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1.
猪SLA-DQA一个新SNP的发现及其遗传效应的研究   总被引:13,自引:0,他引:13       下载免费PDF全文
 采用PCR-RFLP方法对新发现的一引起氨基酸改变的SNP位点(读码框第722位碱基)进行了检测,初步探讨了DQA基因作为影响经济性状候选基因的可能性。经在6个中国地方猪种及大白猪中PCR-RFLP检测,发现除小梅山和大白猪外,其它几个猪种均存在多态性,同时对6个地方猪种间的基因型频率的差异进行了χ2检验。在通城猪、长白猪、大白猪及其三元杂种猪长大通和达长通猪中检测了该位点的基因型,并运用GLM进行基因型与生长、胴体性状间关联分析,发现该SNP位点与平均背膘厚、6-7肋间背膘厚存在显著相关(P<0.05),与胸腰椎间背膘厚也接近显著性水平(P=0.06),与内脂率、眼肌高、肌肉失水率亦存在显著相关(P<0.05),但未发现与生长性状间的相关。  相似文献
2.
 利用改良等位基因特异性PCR(Modified Allele Specific PCR, M-ASP)结合PCR-RFLP以及直接测序方法对藏鸡和隐性白羽鸡生长激素(Growth Hormone, GH)基因内含子4 (Intron4)的一个位点进行了SNP检测,并进行了该基因与藏鸡生长性状的关联分析。检测结果显示,GH基因Intron4的这个位点同时具有M-ASP和SacI-RFLP多态。测序结果表明,该位点发生了C→G的碱基突变,产生了CC、CG和GG三种基因型。两个等位基因和三种基因型在两鸡种中的分布基本一致。其中,基因型CC和等位基因C的频率最高。χ2检验结果表明,基因型频率或者等位基因频率在两鸡种之间没有显著差异(P>0.05),而分别在两鸡种内部却存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异。方差分析结果表明,基因型与藏鸡的2周龄体重等12个生长性状有显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)关联;基因型CC与藏鸡的7周龄体重存在显著关联(P<0.05)。这暗示了GH基因是影响藏鸡生长的主效基因或者它与主效基因相关,而该位点的碱基突变可以作为筛选藏鸡高的7周龄体重的分子标记。  相似文献
3.
双羔型辽宁绒山羊FSHR基因SNP分析的研究   总被引:10,自引:1,他引:9  
分别选择遗传性能稳定的2.5岁的经产双羔、单羔辽宁绒山羊母羊,并以萨能奶山羊为对照。对FSHR基因第10个外显子的1487~1717bp碱基区段进行SNP分析;利用PCR法扩增FSHR第10个外显子的目的片段,用PCR-SSCP法对PCR扩增的目的片段进行单核苷酸多态性分析。结果表明:辽宁绒山羊FSHR基因第10个外显子突变率较大,并且其突变发生在第1606个碱基,由C→T,说明FSHR基因的第10个外显子可以作为双羔性状的标记基因。  相似文献
4.
研究采用PCR—SSCP技术研究番鸭不时就巢群体(就巢1月群、就巢2月群、就巢3月群)、番鸭非就巢群和白改鸭5个群体250个个体PRL三基因第4外显子多态性与就巢性状之间的相关性。结果表明,在外显子4编码区内发现2个SNP位点,分别位于该基因的3777 bp(T/C)和3785 bp(A/G)处。基因型与就巢性状指标相关分析的结果表明,番鸭非就巢群体与各就巢群体间差异极显著(P〈0.01),同时番鸭与白改鸭差异显著(P〈0.05),推测PRL基因与就巢性有一定的相关。  相似文献
5.
 以硝普钠 (SNP)、精胺 (Sper/NO)和亚硝基谷胱甘肽 (GSNO)作为一氧化氮 (NO)供体用于处理卵囊 ,探讨外源性NO对卵囊的孢子化率及其致病力的影响。试验结果表明 ,在以上 3种NO供体中 ,只有GSNO对卵囊的孢子化有明显的抑制作用 ,其对纯化卵囊的抑制率达 93%~ 97% ,对粪便中卵囊的抑制率可达 10 0 % ;GSNO还能明显抑制孢子化卵囊的致病力 ,经 2~ 8mmol·L-1浓度GSNO处理的卵囊明显丧失了对雏鸡的致病作用。  相似文献
6.
猪Leptin基因的SNP筛查及其与生长性状的关联分析   总被引:6,自引:3,他引:3  
根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析.结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1).  相似文献
7.
遗传标记的研究进展和应用   总被引:6,自引:0,他引:6  
系统介绍了遗传标记-形态学标记到分子遗传标记的发展过程,着重介绍了分子标记RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SNP及其研究进展与应用.  相似文献
8.
一种基于聚合酶链式反应检测SNP的方法   总被引:5,自引:0,他引:5  
SNP是具有广泛利用潜力的第3代分子标记,本文旨在开发一种利用PCR技术快速检测SNP的方法。设计思路是:根据已知SNP位点设计2条特异正向引物,其最后一个碱基分别与已知SNP的2个碱基相同,同时在1条引物的5′端添加1段20 bp左右的其他物种的特异序列(如细菌DNA序列),然后选择1条合适的反向引物;最后同时加入3条引物,通过梯度PCR选择合适的退火温度进行PCR反应。利用这一方法成功将玉米的ZDS基因定位在玉米第7染色体短臂7.02 Bin。这种检测SNP的方法设计简单,费用低廉,尤其适合SNP标记的分子标记连锁图构建或者基因定位。  相似文献
9.
水稻单核苷酸多态性研究进展   总被引:4,自引:0,他引:4  
张玲  李伟  谢崇华 《安徽农业科学》2007,35(34):10955-10958
综述SNP的概念与特点、检测分析技术与检测平台,SNP在水稻基因组中的分布、基本特性,及其在水稻遗传育种中的应用。  相似文献
10.
基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发   总被引:4,自引:1,他引:3       下载免费PDF全文
【目的】单核苷酸多态性(SNP)是基因组中最普遍的遗传变异,是构建遗传图谱、完成分子标记辅助育种的一种非常重要的遗传标记。新一代高通量测序平台为SNP位点的检测提供了强有力的技术支持。多倍体作物通常表现为基因组序列大且重复比例高,一直以来多倍体作物的SNP位点挖掘面临巨大的挑战。【方法】共收集300份甘薯种质资源,利用SLAF-seq测序技术进行测序。首先以马铃薯基因组为参照,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq文库。后通过高通量测序的方式获得海量序列,进而通过软件分析比对,获得多态性SLAF标签,最后在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点。【结果】对照拟南芥的测序数据与其参考基因组进行比对的结果表明,双端比对效率在本试验中为87.71%,酶切效率为93.22%,说明本试验SLAF建库正常。通过测序共产生498.14 Mb的读长数据,测序后各样品所获得的读长数目在441 595—2 731 920范围内,其中,冀薯4号获得的数据量最大,共计获得2 731 920个读长,对照拟南芥数据量最小,共计获得441 595个读长。测序质量值Q30的范围在88.37%—90.67%,样品3043 Q30测序值仅为87.31%,样品鄂紫1号Q30测序值为91.31%,所有样品Q30值均在80%以上。测序获得GC含量的范围在37.23%—38.09%,样品苏薯9号和浙薯2号存在极端值,样品苏薯9号的GC含量在39.80%,样品浙薯2号GC含量在37.10%,所有样品GC含量均值为37.64%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共计获得597 094 个SLAF标签,样品的平均测序深度为11.77×,其中多态性SLAF标签260 000个,占SLAF标签总数的43.54%。根据所获得的260 000个多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共计获得795 794个群体SNP位点。【结论】共获得498.14 Mb的读长数据,597 094个高质量的SLAF标签,260 000个多态性SLAF标签,从260 000个多态性SLAF标签上共计开发获得795 794个高质量SNP位点。表明SLAF-seq技术可以很好地应用于甘薯SNP位点的开发,其效率远远高于SSR、AFLP、RAPD等分子标记技术。从全基因组范围获得的SNP位点可以进一步的用来完成后续群体进化分析和特异性SNP标记的开发。  相似文献
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