虾夷扇贝EST-SSR标记在栉孔扇贝中的通用性研究

为研究虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)和栉孔扇贝(Chlamys farreri)的群体遗传多样性并分析其亲缘关系,对在虾夷扇贝中开发的60个EST-SSR位点在栉孔扇贝中的通用性进行了研究。结果显示,21个位点可在栉孔扇贝中扩增出特异性条带,通用性比例达35.00%,其中,17个位点具有多态性,多态性比例达28.33%。在虾夷扇贝和栉孔扇贝群体中,平均等位基因数(N_a)分别为2.7647和2.3529;平均有效等位基因数(N_e)分别为1.9487和1.6350;平均观测杂合度(H_o)为0.6314和0.3333;平均期望杂合度(H_e)为0.4569和0.3139;平均多态信息含量(PIC)为0.3726和0.2597;Nei's(1973)基因多样性指数(I)分别为0.4493和0.3087;Shannon信息指数分别为0.7176和0.5041;固定指数(F_(is))检测发现,7个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;遗传分化系数(F_(st))为0.2398。本研究开发的21对通用性EST-SSR标记,为进一步开展虾夷扇贝和栉孔扇贝遗传多样性分析、分子辅助育种、基因发掘和种质资源评价奠定了基础。     

茶树EST SSRs特点及应用

利用NCBI公共数据库下载获得的3 306条茶树EST,去除其中低质量和冗余的序列,得到全长为635.46 kb的1 335条无冗余EST,在这些序列中共发现216个SSR,分布于185个EST中,出现的频率为16.18%,平均每2.94 kb的表达序列中有1个SSR。茶树的EST-SSR类型丰富,其中二核苷酸重复出现的频率最高,占主导地位。利用Primer 5.0软件从185条含有SSR的EST中设计引物100对,从中随机选取60对引物检测EST-SSR在云南茶树资源中的多态性。结果表明,有30对引物在供试的63份茶树资源中得到有效扩增,并具有多态性;共检测到等位基因数71个,每对引物检测出的等位基因数2~8个,平均4.9个;多态信息量(PIC)变幅为0~0.731,平均为0.499;观察杂合度变幅为0~0.970,平均0.392。EST-SSR标记分析表明云南茶树资源具有较高的遗传多样性。     

小麦EST—SSRs分子标记的特性及其遗传作图

为了解普通小麦EST来源的微卫星的多样性，从大约1000个包含微卫星的ESTs中设计了300对引物，研究和评估了它们的多态性水平，并且将多态性标记加入到现有的遗传图谱中。在五种不同类型的重复单元中，三个碱基的重复单元出现最多，占到77％。几乎所有的EST—SSRs标记（99．3％）的重复单元都含有G-C碱基对。37．4％的微卫星都是四次重复。对于扩增和多态性，300对引物中有60对没有扩增，21．3％的扩增引物没能产生预期的扩增片断。58％的标记至少在所用8个材料的一个中显示出多态性。W7984和Opata组合表现出最高的多态性水平。大多数普通小麦EST—SSRs标记的重复次数小于10，并且4次重复是最为普遍的。81个新的EST—SSR位点被添加到两个已有的参照遗传图谱中（62个加到ITMI，19个加到CTCS）。研究结果表明小麦EST-SSRs标记展示了一些不同于基因组微卫星的特异特征，在标记发展和其他遗传应用中，这就使得它们能够成为一种非常有价值的资源。     

用生物信息学技术构建cSSR分子标记开发体系

 存在于基因编码区的简单重复序列(又称cSSR或者EST-SSR),既可用作分子标记又可用于基因功能研究。Internet上大量的EST数据为cSSR标记的开发提供了丰富的资源。生物信息学是cSSR分子标记开发的有力工具。笔者构建的cSSR分子标记开发体系包括自行编制的SSR标记发掘程序SSRFinder,生物学家常用的引物设计程序Primer3和DNAstar, 以及遗传定位程序MapMaker和图形显示程序JgeneMap。根据SSR分子标记发掘中存在的问题,提出了SSR分子标记发掘算法,并用此算法编写了     

基于EST-SSRs的巴西橡胶树魏克汉种质核心种质构建研究

橡胶树魏克汉种质是目前橡胶树栽培品种的主要来源,主要来源于魏克汉培育46株母树繁殖的后代,亲缘关系较近.通过对289份资源EST-SSRs分析及基于EST-SSRs位点的多样性,结合种质资源来源和特殊农艺性状,构建包含27份种质的橡胶树魏克汉种质核心种质库,占原群体10％,主要来源于中国(16份)和巴西(6份).核心种质库与原群体相比,总等位基因数保持不变,遗传多样性指数、多态信息含量、杂合度等高于原群体,基因型数目和主要等位基因频率较原群体低,较好地代表了原群体的遗传多样性.同时,核心种质农艺较为丰富,包含了高产、速生、抗寒等种质.     

植物EST-SSR标记开发及其应用

随着生物科技的进步,大量的植物表达序列标签（expressed sequence tags,ESTs）已经成为开发SSR标记的重要资源。EST-SSR作为一种新型分子标记,其多态性可能与基因功能直接相关,而且在相近植物间具有良好通用性,使得EST-SSR标记在实际应用中更具价值。采用计算机方法大规模发掘EST-SSR多态性位点极大地提高了SSR标记开发效率。尤其随着新一代测序技术的成熟以及测序成本的急剧下降,利用新一代测序技术产生大量的转录组数据进行EST-SSR多态性标记的计算机大规模发掘将对SSR标记的开发带来深远影响。本文简要介绍了植物EST-SSR分布特点,并对EST-SSR标记开发现状以及相关应用作了综合评述,此外,还对EST-SSR标记的计算机开发新策略进行了展望。     

中国4大湖泊大鳞副泥鳅群体遗传多样性分析

为保护大鳞副泥鳅种质资源,制定合理的野生资源保护策略,并为大鳞副泥鳅良种选育确定合适的育种基础群体,通过第二代测序技术自主开发并合成微卫星引物400对,经验证后随机采用其中的17个多态性微卫星标记对太湖、洪泽湖、洞庭湖和巢湖等4大湖泊的野生大鳞副泥鳅群体进行遗传多样性分析。检测到各基因座的平均观测等位基因和有效等位基因数分别为9.5和5.5个。平均期望杂合度为0.566 5,平均Fst值为0.219 4(0.2),Nm为0.889 4(1),表明4个大鳞副泥鳅群体间遗传交流较少,存在着较高程度的遗传分化。4个大鳞副泥鳅群体的等位基因数为5.4~6.2(平均5.8),观测杂合度0.273 2~0.386 4,期望杂合度0.562 9~0.589 3,多态信息含量(PIC)为0.550 3~0.575 4,表明4个群体具有丰富的遗传多样性。4个大鳞副泥鳅群体间的遗传距离为0.528 3~0.967 7,洪泽湖和太湖群体间的遗传距离最小(0.528 3),而太湖和巢湖群体间遗传距离最大,亲缘关系相对较远。基于遗传距离的聚类结果显示4个群体先聚为2个分支,其中太湖和洪泽湖群体聚为一支,洞庭湖和巢湖群体聚为另一支,这与4个大鳞副泥鳅野生群体的地理分布一致。中国4大湖泊大鳞副泥鳅自然群体具有丰富的遗传多样性,每个群体宜作为独立的保护单元进行保护。4个大鳞副泥鳅群体中太湖群体和洪泽湖群体的遗传多样性最高,可作为进一步遗传选育的基础群体。     

Assessment of EST-microsatellites markers for discrimination and genetic diversity in bread and durum wheat landraces from Afghanistan

Accurate and reliable means for identification are necessary to assess the discrimination between landraces of tetraploid wheat [T.␣turgidum L. subsp. durum (Desf.) Husn.] and hexaploid wheat (T. aestivum L. em. Thell.). In Afghanistan, farmers usually cultivate mixed landraces, and thus distinction between bread and durum is difficult. A set of 18 microsatellites derived from the DuPont EST-database were used to describe genetic diversity in a sample of 82 Afghan wheat landraces. A total of 101 alleles were detected, with allele number per locus ranging from 2 to 13, and a mean allele number of 6.31. The percentage of polymorphic loci was 89%. The EST-SSRs markers showed different level of gene diversity: the highest Polymorphism Information Content value (0.921) was observed with DuPw 221. Our results demonstrated that with a reasonable number of expressed sequences target microsatellites (EST-SSRs) it is possible to discriminate between T. durum and T. aestivum species of wheat germplasm. Our results showed that EST-databases could be a useful source for species-specific markers and have the potential for new genic microsatellites markers that could enhance screening germplasm in gene banks.     

鲫体重和体厚相关的EST-SSRs标记筛选及同源基因分析

利用300个EST-SSRs标记对普通二倍体鲫(Carassius auratus)自交F2代的181个个体进行基因型检测,并对其体重、体厚两种经济性状进行单标记回归分析。Permutation检验(10 000次)结果显示,38个标记与所检测的经济性状相关,其中26个标记达到显著性相关(P<0.05),12个标记达到极显著性相关(P<0.01)。在38个相关标记中,有27个标记与体重相关,25个标记与体厚相关,14个标记与体重、体厚均相关。对同一标记的不同基因型之间进行多重比较,找到了与两种经济性状相关的基因型。将与性状相关的38个标记与斑马鱼(Da-nio rerio)基因组序列进行BLAST同源性比对,找到10条相似性高且功能已知的EST-SSRs序列(EEST-SSRs标记及基因型并找到了与鲫生长相关的候选功能基因,为鲫的分子标记辅助育种(MAS)及目标性状的遗传改良提供依据。     

小麦EST-SSRs分子标记的特性及其遗传作图

为了解普通小麦EST来源的微卫星的多样性,从大约1 000个包含微卫星的ESTs中设计了300对引物,研究和评估了它们的多态性水平,并且将多态性标记加入到现有的遗传图谱中.在五种不同类型的重复单元中,三个碱基的重复单元出现最多,占到77%.几乎所有的EST SSRs标记(99.3%)的重复单元都含有G-C碱基对.37.4%的微卫星都是四次重复.对于扩增和多态性,300对引物中有60对没有扩增,21.3%的扩增引物没能产生预期的扩增片断.58%的标记至少在所用8个材料的一个中显示出多态性.W7984和Opata组合表现出最高的多态性水平.大多数普通小麦EST-SSRs标记的重复次数小于10,并且4次重复是最为普遍的.81个新的EST-SSR位点被添加到两个已有的参照遗传图谱中(62个加到ITMI,19个加到CTCS).研究结果表明小麦EST-SSRs标记展示了一些不同于基因组微卫星的特异特征,在标记发展和其他遗传应用中,这就使得它们能够成为一种非常有价值的资源.