秋、冬季刺参养殖池塘菌群的多样性分析

以黄海和渤海代表性刺参养殖池塘秋、冬季海水和沉积物基因组DNA为模板,以细菌16S r DNA通用引物进行PCR扩增,构建16S r DNA文库并进行测序分析,研究了秋、冬季刺参养殖池塘菌群的多样性。结果表明:海水和沉积物中主要包括11个门类的细菌,即变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、厚壁菌门(Firmicutes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、脱铁杆菌门(Deferribacteres)、绿弯菌门(Chloroflexi);黄海和渤海刺参养殖池塘海水和沉积物中优势类群均为变形菌(变形菌比例48%);用Shannon指数及Simpson优势度指数分析细菌的多样性,黄、渤海刺参养殖池塘中,冬季沉积物细菌Simpson优势度指数均最低,分别为0.014 89和0.016 50,Shannon指数均最高,分别为6.312和5.695。研究表明,黄海和渤海刺参养殖池塘中,冬季沉积物细菌多样性均最高。     

牙鲆脑中促性腺激素释放激素受体的克隆和鉴定

GnRH（gonadotropin-releasing hormone）是下丘脑-垂体-性腺轴中重要的十肽信息分子，在所有的脊椎动物的生殖神经内分泌调控中具有重要的作用。GnRH成熟的十肽沿着轴突被运送到下丘脑正中隆起（median eminence）末端，然后进入下丘脑垂体门脉循环（hypothalamo hypophyseal portal circulation）（四足动物）或直接通过轴突末梢（大多数硬骨鱼）把信号传递给刺激性腺的细胞，与特异性受体结合，刺激促性腺激素（GtHs，gonadotropins）的合成与释放，参与脊椎动物繁殖的起始和维持正常生殖功能。伴随着GnRH的研究，研究者对鱼类GnRH受体的研究也越来越感兴趣，牙鲆（Paralichthys olivaceus）是中国重要的海水养殖鱼类，本研究从牙鲆脑组织中克隆得到全长的Type Ⅰ GnRH受体，并对其组织特异性表达作了分析，为牙鲆的神经生殖内分泌研究奠定了一定的基础。 在本研究中，以海水养殖牙鲆为材料，从牙鲆脑组织中采用巢式PCR、5′-和3′-RACE技术克隆得到了1671bp牙鲆促性腺激素释放激素受体（GnRH-R）全长cDNA序列，包括147bp的5′-UTR、1248bp的开放阅读框和276bp的3′-UTR，GenBank登录号是DQ011872。牙鲆GnRH-R和其他物种GnRH-R的氨基酸序列的多序列比对结果显示，其存在许多保守的特征，牙鲆GnRH-R显示有3个主要的功能区域：1个N端胞外结构域（1～44个氨基酸残基）、1个大的跨膜结构域（45～324个氨基酸残基）和1个C端细胞质区域（325～415个氨基酸残基）。空间结构预测显示牙鲆GnRH-R跨膜区域包含7个高度保守的跨膜α螺旋（45—64、76—95、114—135、156—176、207—224、267—286、305—324），这些α螺旋是受体锚定到细胞膜上必需的。 氨基酸序列系统进化分析表明，牙鲆GnRH-R与琥珀鱼GnRH-R1具有高度同源性（85％同源性）。已知的硬骨鱼GnRH—R基因的系统进化分析表明，存在两种类型的GnRH-R基因：Type Ⅰ GnRH—R和Tpye Ⅱ GnRH-R基因。在牙鲆GnRH—R的氨基酸序列中，具有Type Ⅰ GnRH—R共有的典型基序：CAFVT（TMⅢ）和DlLEGKVSHSLTH（TMⅦ开始的序列处），表明克隆得到的牙鲆GnRH-R属于Type Ⅰ GnRH—R。 GnRH-R跨膜α螺旋之间的区域形成了胞内或胞外loops，这些区域参与受体信号转导和肽选择性功能上。牙鲆GnRH-R在TMⅢ的细胞质边界处具有一个保守的DRQSA／（DRXXXI／V）基序，这个基序被认为参与G蛋白偶联信号转导和GnRH肽诱导受体的激活；另一个保守的区域是位于TMⅦ内的NPXXY或DPXXY基序同样存在于牙鲆中（DPVIY），这个基序参与到一些GPCRs（包括GnRH-R）的内在化（internalization），同时这个基序特别是基序中的Tyr残基对于受体激活和信号转导起到关键作用。在第三个胞内loop中，鱼类GnRH—R有个保守的Ala残基（在牙鲆中为Ala^250），其也在G蛋白偶联和受体内在化方面具有重要作用。 在哺乳动物或非哺乳动物GnRH-R中，在第一个和第二个胞外loop之间由2个Cys形成1个保守二硫桥，是受体的正确折叠必需的。和其他的GnRH-R一样，牙鲆GnRH-R在第一个和第二个胞外loop之间存在由2个Cys（Cys^112和Cys^190）可以形成的潜在的二硫桥。这个二硫桥的完全缺失将会影响受体的结构完整性和降低鱼类GnRH—R对GnRH肽的选择性。 GnRH-Rs的NH2-末端区域不是很保守，但含有糖基化位点，是GnRH—Rs表达、GnRH—Rs穿梭到细胞胞表面或受体稳定必需的。将mouse的GnRH—R糖基化位点引进到人GnRH-R中，可以增加受体的数量，但不影响受体结合力或肽选择性。牙鲆Type Ⅰ GnRH—R中在NH2-末端含有3个潜在的糖基化位点（N^11SSW、N^15GSS和N^22WTA），此外，在第一个胞外loop和第二个胞外loop中分别存在1个糖基化位点（N^100ITV和N^178VTI），牙鲆Type Ⅰ GnRH—R含有的糖基化位点比哺乳动物要多，牙鲆糖基化位点的数目是否／怎样影响牙鲆GnRH-R的表达、降解率或亲和力，应该进一步研究。 在牙鲆GnRH-R的第一个胞内Ioop中，存在1个和tGnRH-R Ⅲ基序（^80KRKSH^84）一致的基序（^69KRKSH^74），这个基序是Gs识别基序（BBXXB，B代表碱性氨基酸，X代表任何一种氨基酸）。已经证明这个基序和cAMP产生相关，cGnRH-Ⅱ能通过cAMP-PKA途径提高stbGnRH-R在COS7细胞中的活性。 和其他非哺乳动物GnRH-Rs相似，牙鲆GnRH-R含有1个C-末端细胞内尾巴。这种胞内尾巴是鱼类GnRH-Rs功能必需的，在第三个胞内loop中，牙鲆GnRH-R含有2个PKC磷酸化位点（^233SKR^235和^262TLK^264）；在C端尾巴中，存在1个PKC磷酸化位点（^402TAR^404）。牙鲆GnRH-RC-末端尾巴中含有鱼类GnRH-R具有的Src同源区3（SH3）结合区域（PxxP序列）（^340PPAP），能够潜在地传送偶联的能力到丝裂原活化蛋白激酶（MAPKs），GnRH通过PKC和PKA调控GtHα和LHβ转录，二者都集中于MAPK水平。 RT—PCR分析表明，GnRH-R在牙鲆脑和垂体有表达，暗示牙鲆GnRH-R参与到生殖行为如产卵行为；RT-PCR也检测到牙鲆GnRH-R在卵巢和睾丸中有表达，其能与牙鲆cGnRH-Ⅱ和sbGnRH在卵巢中共表达，GnRH肽在卵巢中具有自分泌／旁分泌功能，对牙鲆卵巢中的GnRH受体可能起到调控作用。[中国水产科学，2006，13（4）：536—546]     

夏秋用褐圆斑限性蚕品种“0833×0816”的育成

从2015年开始,采用杂交、回交、系统选择等育种手段,通过连续多年不同季别的选育,育成了抗逆性强、丝质优、易养易繁的夏秋用限性褐圆斑纹蚕品种“0833×0816”。利用该品种褐圆斑限性性状,在3~4龄分养雌雄蚕、调节雌雄蚕饲养比例,缓解种场鉴蛹熟练技工缺、时间紧张等矛盾,达到提高杂交率和繁育系数的目的。同时,基地蚕农使用该品种可分开饲育、售茧,提高蚕茧质量、增加蚕农收入。     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

[目的]利用ITS核酸序列对6株根据形态学特征初步鉴定为青霉菌的海洋真菌进行鉴定。[方法]采用分子生物学技术,对6株样品的ITS序列进行克隆,并利用ClustalX1．83软件对结果进行系统发育分析。[结果]通过PCR克隆获得了6株样品的ITS序列,将结果与GenBank中已登陆的其他序列进行系统发育分析,确定了6株菌株均属于青霉菌属。[结论]该6株菌株均属于青霉菌属。     

臭氧对海水中细菌的杀灭效果研究

细菌是水产养殖水体中的正常生物类群,养殖水体中的细菌与其他生物及水体环境条件共同构成了水产养殖水体的生态系统,并参与能量的流动和物质的循环,水体中的微生物与养殖动物之间有着非常密切及复杂的关系。近年来,随着人们生活水平的不断提高,水产养殖业得到快速发展。然而,随着集约化养殖规模的不断扩大以及近岸水体的污染日趋严重,水产养殖生态环境遭到不同程度的破坏,导致水产养殖动物暴发性病害频繁发生,给整个水产养殖业造成巨     

一株海洋细菌HZBN43的鉴定(英文)

[Objective] The aim of this study is to identify a bacterial strain isolated from ocean water from the Yellow Sea.[Method]Using 16S rRNA technique,a strain from Yellow Sea was preliminarily identified and analyzed.[Result]One 1 521 bp fragment of 16S rRNA was amplified from the strain HZBN43;homology analysis between the yielded sequence and the 16S rRNA sequences accessed in NCBI from other strains showed that HZBN43 belonged to Bacillus,and shared 99.79% homologue with the known species of Bacillus selenatarsenatis.[Conclusion]The sequence of strain HZBN43 was obtained.However,because of the incomplete sequence,the confidence level is just 46,so other corroborations are still required for grouping HZBN43 into an exact species.     

大菱鲆源杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)的分离鉴定

从患腹水病大菱鲆Scophthalmus maximus的肝脏中分离到一株优势细菌G1,经人工感染实验表明G1为引发大菱鲆腹水病的致病菌,且半致死浓度为LD50=1.21×105 CFU·g-1。采用常规的生理生化鉴定方法及分子生物学方法对G1进行分析,结果表明,G1的16SrRNA基因序列与杀鱼爱德华氏菌Edwardsiella piscicida的同源性达100%,系统发育分析表明菌株G1与杀鱼爱德华氏菌分支聚为一支,结合生理生化鉴定结果确定G1为杀鱼爱德华氏菌。药敏试验表明菌株G1对头孢曲松、环丙氟哌酸、左氧氟沙星等8种抗菌药物高度敏感。     

海水常见革兰氏阴性病原菌Ⅲ型分泌系统的研究进展

许多革兰氏阴性病原细菌借助细菌的Ⅲ型分泌系统(Type Ⅲ secretion system,T3SS)传递与致病有关的毒性因子和效应子来发挥病原细菌的毒性.副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、迟缓爱德华民菌(Edwardsiella tarda)和嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是海水中3种常见革兰氏阴性病原细菌.这3种细菌不仅广泛引起海水养殖生物的病害,还经常导致人类肠胃炎等其他危害,而Ⅲ型分泌系统也与它们的致病性密切相关.对海水中这3种常见革兰氏阴性病原菌Ⅲ型分泌系统的组成、功能及相关转录调控机制进行了综述.     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

1材料与方法 1．1菌株试验鉴定的青霉菌由海洋一所分离保存,见表 1.1．2培养基固体培养基：马铃薯葡萄糖琼脂培养基（PDA）,马铃薯浸汁1000ml,葡萄糖20g,琼脂20g。液体培养基：为该实验室改良,马铃薯浸汁200ml,蛋白胨2g,酵母粉1g,葡萄糖15g,NaCl30g,MgCl2·6H2O2．0g,KCl0．4g,FePO40．01g,蒸馏水1000ml。