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1.
采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析,通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增,获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较,共检测出114个碱基存在变异,其中包括84个简约信息位点,5个碱基存在插入/缺失;并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明:其序列差异(转换 颠换)在0·010~0·154之间,得出20个个体有20种单倍型;并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0·05278和27·500。研究结果表明:深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大,该种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。  相似文献
2.
长江上游中华沙鳅遗传多样性研究   总被引:4,自引:4,他引:4  
测定了采自3个地理位置(宜宾、江津、思南)共45尾中华沙鳅(Botia superciliaris)的线粒体DNA控制区序列。结果显示:在所有个体913 bp序列中检测到22个变异位点,45尾个体中发现26种单倍型。中华沙鳅的平均核苷酸多样性指数π较低(0.00365),而平均单倍型多样性指数Hd较高(0.986)。中性检验Fu′sFs值为-9.49536(P<0.05)。3个群体内的Kimura 2-paramter遗传距离为0.00329~0.00417,群体间为0.00340~0.00379,群体间和群体内的遗传距离处于同一水平。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.0291(P<0.01),2.9%的变异来自群体间,97.1%的变异来自群体内;在NJ聚类树中,3个群体的个体并没有按相应的地理位置进行聚类。  相似文献
3.
斑尾复虾虎鱼群体遗传多样性比较分析   总被引:4,自引:3,他引:1       下载免费PDF全文
宋娜  宋林  高天翔  孙希福 《水产学报》2011,35(3):321-326
基于线粒体DNA控制区序列比较分析了斑尾复虾虎鱼丹东和天津群体的遗传多样性及其遗传结构现状。研究结果显示,在长度为478 bp的线粒体DNA控制区序列上,两群体间存在一定程度的差异。丹东群体的单倍型多样度、核苷酸多样度以及两两序列比较的平均碱基差异数分别为(0.006 3±0.003 8),(0.889 5±0.050 8)和(3.000 0±1.634 3),均大于天津群体。基于控制区单倍型序列构建的邻接关系树可以看出,两群体个体相互混杂,没有明显的分支与之相对应。两个群体之间遗传分化指数FST值为0.239 5(P=0.000),表明两群体之间存在较大的遗传分化,并且确切P检验的结果表明两群体不存在随机交配现象。核苷酸不配对分布呈单峰类型,Fu’s Fs和Tajima’D中性检验的结果也提示斑尾复虾虎鱼经历过近期群体扩张事件。基于核苷酸不配对分布的峰值τ计算得到斑尾复虾虎鱼发生群体扩张事件的时间在52 400~104 900年前。  相似文献
4.
史氏鲟和达氏鳇养殖亲鱼群体遗传多样性分析   总被引:4,自引:1,他引:3       下载免费PDF全文
牛翠娟  胡红霞  罗静  李陈 《水产学报》2010,34(12):1795-1799
利用线粒体控制区序列片段(史氏鲟,425bp,达氏鳇,434bp)分析检测了两个养殖场留做后备亲鱼的史氏鲟和达氏鳇的遗传多样性。在所检测的养殖史氏鲟后备亲鱼4个年龄群体共34个体中,发现5个单倍型,共有11个多态位点,占碱基总数的2.6%,无简约信息位点。不同单倍型之间有1~10个变异位点,占碱基总数的0.2%~2.4%。各单倍型之间的遗传距离为0.002~0.024。单倍型多样性Hd=0.768,平均核苷酸差异数k=4.367,核苷酸多样性Pi=0.011。而分别来自2个养殖场的2个达氏鳇养殖群体都是1个群体仅1个单倍型,2个单倍型之间仅有2个碱基差异,遗传距离为0.005,遗传变异极度缺乏。结果提示在利用史氏鲟和达氏鳇后备亲鱼进行繁殖育苗时要充分注意近交的影响。  相似文献
5.
中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析   总被引:4,自引:0,他引:4  
采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547~549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。  相似文献
6.
测定了捕自福建近海闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼(Trachurus japonicus)的线粒体DNA(mtDNA)控制区和细胞色素b基因(cyt 6)序列.获得了长度为861~866 bp的控制区全序列.60个样本中共检测到66个变异位点和53个单倍型,平均单倍型多样性(h)为0.993,核苷酸多样性(π)为1.093.930 bp的cyt 6部分序列共有37个变异位点,从41个样本中得到25个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(h)分别为0.937和0.3360 cyt b片段编码330个氨基酸,氨基酸序列无变异位点,仅有1个氨基酸单倍型.竹荚鱼闽南群体mtDNA序列的遗传多样性高于闽东群体.构建的单倍型系统树未出现明显的以地方群体为单位的家系式分支或者聚簇,群体间的遗传距离(0.01)也较小.分子方差分析(AMOVA)显示,2个群体的遗传变异绝大部分来自群体内部,群体间无显著遗传分化.中性检验和核苷酸不配对分析显示,福建近海竹荚鱼近期经历过种群扩张.种群扩张、扩散能力和东海环流可能促进闽东渔场和闽南渔场竹荚鱼群体间频繁的基因交流,并导致群体间较高的遗传同质性.  相似文献
7.
基于 mtDNA 序列分析青鱼群体遗传结构   总被引:2,自引:0,他引:2  
分析了长江中游监利四大家鱼原种场、石首四大家鱼原种场、长沙四大家鱼原种场、监利江段野生青鱼(Mylopharyngodon piceus)、鄱阳湖野生青鱼5个群体共160尾青鱼的 mtDNA 控制区982 bp 片段的变异。结果显示:该片段的变异位点有80个,其中64个为简约信息位点,16个为单一突变位点。160个样本中共检测出57个单倍型,单倍型多样性指数为0.950,平均核苷酸多样性指数为0.01242。 AMOVA 分析显示:群体间变异率为3.30%,群体内的变异率为96.70%,变异主要来自于群体内;遗传变异系数 FST =0.03292,显示青鱼群体间没有显著的遗传分化。中性检验 Tajima′s D =-0.53182(P >0.1), Fu′s Fs =0.13248(P >0.1),长江中游青鱼可能没有经历过种群扩张事件。  相似文献
8.
贵州两地理群体鲫的系统发育及遗传分化   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
分布于贵州省普安县青山镇和威宁县草海的鲫,系喀斯特山区彼此隔离的2个地理群体,为探明其遗传结构,探讨彼此间系统关系及遗传分化情况,本研究对其mtDNAD-loop区进行测序分析.结果显示:普安鲫有919和921~927bp 8种序列长度类型,分属27种基因型和14种单倍型;草海鲫有923~925bp 3种序列类型,分属1 1种基因型和6种单倍型;序列差异因碱基替换和缺失/插入不同所致.普安鲫是银鲫和鲫指名亚种及其所含3个亚类群的混生群体;草海鲫为鲫指名亚种2个亚类群的混合群体.普安鲫及其指名亚种群体遗传多样性水平中等,草海鲫及其指名亚种群体遗传多样性偏低,普安的银鲫群体遗传多样性水平极低.研究表明,喀斯特山区2地理群体鲫具有群体组成复杂和母系来源多样的发育特点,因长期的地理隔离、生殖隔离和基因交流缺乏所造成的遗传漂变和进化速率差异,其基因型和单倍型呈明显地理分布格局,各群体间遗传分化严重.普安的银鲫系东北银鲫起源,遗传变异低,急需改善亲本质量.草海鲫因奠基者效应、瓶颈效应和遗传漂变导致其遗传多样性偏低.本研究丰富了喀斯特山区鱼类群体遗传学资料,为地方鲫种质资源鉴定与评价提供基础资料.  相似文献
9.
黄颡鱼群体遗传变异分析   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
周伟  王俊  金斌松  高天翔  宋娜 《水产学报》2016,40(10):1531-1541
为了解中国黄颡鱼群体遗传变异规律,基于线粒体DNA控制区片段对本研究采集到的5个群体和文献收集的4个群体共258尾黄颡鱼进行群体遗传多样性、遗传结构、基因交流和群体历史动态分析.结果显示,在长度为413 bp的控制区片段上,9个群体的单倍型多样度在0.336±0.095~0.700±0.078之间,核苷酸多样度为0.087%±0.096%~0.258%±0.208%.基于所有单倍型构建的系统发育树结果显示不存在明显的谱系结构.单倍型网络图显示存在两个主单倍型.遗传结构分析显示不同水系间存在显著的遗传结构差异,其中洪泽湖和射阳河群体遗传结构位置不确定.群体历史动态分析表明,黄颡鱼群体存在群体扩张事件,扩张时间发生在末次间冰期时期.研究表明,9个群体遗传多样性呈现中—低等水平;射阳河和洪泽湖群体与长江和黄河水系在历史上尤其在黄河夺淮期间存在广泛的基因交流,导致其遗传结构位置不确定.黄颡鱼有效种群数量变化与第四纪冰期—间冰期气候波动有一定关系,中更新世气候转型后的末次间冰期升温可能导致了黄颡鱼群体扩张.  相似文献
10.
香鱼野生群体和养殖群体遗传多样性比较   总被引:2,自引:2,他引:0       下载免费PDF全文
香鱼是分布于中国、日本和朝鲜的一种珍稀名贵经济鱼类,本实验比较分析了香鱼养殖和野生群体的遗传多样性。研究结果显示,在长度为445 bp的控制区部分序列上,鳌山卫养殖群体的单倍型多样度h(0.198 4±0.092 4)和核苷酸多样度π(0.000 8±0.000 9)显著低于东张水库野生群体(h=0.810 5±0.067; π=0.002 6±0.002 0),两群体产生了较大的遗传分化(Fst=0.447,P=0);单倍型邻接关系树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构,日本香鱼个体与中国香鱼亲缘关系较远;东张群体的历史动态分析结果表明其可能经历过近期的群体扩张事件。无论是养殖群体还是野生群体,中国香鱼群体的遗传多样性现状不容乐观。  相似文献
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