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1.
三疣梭子蟹生长相关SNP位点的鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了发掘三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)与生长相关的SNP,本研究基于三疣梭子蟹比较转录组学数据,筛选出生长相关候选基因片段19条,利用该基因序列设计引物进行PCR扩增,得到总长为17 387 bp的DNA片段;通过直接测序法发现74个SNP位点,分布频率为0.43/100 bp,其中转换突变的比例为80%,颠换突变的比例为20%,转换的比例远远大于颠换,符合"transition bias"原理。C/T(G/A)突变所占比例为60%,G/T(C/A)突变占20%,A/T突变占9.33%,G/C突变占10.67%,C/T(G/A)突变所占比例最大。内含子上突变发生的频率为1.34/100 bp,外显子上仅为0.17/100 bp,说明外显子上的碱基更加保守。通过飞行质谱法,在三疣梭子蟹生长性状分离群体中成功分型了10个SNP位点;通过卡方检验和多元方差分析的方法进行性状关联分析,发现3个SNP位点与生长性状显著相关(P<0.05),并且comp58070-R31位点与生长性状极显著相关(P<0.01);一般线性模型的多元方差分析显示,comp58070-R31位点与体重、全甲宽、甲宽3个性状极显著相关(P<0.01),与体长、体高2个性状为显著相关(P<0.05);comp46623-F49位点与甲宽显著相关(P=0.05);comp49193-R333位点与甲宽显著相关(P<0.05)。通过对SNP位点的多态性分析发现,三疣梭子蟹SNP标记观测杂合度(Ho)范围为0.162 8~0.833 3,期望杂合度(He)范围为0.189 6~0.591 2,并且显示SNP标记的信息量低于微卫星标记。该研究的结果将有助于推进三疣梭子蟹分子标记辅助育种进程。  相似文献
2.
采用RACE技术克隆获得总长为1 712 bp的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)水通道蛋白基因全长cDNA序列,命名为PtAQP基因.该基因5'和3'非编码区分别为153 bp和788 bp,开放阅读框为771 bp,推测编码256个氨基酸,预测分子量为27.0 kD,理论等电点为8.26.生物信息学分析表明,PtAQP含有6个跨膜区和2个NPA单元,具有与MIP家族匹配的保守氨基酸序列,属于稳定蛋白;同源性和系统进化分析表明,三疣梭子蟹PtAQP氨基酸序列与可口美青蟹(Callinectes sapidus) AQP1的同源性最高(87%),与可口美青蟹紧密聚为一支;荧光定量RT-PCR分析表明,PtAQP基因在各组织中均有表达,而在胃中的相对表达量最高.通过分析PtAQP基因在盐度胁迫中的表达规律发现,盐度胁迫可显著改变PtAQP基因在三疣梭子蟹鳃和肝胰腺中的表达模式,整体呈先下降后上升最后下降到初始水平的表达趋势.该研究结果表明,PtAQP基因在三疣梭子蟹渗透压调节中发挥重要作用.  相似文献
3.
吕建建  王渝  高保全  李健  刘萍 《水产学报》2013,37(6):816-822
为发掘三疣梭子蟹Ⅰ型微卫星标记,实验运用生物信息学方法,从NCBI数据库已公开的13 985条三疣梭子蟹EST序列中搜索微卫星位点.结果显示,共搜索到287个微卫星位点,其中主要为二核苷酸重复序列(173个),占总数的60.3%;其次为三核苷酸重复序列(79个),占总数的27.5%;四、五、六核苷酸重复位点较少;在二核苷酸重复位点中,AC/GT重复位点最为丰富,占二核苷酸重复位点总数的53.8%,AG/CT重复次之,占二核苷酸重复位点总数的37.0%,AT和GC重复较少.挑选14个Ⅰ型微卫星标记在野生三疣梭子蟹群体中进行多态性检测,发现8个位点呈多态性,平均多态信息含量(PIC)和平均遗传杂合度(H)分别为0.57和0.63.其中6个多态性位点的PIC值大于0.5,呈现较高多态性特征.研究表明,基于三疣梭子蟹EST数据发掘Ⅰ型微卫星标记的方法切实可行.本研究发掘的Ⅰ型微卫星标记将为三疣梭子蟹遗传多样性评估、遗传连锁图谱构建和QTL分析提供有效的分子标记.  相似文献
4.
采用RACE技术克隆得到三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)TLRs家族的一个新基因,将其命名为PtToll4。该基因cDNA全长为4276 bp,5¢和3¢非编码区分别为339 bp和1252 bp,编码一个含有895个氨基酸、分子量为102.5 kDa、理论等电点为6.03的蛋白质。PtToll4蛋白是一个跨膜蛋白,存在胞外区LRR、LRRCT结构域及保守的胞内区TIR结构域。同源性及系统进化分析显示,PtToll4氨基酸序列与中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) EsToll2的同源性最高,为61%。实时荧光定量PCR结果显示,PtToll4基因在血细胞中的表达量最高,在肝胰腺中的表达量最低。利用副溶血弧菌(Vibrio parahemolyticus)和对虾白斑综合征病毒(WSSV)对三疣梭子蟹进行注射感染,结果显示,经WSSV感染后,PtToll4基因在血细胞中的表达量显著提高,在6 h时出现峰值,为对照组的5.03倍(P<0.01)。经副溶血弧菌感染后,PtToll4基因仅在48 h略微出现上调,其余时间点与对照组无显著差异。由此推测,PtToll4基因在三疣梭子蟹应答WSSV的免疫过程中发挥了重要功能。此外发现,低盐胁迫显著抑制了PtToll4基因在三疣梭子蟹血细胞中的表达,这可能是导致低盐环境下三疣梭子蟹等甲壳类动物免疫力下降的原因之一。由此推测,PtToll4基因在三疣梭子蟹先天免疫过程中发挥了重要功能,本研究为深入开展三疣梭子蟹和其他甲壳动物的免疫调控机理研究提供了数据支持。  相似文献
5.
付萍  吕建建  刘萍  李健  高保全 《水产学报》2017,41(3):374-381
本文设定胁迫盐度分别为10、20、40、50,以正常海水(盐度33)为对照,测定了三疣梭子蟹血淋巴与肌肉组织中游离氨基酸(free amino acids,FAAs)组分,分析了不同盐度环境下三疣梭子蟹肌肉和血淋巴中FAAs的含量及浓度变化规律。结果显示:在正常海水中三疣梭子蟹血淋巴和肌肉中含量较高的FAAs主要为牛磺酸(Tau),精氨酸(Arg),甘氨酸(Gly),脯氨酸(Pro)和丙氨酸(Ala)。在盐度范围10~50区间,梭子蟹肌肉和血淋巴总游离氨基酸(total free amino acid,TOFAA)的含量随盐度的增加而显著升高(P<0.05),非必需氨基酸(non-essentical free amino acid,NEAA)的浓度随盐度的升高而上升,而必需氨基酸(essentical free amino acid,EAA)的浓度变化不显著(P<0.05)。因此TOFAA在渗透压调节方面的作用主要取决于NEAA。发挥主要渗透压调节作用的FAAs为脯氨酸(Pro),丙氨酸(Ala),甘氨酸(Gly),天冬氨酸(Asp),谷氨酸(Glu )。由于Ala,Gly,Asp,Glu属于鲜味氨基酸(tast free amino acid,TAA),因此NEAA中的TAA在渗透压调节方面作用显著。Pro含量的升高对TOFAA含量的增加作用显著,在盐度从40至50期间尤甚,表明Pro在梭子蟹高渗调节中发挥重要作用。  相似文献
6.
为探明三疣梭子蟹“黄选1号”在盐度胁迫过程中血清生化指标的变化规律及特点,进而了解盐度适应过程中能量代谢机制,设置5、10、20和50共4个盐度组,以自然海水(盐度30)为对照组,进行三疣梭子蟹“黄选1号”盐度胁迫实验.结果显示,实验组血清葡萄糖(GLU)、甘油三酯(TG)和总蛋白(TP)含量总体表现为先降低后稳定并显著低于对照组,对照组血清GLU、TG和TP含量在0~72 h内基本稳定,在整个盐度胁迫过程中,实验组血清GLU、TG和TP含量达到基本稳定后表现为与对照组盐度差值越大其含量降幅越大的特点.同一实验组三疣梭子蟹血清GLU和TP含量的最大降幅比TG含量的最大降幅大.各实验组血清GLU含量在0~9 h迅速降低,而血清TG和TP含量迅速降低发生在0~12h.血清TP含量的最大降幅在盐度20实验组,但低于血清GLU含量最大降幅,在盐度5、10、50实验组内血清TP含量最大降幅高于血清GLU含量最大降幅.实验组血清尿素(UREA)含量总体表现为先升高后稳定并显著高于对照组,与血清GLU、TG和TP含量的变化趋势相反.盐度5和50实验组血清UREA含量相近,而血清TP含量则在盐度10与50实验组内相近.研究表明,三疣梭子蟹血清中GLU、TG和TP均与渗透压调节密切相关,在盐度适应过程中血清GLU和TP是三疣梭子蟹渗透调节的主要供能物质且血清GLU首先代谢供能,不同盐度下三疣梭子蟹血清GLU与TP对渗透调节供能占比有所不同,高盐环境中三疣梭子蟹血清自由氨基酸含量的部分增加可能来源于其他组织.  相似文献
7.
为初步研究三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)几丁质酶PtCht3的生物学功能,利用特异性引物扩增和SMARTTM RACE技术克隆获得三疣梭子蟹PtCht3基因全长cDNA序列,并对该序列进行分析.结果显示,三疣梭子蟹PtCht3基因全长为1409 bp,对PtCht3基因序列推导出的氨基酸序列进行分析可知,该基因编码由394个氨基酸组成的蛋白质,预测分子量为43.67 kDa,理论等电点为4.80.PtCht3蛋白亲水性总平均数为-0.097,属于稳定蛋白.同源性和系统进化分析发现,PtCht3与日本仿长额虾(Pandalopsis japonica)和中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)几丁质酶3的同源性分别为54%和53%,与其他甲壳动物几丁质酶3聚为一支.RT-PCR显示,PtCht3基因具有较强的组织表达特异性,在肝胰腺中的相对表达量最高,在三疣梭子蟹蜕皮前期表达上调,低盐胁迫后在鳃和肝胰腺中表达量出现了波动,总体呈先上升后下降的表达趋势.推测PtCht3可能在三疣梭子蟹消化和蜕皮过程中发挥重要作用,参与三疣梭子蟹渗透压调节进程.本研究为三疣梭子蟹几丁质酶的功能研究提供了重要信息.  相似文献
8.
采用RACE技术,克隆出三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)核受体基因HR38的cDNA全长,命名为PTHR38。该基因cDNA序列全长为2950 bp,5′和3′非编码区(UTR)长分别为101 bp和551 bp,开放阅读框(ORF)长2298 bp。推测编码765个氨基酸,预测分子量为84.2 kD,理论等电点为6.3。生物学分析预测,PTHR38基因编码的蛋白属于不稳定蛋白,不具有跨膜结构域。同源性分析表明,PTHR38溞基因编码的氨基酸序列与大型(Daphnia magna)的同源性最高。实时荧光定量分析表明, PTHR38基因在蜕皮周期的各个组织中均有差异表达,在眼柄中表达差异最大。去除单侧眼柄后, PTHR38的表达量在整体上呈现不同程度的上升趋势。  相似文献
9.
为探索三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)“黄选1号”在盐度适应过程中血清渗透压和离子浓度的变化特点及规律,进而了解其渗透压调节机理,设置盐度为5、10、20和50共4个实验组,以盐度30的自然海水为对照组,进行三疣梭子蟹“黄选1号”急性盐度胁迫实验.结果显示,各实验组血清渗透压呈规律性交化,0-12 h期间,低盐实验组血清渗透压较对照组表现为下降,盐度为50的高盐实验组,血清渗透压表现为上升;12-72 h期间,各实验组血清渗透压达到稳定状态.随着胁迫盐度的升高,血清与环境介质渗透压的差值先减小后稳定,与外界环境未出现等渗现象.血清中Cl-、Na+、K+含量的变化与血清渗透压的变化相似,但血清与环境介质离子含量的差值表现为Cl-、Na+含量差值先下降后稳定,C含量差值表现为先上升再下降最后稳定.研究表明,三疣梭子蟹“黄选1号”渗透压调节类型属于高渗调节型,Cl-和Na+在渗透压调节中起主要作用,提示三疣梭子蟹“黄选1号”具有较强的渗透压调节能力,对生存环境盐度的变化具有较强的适应能力.  相似文献
10.
本研究分析了不同盐度环境下三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)鳃组织中游离氨基酸(FAAs)的含量及浓度变化规律,明确 FAAs 的组成及其在盐度适应中发挥的功能。结果显示,在正常海水中,三疣梭子蟹鳃组织中牛磺酸(Tau)的浓度最高(2.54 mg/g),其次分别为丙氨酸(Ala,0.65 mg/g)、谷氨酸(Glu,0.64 mg/g)、精氨酸(Arg,0.58 mg/g)、甘氨酸(Gly,0.48 mg/g)和脯氨酸(Pro,0.25 mg/g);在盐度10–50范围内,梭子蟹鳃中总游离氨基酸(TOFAA)的含量随盐度的增加而显著升高(P<0.05),盐度50时,TOFAA 的含量为盐度10时的1.48倍。进一步分析发现,非必需氨基酸(NEAA)(Gly、Glu、Ala 和 Pro)的浓度随盐度的升高而上升,而必需氨基酸(EAA)的浓度变化不显著(P>0.05)。研究表明,FAAs 在三疣梭子蟹盐度适应中具有重要功能,其中发挥渗透调节功能的主要为 NEAA。  相似文献
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