中国对虾生物量评估的环境DNA检测技术的建立及优化

近年来,环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速,在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而,很少有研究专门评价e DNA技术操作流程中不同的eDNA富集方法与提取方法对研究结果的影响,从而针对具体研究对象建立一套最佳的eDNA技术操作流程。此外,由于物种间生活习性的差异,不同物种释放到环境中的DNA量及DNA片段大小不同,因而,针对不同研究对象需采用不同的eDNA富集与提取方法。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,采用滤膜法富集eDNA,结合血液与组织DNA提取试剂盒提取e DNA。选取直径为47 mm的玻璃纤维膜、硝酸纤维膜、聚碳酸酯膜、尼龙膜共4种材质的滤膜,每种滤膜根据其孔径大小设置0.45、0.8、1.2、5μm共4个梯度,取样水量设置500 ml、1 L、2 L共3个梯度。结果显示,滤膜材质、滤膜孔径大小及取样水体体积均对中国对虾的定性与定量分析具有一定的影响,其中,0.45μm的玻璃纤维滤膜过滤2 L水样能够检测到的DNA拷贝数最多,并依据此建立了一套中国对虾e DNA技术的操作流程,提高了中国对虾的检出率,为后续中国对虾的分布监测及生物量评估提供了基础。     

中国对虾生物量评估的环境DNA检测技术 的建立及优化

近年来，环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速，在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而，很少有研究专门评价eDNA技术操作流程中不同的eDNA富集方法与提取方法对研究结果的影响，从而针对具体研究对象建立一套最佳的eDNA技术操作流程。此外，由于物种间生活习性的差异，不同物种释放到环境中的DNA量及DNA片段大小不同，因而，针对不同研究对象需采用不同的eDNA富集与提取方法。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象，采用滤膜法富集eDNA，结合血液与组织DNA提取试剂盒提取eDNA。选取直径为47 mm的玻璃纤维膜、硝酸纤维膜、聚碳酸酯膜、尼龙膜共4种材质的滤膜，每种滤膜根据其孔径大小设置0.45、0.8、1.2、5 μm共4个梯度，取样水量设置500 ml、1 L、2 L共3个梯度。结果显示，滤膜材质、滤膜孔径大小及取样水体体积均对中国对虾的定性与定量分析具有一定的影响，其中，0.45 μm的玻璃纤维滤膜过滤2 L水样能够检测到的DNA拷贝数最多，并依据此建立了一套中国对虾eDNA技术的操作流程，提高了中国对虾的检出率，为后续中国对虾的分布监测及生物量评估提供了基础。     

应用高通量测序技术分析大菱鲆幼鱼肠道及其养殖环境的微生物群落结构

采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。     

环境DNA在水体中存留时间的检测研究——以中国对虾为例

精确地掌握物种的分布与种群动态是保护生物学的基础。然而，对于某些具有特殊生活史的物种以及群体数量非常少的种群而言，物种分布检测极其困难。DNA条形码技术与环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的结合使以上困难得以解决。鉴于eDNA易降解、在环境中含量低的特性，探究其在环境中的持续存留时间对于后续准确进行定性与定量分析至关重要。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象，结合实时荧光定量PCR定量分析了水环境中eDNA随时间的降解情况，基于赤池信息准则(Akaike Information Criterion, AIC)，选择了最适于eDNA随时间降解的统计模型。结果显示，当eDNA的释放源头被去除后，eDNA在水体中的含量与时间呈负相关关系，其在环境中的存留时间为30 d左右。本研究旨在为合理规划物种的定性检测与定量评估提供理论依据，以期将人为因素造成的实验误差降到最低。     

中国大菱鲆引进群体三代选育之后的收获体重遗传进展评估

评估了大菱鲆3个世代选育后（G0、G1、G2和G3）收获体重的遗传参数及遗传进展,分析数据来自于4个世代构建的总共590个家系的12980尾个体。G0、G1、G2和G3的收获体重性状估计遗传力分别为0.19±0.08、0.18±0.09、0.51±0.09和0.29±0.16,跨世代的遗传力为0.16±0.03。根据每一世代所有个体和留作亲鱼个体的平均估计育种值计算了选择差,在G0中为45.6 g,在G1中为13.1 g,而在G2代是 -27.9 g,每代平均10.3 g。遗传进展分别为10.2、37.4、0.3 g,分别相当于2.06%、8.76%、0.04%。经过3个世代选育后的收获体重性状的累积遗传进展为10.86%,平均每代3.56%,表明大菱鲆体重性状的选育工作总体上是成功的。     

中国明对虾人工选育群体与野生群体遗传多样性的SSR分析

利用微卫星标记技术分析了中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和"黄海2号"第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国明对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(N_a)和有效等位基因数(N_e)分别为3~44个和2~29个,多态信息含量(PIC)为0.518~0.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810,15个微卫星位点的等位基因频率在2个群体发生了显著的变化。通过计算P值确定位点Hardy-Weinberg平衡偏离情况,Fis结果显示,共有11个群体位点表现为杂合子过剩,Shannon指数(H)分别为2.786和2.399。2个群体的N_ei′s无偏遗传距离(u D)和无偏遗传相似度(u I)分别为0.177和0.838,遗传分化指数为0.017(P=0.001),表明群体发生了弱遗传分化。遗传变异来源分析显示,只有7.50%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。结果表明,人工选育的中国明对虾"黄海2号"第10代群体具有较高的遗传多样性,仍具有很大的选育潜力,可以继续作为选育材料。     

青虾种质资源研究与保护进展

为了有效开展长江中下游地区青虾规模化养殖等工作。本研究简要总结青虾基础生物学、生化组成、细胞遗传学、生化遗传学、分子遗传学及基因组学等方面的主要研究成果,并对青虾种质资源的保护利用提出了一些意见。旨在为青虾种质资源的合理利用和保护提参考资料。     

新昌县罗坑山林区发现浙江七子花

1990年10月在调查高山引种树种时,在新昌县罗坑山林区发现较大面积的零星分布的浙江七子花(Heptacodium jasminoidesAiyy-Shaw)。该物种属我国独有残存的一