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1.
中国近海习见头足类DNA条形码及其分子系统进化   总被引:2,自引:0,他引:2  
应用DNA条形码通用引物扩增了11种中国近海习见头足类(Cephalopoda)共计97个个体的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome Coxidase I,COI)基因片段,与GenBank收录的19种95条头足类同源序列进行比对.结果表明,头足类COI基因存在碱基插人缺失现象,杜氏枪乌贼(Uroteuthis duvauceli)插人缺失位点数多达33个;碱基组成偏倚明显,A+T含量(66.70%)显著高子G+C(33.30%)含量.基于Kimura双参数模型计算,29个物种的种内平均遗传距离为0.0072,种间平均遗传距离(0.20-2 4)是种内遗传距离的28.11倍.针对剑尖枪乌贼(Loligo edulis,Uroteuthis edulis,Photololigo edulis)分类和命名的分歧,DNA条形码分类结果显示,该物种与枪乌贼属(Loligo)和尾枪乌贼属(Uroteuthis)的COI基因同源性较低,不支持将其划归到Lolig.或Uroteuthis.近爱尔斗蛸属(Pareledone)6个代表物种的种间遗传距离较小(0.0120-0.0385),对于此类变异程度较低的物种,DNA条形码仍可准确区分,但其种间遗传距离的阈值尚待深人探讨.系统发育树的聚类分析结果表明,COI基因在种、属水平的分类鉴定及其系统进化关系与传统方法所得结果一致性较高,分别为100%,91.67%;科、目水平的一致性略低,分别为80%和66.67%.可见,线粒体COI基因作为头足类DNA条形码在物种鉴定中适用性较高,亦适用于种属水平的系统进化分析,是形态学分类系统的必要补充和佐证.  相似文献
2.
鳅科鱼类 DNA 条形码分析及泥鳅和大鳞副泥鳅的分子鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。  相似文献
3.
基于COⅠ的中国西施舌DNA条形码   总被引:1,自引:0,他引:1  
以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象,用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段序列,PCR产物双向测序,用ClustalX进行DNA序列比对,用MEGA4.1和PhyML软件构建NJ树和ML树,用Arlequin3.11软件进行分子方差分析,研究COⅠ这一特定基因区段作为DNA条形码在识别西施舌地理群体的可行性和有效性。结果获得658bp的COⅠ核苷酸片段,其T、C、A、G含量分别为42.4%、14.8%、21.8%、21.0%,A+T(64.2%)含量明显高于G+C含量。变异位点占15.3%(101/658),其中简约信息位点占14.1%。群体内遗传距离为0.0020~0.0043,群体间遗传距离为0.0024~0.0883。群体间氨基酸序列无变异。长乐、漳州群体(DH组)与其他群体(HB组)间有显著的遗传分化(FST=0.956~0.970)。NJ树和ML树显示长乐、漳州群体聚为一支,北方的大连、日照、启东群体和南方的北海群体聚为置信度较高的另一支(BPN=99),2支间的遗传距离为0.0837,是2支内群体间遗传距离的17.8~23.5倍。本研究结果表明,COⅠ基因片段序列作为鉴定福建西施舌条形码是可行的,但不能将其余群体区别开来。  相似文献
4.
荣成俚岛大泷六线鱼摄食生态研究   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
纪东平  卞晓东  宋娜  高天翔 《水产学报》2014,38(9):1399-1409
为研究荣成俚岛大泷六线鱼的摄食生态,于2010年3月—2011年2月逐月采集荣成俚岛近海482尾大泷六线鱼,对其进行胃含物分析。结果发现,大泷六线鱼为底栖生物食性鱼类摄食的饵料生物有10个类群,主要摄食鱼类,其次是多毛类、虾类、海藻类、蟹类和口足类等。食物组成随季节和体长而变化:除四季均大量摄食虾类外,春季还摄食蟹类和多毛类,夏季和秋季主要摄食鱼类,冬季摄食多毛类的比例最高;体长<80 mm的大泷六线鱼喜食虾类和端足类,体长80~119 mm个体喜食多毛类、口虾蛄幼体和虾类等,而体长>119 mm个体主要摄食鱼类、虾蟹类。摄食强度也随季节和体长而变化:夏季摄食强度最高,冬季最低(不停食);体长<80 mm个体摄食强度最高,随体长增加摄食强度逐渐下降,体长>180 mm以上的个体又随体长、年龄的增大而逐渐升高。通过DNA条形码对大泷六线鱼的6个饵料生物样品进行鉴定,其中,4个饵料生物样品鉴定到种,1个样品鉴定到属,1个样品鉴定到科。  相似文献
5.
银鲳形态特征与DNA条形码研究   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
鲳属鱼类广泛分布于中国沿海,为重要经济鱼种,鲳属鱼类因外部形态存在较大的相似性,分类一直存在分歧。本研究于2010年10月—2012年9月采集科威特(科威特北部海域)、巴基斯坦(松米亚尼湾、奥尔马拉和伯斯尼)、北部湾和台湾近海的银鲳样品,对其形态特征进行重新描述,并对其DNA条形码开展了研究。银鲳的主要形态特征为背鳍Ⅶ-Ⅷ-39~43;胸鳍21~29;臀鳍Ⅴ-Ⅵ-35~41;尾鳍26~28。鳃耙细弱、稀疏,2~3 8~9=10~12。头部后上方侧线管的横枕管丛和背分支丛后缘呈浅弧形,腹分支丛较背分支丛略长,向后延伸未达背鳍起点,呈峨眉状。脊椎骨数37~38。结合GenBank中所有拉丁学名为Pampus argenteusCOⅠ基因进行同源序列比较发现,所有个体单倍型明显分为4个组群,而从氨基酸遗传差异和组群间遗传距离可以看出,4个组群应为不同的有效种;GenBank中只有FJ384702与本研究序列结果相近。本研究描述了银鲳形态特征,并给出其正确的COⅠ基因DNA条形码序列,为深入开展鲳属鱼类的分类研究奠定了基础。  相似文献
6.
2010年3月至2011年2月逐月采集荣成俚岛近海的743尾斑头鱼(Hexagrammos agrammus),探讨其摄食生态特征。结果表明,斑头鱼为底栖生物食性鱼类,摄食的饵料生物包括11个类群,主要摄食多毛类(Polychaeta),其次是鱼卵、海藻类、海草类、口足类(Stomatopoda)、端足类(Amphipoda)和鱼类等。食物组成随季节和体长而变化:除四季均大量摄食多毛类以外,春季还摄食口足类和虾类,夏季还摄食鱼类和蟹类,秋季还摄食鱼卵和鱼类,冬季摄食鱼卵比例最高;体长<80 mm的斑头鱼喜食海草和海藻等植物性饵料,体长80~199 mm的个体喜食多毛类、鱼类和虾蟹类等,体长>199 mm 的个体主要摄食鱼类、多毛类和鱼卵等。摄食强度也随季节和体长而变化:夏季摄食强度最高,春季和秋季次之,冬季最低(不停食);体长<100 mm的个体摄食强度最高,随着体长增加而逐渐下降,体长>180 mm以上的个体又随体长和年龄的增大而逐渐升高。对斑头鱼5个饵料生物样品进行了DNA条形码鉴定,其中4个饵料生物样品鉴定到种,1个饵料生物样品鉴定到属。结论认为,斑头鱼的摄食习性会随季节、个体生长和栖息海域饵料生物的种类和丰度的不同而发生变化。  相似文献
7.
DNA条形码技术(DNA Barcoding)是一种用短的标准DNA片段快速、准确地识别与鉴定物种的技术。近年来,物种分类和生物多样一直是研究的热点,目前DNA条形码开始广泛应用于生物的遗传多样性研究。本文主要概述了DNA条形码技术的原理、标准基因片段,着重阐述了其在生物分类学和遗传多样性等研究中的应用及其局限性,展望了其发展状况、应用前景和意义。  相似文献
8.
为研究线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ (Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COⅠ)基因作为DNA条形码鉴定海参品种的可行性,本实验采集了7种海参(Holothuroidea)43个个体并获得其线粒体COⅠ基因序列,利用DNAsar、DNAMAN和MEGA 4.1软件分析计算了7种海参的碱基组成以及不同海参之间的种间遗传距离和种内遗传距离,利用邻接法和最大简约法分别构建了分子系统树.结果表明,海参的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,不同海参在系统树中分别形成各自独立的分支,表明以CO Ⅰ作为海参DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性.在建立海参DNA条形码的基础上,设计了针对仿刺参(Apostichopus japonicas)的特异性探针.对4种海参(仿刺参Apostichopus japonicas、冰岛参Cucumaria frondosa、加州拟刺参Parastichopus californicus及梅花参Thelenota ananas)进行斑点杂交实验,结果显示,该探针具有较好的特性和较高的灵敏度,能够实现对仿刺参的鉴定.本研究为后续开展斑点杂交及基因芯片法鉴定海参种类的研究奠定了理论基础.  相似文献
9.
以亚东鲑为研究对象,测定分析了线粒体COI基因638bp碱基序列,探讨了该基因作为DNA条形码在鲑科三种鱼类(亚东鲑、大西洋鲑和红点鲑)鉴定方面的可行性和有效性。亚东鲑33个个体共享1种单倍型。利用Kimura-2模型分析得到亚东鲑与大西洋鲑遗传距离最小,为0.079;大西洋鲑与红点鲑遗传距离最大,为0.141;亚东鲑与红点鲑遗传距离为0.120。基于COI基因片段序列构建的NJ显示,亚东鲑和大西洋鲑首先聚到一起,然后再与红点鲑相聚。结果表明COI基因片段作为三种鱼类DNA条形码进行分类鉴定具有一定可行性。  相似文献
10.
对虾科包含有26个属,约有200多种对虾,由于同属内的对虾在形态上非常相似,只呈现细微的差别,因此使得只基于形态学对对虾科物种的鉴别非常困难。为确定DNA条形码技术在对虾科物种鉴别的可行性,本研究中,采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因研究了32种对虾的核苷酸组成、对虾种间及种内遗传距离,用邻接法构建32种对虾COⅠ基因序列系统发生树。结果显示,对虾COⅠ基因组成偏倚明显,A+T含量(61.5%)显著高于G+C(38.5%)。基于Kimura双参数模型计算,32个物种的种内平均遗传距离为0.003,种间平均遗传距离(0.468)是种内遗传距离的156倍,符合Hebert提出的种间遗传距离大于或等于10倍种内遗传距离的标准。在系统进化树中,32种对虾中有30种对虾都以较高的置信度聚合成独立的分支。可见,线粒体COⅠ基因作为对虾科DNA条形码在物种的鉴别上具有很好的应用性,可以作为形态学分类系统的必要补充和佐证。  相似文献
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