基于mt COI、Cyt b、D-loop序列的南方多鳞鱚群体遗传结构分析

基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明,单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785,核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257,整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示,分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%,主要变异均来自群体内。综上,基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果,厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化,可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。     

基于线粒体Cyt b基因的南海北部金钱鱼种群遗传结构分析

【目的】分析南海北部金钱鱼（Scatophagus argus）遗传多样性,明确其群体演化历史和分布动态,为金钱鱼养殖育种及其种质资源的合理开发利用提供科学依据。【方法】以采自福建东山（DS）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）、广西北海涠洲岛（BH）、广西钦州（QZ）、广西防城港（FC）及越南清化（TH）等南海北部的7个金钱鱼地理群体为研究对象,基于线粒体DNA细胞色素b基因（Cyt b）序列分析,利用DnaSP 5.10统计南海北部金钱鱼群体的单倍型、单倍型多样性指数（H_d）和遗传多样性指数（π）,通过邻接法（NJ）构建单倍型的系统发育进化树,以Network 4.6中的中介连接网络法构建单倍型网络图,并综合Tajima’s D检验、Fu’s Fs检验及核苷酸错配分布等方法分析金钱鱼群体的历史动态。【结果】7个金钱鱼地理群体的291条Cyt b基因序列定义为33个单倍型（Hap1~Hap33）,其中单倍型Hap1、Hap2和Hap7是南海北部金钱鱼在长期进化过程中形成的稳定优势基因型。7个金钱鱼地理群体的H_d为0.54103~0.77436,π为0.00112~0.00171,群体内遗传距离为0.00113~0.00171,遗传分化系数（F_st）为-0.01734~0.00364,基因流（Nm）为137.03888~inf。不同地理群体的单倍型均无规律地散布在单倍型系统发育进化树上,不存在与地理群体明显对应的系统分支,也未表现出明显的地理聚群分布特征。金钱鱼群体内个体间的遗传变异为100.74%,说明遗传变异全部来源于群体内个体间,即南海北部金钱鱼群体既无群体分化,也无以琼州海峡分隔的组群分化。Tajima’s D检验和Fu’s Fs检验结果均为显著负值,且核苷酸错配分布呈单峰分布,推测南海北部金钱鱼群体发生过群体扩张,且扩张事件约发生在3.4万年前,属于更新世晚期。【结论】南海北部7个金钱鱼地理群体的遗传多样性符合高单倍型多样性低核苷酸多样性类型,群体间遗传距离较小,亲缘关系较近,遗传分化不明显,且群体间存在频繁的基因交流,具有高度的遗传同质性,符合南海北部金钱鱼是一个随机交配种群的假设。     

凡纳滨对虾α-淀粉酶基因的SNPs检测

利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF 2个品种共40个样本的α-淀粉酶基因(GenBank序列号:AJ133526)的单核苷酸多态性(SNP)进行了研究。找到9个SNPs,分别为:C127T、A138G、T951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。     

凡纳滨对虾α-粉酶基因的SNPs检测

利用PCR产物直接测序法,对凡纳滨对虾SPR和SPF2个品种共40个样本的仅一淀粉酶基因（GenBank序列号：AJ133526）的单核苷酸多态性（SNP）进行了研究。找到9个SNPs,分别为：C127T、A138G、1951C、T1083C、C1457T、A2147C、A2226G、A2297G和T2306C。其中1个SNP是第4外显子中的错义突变,2个SNPs分别是第5和第7外显子中的同义突变,6个SNPs是内含子中的突变。这些结果可为凡纳滨对虾的研究提供遗传学依据。     

用焦磷酸测序技术检测凡纳滨对虾组织蛋白酶基因单核苷酸多态性

焦磷酸测序是一种新型的DNA测序技术,近年来开始应用于单核苷酸多态性(SNPs)检测.组织蛋白酶基因(Cathepsin-L,CTSL)在对虾的蜕皮周期中起重要的作用.本研究利用焦磷酸测序技术,对96个凡纳滨对虾的CTSL基因序列(GnBank登录号:AY366355)的C681G SNP位点进行检测分型.结果发现C/C、C/G和G/G基因型,频率分别是0.81、0.16和0.03,频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.统计分析结果表明在该群体中C681G SNP和体重关系不显著(P>0.05).研究结果显示焦磷酸测序技术是一种高效的SNP检测技术,可以在对虾的遗传研究中发挥重要作用.     

利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达

[目的]研究传染性皮下及造血组织坏死病毒（Infectious hypodermal andhematopoietic necrosis virus,IHH-NV）感染凡纳滨对虾的基因差异表达,为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考.[方法]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得到unigene（单一基因序列）,通过计算各unigene的转录本数目（RPKM）确定差异表达基因,并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达.[结果]采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序,共获得208690条短序列,序列拼接共得到21912条tmigenes;通过对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析,结果发现221个差异表达基因,包括81个上调表达基因和140个下调表达基因.经实时荧光定量PCR验证,454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠.[结论]IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达,而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因.     

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

固定化枯草芽孢杆菌净化养殖水体试验

为研究固定化枯草芽孢杆菌对养殖水体的净化作用,将从水产养殖水体中分离得到的一株枯草芽孢杆菌,经海藻酸钙包埋固定后加入凡纳滨对虾饲养池中,结果池水的亚硝酸盐、硫化氢浓度比对照池显著降低,总碱度显著上升。表明固定化枯草芽孢杆菌对养殖水质具有明显的净化作用。     

高效净水沼泽红假单胞菌的分离和鉴定

从高产虾塘底泥中采用平板涂布法分离光合细菌,得到一株活性较高的沼泽红假单胞菌(Rhodo pseudomonas palustrls)。将其施放于南美白对虾养殖池水中,待繁殖后测定氨氮、亚硝酸盐、溶解氧、COD值和pH值等各项指标。结果表明,沼泽红假单胞菌对虾池水质具有较好的改善作用。     

凡纳滨对虾兰尼定受体基因单核苷酸多态性与对温度变化敏感性的关联分析

用直接测序法检测凡纳滨对虾兰尼定受体基因的单核苷酸多态性(SNP)位点,结果发现了1个SNP位点。通过进行凡纳滨对虾温度变化刺激的实验,把192尾对虾分为应激敏感组和应激抵抗组,用PCR产物直接测序法检测各对虾样品兰尼定受体基因的SNP的基因型。结果发现,应激敏感组和应激抵抗组的SNP等位基因频率差异显著(P<0.01)。结果显示兰尼定受体基因单核苷酸多态性与凡纳滨对虾对温度变化敏感性关联。