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1.
20个物种同义密码子偏性的比较分析   总被引:8,自引:0,他引:8       下载免费PDF全文
对6种双子叶植物、4种单子叶植物、7种多细胞真核动物、2种单细胞真核生物及1种原核生物(大肠杆菌)的编码序列(CodingDNASequence,CDS)进行了比较研究。结果发现,各供试物种密码子的用法存在明显的位置依赖,编码区域不同区段对密码子选择使用的程度差异很大,表明基因的同义密码子偏性与其编码区不同区域的碱基环境密切相关;基因组差异是造成密码子使用偏性的首要因素。对"翻译起始区"和"翻译终止区"的特征分析发现,大部分供试物种编码序列中的"翻译起始区"碱基偏置强烈,"翻译终止区"相对较弱,暗示"翻译起始区"的密码子使用对提高蛋白翻译的效率和精确性更为重要。不同物种中G+C含量对其同义密码子偏性的贡献率差异很大,但并非是影响同义密码子使用偏性的唯一因素。可以认为,基因编码区域密码子偏性的研究能为搜寻物种进化的分子机理提供线索。  相似文献
2.
陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性的分析   总被引:7,自引:2,他引:5       下载免费PDF全文
 【目的】通过分析陆地棉叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响密码子偏性形成的主要因素。【方法】以陆地棉叶绿体基因组为研究对象,利用Mobyle及其它软件,分析叶绿体50个基因密码子的使用模式。【结果】陆地棉叶绿体基因组密码子GC1与GC2之间的相关系数达到极显著水平,GC3含量最低,与GC12的相关系数为0.14,双尾检验未达到显著水平;单个基因ENC比值多分布在-0.05—0.05;对应性分析,第一轴上显示了10.27%的差异,与GC3、ENC的相关系数分别为0.223和-0.147,均未达到显著水平。【结论】陆地棉叶绿体密码子第三位偏好使用嘧啶,而最优密码子多以A或T结尾;密码子使用模式可能是由选择和突变及其它因素共同作用形成的。  相似文献
3.
猪OLR1基因克隆及生物信息学分析   总被引:5,自引:3,他引:2       下载免费PDF全文
设计猪氧化低密度脂蛋白受体1(OLR1)基因编码区全长引物,从猪脂肪组织中扩增OLR1基因编码区全长序列,对其蛋白质序列进行比对分析,预测蛋白质信号肽位点及结构域并研究该基因密码子使用偏好性。结果表明:猪OLR1基因编码区全长为825 bp,共编码273个氨基酸,猪OLR1基因与牛同源性最高(84%),其次是人(79%)、大鼠(51%)和小鼠(27%)。猪OLR1蛋白38~60位氨基酸为信号肽所在位置,144~256位氨基酸正是C型凝集素家族共有结构域;OLR1基因密码子A U含量(61.2%)远高于G C含量(38.8%),而且偏向使用A/U结尾的密码子(占76.53%),这可能影响到OLR1基因的表达水平。  相似文献
4.
拟南芥及水稻转录因子MADS密码子的偏好性比较   总被引:4,自引:0,他引:4       下载免费PDF全文
大多数与花发育相关的功能基因属于MADS基因家族.应用CodonW的因子分析表明,拟南芥MADS转录因子家族偏好使用A、U结尾的密码子,而水稻MADS转录因子家族偏好使用G、C结尾的密码子.同时通过氨基酸序列的多重比对,表明密码子偏好性与氨基酸序列及二级结构之间存在关联,证实了不同的密码子编码的氨基酸位于蛋白质二级结构的特定位置.  相似文献
5.
遗传密码子和氨基酸若干物理化学特性的相关性研究   总被引:4,自引:0,他引:4  
为了揭示密码子性质与氨基酸性质之间可能存在的内在联系,系统地考察了密码子的分子量、亲水性、碱基堆积力和π电子共振能以及氨基酸的分子量、等电点、相对距离、不可取代性和同义密码子数等特性,并对这些性质间可能存在的相关性进行了分析。结果显示,在密码子、氨基酸以及密码子与氨基酸的多项性质间均存在着显著的正相关或负相关。此外,根据密码子的4种特性对20种蛋白质氨基酸进行了分类,这可能在某种程度上真实地反映了密码子与氨基酸的对应联系。文中还对这些内在相关性的可能意义进行了讨论。  相似文献
6.
大豆贮藏蛋白氨基酸组成与遗传密码的相关性研究   总被引:4,自引:0,他引:4  
研究结果表明,野生、半野生和裁培大豆种子贮藏蛋白中,除个别氨基酸外,其余各氨基酸含量与其密码数目呈极显着正相关.氨基酸含量明显受其密码子数目限制.大豆蛋氨酸含量较低,与其对应密码子数目最少有关.贮藏蛋白各组分中,11S球蛋白各氨基酸含量与其对应密码子数目的相关性高于7S球蛋白、而11S各组分中,又以A1a亚基的相关性最低,B16、B2亚基的相关性最高;7S各组分以α′亚基相关性最低,β亚基相关性最高.11S和7S中各亚基氨基酸含量与其对应密码子数目的相关均达显著水平.对20个栽培大豆的分析研究表明,各氨基酸组分与其相应密码子数目的相关均达极显著水平,表明该相关具有较高稳定性.  相似文献
7.
不同种类柑橘的密码子用法分析   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
采用高频密码子分析法,对甜橙Citrus sinensis、温州蜜柑C.unshiu、葡萄柚C.paradisi和柠檬C.limon等4种柑橘的蛋白质编码基因序列(eodon DNA sequence,CDS)进行了分析,计算出了柑橘同义密码子相对使用频率(relative frequency of synonymous codon,RFSC),确定出了4种柑橘的高频率密码子,发现不同种类柑橘偏爱密码子稍有差别.  相似文献
8.
遗传密码子和均一手性的起源问题   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
针对生命起源研究领域,遗传密码及手性均一性两大难题,提出了新的思路,作者认为:原始密码子应是“3读2”三联体,由于某种氨基酸-tRNA-寡核苷酸复合体之间的聚合反应,导致原始密码子顺序同期编码二肽的同步起经的多态性则反映了进化轨迹,是原始密码子第3位碱基,分发化物结果;同时还认为,手性均一性是周转在代生命分子的独特行为,它必然同代谢系统同步起源,原始的类似糖生成途径可能起到关键性作用。  相似文献
9.
人表皮生长因子的基因克隆与原核表达   总被引:2,自引:1,他引:1       下载免费PDF全文
采用RT-PCR方法从人胎盘组织中扩增出hEGF基因,将其分别连入表达载体pGEX-4t-1(+)和pGEX-6p-1(+)质粒中,并转化入BL21-CodonplusTM中,解决了大肠杆菌密码子偏爱性问题,不需附加程序就可以编码稀有密码子的重组基因。SDS-PAGE结果证明,pGEX-4t-1(+)-hEGF和pGEX-6p-1(+)-hEGF分别在大肠杆菌BL21(DE3)-CodonplusTM-RP和BL21(DE3)-CodonplusTM-RIL中获得高效表达,目的蛋白占总菌体蛋白的30%左右。  相似文献
10.
【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A. chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析。【结果】18条SCoT引物共扩增出126个位点, 其中多态性位点117个,多态性比率达92.86%,在供试材料中检测出了丰富的DNA多态性;与扩增出的109条亲本条带比较,F1—S3分别丢失亲本条带28、30、10、11和10条,其中,来自父本特异性条带为16、12、7、9和9条,各自新增条带9、3、10、14和8条,说明SCoT产物早在Fl即开始发生变化,变化类型包括亲本条带的丢失、跳跃式继承和新条带的产生,在丢失的亲本条带中以父本条带为主。【结论】ATG翻译起始位点及其侧翼区域在花生种间杂交异源多倍化早期迅速发生广泛而剧烈的变化,其生物学功能可能与多倍体的进化和稳定有关;SCoT标记作为一种简单、有效和实用的新型功能型分子标记技术,可以为花生属及其它物种多倍体进化中基因组遗传变化研究提供技术支持。  相似文献
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