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1.
哲罗鱼基因组微卫星富集文库的构建与分析   总被引:26,自引:6,他引:20       下载免费PDF全文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimen Pallas)荩因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboⅠ限制性内切酶消化后,选取400-900bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫旱富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美型)62个,占41.61%;imperfect(非完美型)92个,占61.74%;compound(混合型)5个,占3.36%,重复次数主要分布于6~45(81.21%),平均重复次数为32.5,这表明(ACA/TGT)。在哲罗鱼基因组DNA中含最非常丰富。本研究旨为从DNA水平上研究哲岁鱼种群结构、遗传多样性及目前群体现状等方面提供有效工具。  相似文献
2.
水产生物微卫星标记技术研究进展及其应用   总被引:19,自引:4,他引:15       下载免费PDF全文
微卫星标记的发展和利用极大地扩展了DNA分子标记应用的深度和广度,使探索生物性状遗传本质的研究发生了革命性变化。本文简要介绍了微卫星标记技术的发展及其在水产遗传与育种研究中的应用。首先回顾了微卫星克隆技术的发展,尤其是水产生物微卫星标记及技术的发展过程,以及水产生物微卫星序列的主要来源,并对微卫星标记与其他DNA分子标记在使用范围、难易程度等方面做了比较;其次探讨了微卫星标记在遗传连锁图谱的制备、性状分析及QTL定位、群体遗传学、进化遗传、种质鉴定与亲权分析、品种培育等6个研究领域的应用;本文还对几种DNA分子标记在操作上的难易程度、多态性程度、重复性与可比性等方面进行了比较,同时还分别阐述了微卫星和其他DNA分子标记应用于水产生物研究中的适用性,并对微卫星标记的应用前景做了展望。本文旨在为微卫星标记技术在水产生物中的有效应用提供理论依据。  相似文献
3.
鲤鱼的遗传连锁图谱(初报)   总被引:15,自引:15,他引:77  
建立了鲤鱼的遗传连锁图谱。图谱有RAPD分子标记56个,鲤鱼的SSLP标记26个,鲤鱼SSLP标记19个,斑马鱼的SSLP分子标记70个,鲤鱼基因标记91个,共有标记262个;图谱有50个连锁组,连锁图给出鲤鱼的基因组大小在5789CM左右。  相似文献
4.
虾夷扇贝微卫星标记的分离及其养殖群体的遗传结构分析   总被引:15,自引:2,他引:13  
采用新型生物素-磁珠吸附微卫星与同位素杂交相结合的方法筛选出15对微卫星引物,并对大连地区3个虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)养殖群体(黑石礁海区、小长山岛海区、广鹿岛海区)的遗传结构进行分析.获得175个阳性克隆并测序,得到160个含微卫星的序列,其中完美型,非完美型和混合型分别占42.69%(73)、46.20%(79)和11.11%(19),经筛选得到15个微卫星标记.虾夷扇贝3个群体的有效等位基因数在1.000 0~8.857 3之间;期望杂合度在0.0211~0.9111之间;观测杂合度在0.000 0~0.877 8之间.表明这几个群体遗传多样件水平较高.群体间遗传相似系数在0.929 1~0.962 4,相似性较高.聚类分析显示,黑石礁群体与小长山岛群体遗传距离最小,亲缘关系最近.基于Hardy-Weinberg平衡的卡方检验表明3个群体均在一定程度上偏离了平衡.本研究所获得的微卫星位点可以为虾夷扇贝的群体遗传多样性分析和遗传图谱的构建等研究提供参考,群体的遗传结构分析对虾夷扇贝的养殖和遗传育种具有一定的指导意义.[中国水产科学,2009,16(1):39-46]  相似文献
5.
磁珠富集法筛选虾夷扇贝微卫星序列   总被引:14,自引:0,他引:14       下载免费PDF全文
采用生物素-磁珠吸附微卫星富集法,筛选虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分子标记,并用同位素法进行二次筛选。结果在筛选的192个菌落中获得136个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列179个,其中完美型占50.8%,非完美型43.0%,混合型占6.1%。除探针中使用的CA重复外,还得到TC、AG、ACA、CTAT的重复序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物85对,挑选其中的40对合成并进行筛选。  相似文献
6.
大黄鱼微卫星标记的富集与筛选   总被引:14,自引:0,他引:14       下载免费PDF全文
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用^32P标记的放射性同位素探针50[γ-^32P]ATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、分子标记辅助育种以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记。  相似文献
7.
利用扩增效果好、在群体中具有多态性的28个微卫星标记,检测国家换新良种场的镜鲤繁殖群体和黑龙江水产研究所松浦实验场的镜鲤繁殖群体的遗传组成,计算了两个群体的有效等位基因数,期望杂合度和多态信息含量等遗传参数,换新与松浦两个群体的有效等位基因数分别为2.874和3.102, 期望杂合度分别是0.565和0.603,多态信息含量分别是0.534和0.568;遗传结构分析研究结果表明这两个群体的多样性较高,信息含量丰富,具有进一步筛选出优良品种的遗传基础。但连锁不平衡分析表明这两个群体在较大的选择压力下,已严重偏离Hardy-Weniberg平衡,要保持群体的优良性状相关的遗传基础,应该在进一步的选种中注意增加群体的遗传多样性。也用28个基因座的不同基因型与换新208个亲本的体重值进行了连锁分析,得到12个与镜鲤体重相关的基因型,其中紧密相关的基因型3个;分析了一些严重偏离平衡的基因型,并分析了出现这种现象的可能原因,同时探讨了一些基因型与胚胎期致死或易感病基因连锁的可能性。为描述基因型偏离程度,创造了基因型偏离指数,并用其对群体中一些基因型出现的偏离现象进行了探讨。图1表2参19  相似文献
8.
斑马鱼微卫星分子标记检测鲤鱼种间多态性   总被引:11,自引:0,他引:11       下载免费PDF全文
用6072对斑马鱼(Danio rerio)微卫星引物对黑龙江鲤(Cyprinus carpio haematopterus Temminck et Schlegel)、荷包红鲤(Cyprinus carpio var.wuyuanensis)和柏氏鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)进行种间遗传差异分析,共发现563个斑马鱼微卫星标记在鲤鱼种间表现出多态性。从中随机抽选25个标记,对斑马伍和3种鲤鱼的遗传多样性进行分析,使用Phylip3.63软件按照Nei氏标准遗传距离计算种间遗传距离,再用MEGA3.0软件绘制NJ系统发生树,并进行1000次bootstrap检验系统树。结果显示,黑龙江鲤与荷包红鲤首先聚类,然后是柏氏鲤、斑马鱼。这些具有多态性的斑马鱼微卫星标记可用于鲤鱼种间种质鉴定,同时,借用模式生物斑马鱼的丰富遗传标记资源,增加同科的鲤鱼遗传连锁图谱上遗传标记的密度,必将对鲤鱼遗传育种进入分子育种时代起到促进作用。  相似文献
9.
[08]利用配合力和微卫星标记预测虹鳟品系间的杂交优势   总被引:10,自引:1,他引:9  
用10对SSR引物对渤海、丹麦、道氏、挪威、加州5个虹鳟(Oncorhynchus mykiss)品系进行遗传距离分析,以这些品系为亲本,用完全双列杂交方法建立50个全同胞家系,对F1个体体质量、体长进行配合力分析,以期预测各品系间配组的杂交优势.结果表明,5个虹鳟品系均具有较高程度的遗传异质性,10个位点的平均杂合度为0.816 3;在道氏品系与加州品系之间,遗传距离最大,达到0.717 3;丹麦品系与渤海品系间最小,仅为0.277 3.一般配合力以渤海品系为最高,依次为美国道氏品系、挪威晶系、丹麦品系、加州品系.而各品系配组中丹麦品系x加州品系、渤海品系×挪威品系、丹麦品系×道氏品系、渤海品系×道氏品系等均是特殊配合力较高的高效组合,对其重复试验显示,有望培育出杂种优势率较高的优势组合.实验证实,结合配合力与SSR标记分析,能有效地指导优势杂交组合的选配.  相似文献
10.
磁珠富集法制备大口鲶的微卫星分子标记   总被引:10,自引:0,他引:10  
通过磁珠富集的方法分离大口鲶(Silurus meriaionalis)的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切,梯度离心收集400~900bp片段并纯化,连接Brown接头,用生物素标记的寡核苷酸(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,然后将这些片段洗脱,PCR扩增,进行克隆构建“基因组文库”,再通过同位素标记的探针(CA)15进行2次杂交筛选,所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序,97.19%(173个)含有微卫星序列,90.60%重复数在10以上,75.98%为完美型。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到Cr、GA、ATG的重复序列。设计获得120对微卫星引物,合成40对经PCR筛选,结果31对引物扩增出多态性条带。显示出,磁珠富集法是获得微卫星分子标记的一种有效的方法,可成为今后发展该标记的主要方法。同时,制备出的微卫星标记可为今后研究大口鲶的分子遗传育种提供有用的遗传标记。  相似文献
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