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1.
长江上游中华沙鳅遗传多样性研究   总被引:8,自引:4,他引:4  
测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P<0.05)。3个群体内的Kimura 2-paramter遗传距离为0.00329~0.00417,群体间为0.00340~0.00379,群体间和群体内的遗传距离处于同一水平。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.0291(P<0.01),2.9%的变异来自群体间,97.1%的变异来自群体内;在NJ聚类树中,3个群体的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。  相似文献
2.
斑尾复虾虎鱼群体遗传多样性比较分析   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
宋娜  宋林  高天翔  孙希福 《水产学报》2011,35(3):321-326
基于线粒体DNA控制区序列比较分析了斑尾复虾虎鱼丹东和天津群体的遗传多样性及其遗传结构现状。研究结果显示,在长度为478 bp的线粒体DNA控制区序列上,两群体间存在一定程度的差异。丹东群体的单倍型多样度、核苷酸多样度以及两两序列比较的平均碱基差异数分别为(0.006 3±0.003 8),(0.889 5±0.050 8)和(3.000 0±1.634 3),均大于天津群体。基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树可以看出,两群体个体相互混杂,没有明显的分支与之相对应。两个群体之间遗传分化指数FST值为0.239 5(P=0.000),表明两群体之间存在较大的遗传分化,并且确切P检验的结果表明两群体不存在随机交配现象。核苷酸不配对分布呈单峰类型,Fu’s Fs和Tajima’D中性检验的结果也提示斑尾复虾虎鱼经历过近期群体扩张事件。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到斑尾复虾虎鱼发生群体扩张事件的时间在52 400~104 900年前。  相似文献
3.
香鱼野生群体和养殖群体遗传多样性比较   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067; π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(Fst=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。  相似文献
4.
为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明,3个乌鳢群体具有较高的遗传分化,白洋淀群体和平原县群体间存在一定的基因交流。  相似文献
5.
泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918~920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.992、0.012和10.698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。  相似文献
6.
鱼类线粒体DNA控制区的分子结构及应用进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
对鱼类线粒体DNA控制区新的研究进展进行阐述.介绍了鱼类线粒体DNA控制区的分子结构、结构的分区情况和各区域的结构特点以及鱼类线粒体DNA控制区多态性及其主要检测方法;综述了最近有关鱼类线粒体DNA控制区在鱼类系统学、地理种群识别、类群的起源、地理分化和扩散等研究中的应用情况.  相似文献
7.
黄颡鱼群体遗传变异分析   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
周伟  王俊  金斌松  高天翔  宋娜 《水产学报》2016,40(10):1531-1541
为了解中国黄颡鱼群体遗传变异规律,基于线粒体DNA控制区片段对本研究采集到的5个群体和文献收集的4个群体共258尾黄颡鱼进行群体遗传多样性、遗传结构、基因交流和群体历史动态分析.结果显示,在长度为413 bp的控制区片段上,9个群体的单倍型多样度在0.336±0.095~0.700±0.078之间,核苷酸多样度为0.087%±0.096%~0.258%±0.208%.基于所有单倍型构建的系统发育树结果显示不存在明显的谱系结构.单倍型网络图显示存在两个主单倍型.遗传结构分析显示不同水系间存在显著的遗传结构差异,其中洪泽湖和射阳河群体遗传结构位置不确定.群体历史动态分析表明,黄颡鱼群体存在群体扩张事件,扩张时间发生在末次间冰期时期.研究表明,9个群体遗传多样性呈现中—低等水平;射阳河和洪泽湖群体与长江和黄河水系在历史上尤其在黄河夺淮期间存在广泛的基因交流,导致其遗传结构位置不确定.黄颡鱼有效种群数量变化与第四纪冰期—间冰期气候波动有一定关系,中更新世气候转型后的末次间冰期升温可能导致了黄颡鱼群体扩张.  相似文献
8.
通过对向家坝坝上坝下不同地点和不同年龄的圆口铜鱼( Coreius guichenoti)样本的遗传结构进行计算和分析,从时空两个维度上评估向家坝水电站对圆口铜鱼种群所造成的影响。从10个采样点共获得254尾铜鱼,年龄分别在1~7龄,依据各年龄组样本数,将其分为5个世代群体。用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为944 bp,在254个序列中,共检测出变异位点40个,单倍型62种,共享单倍型比例较高,为37.1%(23/62)。254个个体的平均单倍型多样性( Hd)和平均核苷酸多样性(π)分别为0.94709和0.00489,遗传多样性相对较丰富。10个地理群体间的分化指数( Fst值)、分子方差分析( AMOVA)和平均K 2-P遗传距离均表明10个圆口铜鱼地理群体间存在广泛的基因交流,未发生显著的群体遗传分化。5个世代群体的分子方差分析( AMOVA)结果显示,各世代群体间不存在显著的遗传差异。单倍型的NJ分子系统树和NETWORK网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。结果表明,不同采样点的群体和不同世代群体间均未出现遗传分化,向家坝对圆口铜鱼种群所造成的影响在遗传结构上暂未显现出来。  相似文献
9.
宋 娜  高天翔  王志勇 《水产学报》2012,36(8):1153-1158
采用线粒体DNA控制区序列比较分析了路氏双髻鲨日照和霞浦群体的遗传结构及遗传多样性现状。研究结果显示:在长度为548 bp的mtDNA控制区序列上,34尾路氏双髻鲨个体仅检测到5个单倍型,两群体均呈现出较低的遗传多样性水平,日照群体的单倍型多样度(h)、核苷酸多样度(π)以及两两序列比较的平均碱基差异数(p)(h=0.6000±0.1305;π=0.0046±0.0031;p=2.5333±1.4856)略高于霞浦群体(h=0.5109±0.0955;π=0.0024±0.0017;p=1.2899±0.8373);邻接关系树显示,5个单倍型明显分为两支,净遗传距离为0.016;群体遗传分化指数为Fst=-0.047(P=0.914),表明两群体之间不存在显著差异,确切P检验结果也表明两群体存在随机交配现象(P=0.731);核苷酸不配对分布呈双峰类型,其中一个峰对应类群内序列差异,另外一个峰对应两个类群序列间差异。研究表明,路氏双髻鲨较小的有效群体导致了较低的遗传多样性,其资源状况已不容乐观。  相似文献
10.
采用PCR产物直接测序法测定了2尾来自中国南海的日本竹筴鱼(Trachurus japonicus)线粒体DNA控制区基因全序列,并结合从GenBank中下载的8种竹筴鱼属相应序列,对竹筴鱼属控制区序列进行了结构分析,识别出终止序列区、中央区和保守序列区3个区域,并找到了2个与DNA复制终止相关的序列TAS和中央保守区的保守序列CSB-F、CSB-E和CSB-D,以及保守序列区的保守序列CSB1、CSB2和CSB3.以鳜(Siniperca chuatsi)作为外群,使用邻接法和最大简约法构建了9种竹筴鱼属的系统发育树.竹筴鱼属鱼类为单系类群,蓝竹筴鱼(T.picturatus)、智利竹筴鱼(T.murphyi)、太平洋竹筴鱼(T.symmetricus)、南非竹筴鱼(T.capensis)和竹筴鱼(T.trachurus)构成一支,地中海竹筴鱼(T.mediterraneus)、青背竹筴鱼(T.declivis)、日本竹筴鱼(T.japonicus)和新西兰竹筴鱼(T.novaezelandiae)为另一支;日本竹筴鱼未单独成一支,而是聚入青背竹筴鱼和新西兰竹筴鱼之间,初步猜测日本竹筴鱼和新西兰竹筴鱼为同种异名.  相似文献
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