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杭州郊区马铃薯A病毒分离物的基因组3'-末端序列测定及系统进化分析 总被引:3,自引:0,他引:3
采用马铃薯A病毒属通用引物Sprimer扩谱了引起浙江杭州郊区发生的马铃薯病毒基因组3'-末端1687核苷酸序列,它包括MIb,CP和3'-UTR,3'-末端含Poly(A)尾,蚜传基序DAG位于多聚蛋白第215-217氨基酸。BLAST分析表明该病毒为马铃薯A病毒(PVA),它与已报道的19个PVA分离物CP氨基酸进行比较,PVA浙江分离物与荷兰Alc分离物同源性最高,为99.6%。系统进化树分析表明,PVA分离物间存在一些明显的进化群体。 相似文献
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环介导等温扩增联合横向流动试纸条可视化检测海豚链球菌方法的建立 总被引:4,自引:0,他引:4
海豚链球菌(Streptococcus iniae)是一种革兰氏阳性球菌,呈β溶血,可感染多种淡水和海洋鱼类。本研究利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)进行核酸扩增,通过横向流动试纸条方法 (lateral flow dipstick,LFD)实现检测,建立了一种可应用于海豚链球菌快速检测的LAMP-LFD技术。该技术以海豚链球菌促旋酶B亚单位(gyrase subunit B,gyr B)基因为检测靶标,设计3对引物进行由生物素标记的LAMP扩增反应,产物经异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针杂交后,在LFD上完成检测。经优化的核酸扩增最适条件为65℃反应30 min,在此条件下,阳性扩增起始时间与模板浓度之间呈典型的线性相关性。从核酸扩增反应开始到LFD显色,整个检测时程只需40 min左右,比常规PCR技术缩短约2 h。LAMP-LFD能特异性地检出海豚链球菌,针对病原纯培养物的检测灵敏度为8.70×101cfu/m L,是LAMP检测的10倍、常规PCR检测的100倍。以灵敏度浓度(8.70×101cfu/m L)的海豚链球菌基因组DNA为模板进行的LAMP-LFD结果显示该方法具有良好的重复性。针对人工污染花鲈(Lateolabrax japonicus)肝组织的检测灵敏度为4.35×103cfu/m L,同样为常规PCR检测方法的100倍。利用本方法可成功从患病花鲈的组织样品中检测出海豚链球菌,检测结果与常规的细菌分离鉴定方法结果一致。因此,利用LAMP-LFD能特异、准确、高效地检测出海豚链球菌,而且操作简单、费用低、耗时短,有望成为海豚链球菌的常规检测方法。 相似文献
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快长、耐低温大黄鱼新品种东海1号的选育 总被引:1,自引:0,他引:1
大黄鱼东海1号是以2000年采捕自浙江岱衢洋的野生大黄鱼(Pseudosciaena crocea)为基础群体,采用群体选育技术,以生长速度和耐低温为选育指标,经过十余年、连续5代选育而获得的水产新品种。在相同养殖条件下,该品种19月龄时体长生长速度比当地商品苗快6.06%,体重生长速度快15.57%;10月龄鱼在6℃条件下,存活率比当地商品苗高22.5%。2010~2012年,繁育的东海1号大黄鱼中试规模累计达7万m3水体,取得了较好的社会和经济效益。本文介绍了东海1号选育过程、品种特征及优良性状和中试情况,并初步分析了该品种优良性状的分子(理论)基础,为该品种的推广养殖以及其他水产新品种的培育提供信息和借鉴资料。 相似文献
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采用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification, LAMP),建立了草莓潜隐环斑病毒(Strawberry latent ringspot virus, SLRSV)检测方法。根据SLRSV外壳蛋白编码基因上的8个位点,共设计了6条引物,通过逆转录环介导等温扩增得到特征性的瀑布状条带。特异性试验表明,引物对SLRSV的检测具有良好的特异性;灵敏度试验显示RT-LAMP的灵敏度比普通RT-PCR高出100倍。该方法无需特殊的试剂和设备,只需在水浴锅中65 ℃等温扩增,整个检测周期约1.5 h,结果采用SYBR green I染色显示,易于观察和判定。 相似文献
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快长、少畸形香鱼新品种“浙闽1号”的选育 总被引:1,自引:0,他引:1
香鱼(Plecoglossus altivelis)“浙闽1号”是以2002年采捕自浙江宁海凫溪的野生香鱼为基础群体,采用群体选育技术,以生长速度和体形特征为选育指标,经7代连续选育而获得的水产新品种.该品种在相同养殖条件下,9月龄时体长生长要比当地商品苗快11.36%以上,体重生长快25.92%.2012~2014年在浙江宁海和福建南靖两处进行中试,工厂化养殖面积达4.5万m2,9月龄鱼存活率比当地商品苗提高30%以上,畸形率接近于零,平均增收38.98%.本文介绍了“浙闽1号”选育过程、品种特征和中试情况,为该品种的进一步推广养殖以及其他水产新品种的选育提供信息和资料借鉴. 相似文献
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为了提高检测效率,本研究利用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)扩增核酸,用横向流动试纸条(lateral flow dipstick,LFD)检测产物,建立了一种山茶根结线虫(Meloidogyne camelliae)的LAMP-LFD快速检测新技术.以山茶根结线虫核糖体DNA内转录间隔区(ribosomal DNA-intemal transcribed spacer,rDNA-ITS)为检测靶标,设计3对特异性引物进行生物素标记的实时荧光LAMP反应,优化后的LAMP扩增条件为63℃反应15 min.比较LFD、实时荧光曲线以及琼脂糖凝胶电泳等3种产物检测方法,结果表明,LAMP产物与异硫氰酸荧光素(fluorescein isothiocyanate,FITC)标记的探针ITS-HP杂交5 min后即可在LFD上显色,从LAMP反应开始到LFD结果判断仅需25min,比常规PCR技术缩短约2h.LAMP-LFD技术能特异性地检测山茶根结线虫,对其基因组DNA的检测灵敏度为4 pg/μL,低于常规PCR方法100倍;对其单条2龄幼虫(J2)检测灵敏度为1/1 000条线虫.本研究建立的快速、灵敏、特异性LAMP-LFD检测技术可应用于山茶根结线虫的口岸检验. 相似文献
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以香鱼正常肝胰腺为材料,构建cDNA文库。初始文库库容大于1.3×107cfu/ml,扩增文库的滴度大于1.1×106cfu/ml,平均插入片段约为1.0 kb。从文库中随机挑选297个cDNA克隆测序,得到232个功能已知EST序列,功能包括代谢、蛋白质合成、细胞与机体防御、信号转导以及细胞结构与运动等5个方面。随机测序获得香鱼弹性蛋白酶(Elastase,ELA)编码序列,cDNA序列全长957个核苷酸,3’-末端具有polyA尾,编码一个由268个氨基酸组成28.7 ku大小蛋白。序列分析表明,香鱼ELA的N端15个氨基酸为信号肽,成熟肽具有丝氨酸蛋白酶家族的典型结构特征。香鱼ELA与斜带石斑鱼、大西洋鳕和金头鲷的ELA氨基酸序列同源性最高,达76%~77%。系统进化树分析表明,香鱼ELA与其他鱼类ELA紧密成簇。RT-PCR检测显示,香鱼ELA基因mRNA在香鱼肝胰腺、脾、肠组织中均大量表达。 相似文献