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1.
微卫星DNA标记对乌苏里江哲罗鱼遗传多样性的分析   总被引:36,自引:3,他引:33       下载免费PDF全文
梁利群 《水产学报》2004,28(3):241-244
从网上查询获得鳟微卫星标记30对,并对乌苏里江哲罗鱼的基因组进行遗传多样性分析,结果筛选出10对具多态性的微卫星标记。并用其中6对微卫星引物对17尾乌苏里江哲罗鱼进行基因组DNA扫描检测。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析,计算了6个基因座的等位基因频率、杂合度等。结果表明,乌苏里江哲罗鱼等位基因频率为0.0455~0.7857,多态信息含量(PIC)为0.2801~0.6351,杂合度(H)为0.3368~0.6563。统计结果初步表明乌苏里江哲罗鱼的遗传多样性程度处于中等偏下水平。同时,结合资源量下降的事实,建议在保护遗传多样性的前提下对其采取人工繁殖和放流的方法增加其种群数量。  相似文献
2.
从中国对虾ESTs中筛选微卫星标记的研究   总被引:27,自引:2,他引:25       下载免费PDF全文
徐鹏 《水产学报》2003,27(3):213-218
利用生物信息学方法在含有10446个中国对虾ESTs的数据库中进行微卫星序列的筛选,共发现微卫星序列229个,占整个ESTs数据库的2.19%,其中含双碱基重复序列146个和3碱基重复序列58个,分别占在ESTs数据库中发现微卫星序列总数的63.76%,和25.33%,大部分发现的微卫星序列均为Perfect形式的重复序列。根据筛选得到的微卫星序列设计并合成引物19对进行多态性检测,在有扩增产物的16对引物中,首次筛选得到8个中国对虾微卫星标记,并对这些微卫星标记进行了等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度、PIC值等统计学指标的评价。结果表明,在8个微卫星位点上,等位基因的数目从5到15不等,等位基因长度从:165~305bp,期望杂合度和多态性信息含量分别为0.59到0.89和0.56到0.88,表明这8个中国对虾微卫星标记完全适合于遗传分析。  相似文献
3.
中国鲤几个代表种群基因组DNA遗传多样性分析   总被引:26,自引:2,他引:24       下载免费PDF全文
常玉梅 《水产学报》2004,28(5):481-486
中国鲤具有悠久的养殖历史和重要的经济价值,无论是天然种群还是养殖品种,年产量远超过其它鱼类。近几十年来,养殖新品种的开发获得成功,大大提高了产量,改善了品质。但是由于盲目的开发利用,许多重要的鲤养殖种类的种质资源遭到破坏。"江西三红"(Cyprinuscarpiovar.xingguonensis、Cyprinuscarpiovar.wuyuanensis、Cyprinuscarpiovar.wananensis)、黄河鲤(Cyprinusycarpiovar.)和黑龙江野鲤(Cyprinuscarpiohaematopterus)是中国鲤几个具有代表性的养殖品种和野生种,在我国鲤鱼遗传育种研究中均占有非常重要的地位。应用第二代分子标记,即微卫星标记(microsatellite)84个,对以上5个具有代表性的中国鲤进行了全基因组DNA检测。结果表明,当退火温度提高至60℃时,有43对标记引物扩增出清晰的条带,其中有14对在群体间呈现多态性,扩增等位基因位点为2~4个。微卫星座位MFW4,MFW19,MFW23和MFW26在群体内显示了高度的多态性,扩增等位基因位点为7~13个。统计实验结果发现,"江西三红"3个品种间遗传差异较小,兴国红鲤和荷包红鲤的亲缘关系较近(0.93);属于同一亚种不同地理种群的黄河鲤和黑龙江野鲤具有较高的遗传相似性(0.89)。另外,根据微卫星多态性分析结果,探讨了这5种鲤的遗传多样性。  相似文献
4.
5种鲟、鳇鱼基因组DNA遗传多样性分析   总被引:19,自引:2,他引:17  
以史氏鲟(Acipenserschrencki)、达氏鳇(Husodauricus)俄罗斯鲟(A.gueldenstaedti)、小体鲟(A.ruthenus)西伯利亚鲟(A.baeri)的基因组DNA为实验材料,用改进的DNA提取方法获得了完整的基因组DNA片段。通过25个SSLP及Ⅰ型引物对5种鲟鳇鱼的基因组DNA进行PCR多态性引物筛选,获得11个能扩增出遗传多态性的有效引物,通过对5种鱼的PCR分析,平均遗传距离为0.748,遗传距离最大的为达氏鳇和小体鲟之间为0.9355,DNA分析结果还显示,鲟鳇鱼的遗传多样性程度十分低下(47.93%)。同时建立了5种鲟鳇鱼的聚类图。  相似文献
5.
水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用   总被引:18,自引:4,他引:14  
微卫星标记的发展和利用极大地扩展了DNA分子标记应用的深度和广度,使探索生物性状遗传本质的研究发生了革命性变化。本文简要介绍了微卫星标记技术的发展及其在水产遗传与育种研究中的应用。首先回顾了微卫星克隆技术的发展,尤其是水产生物微卫星标记及技术的发展过程,以及水产生物微卫星序列的主要来源,并对微卫星标记与其他DNA分子标记在使用范围、难易程度等方面做了比较;其次探讨了微卫星标记在遗传连锁图谱的制备、性状分析及QTL定位、群体遗传学、进化遗传、种质鉴定与亲权分析、品种培育等6个研究领域的应用;本文还对几种DNA分子标记在操作上的难易程度、多态性程度、重复性与可比性等方面进行了比较,同时还分别阐述了微卫星和其他DNA分子标记应用于水产生物研究中的适用性,并对微卫星标记的应用前景做了展望。本文旨在为微卫星标记技术在水产生物中的有效应用提供理论依据。  相似文献
6.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献
7.
颜标  李思发  蔡完其 《水产学报》2007,31(3):411-415
微卫星(microsatellite)技术是近年来广泛应用的DNA标记,具有重复性好、较易操作和共显性的特点。在硬骨鱼类中表现出高度多态性,已在家系鉴定、遗传作图、群体遗传分析、育种以及系统发生研究等多个领域得到应用。尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)是我国主要淡水养殖鱼类,生长快,耐盐能力一般;萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)耐盐能力强,适合咸淡水养殖,但生长较慢。[第一段]  相似文献
8.
利用配合力和微卫星标记预测虹鳟品系间的杂交优势   总被引:9,自引:1,他引:8  
用10对SSR引物对渤海、丹麦、道氏、挪威、加州5个虹鳟(Oncorhynchus mykiss)品系进行遗传距离分析,以这些品系为亲本,用完全双列杂交方法建立50个全同胞家系,对F1个体体质量、体长进行配合力分析,以期预测各品系间配组的杂交优势.结果表明,5个虹鳟品系均具有较高程度的遗传异质性,10个位点的平均杂合度为0.816 3;在道氏品系与加州品系之间,遗传距离最大,达到0.717 3;丹麦品系与渤海品系间最小,仅为0.277 3.一般配合力以渤海品系为最高,依次为美国道氏品系、挪威晶系、丹麦品系、加州品系.而各品系配组中丹麦品系x加州品系、渤海品系×挪威品系、丹麦品系×道氏品系、渤海品系×道氏品系等均是特殊配合力较高的高效组合,对其重复试验显示,有望培育出杂种优势率较高的优势组合.实验证实,结合配合力与SSR标记分析,能有效地指导优势杂交组合的选配.  相似文献
9.
牙鲆养殖群体遗传变异的微卫星标记研究   总被引:8,自引:0,他引:8  
应用10对微卫星引物对中国牙鲆一个养殖群体的30个个体进行了群体遗传结构分析。结果显示,微卫星标记比其他标记具有更高的多态性,10个微卫星座位的等位基因数在4~10之间,有效等位基因数在2.23~5.82之间,平均等位基因数为7.6,群体平均杂合度为0.6960,Hardy-weinberg遗传偏离指数的平均值为0.1774。  相似文献
10.
本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙[鱼或]亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙[鱼或](Otolithes argenteus)中得到6个可扩增位点(PC1C4,PC4H12,PC7A2,PC7H4,PC10F10,PC10G6),在鮸状黄姑鱼(Nibea miichthioides)、丁氏[鱼或](Wak tingi)和眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)中各得到5个可扩增位点,在浅色黄姑鱼(N.Chui)和尖头黄鳍牙[鱼或](Chrysochir aureus)中各得到4个可扩增位点,在皮氏叫姑鱼(Johnius belengerii)中得到3个可扩增位点(PC7H4,PC10F10,PC10G6)。位点PC10F10和PC10G6引物在10个种中都可得到清晰的扩增产物,可作为10种石首鱼的通用标记。引物PC5E11和PC8F5只在黄鱼亚科中得到扩增产物,为黄鱼亚科特异性标记。[中国水产科学,2008,15(2):237-243]  相似文献
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