哈茨木霉Tr1菌株分泌蛋白及Peptaibols合成酶的生物信息学分析

研究旨在应用生物信息学方法分析生防菌哈茨木霉的分泌蛋白及Peptaibols合成酶。本研究以哈茨木霉Tr1菌株的11264条假定蛋白质序列为对象,利用Signal P、Protparam和Swissmodel等生物信息学工具预测出分泌蛋白,分析其信号肽特征,从中筛选可能与其生防机制有直接联系的分泌蛋白和Peptaibols合成酶,并对这些蛋白质的性质和结构功能进行分析。结果表明:哈茨木霉Tr1菌株含有403个分泌蛋白,其中假定蛋白质PNP53160和PNP56908可能起到纤维素酶和几丁质酶的作用。分泌蛋白的信号肽的中间区域富含亮氨酸和丙氨酸,C端属于A-X-A类型。假定蛋白PNP58822中的16862~20750 aa片段可能起到Peptaibols合成酶作用,该蛋白主要包括了乙酰辅酶A合成酶Ⅰ、Taq A的CT结构域和脂肽合成酶亚基Ⅲ等功能区域。本研究应用生物信息学方法分析了403个分泌蛋白及其信号肽特征,筛选出了可能与哈茨木霉生防机制相关的蛋白质,并预测了其性质、结构和功能,为进一步研究哈茨木霉的生防机制提供理论基础。     

盐胁迫下拟南芥SCAMP基因克隆和表达的生物信息学分析

为探究分泌载体膜蛋白（Secretory carrier membrane protein, SCAMP）的功能，采用PCR方法从模式植物拟南芥中克隆到5个SCAMP基因，进行生物信息学分析，并通过实时荧光定量PCR技术分析5个SCAMP基因在盐胁迫下的表达模式。结果显示，拟南芥SCAMP蛋白的相对分子量为30.1~33.2 kDa，等电点为6.60~9.18，属于不稳定性疏水蛋白，二级蛋白结构中主要包含4种构象:α–螺旋（Alpha helix， Hh）、无规则卷曲（Randon coil， Cc）、直链延伸（Extended strand，Ee）和β–折叠（Beta turn，Tt），其中以α–螺旋为主，包含4个跨膜结构域，N端和C端均在细胞膜内。实时荧光定量PCR结果表明，AtSCAMPs的表达量均受盐胁迫诱导上调表达，AtSCAMP1，AtSCAMP3，AtSCAMP4，AtSCAMP5基因在叶中的表达明显高于根，且AtSCAMP4和AtSCAMP5在叶中受盐胁迫变化最明显。     

鱼类黑视蛋白研究进展

黑视蛋白具有感光特性,能够感知外界光谱并引起自身节律调控系统进行相应的调整.该蛋白在鱼类眼部及脑部均有分布且其分子的存在形式具有多样性,并在多种生理途径如胚胎发育、光动反应、警觉反应及激素分泌等过程中起到重要的上游调控作用.该文主要介绍了黑视蛋白的分子结构组成,分析了黑视蛋白的感光过程,并对该蛋白在鱼类中的分部位点及表现形式和对鱼类的主要影响方面进行了归纳总结.黑视蛋白在多种生理途径中的广泛影响,为其在鱼类养殖中通过添加的方式来达到提高养殖效益目的提供了可能性.     

19种菊科植物花药结构及绒毡层的发育类型研究

花药结构和绒毡层的发育类型对菊科植物的系统分类和系统演化具有重要的意义。本研究采用苏木精和苯胺番红整体染色以及石蜡切片的方法,通过显微镜观察,对菊科7族19属19种植物花药结构及绒毡层的发育类型进行研究。结果表明,18种植物的花药由4个花粉囊组成,1种由2个花粉囊组成。花粉囊壁由表皮、药室内壁、中层和绒毡层4层细胞组成,中层细胞在花粉母细胞时期解体。随着花粉粒的形成,药室内壁先“U”形增厚,再进行条带状增厚。花粉母细胞胞质分裂类型有连续型和同时型2种,小孢子四分体以四面体形为主。绒毡层的发育类型有变形绒毡层和分泌绒毡层两种类型,变形绒毡层是管状花亚科植物的共同特点,分泌绒毡层是舌状花亚科植物的共同特点。从向日葵族向菊苣族的逐渐演化过程中,绒毡层的发育类型从向日葵族的变形绒毡层、经过变形绒毡层向分泌绒毡层的过渡类型逐渐演化为菊苣族的分泌绒毡层。变形绒毡层的形态在管状花亚科不同族之间有明显差异,绒毡层的发育类型和形态可以作为亚科和族分类的依据之一。     

NaHCO3胁迫下吉尔吉斯白桦MADS基因家族生物信息学及表达分析

为了探索MADS基因家族的耐盐胁迫功能,从以吉尔吉斯白桦(Betula kirghisorum)23号为试验材料测得的转录组文库中筛选出28个吉尔吉斯白桦的MADS-box基因序列对其编码蛋白的基本理化性质、亚细胞定位、二级结构、跨膜结构和信号肽、基因结构、保守基序、蛋白系统进化等方面进行初步生物信息学分析,并在NaHCO_3胁迫下对其表达情况进行分析。结果显示,除蛋白BkMADS1和BkMADS20外,其余均为亲水性蛋白;在28个吉尔吉斯白桦MADS蛋白中有19个定位在细胞核中;蛋白BkMADS7和BkMADS12的二级结构组成以无规则卷曲为主,其余蛋白则以α-螺旋为主;所有蛋白均没有信号肽,即全为非分泌性蛋白。此外,进化分析结果表明,MADS盒为MADS-box转录因子高度保守的结构域,大多数吉尔吉斯白桦MADS蛋白为Ⅱ型。在0.6%NaHCO_3胁迫下,15个BkMADS基因上调表达,13个BkMADS个基因下调表达。     

双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径及底物蛋白分析

[目的]采用生物信息学方法分析双歧杆菌BB12菌株的Sec途径分泌系统及预测底物蛋白。[方法]以双歧杆菌BB12菌株基因组注释的蛋白氨基酸序列为研究对象,在NCBI中以Fasta形式下载,采用一系列生物信息学软件分析该基因组中Sec分泌途径及底物蛋白行使的功能,同时采用COG功能数据库对这些蛋白进行功能注释和聚类分析。[结果]通过分析发现双歧杆菌BB12菌株Sec分泌途径相关的蛋白基因共有9个,其中5个是Sec分泌途径构建蛋白基因,2个信号肽酶识别基因,1个脂蛋白信号肽识别基因和1个信号肽识别蛋白编码基因。Sec底物蛋白分析发现该菌共含1 583个蛋白,经过Sec分泌途径到细胞外的蛋白有57个,35个具有COG功能,占61%,其中被Spase Ⅰ型信号肽酶识别的有37个,被SpaseⅡ型信号肽酶识别的有20个。[结论]COG功能注释显示一些蛋白没有功能,有功能的蛋白主要与氨基酸运输和代谢、碳水化合物的运输和代谢、功能细胞壁/膜和无机离子运输和代谢功能有关。     

核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白质的理化性质及特征分析

核桃细菌性黑斑病严重影响着核桃的产量和品质,是核桃生产过程中危害较为严重的病害之一。植物病原真菌、细菌以及卵菌的分泌蛋白质在其致病过程中发挥着重要的作用。本研究以核桃细菌性黑斑病菌CFBP2528、CFBP7179、CFBP8253、DW3F3、J303、NCPPB1447、Xaj417 7个菌株分泌蛋白质氨基酸序列为基础数据,利用蛋白质数据库、PHD、Protscale、TargetP 1.1 Server、SMART等网站在线预测分析其理化性质、二级结构、疏水性、转运肽及保守结构域等性质,明确核桃细菌性黑斑病菌的分泌蛋白质所具有的特征。结果表明,在所分析的7个菌株520个分泌蛋白质中,分泌蛋白质的理论等电点集中在6.01～7.00,蛋白质数量所占比例为26.92%;不稳定性系数集中在20.01～40.00,其蛋白质数量所占比例为63.65%;亲水值小于0的蛋白质数量所占比例为76.51%,亲水性最强的氨基酸残基中数量最多的是D,所占比例为13.64%,疏水性最强的氨基酸残基中数量最多的是L,所占比例为29.58%;分泌蛋白质均含有无规则卷曲、α螺旋、β折叠、TM(跨膜螺旋)二级结构,其所占比例分别为27.56%、27.17%、26.45%、1.03%;转运肽集中在分泌通路,其所占比例为95.38%;每个菌株平均有16个分泌蛋白质具有保守结构域,所占比例为21.35%。上述研究结果为深入解析核桃细菌性黑斑病菌分泌蛋白质的功能冗余性和多样性奠定了基础。     

烟草根系柠檬酸分泌特性的遗传规律分析

[目的]改善烟草根系对土壤钾的活化能力,提高对钾的吸收效率。[方法]以农大202、中烟101、NC628、K358、NX232共5个烟草品种为亲本,采用双列杂交试验研究了烟草根系柠檬酸分泌特性的遗传规律。[结果]不同品种间烟草根系柠檬酸分泌特性存在显著差异。在柠檬酸分泌特性上,农大202的一般配合力效应值和农大202×NC628特殊配合力效应值均为正,对改善后代钾吸收效率有较高的利用价值。烟草根系柠檬分泌酸特性的遗传规律符合"加性-显性"遗传模型。缺钾敏感性不符合"加性-显性"遗传模型。[结论]该研究为进一步研究烟草根系柠檬酸分泌特性奠定了理论基础。     

CIRAD的新软件旨在减少抗生素的使用

正法国--CIRAD的一个研究小组已经开发出一种能识别参与促使细菌感染的蛋白的软件。这种在治疗方法上的创新有很大的潜力,尤其在克服细菌的耐药性问题上。每年新兴的动物和人畜共患病给畜禽养殖场带来了沉重的损失,对人类健康的风险也逐渐加大。为了更有效地控制这种疾病,法国的一个研究小组开发     

疫苗佐剂的研究进展

正佐剂最早来源于拉丁语"adjuvare"一词,为"帮助",是指能够提高机体对抗原的适应性免疫应答的物质,能够在免疫反应中诱导全面持久的免疫应答。在疫苗制剂中,佐剂的功能主要包括:增强疫苗抗原的免疫原性;促进细胞免疫和体液免疫,优化免疫应答,促进免疫能力较弱人群中的免疫应答;增进抗原与黏膜之间的传递以及免疫接触;减少疫苗成分中抗原的