对从该发病猪场采集的3份肺脏、肝脏、脾脏临床样品进行细菌学检测及药敏试验,采用PCR/RT-PCR检测临床样品中猪伪狂犬病病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪圆环病毒3型(PCV3)和猪肺炎支原体等病原。对特异性扩增的3株PRRSV的ORF5基因产物进行序列测定,与VR2332、HuN4、JXA1、CH-1a等代表毒株进行核苷酸序列同源性分析,并构建系统进化树。结果表明,试验分离鉴定出1株副猪嗜血杆菌(Hps),对7种临床常用药如阿莫西林、头孢拉定等均有较强的敏感性。同源性比对结果表明,3株PRRSV (LJW1、LJW2和LJW3)ORF5基因核苷酸同源性为99.3%~99.8%,与欧洲型代表毒株Lelystad核苷酸同源性为64.0%~64.2%,与HP-PRRSV毒株JXA1、HuN4、CH-1a和TJ核苷酸同源性较高,分别为99.2%~99.5%、99.0%~99.3%、94.5%~94.9%和98.8%~99.2%;与中国河南和广西分离的HP-PRRSV毒株HeNzm1-16和GXLZ05-2015核苷酸同源性较高,分别为99.3%~99.7%和99.2%~99.7%,与美洲型经典疫苗株MLV、美洲型标准株NC、美洲型经典株VR2332核苷酸同源性较低,分别为88.5%~88.8%、85.2%~85.5%和82.3%~82.6%。PRRSV ORF5基因系统进化树分析表明,3株PRRSV均属于美洲型毒株,与国内HP-PRRSV代表毒株JXA1、HuN4和TJ等处于同一分支,亲缘关系较近。本研究揭示了该场保育猪发病病原,并从分子水平上明确了分离的3株PRRSV与不同代表毒株的亲缘关系,为弱毒疫苗的合理选择使用和综合防控PRRSV提供了参考依据。 相似文献