基于线粒体COII基因序列的长江下游翘嘴群体遗传多样性分析

【目的】明确长江下游翘嘴鲌（Culter alburnus）群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域（淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段）设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COII基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析（AMOVA）及计算遗传距离和基因流（Nm）。【结果】 5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COII基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T （29.61%） >C （28.03%） >A （24.19%） >G （18.17%）,AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型（hap1~hap13）,单倍型多样性指数（H_d）为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数（P_i） 为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大（54.325）,长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小（2.443）; AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。     

基于SSR标记的长江下游原良种场鳙亲本和后备亲本种质资源现状分析

分析长江下游原良种场鳙(Aristichthys nobilis)亲本和后备亲本的遗传多样性和遗传结构,评估鳙育种群体的种质资源现状,可为鳙的种质资源管理和活体资源库建设提供科学的参考依据。本研究利用已发表的10对SSR荧光引物结合毛细管电泳技术,对7个亲本群体和1个后备亲本群体共638份DNA进行基因分型。主要应用GenAlEx 6.501、Cervus 3.0和Structure 2.3.4等软件进行遗传多样性参数计算和群体遗传结构分析。结果表明,8个群体总体遗传多样性水平较高,但存在一定程度的近亲繁殖风险。其平均等位基因数(N_a)为14.83±1.45,观测杂合度(H_o)和期望杂合度(H_e)分别为0.76±0.05、0.82±0.02,Shannon's信息指数(I)为2.08±0.09,近交系数(F)为0.08±0.05。各亲本群体之间遗传多样性水平存在差异,后备亲本遗传多样性水平最高。鳙的贝叶斯群体遗传结构分析图(Structure)与主坐标分析(PCoA)结果具有一致性,将所有样本划分为两个类群,大部分亲本群体之间并无明显的遗传分化,而后备亲本和亲本之间则表现明显的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)显示,11%的遗传变异来自群体间,群体间的遗传分化处于中等水平,而89%的遗传变异来自群体内。本研究探究了鳙亲本和后备亲本的遗传差异性,对野生原种引进和保护提供了建议,以期为构建健康负责的增殖放流种苗繁育体系提供理论支持和数据参考。     

长江如皋江段仔稚鱼资源现状调查分析

【目的】调查长江如皋江段仔稚鱼资源现状,探索仔稚鱼物种组成、生态类型、群落特征及仔稚鱼丰度时空特征,为长江近河口段仔稚鱼资源监测提供基础数据。【方法】采用鱼类早期资源调查方法对仔稚鱼进行采样调查,将仔稚鱼样品在Olympus SZX 16体视解剖镜下进行种类鉴定,对部分形态特征残缺难以辨认及不确定种类的仔稚鱼进行细胞色...     

长江下游苏通江段刀鲚产卵场的初步研究

长江下游苏通江段地处河口段,紧邻长江入海口,是长江洄游性刀鲚的必经洄游通道,近年来研究显示刀鲚成鱼资源仍呈现波动下滑的趋势,而刀鲚早期资源作为成鱼资源的补充群体,对此展开研究具有重要意义。为进一步揭示苏通江段刀鲚(Coilia nasus)早期资源的时空分布概况,本研究于2018~2020年每年5~8月对该江段累计进行84天的早期资源调查,调查期间共采集到刀鲚受精卵646枚,其中2019年采集到328枚,占总数的50.77%;其中在4月没有采集到刀鲚受精卵,5和6月采集到刀鲚受精卵的平均丰度均显著高于其它采集月份(P<0.05),各年份采集到刀鲚受精卵峰值分别出现在5月15日(4.96 ind/100m3),6月16日(26.48 ind/100m3),5月24日(26.11 ind/100m3)。Pearson相关性分析显示各采样断面空间分布存在显著性差异(P<0.05),平均丰度分布江右岸(1.42 ind/100m3)>江左岸(0.87 ind/100m3)>江心(0.69 ind/100m3);苏通江段下游S1(崇明岛绿华镇水域)和S2(海门市新通海沙水域)、中游S5(南通港闸区水域)和上游S8(如皋长青沙典园水域)采集到刀鲚受精卵的平均丰度和频次均显著高于其它采集断面(P<0.05);环境因子分析显示,刀鲚受精卵丰度与温度呈极显著负相关(P<0.01),在水温21.1~25.3 ℃、溶氧6.80~7.41 mg/L范围内采集到刀鲚受精卵的丰度较高。结果表明,5和6月为长江苏通江段刀鲚产卵高峰期,在水温21.1~25.3 ℃、溶氧6.80~7.41 mg/L范围内适宜刀鲚产卵,推测崇明岛绿华镇、海门市新通海沙、南通港闸区和如皋长青沙典园附近水域为刀鲚的潜在产卵场。