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1.
马铃薯(Solanum tuberosum)是世界第三大粮食作物,其产量和品质受到生物与非生物胁迫的影响。泛醌氧化酶(ubiquinol oxidase,UOX)是一种由核基因编码的线粒体末端氧化酶,在植物生长发育及胁迫应答中发挥重要作用。为了解StUOXs在马铃薯抗病过程中发挥的应答反应,利用生物信息学方法在马铃薯基因组中鉴定出5个StUOXs基因,对其理化性质、染色体定位、三级结构、进化关系、保守结构域、启动子元件和表达谱尤其是受青枯菌(Ralstonia solanacearum)诱导的表达模式进行了分析。结果表明:马铃薯StUOXs基因编码的氨基酸数在279~366,相对分子质量为31~42 ku,亚细胞定位在线粒体中;系统进化分析发现,马铃薯StUOXs成员与番茄、辣椒的UOXs成员的亲缘关系最近,较之拟南芥、烟草亲缘关系稍远;FPKM数据分析发现,StUOXs主要受盐、激素和生物胁迫诱导而在叶片中表达,这与其启动子中的存在的激素应答等顺式作用元件相对应。青枯菌接种后的qRT-PCR实验表明,StUOX4参与马铃薯青枯病的早期应答反应。  相似文献   
2.
利用核糖体DNA第一内转录间隔区(Internal transcribed spacer 1, ITS1)序列,对中国大连(CD)、朝鲜罗津( KN)和俄罗斯海参崴( RV)仿刺参Apostichopus japonicus 3个群体的遗传结构进行分析。结果表明:经PCR扩增、克隆测序,获得长度为517~519 bp、524 bp两种类型的ITS1核苷酸序列,平均G+C含量(64.5%)显著高于A+T含量(35.5%);在仿刺参30个个体61条序列中共检测到49个变异位点,多态位点比例为9.33%,其中有4个简约信息位点,共有40种基因型,群体共享基因型为2个;遗传多样性分析表明,3个群体的遗传多样性丰富;分子方差分析显示,88.65%的变异来自于群体内部,群体间遗传分化较弱或中度分化;根据群体间遗传距离进行的聚类分析发现, KN群体与RV群体的亲缘关系较近, CD群体与KN、 RV群体的亲缘关系较远。  相似文献   
3.
对分离自海南4个地区13种寄主植物上暹罗炭疽菌的ITS-CAL-GAPDH 3基因序列进行群体遗传结构分析。95条暹罗炭疽菌多基因序列可定义为16个单倍型,其中,单倍型H5为主要单倍型,分布于所有寄主植物。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内;病菌未经历过大规模的种群扩张过程。研究结果表明,暹罗炭疽菌种群具有丰富的遗传多样性。  相似文献   
4.
 通过RACE和RT-PCR技术相结合的方法,在山东省潍坊市和济宁市辣椒上克隆出2个甜菜西方黄化病毒(beet western yellows virus,BWYV)的全基因组序列,基因组全长均为5 699 nt。与GenBank比对发现,2个分离物的5′UTR(Untranslated region,UTR)变异程度小、相对比较保守,而3′UTR变异程度大、为突变热点区域。潍坊、济宁两地分离物与GenBank中该病毒的全基因组序列相似度平均值分别为89.89%和89.72%。系统进化树分析发现BWYV亚洲地区的分离物聚类在3个不同的组别,本研究克隆的2个山东分离物和3个日本分离物(LC428355、LC428356、LC428357)、2个韩国分离物(LC198684、KM076647)聚在一组,而美国分离物与法国分离物聚在其他分支,表明该病毒的进化存在地理相关性。这是首次对BWYV中国辣椒分离物的全基因组序列克隆,丰富了BWYV的序列信息,有助于进一步了解该病毒种群的遗传进化关系。  相似文献   
5.
一种新油茶炭疽病原多基因序列鉴定   总被引:3,自引:0,他引:3  
从湖南、广西油茶叶上分离获得5株能侵染油茶树的病原菌。通过柯赫氏法则证明该病原菌为油茶炭疽病的致病菌。病菌菌落圆形,初期为白色,逐渐变为浅灰色;气生菌丝由白色和灰白色渐变为深灰色绒状;菌落背面中心颜色深,外部颜色浅;菌丝划伤后在PDA培养基上能产生橘黄色的分生孢子堆,分生孢子为单胞、直、圆柱状、无色、光滑、两头钝圆或一端稍尖,分生孢子大小(11~15)μm×(4~5)μm;菌丝体附着胞不规则状,浅褐色,(8~12)μm×(5.5~7)μm。采用形态学结合多基因(核糖体内转录间隔区(ITS)、钙调蛋白-CAL、3-磷酸甘油醛脱氢酶-GAPDH)系统学的方法对它们进行鉴定,结果发现,5个菌株均为暹罗刺盘孢(Colletotrichum siamense)。这是国内油茶上C.siamense的首次报道。  相似文献   
6.
广西猪瘟病毒E0和E2基因的克隆及序列分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
通过分析目前广西猪瘟病毒(CSFV)的E0和E2基因特征,为了解广西地区CSFV的分子流行病学、遗传变异及综合防控提供科学依据。试验采用RT-PCR方法,对阳性猪瘟样品进行CSFV的E0及E2基因的扩增,经克隆、测序后,利用DNAStar软件对序列进行比对分析,同时绘制系统遗传进化树。结果表明,从阳性猪瘟样品中成功扩增CSFV的E0及E2基因。序列比对分析发现,GX2毒株与参考毒株的E0基因核苷酸同源性在83.1%~94.1%,其推导氨基酸同源性在85.9%~99.6%;与参考毒株的E2基因核苷酸同源性为81.7%~93.7%,其推导氨基酸同源性为89.0%~97.0%;E0与E2基因均属于基因Ⅱ群。氨基酸变异位点分析表明,E0蛋白的RNase活性区域氨基酸基序位点没有发生变异;E2蛋白中15个位点上的半胱氨酸均未发生变异,但单抗识别位点S734R发生变异。遗传进化分析显示测定的GX2毒株与近年来广西CSFV流行毒株的变异趋势相似,与中国传统疫苗株HCLV、经典强毒株Shimen的同源性较低,亲缘关系较远,与广西近年来的流行毒株GXWZ02株的同源性较高,亲缘关系较近。  相似文献   
7.
[目的]阐明乌鳢、斑鳢、月鳢核基因序列(ITS)的遗传变异情况,并用ITS序列研究鳢属系统进化关系.[方法]利用PCR扩增3种鳢的ITS,经克隆、拼接得到ITS全长后进行分析.[结果]乌鳢、斑鳢和月鳢ITS全序列长度为902、927、902或903bp.3种鳢ITS的G+C含量较高,约占72%.3种鳢之间核苷酸差异明显大于种内,明显的差异性ITS片段可以鉴别3种鳢.采用NJ和ML方法建立的进化树都表明乌鳢和斑鳢的遗传距离最近,而乌鳢和月鳢遗传距离最远.[结论]该研究为鳢属的分类鉴定、系统进化关系以及种间杂交提供基础资料.  相似文献   
8.
入侵种西花蓟马与本地近缘种花蓟马的双基因鉴定   总被引:1,自引:0,他引:1  
快速准确的害虫种类识别是有效筛选天敌昆虫开展靶向性生物防控的关键。入侵种西花蓟马Frankliniella occidentalis与本地种花蓟马F.intonsa常同域同期同种寄主上发生,因体型小、形态相似,难以快速准确鉴定。本研究以mt DNA COI与r DNA ITS2基因为标记对我国10个采样点的西花蓟马和花蓟马开展分子鉴定研究。结果显示,当以COI或ITS2基因为靶标时,西花蓟马与花蓟马间的平均遗传距离分别为0.221和0.113,是种内遗传距离的22.1和18.8倍,且种内、种间遗传距离间无重叠,并在系统发育树上聚为独立的分支,表明2种基因均可准确区分西花蓟马和花蓟马。此外,基于COI基因构建的系统发育树,西花蓟马的各单倍型聚为了2个亚分支,并分别对应温室品系和羽扇豆品系,表明COI基因还可用于西花蓟马品系的识别鉴定。研究结果对近缘种花蓟马的快速鉴定、专食性天敌昆虫的筛选,及其生防效果评价具有重要意义。  相似文献   
9.
根据形态学特征挑选了7株采自甘肃甘南境内的野生羊肚菌,应用rDNA-ITS序列进行了比对技术分析。结果表明,7株野生羊肚菌归属为4个种:粗柄羊肚菌Morchellav crassipes、羊肚菌M.esculenta、黑脉羊肚菌M.angusticeps和高羊肚菌M.elata。根据分子系统树发现,粗柄羊肚菌和羊肚菌属于黄羊肚菌类群,而黑脉羊肚菌和高羊肚菌属于黑羊肚菌类群。  相似文献   
10.
Laccases of fungal origin have been intensively studied due to their importance in various biotechnological applications. There is a constant demand for new laccases with improved properties such as stability at higher temperatures or at an alkaline pH. Growing molecular evidence suggests that laccases may also be widespread in bacteria. While only a handful of bacterial laccases have been purified and characterized, several novel traits have already been discovered (e.g. pH-stability and 2-domain organization of the enzyme as opposed to the usual 3-domain structure of fungal laccases). The aim of this study was to examine the diversity of bacterial laccase-like genes in two types of high-organic peat soil using a cloning and sequencing approach. Gene libraries prepared of small fragments (150 base pairs) revealed an amazing diversity of bacterial laccases. The fragments clustered in 11 major lineages, and one third of the 241 sequences resembled laccase-like genes of Acidobacteria. Additionally, a new primer was used to retrieve several larger fragments of the putative bacterial laccase genes that spanned all four copper-binding sites. Both “conventional” 3-domain laccases and the recently described 2-domain small laccases have been obtained using this approach, demonstrating the potential of the primer. The present study thus contributes to the understanding of the diversity of bacterial laccases and provides a new tool for finding laccase-like sequences in bacterial strains and soil samples.  相似文献   
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