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1.
本研究应用生物信息学方法,对21种十足目甲壳动物EST-SSR的特点进行了归纳总结和分析。结果显示,不同物种间的EST-SSR丰度存在明显差异,腹胚亚目中脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)的EST-SSR位点最为丰富(868.02个/Mb),拟穴青蟹(Scylla paramamosain)位点丰度最低(286.48个/Mb);枝鳃亚目中斑节对虾(Penaeus monodon) EST-SSR位点最为丰富(641.19个/Mb),白滨对虾(Litopenaeus setiferus)位点丰度最低(166.96个/Mb);腹胚亚目和枝鳃亚目中均是二、三、四核苷酸基元的SSR较为常见,在腹胚亚目中占总数的41.11%,在枝鳃亚目中占总数的28.00%;复合(Ⅰ)类型的SSR在腹胚亚目(51.38%)和枝鳃亚目(65.13%)中占很大比例;腹胚亚目二核苷酸基元的SSR中AC/GT分布频率最高,三核苷酸基元的SSR中ACC/GGT和AAT/ATT占优势;枝鳃亚目二核苷酸基元的SSR中AG/CT占优势,三核苷酸基元的SSR中AAT/ATT的分布频率高于其他三核苷酸基元。此外,对脊尾白虾含有SSR的EST进行GO分析后发现,细胞代谢过程、链接产物、细胞组分和细胞的比例分别在3个类型的注释中占优势。本研究加深了对十足目甲壳动物SSR分布规律的认识,可为甲壳动物EST-SSR标记的开发及实际应用提供参考。  相似文献   
2.
陈京  永翔  张正  王印庚  廖梅杰  荣小军 《水产学报》2020,44(12):2066-2075
以轮虫弧菌的单拷贝基因toxR基因的高保守区域为目的片段,设计特异性引物,构建重组质粒标准品,建立针对该菌的荧光定量PCR检测方法。以此为基础,实验选用UF-150 Genechecker微流控荧光定量PCR仪,通过优化反应体系和反应条件,建立了轮虫弧菌的微流控荧光定量PCR检测方法。结果显示,该方法能特异性扩增toxR基因目的片段,对轮虫弧菌纯培养物检测下限为1.34×100 拷贝/μL。在人工感染样品中的应用结果显示,对鱼体组织中轮虫弧菌的检测下限为1.34×103 CFU/g,检测结果可以目视判读,检测时间缩短至42 min以内。研究表明,该检测方法具有特异性强、敏感度高、场地要求低等突出优势,适于开发水产病原实用性的现场快速检测技术。  相似文献   
3.
美人鱼发光杆菌美人鱼亚种(Photobacterium damselae subsp.damselae)能感染多种海洋动物,并且对人也具有致病性。为验证我国近海环境中的美人鱼发光杆菌美人鱼亚种对哺乳动物的致病能力,以从患病许氏平鲉(Sebastes schlegeli)分离的1株美人鱼发光杆菌美人鱼亚种菌株为对象,用昆明系小鼠为实验动物,研究该菌对小鼠的致病力。结果发现,灌胃和注射该菌均能造成实验小鼠发病和死亡。感染小鼠出现了精神萎靡、被毛杂乱、呼吸急促和对外界刺激迟钝等临床症状,个别小鼠体表还出现了溃疡性伤口。该菌对昆明系小鼠的半数致死剂量(LD_(50))为5.52×10~5CFU/g。组织病理学研究发现,死亡小鼠的多个器官均出现了病理变化,如心脏心肌组织肌纤维束相互解离、断裂;肝脏细胞出现了炎性病变,细胞核轮廓变得模糊;肺实质组织崩解,组织结构变得稀松、零落;肾脏和脾脏都出现局灶性的溃疡;胃和肠道的黏膜层和黏膜下层发生了大面积的溃疡性坏死;心脏、肝脏和肾脏均有大量的血细胞浸润。病理学的研究结果证实该菌对小鼠具有较强的致病力。  相似文献   
4.
沙雷氏蛋白酶属于锌金属蛋白酶M10B亚家族,是一些细菌性疾病的关键致病因子。专一性沙雷氏蛋白酶抑制剂在体外可靶向抑制沙雷氏蛋白酶,从而减弱产沙雷氏蛋白酶的细菌病原体的活性,成为疾病治疗的新思路。沙雷氏蛋白酶MP和其抑制剂LupI均来源于海洋微生物Flavobacterium sp. YS-80-122,本研究分别纯化了蛋白酶MP、抑制剂LupI及MP-LupI的复合物,对MP-LupI复合物进行结晶条件筛选,成功在2种条件下获得MP-LupI复合物晶体,并经X-射线衍射收集到分辨率达2 Å的高质量衍射数据,其晶胞空间为P1 21 1,晶胞参数为a=51.66 Å、b=51.85 Å、c=102.14 Å、α=γ=90°、β=97.68°。  相似文献   
5.
在养殖现场开展多病原的快速检测是水产养殖产业健康发展的重要技术需求之一。本研究选取哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)的vhhA基因、副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)的toxR基因、大菱鲆弧菌(Vibrio scophthalmi)的luxR基因、鳗弧菌(Vibrio anguillarum)的empA基因和美人鱼发光杆菌美人鱼亚种(Photobacterium damselae subsp. damselae)的Mcp基因作为靶基因,设计特异性引物,通过优化反应体系和条件,并在微流控芯片进行集成,建立了可同步检测这5种病原菌的多重微流控荧光定量PCR检测技术。结果显示,本研究所建立的检测技术最佳反应体系:2×Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix 5 μL,Primer F/R各1 μL,DNA模板2 μL,ddH2O 1 μL。反应条件为95 ℃ 30 s,95 ℃ 5 s,61 ℃ 30 s,扩增30个循环。通过绘制标准曲线发现,在109~104 copies/μL浓度范围内均有良好的线性相关性。该方法对哈维氏弧菌、副溶血弧菌、大菱鲆弧菌、鳗弧菌和美人鱼发光杆菌美人鱼亚种特异性强,对5种病原菌的最低检测限分别为40、20、200、500和20 CFU/mL,显示出较高的灵敏度,且样品平均检测时间缩短至26 min左右。本研究结果为开发水产养殖多病原快速、精准的现场检测技术奠定了重要基础。  相似文献   
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