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1.
水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用   总被引:19,自引:4,他引:15       下载免费PDF全文
微卫星标记的发展和利用极大地扩展了DNA分子标记应用的深度和广度,使探索生物性状遗传本质的研究发生了革命性变化。本文简要介绍了微卫星标记技术的发展及其在水产遗传与育种研究中的应用。首先回顾了微卫星克隆技术的发展,尤其是水产生物微卫星标记及技术的发展过程,以及水产生物微卫星序列的主要来源,并对微卫星标记与其他DNA分子标记在使用范围、难易程度等方面做了比较;其次探讨了微卫星标记在遗传连锁图谱的制备、性状分析及QTL定位、群体遗传学、进化遗传、种质鉴定与亲权分析、品种培育等6个研究领域的应用;本文还对几种DNA分子标记在操作上的难易程度、多态性程度、重复性与可比性等方面进行了比较,同时还分别阐述了微卫星和其他DNA分子标记应用于水产生物研究中的适用性,并对微卫星标记的应用前景做了展望。本文旨在为微卫星标记技术在水产生物中的有效应用提供理论依据。  相似文献
2.
仿刺参的微卫星标记   总被引:17,自引:5,他引:12  
为了评价种质资源及基础生物学研究的需要,本文开发了仿刺参的微卫星标记。NCBI数据库中共有20个含有仿刺参微卫星的序列,从中选取8个设计引物,发现6个微卫星位点有多态性。不同的引物获得的等位基因数为3~9个不等,6个位点共获得了31个等位基因,每个位点平均获得5.2个等位基因。6个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.3611,平均期望杂合度(He)为0.6402。位点AJMS004提供的多态性信息含量值较低,为0.4862;其他5个位点均在0.5以上。另外,还尝试了红海参(Parastichopus californicus)微卫星标记在仿刺参的通用性。实验结果表明,在较高的退火温度下,5对引物均能扩增仿刺参的基因组DNA并具多态性。5个位点共获得了22个等位基因,每个位点平均获得4.4个等位基因。5个位点的平均观测杂合度(Ho)为0.1733,平均期望杂合度(He)为0.4201。其中位点Psc2的多态性信息含量值最高,为0.8500。  相似文献
3.
颜标  李思发  蔡完其 《水产学报》2007,31(3):411-415
微卫星(microsatellite)技术是近年来广泛应用的DNA标记,具有重复性好、较易操作和共显性的特点。在硬骨鱼类中表现出高度多态性,已在家系鉴定、遗传作图、群体遗传分析、育种以及系统发生研究等多个领域得到应用。尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)是我国主要淡水养殖鱼类,生长快,耐盐能力一般;萨罗罗非鱼(Sarotherodon melanotheron)耐盐能力强,适合咸淡水养殖,但生长较慢。[第一段]  相似文献
4.
[08]利用配合力和微卫星标记预测虹鳟品系间的杂交优势   总被引:10,自引:1,他引:9  
用10对SSR引物对渤海、丹麦、道氏、挪威、加州5个虹鳟(Oncorhynchus mykiss)品系进行遗传距离分析,以这些品系为亲本,用完全双列杂交方法建立50个全同胞家系,对F1个体体质量、体长进行配合力分析,以期预测各品系间配组的杂交优势.结果表明,5个虹鳟品系均具有较高程度的遗传异质性,10个位点的平均杂合度为0.816 3;在道氏品系与加州品系之间,遗传距离最大,达到0.717 3;丹麦品系与渤海品系间最小,仅为0.277 3.一般配合力以渤海品系为最高,依次为美国道氏品系、挪威晶系、丹麦品系、加州品系.而各品系配组中丹麦品系x加州品系、渤海品系×挪威品系、丹麦品系×道氏品系、渤海品系×道氏品系等均是特殊配合力较高的高效组合,对其重复试验显示,有望培育出杂种优势率较高的优势组合.实验证实,结合配合力与SSR标记分析,能有效地指导优势杂交组合的选配.  相似文献
5.
本研究分析了8对大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记引物在石首鱼科5个亚科8属10个种中的通用性。结果表明,大黄鱼微卫星标记引物在黄鱼亚科鱼类中有较高的通用性,其中位点PC1C4,PC4H12,PC5E11,PC8F5,PC10F10,PC10G6的引物可在小黄鱼(P.polyactis)和棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)中获得清晰扩增条带,位点PC7H4引物也可在小黄鱼中扩增,上述可扩增位点在两个种中均得到多个等位基因,表现出较高的多态性;大黄鱼微卫星标记引物在白姑鱼亚科、叫姑鱼亚科、牙[鱼或]亚科及石首鱼亚科鱼类中也有较高的通用性,其中在银牙[鱼或](Otolithes argenteus)中得到6个可扩增位点(PC1C4,PC4H12,PC7A2,PC7H4,PC10F10,PC10G6),在鮸状黄姑鱼(Nibea miichthioides)、丁氏[鱼或](Wak tingi)和眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)中各得到5个可扩增位点,在浅色黄姑鱼(N.Chui)和尖头黄鳍牙[鱼或](Chrysochir aureus)中各得到4个可扩增位点,在皮氏叫姑鱼(Johnius belengerii)中得到3个可扩增位点(PC7H4,PC10F10,PC10G6)。位点PC10F10和PC10G6引物在10个种中都可得到清晰的扩增产物,可作为10种石首鱼的通用标记。引物PC5E11和PC8F5只在黄鱼亚科中得到扩增产物,为黄鱼亚科特异性标记。[中国水产科学,2008,15(2):237-243]  相似文献
6.
为对不同鳊鲂鱼类进行群体鉴定和遗传多样性分析,从60对微卫星标记中筛选出18对多态性高的引物,构建了6个鳊鲂鱼类群体的微卫星DNA指纹图谱。结果显示,东江三角鲂、钱塘江三角鲂、厚颌鲂、广东鲂、团头鲂和长春鳊6群体的平均等位基因数(Na)分别为5.17、6.11、3.50、6.56、5.22、5.22,平均期望杂合度(He)分别为0.634 2、0.720 4、0.546 2、0.681 2、0.675 2、0.559 7,平均多态信息含量(PIC)分别为0.575 6、0.666 9、0.472 0、0.630 6、0.606 4、0.517 0,表明钱塘江三角鲂的遗传多样性最高,厚颌鲂的遗传多样性最低;聚类分析表明,钱塘江三角鲂和团头鲂首先聚为一支,遗传距离较近,为0.560 6;厚颌鲂与长春鳊的遗传距离最远,为1.759 2。引物Mam03和EST37产生的特异条带可将鲂属和鳊属鱼类区分,鉴定出鳊属鱼类长春鳊;引物TTF3、EST37、TTF2/TTF10、EST66依次组合可区分出鲂属东江三角鲂、厚颌鲂和广东鲂这3个群体。研究结果为我国鳊鲂鱼类种质资源保存、种群鉴定和良种选育奠定了基础。  相似文献
7.
牙鲆3个养殖群体遗传结构的微卫星分析   总被引:7,自引:2,他引:5       下载免费PDF全文
采用微卫星标记分析技术,用5个多态性的微卫星标记对来自3个不同国家(中国、日本和韩国)的牙鲆养殖群体进行了遗传多样性研究。研究结果表明,3个牙鲆群体平均等位基因在4.8~5.6之间,平均观测杂合度(H0)在0.3917~0.5643之间,平均期望杂合度(HE)在0.5981~0.6264之间。有多个位点在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明,中国群体与日本群体遗传距离最近,韩国群体与日本群体遗传距离最远。分子方差分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的92.44%和7.56%,固定系数(R)为0.0752(P〈0.001),表明牙鲆3个养殖群体遗传分化显著。  相似文献
8.
大黄鱼(♀)与鮸(♂)杂交的遗传分析   总被引:6,自引:1,他引:5  
用大黄鱼(♀)和鮸(♂)进行属间杂交,获得了56.25%的受精率,45.24%的孵化率和0.65%的鱼苗成活率。对杂交亲本与子代进行了微卫星和AFLP标记的比较分析,结果表明:4个微卫星位点(LYC0003,LYC0006,LYC0007,LYC0008)都可扩增出清晰的亲本差异条带,26个F1个体中均未出现雄鱼特有条带;4 对选择性扩增引物(E-ACC/M-CAG, E-AAC/M-CAT, E-AAC/M-CTA, E-AGC/M-CTC)共检出326个AFLP条带,143条母本特异性条带中有132 条出现在子代中,94 条父本特异性条带中只有18 条出现在子代中,子代中另出现了33 条非亲条带。F1个体之间的遗传相似系数为0.891,与母本、父本间的遗传相似系数分别为0.853、0.271;F1个体之间的遗传距离为0.116,与母本、父本间的遗传距离分别为0.159、1.307,表明杂交子代与母本大黄鱼之间具有极高的遗传同质性,属异精雌核发育个体。  相似文献
9.
长江不同江段青虾的遗传多样性   总被引:6,自引:2,他引:4       下载免费PDF全文
利用20个微卫星分子标记对长江不同江段共6个青虾群体进行了遗传多样性分析,采样点包括重庆、万州、宜昌、武汉、九江和江阴。结果表明,6个青虾群体平均等位基因数(A)为5.25,平均有效等位基因数(Ne)为3.4622;20个位点平均多态信息含量(PIC)为0.5894;期望杂合度(He)由高到低依次为江阴群体(0.6308)、九江群体(0.6096)、宜昌群体(0.5945)、武汉群体(0.5934)、万州群体(0.5844)、重庆群体(0.5821),平均值为0.6296。分子方差分析(AMOVA)结果表明长江青虾6群体间遗传变异6.92%来自群体间,93.08%来自群体内部,两两群体间FST值在0.0253~0.0838(P<0.05)之间,表明群体间已明显出现分化,但分化程度中等,与湖泊青虾群体相比,长江各群体间遗传分化程度较弱,可能是由于流动的江水增加了群体间的交流。Hardy-Weinberg遗传平衡分析表明,6群体均出现杂合子缺失现象,可能是由于稀有等位基因缺失或无效等位基因造成;6群体间遗传距离为0.0620~0.1809,UPGMA聚类分析表明,江阴群体单独聚为一类,其余5个群体聚为另一类,其中...  相似文献
10.
FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记   总被引:6,自引:0,他引:6       下载免费PDF全文
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序,60个(60%)含有微卫星序列(GenBank Accession Number:DQ789247~DQ789306)。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物,并合成21对引物进行PCR扩增,结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明:FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建,并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点(QTL)基因的定位等研究提供候选微卫星标记。  相似文献
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