栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因的克隆、序列特征及表达分析

DMRT家族是一类转录因子,在性别决定与分化、器官形成等早期胚胎发育中起重要的作用。本研究采用简并PCR扩增和cDNA末端快速扩增技术(RACE),从栉孔扇贝(Chlamys farreri)精巢中克隆得到1个全长为2312bp的dmrtcDNA序列,其开放阅读框(Open reading frame,ORF)1110bp,编码369个氨基酸,具有dmrt基因家族共有的DM保守结构域。同源比对和系统进化分析结果显示,其为Cf-dmrt4-like基因。半定量RT-PCR结果显示,该基因从受精卵至匍匐幼虫各发育时期均有表达,卵裂期表达量较高;在雄性成体的鳃和精巢以及雌性成体的外套膜、鳃、肾和闭壳肌中表达,但卵巢中未见表达。qRT-PCR检测不同发育时期的精卵巢,以成熟期精巢表达量最高。由此推测,栉孔扇贝Cf-dmrt4-like基因参与个体的早期发育,并在两性成体中发挥着不同的作用。     

基于GBS技术的黄渤海沿岸托氏琩螺遗传特征分析

为了探讨辽宁沿海非经济贝类野生种群的遗传多样性水平和遗传分化特征,本研究选取了托氏琩螺(Umbonium thomasi),利用基于简化基因组测序的基因分型技术(GBS)对辽宁黄渤海沿岸的5个群体进行了全基因组水平的SNP标记开发和遗传特征分析。本研究共获得1315987个SNP标记,发现这5个托氏琩螺群体的观测杂合度和期望杂合度分别为0.0851～0.1161和0.1424～0.1627,观测杂合度均低于期望杂合度,说明托氏琩螺群体存在杂合子缺失,有种群退化风险。C4-ZH群体可能因为外来物种的入侵而发生种群缩小和多样性降低。遗传分化研究发现, 5个托氏琩螺群体处于中等分化水平,其中C5-JZ群体因为区域保护原因与其他4个群体的分化程度相对较高,且通过群体遗传结构分析发现,C5-JZ群体与其他群体的基因交流较少,基于此本研究开发了3个C5-JZ群体的特征性SNP标记。本研究结果将有助于了解辽宁沿海非经济物种的多样性水平,为自然资源的保护和利用提供依据。     

文蛤Clq基因的克隆与表达及其重组蛋白活性的研究

利用构建的文蛤cDNA文库,克隆得到了文蛤Clq基因全长cDNA序列,该序列全长1213bp,5′UTR为316 bp,3′UTR为372bp,开放阅读框长度为525bp,编码174个氨基酸.在文蛤Clq(MmClq)蛋白中,Clq结构域与软体动物、两栖类动物和脊椎动物中的Clq结构域均具有较高的同源性.通过荧光实时定量PCR,MmClq mRNA在所检测的各个组织中均有表达,在肝胰脏中表达量最高.在细菌感染试验中,文蛤受鳗弧菌感染后,Clq相对表达水平有明显的上升调节,注射2h,MmClqmRNA表达量最高,为对照组的2.19倍.包含成熟肽的MmC1q cDNA片段被重组,并在大肠杆菌BL21(DE3)中表达,采用牛津杯法对MmClq重组蛋白进行体外抑菌试验,但并未检测到明显的抑菌活性.     

工厂化养殖仿刺参营养品质分析与评价

为了更好地了解工厂化养殖仿刺参的营养成分和品质,本研究采用国标等方法,分别对工厂化养殖、池塘养殖、底播自然生长和海捕野生仿刺参的各项营养成分进行了分析和评价。结果显示,工厂化养殖仿刺参出皮率为62.7%~65.8%,煮后出皮率为24.8%~31.1%,显著高于其他来源仿刺参。工厂化养殖仿刺参的必需氨基酸/非必需氨基酸为0.46~0.50,氨基酸营养价值平均得分为87.89~90.42,均高于其他来源仿刺参,说明其氨基酸营养价值水平较高。在其他营养成分方面,工厂化养殖仿刺参与池塘养殖仿刺参较为相近。自然环境生长仿刺参由于摄食来源广泛、生长周期较长,其蛋白质与脂肪水平普遍高于其他来源仿刺参。综合分析认为,工厂化养殖仿刺参的营养价值与池塘养殖仿刺参相近,在出皮率和氨基酸营养水平上优于池塘养殖和自然环境生长仿刺参,说明工厂化养殖仿刺参具有较好的品质和营养价值。     

仿刺参cytb和β-actin基因表达稳定性比较

基因表达分析需要采用内参基因来校正目的基因的表达量。采用半定量RT-PCR的方法分析了cytb和β-actin基因在仿刺参(Apostichopus japonicus)未受精卵、受精卵、多细胞期、囊胚期、原肠期、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、五触手幼体、稚参11个发育阶段和幼参的体壁、体腔细胞、肠道和呼吸树中的表达情况。结果表明:cytb在不同发育阶段和不同组织中稳定表达;β-actin基因在稚参之前不同发育阶段中表达水平有显著差异,在幼参的体壁、肠道和呼吸树中稳定表达。此外,cytb在lipopolysaccgarides (LPS)刺激前后的原肠胚、小耳状幼体、中耳状幼体、大耳状幼体、樽型幼体、稚参和幼参四种组织中表达量无显著差异;β-actin基因在LPS刺激前后的幼参体腔细胞、肠道和呼吸树中表达量无显著差异。本研究为仿刺参功能基因表达分析中,cytb与β-actin基因作为内参基因的可行性提供了依据。     

大连地区仿刺参养殖池塘叶绿素a分布和初级生产力估算

于2007、2008年每年的3-11月,对大连沿海地区的仿刺参养殖池塘叶绿素a含量进行了调查,并对初级生产力进行了估算.结果表明,大连沿海各地区的仿刺参养殖池塘中叶绿素a年均含量为2.11～5.40 mg/m3,最高值出现在2007年8月的庄河,平均值为12.96 mg/m3,最低值出现在2007年3月的旅顺附近,平均值为0.17 mg/m3.仿刺参养殖池塘中初级生产力的年均值为111.38～272.58 mg/(m2 · d),最高值出现在2007年6月的瓦房店复州湾地区,平均值为602.72 mg/(m2 · d),最低值出现在2007年3月的旅顺附近,平均值为16.47 mg/(m2 · d).     

大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性16S rDNA分析

通过构建大连湾(DL17)和辽东湾(ZD-LDW017)2个站点夏季海水的细菌16s rDNA文库,利用16S rDNA序列比对法,对大连湾和辽东湾夏季海水细菌多样性进行了分析.试验结果表明,这2个海域的细菌主要为非培养细菌.每个海区分别随机选取了200个克隆进行酶切谱型分析和序列测定,共得到104个不同的DNA序列,其中大连湾51个序列,分别属于13种(属);辽东湾53个序列,分别属于13种(属).有6种菌为这2个海区所共有,这2个海区各自有不同的优势菌,且均未检测到致病菌,研究结果表明大连湾和辽东湾海水细菌具有丰富的多样性.     

文蛤金属硫蛋白基因的克隆与分析

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签（EST）法,首次获得了文蛤金属硫蛋白（Mm—MT）的全长eDNA序列,序列全长657bp,开放阅读框长度为231bp,可以编码76个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达27．6％,含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。     

辽宁省近岸海洋环境质量状况与趋势评价

根据2004—2006年辽宁省近岸海域的生物和沉积物质量监测,对该区域的环境质量状况和趋势作出分析和评价。结果表明,辽宁省近岸海域环境质量呈逐年恶化的态势,尤其是重金属Pb和Cd残留量超标较严重,2006年生物体重金属Pb、As和沉积物As残留量超标率接近100%。     

圆斑星鲽线粒体基因组全序列结构及其进化

利用圆斑星鲽(Verasper variegatus Temminck et Schlegel)和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出6对扩增引物,通过PCR扩增产物直接测序和引物行走(Primer walking)法测定圆斑星鲽线粒体基因组全序列,并对其进行结构与进化分析。圆斑星鲽线粒体基因组序列长17273 bp,其基因序列及构成都与其他硬骨鱼基本相同,包括37个基因(2个rRNA基因、22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因)和2个非编码区(控制区和WANCY区)。在22个tRNA基因中,tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer(第2个)、tRNAGlu和tRNAPro的编码基因位于L链上,其余则位于H链上。在13个蛋白质编码基因中,除了COⅠ基因的起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子。蛋白质编码基因包括具有完整TAA终止密码子的ND1,COⅠ,ATP8,ND4L,ND5,而其他蛋白编码基因则具有不完全终止密码子。在L链上,ND6是仅有的一个蛋白质编码基因。圆斑星蝶的控制区包含1个终止相关序列区(ETAS)、6个中央保守序列区(CSB-A、B、C、D、E、F)和3个保守序列区(CSB-1、2、3)以及长串联重复区(Tandemly repeat sequence)。用NJ法和MP法对5个目22种鱼mtDNA的13个蛋白质编码基因的氨基酸序列进行系统分析,结果显示,圆斑星蝶与石鲽关系最近,鲽形目的鲆、鲽类与鲈形目的科(Carangidae)、鲷科(Sparidae)鱼类亲缘关系较近,而同属于鲽形目的塞内加尔鳎(Solea senegalensis)没有和任何目聚在一起,成为一个独立的分支。圆斑星蝶的基因组全序列序列已提交到GenBank,登录号为DQ403797,控制区单元型序列的GenBank登录号为DQ834444~7。