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1.
柑橘黄化脉明病(citrus yellow vein clearing,CYVCD)是一种危害柑橘的病毒病,克隆分析病原物序列信息对研发高灵敏检测方法具有重要意义.本研究从寻乌县温州蜜柑寄主上获得包含CYVCV的提取物,克隆CYVCV外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行扩增测序和生物信息学分析.结果 表明,温州蜜柑叶片的CYVCV分离物的CP基因全长978 bp,编码325 aa,温州蜜柑CYVCV的CP基因序列与GenBank中收录的CYVCV的CP基因核苷酸和氨基酸序列相似度在97.1%~99.6%和95.5%~99.8%之间,与同为柑橘属的2种环斑病毒(ICRSV-K1和ICRSV-PU) CP基因的核苷酸序列和氨基酸序列相似性在74.0%~71.1%之间.与α线性科的其他病毒相似度均低于40%.在系统进化树中,系统发育树将CYVCV的CP分为3个类群,寻乌县温州蜜柑的CYVCV的CP蛋白与湖南甜橙和重庆尤里卡柠檬分离物CP蛋白聚成一簇,表明它们之间亲缘关系更近.本研究结果表明CYVCV的CP基因具有一定的分子差异,但变异比较保守,各地不同宿主间CYVCV亲缘性较高,这为进一步检测应用打下基础. 相似文献
2.
3.
为了探究中华鳖(Pelodiscus sinensis)的主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)的结构和功能,本研究利用RACE技术成功克隆获得中华鳖MHCⅡα基因的cDNA全长序列,其长度为1296 bp,开放阅读框(ORF)为807 bp,共编码268个氨基酸,分为信号肽序列、Ⅱ类组织相容性抗原α结构域、IGc1结构域及跨膜结构域4个功能结构域。通过NJ法构建的系统进化树分析显示,中华鳖与西部锦龟(Chrysemys picta bellii)亲缘较近,而与哺乳类、鸟类及鱼类亲缘关系较远。荧光定量PCR结果显示,MHCⅡα mRNA在中华鳖8个组织中均有表达,在脾、心、肝及肠组织中表达水平较高,在肌肉组织中表达量最低。感染嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila) 12 h后,中华鳖MHCⅡα mRNA在肝和肠组织中的表达显著上调;感染1 d时,在脾组织中的表达显著上调;感染1 d及5 d时,在肾组织中的表达显著上调。研究表明,中华鳖MHCⅡα基因参与了中华鳖免疫反应。 相似文献
4.
为从转录水平上解析穿心莲体内主要进行的生物进程及其分子机制,选取生长60天的福建漳州生产用穿心莲苗为材料,利用超长单分子测序技术测得其根、茎和倒三叶的全长转录组初始序列信息。对初始序列进行筛选、去冗余、校正、功能注释和基因结构分析。结果显示,穿心莲基因的功能主要富集于代谢途径、次生代谢产物合成途径及抗生素合成途径。bHLH、bZIP、MYB和WRKY等直接参与次生代谢的转录因子含量位居前10。穿心莲内酯前体合成途径基因出现可变剪切,主要为内含子保留。其中,有1个基因产生了6个可变启动子式的内含子保留mRNA亚型。总之,次生代谢是穿心莲的主要生物活性进程,相关功能基因可通过结合丰富的转录因子和进行高频的可变剪切参与其中。 相似文献
5.
[目的]为了获得重组柔嫩艾美耳球虫微线4N端蛋白.[方法]根据Genebank设计柔嫩艾美耳球虫微线4N端基因特异引物,RT-PCR扩增该基因,经Blast与Genebank公布的该基因比对,而后构建该蛋白的真核表达载体pPICZaA/EtMIC4N,用毕赤酵母表达系统小规模表达该蛋白,利用SDS-PAGE和Western Blot对表达的蛋白鉴定,再以摇瓶的方式进行大规模表达.[结果]RT-PCR扩增获得柔嫩艾美耳球虫微线4N端基因序列,大小为773 bp,经比较,与目的基因开放阅读框相似度99.5%,其中有4个碱基发生突变,1个gap.PCR证实成功构建真核表达载体,电转后的毕赤酵母用甲醇诱导表达,SDS-PAGE和Western Blot发现在上清中有45 kD的条带,说明成功表达该蛋白,且该表达系统可持续获得较高纯度的目的蛋白,以摇瓶的方式进行大规模表达,每升能够纯化到约10 mg的目的蛋白.[结论]毕赤酵母成功表达重组柔嫩艾美耳球虫微线4N端蛋白,为该蛋白免疫原性的研究奠定基础. 相似文献
6.
为了解云南省鸡传染性贫血病毒(chicken anemia virus,CAV)的流行及其VP2基因变异情况,2017—2020年,在昆明市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区的89个鸡场,采集422份疑似病鸡肝脏样品,通过PCR方法检测CAV核酸。结果显示,检出阳性245份,平均阳性率为58.06%;不同年份的CAV核酸阳性率为53.61%~60.91%,不同区域核酸阳性率为51.68%~63.52%。对3份CAV阳性样品进行VP2基因序列分析,发现核苷酸序列同源性为99.6%~99.8%,与参考毒株1852TW和N7的核苷酸同源性为99.6%~99.8%,均属于GroupA分支。结果表明:云南省普遍存在CAV感染,且感染较严重;VP2基因仍可作为PCR病毒核酸检测的首选目标基因。通过加强鸡群CAV监测,淘汰阳性鸡群和结合疫苗免疫,可减少该病造成的损失。 相似文献
7.
草原地下水是畜牧业水资源的重要组成部分,也是维系草原生态平衡的关键问题.以我国最佳植被条件的陈巴尔虎天然草原为例,在采用主成分分析法构建草原地下水主要影响因素评价指标体系的基础上,通过时间序列分析法建立了草原地下水位的短期预测模型.结果表明,从综合指标因子的贡献率来看,反映人为因素的综合指标是影响陈巴尔虎草原地下水位的主要因素,其贡献率高达66.92%,远高于气候因素综合指标的贡献率.利用ARMA模型进行预测,得到了比较好的预测结果,预测误差均小于10%.因此,该模型可以短时期有效预测陈巴尔虎草原地下水位. 相似文献
8.
为了研究万寿菊中玉米黄质生物合成途径的关键酶基因,首先根据不同物种的ZEP基因进行序列比对找到保守区域设计简并引物,然后利用RT-PCR方法,以万寿菊花瓣总RNA为模板克隆万寿菊ZEP基因cDNA的片段,并进行序列分析。结果表明,万寿菊ZEP基因片段长度为1 058 bp,编码352个氨基酸残基,其序列与其他植物ZEP基因同源性最大为92%;其翻译产物属于亲水性蛋白;且结构域预测结果发现TeZEP基因编码的氨基酸序列含有一个NADB_Rossmann超家族和玉米黄质环氧化酶的特征性结构黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)结合位点。本研究成功克隆了万寿菊玉米黄质环氧化酶TeZEP基因片段并对其进行了序列分析,这为进一步研究该基因功能提供了依据,也为构建转基因植物和沉默基因植株以提高玉米黄质合成量提供了一定的参考。 相似文献
9.
通过对采自甘肃甘南藏区的16株野生羊肚菌菌株进行分子生物学分析,对rDNA基因内转录间隔区(ITS)片段进行PCR扩增并测序,测序结果在GenBank中进行BLAST比对,鉴定得知,16株供试羊肚菌共归纳为5种,分别为黑脉羊肚菌(Morchella angusticeps)、羊肚菌(Morchella esculenta)、高羊肚菌(Morchella elata)、粗腿羊肚菌(Morchella crapssipes)和尖顶羊肚菌(Morchella conica)。根据采用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的分子进化树得知,2种分子进化树拓扑结构相似,并且Bootstrap验证显示,系统发育树各分支都有很高的支持率,说明其系统关系有很高的可信度。结果可为该地区羊肚菌(Morchella spp.)的系统分类提供较为准确的分子性状依据。 相似文献
10.
基于Fourier描述子和LBP相结合的植物叶片识别方法 总被引:1,自引:0,他引:1
针对植物叶片的复杂性导致基于叶片植物识别的识别率较低的问题,提出一种基于Fourier描述子和局部二值模式(local binary pattern,简称LBP)相结合的植物叶片识别方法。首先,利用Canny算法提取叶片的边缘图像,计算其中心-边缘距离序列的傅里叶变换,得到叶片图像的改进Fourier描述子;然后,提取叶片图像的局部二值模式特征;再利用判别典型相关分析算法将植物叶片的Fourier描述子和LBP特征进行融合,得到1个有利于分类的联合映射矩阵,由此将2类特征映射为1个低维特征向量;然后利用K-最近邻分类器进行植物识别。在公开的智能计算实验室(intelligent computing laboratory,简称ICL)叶片图像数据库上进行分类试验,识别率高达94%以上。结果表明,提出的方法是有效可行的,该研究能够为植物物种自动识别系统提供技术参考。 相似文献