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1.
《山西农业大学学报(自然科学版)》2021,(1)
[目的]长链非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)近年来受到了越来越多的关注,被认为是重要生物学过程中潜在的关键调控因子,目前已经在斑马鱼胚胎和组织中发现了大量的lncRNAs。然而,这些在成体组织中已发现并鉴定的有差异表达的lncRNAs在胚胎发育时期的时空表达谱仍不清楚,本文研究成体斑马鱼心脏中发现的3个lncRNAs在胚胎发育阶段的时空表达谱。[方法]首先对其编码潜能利用在线软件进行分析,并通过Ensemble、NCBI等网站对其与蛋白编码基因的关系进行分析,然后利用实时荧光定量PCR方法分析了lncRNAs TCONS_00028652、lnc_H001和lnc_H007在斑马鱼胚胎发育阶段以及不同组织的表达水平。为了进一步研究其在斑马鱼胚胎发育过程中表达的空间位置,采用全胚原位杂交技术进行检测。[结果](1)通过在线数据库对其在基因组上的位置与编码基因的关系分析发现,TCONS_00028652属于基因间长链非编码RNA,lnc_H001属于内含子型,而lnc_H007属于反义型长链非编码RNA;(2)通过实时荧光定量PCR检测发现它们在胚胎发育不同时期几乎都有表达,而且在成体组织中,不仅在心脏中有表达,在其它组织也有表达,其中TCONS_00028652在大脑和肝脏中的表达高于其它组织,lnc_H001在大脑中的表达高于其它组织,而lnc_H007则是在心脏中表达高于其它组织。[结论]3种lncRNAs不仅在斑马鱼心脏发育和修复中起作用,而且在其它器官发育和修复以及胚胎发育过程也发挥一定的作用。 相似文献
2.
基于传统的酸性酚—异硫氰酸胍—氯仿一步提取法,比较分析多种优化操作步骤,摸索出一种高质量提取体质量为80~150 g草鱼肠系膜脂肪组织总RNA的改良方法。试验结果显示,相较于肝脏、脾脏、肠道等脏器组织,草鱼肠系膜脂肪组织RNA丰度低,且极易在样品前处理阶段出现顽固性降解问题。探索发现,将取样量增至约30 mg,可提升RNA产量以满足常规试验需求。针对降解难题,改良常规的样品前处理技术流程,采用鲜样液氮速冻,冻样直接放入TRIzol试剂中裂解,并即刻进行长时间机械匀浆,时长约3 min等核心操作步骤,可显著降低脂肪组织样品RNA的降解。Agilent生物分析仪检测结果显示,改良方法提取的草鱼肠系膜脂肪组织RNA完整度高,关键RIN值为8.7~9.0。研究推测,长时间机械匀浆所形成的持续剪切冲击力或许有助于TRIzol试剂中的异硫氰酸胍等成分突破油滴阻碍而有效抑制内源性RNA酶。本方法提取的草鱼脂肪组织总RNA质量可满足高通量转录组测序要求。 相似文献
3.
microRNA(简写为miRNA)是一类内源基因编码的单链RNA分子,参与转录后基因的表达调控,在血液生成过程中起着重要作用。为研究miR-30e对鱼类血液生成的作用机制,以斑马鱼Danio rerio作为模式生物,针对青藏高原裂腹鱼血液组织中高表达的miR-30e,利用生物信息软件预测斑马鱼miR-30e的靶基因,构建含斑马鱼ALAS2-3′UTR序列的双荧光素酶报告质粒与斑马鱼miR-30e进行共转染,检测细胞双荧光素酶活性的变化;同时构建含斑马鱼ALAS2-3′UTR序列的绿色荧光蛋白质粒,与miR-30e共同显微注射斑马鱼胚胎,观察GFP荧光强度与蛋白表达量的变化。结果表明:斑马鱼胚胎在注射miR-30e模拟体48 h后,其血红蛋白表达明显减少;转染miR-30e的293T细胞双荧光素酶活性显著降低(P<0.05);斑马鱼胚胎注射miR-30e模拟体24 h后,其GFP荧光强度明显降低,且GFP蛋白表达量明显减少。研究表明,ALAS2基因是miR-30e的一个靶基因,miR-30e通过抑制ALAS2表达而抑制血红细胞的生成。 相似文献
4.
5.
众所周知,牛肉的营养价值很高,但随着现代人的生活条件越来越好,选择牛肉制品的机会也随之增加.肉牛在交易中经常需要运输,而因运输造成的应激反应却会对肉牛造成很大的伤害,例如体增重、免疫力和生产性能等都会有一定的影响.目前国内外抗应激的方法有很多,均为提高肉牛抵抗应激的能力,从而降低损失. 相似文献
6.
为了比较饲料中添加鱼油、茶籽油、亚麻籽油以及碘酸钾对中华鳖()稚鳖生长和脂类代谢的影响,本研究配制了4种油脂含量为10%的饲料,分别为鱼油料(FO,对照组)、鱼油+碘酸钾料(FO+PI,碘酸钾添加量为75 mg/kg)、茶籽油料(TO)和亚麻籽油料(LO),饲喂初重为(5.06±0.05)g的中华鳖66 d。FO+PI组和LO组中华鳖稚鳖的存活率显著低于FO组(<0.05)。各组中华鳖稚鳖血浆中葡萄糖、总胆固醇和甘油三酯水平无显著差异(ACACA)的表达水平,上调了中华鳖-499的表达水平(-23b的表达水平(<0.05)。FO+PI组和TO组的稚鳖肝脏细胞内脂滴空泡较少,同时TO显著影响了肠道组织的黏膜褶。结论认为,相比于鱼油组,在饲料中添加10%茶籽油、亚麻籽油和添加75 mg/kg碘酸钾不会引起稚鳖生长差异,但是亚麻籽油和碘酸钾降低了稚鳖的存活率,茶籽油和碘酸钾影响肝脏的脂类代谢。 相似文献
7.
由于人口不断增长,人们要快速得到高产高质粮食的要求迫切,大量使用化肥,导致了有害物质残留,土壤或水污染,土壤板结或某些营养元素相对匮乏等一系列环境问题。丛枝菌根(Arbuscular mycorrhiza, AM)是土壤内常见的共生结构,由AM真菌(AMF)与土壤根系形成。已有研究表明其可通过分泌代谢物,增大根系与土壤接触面积,调节某些土壤元素存在形式等多种途径,影响植物对土壤元素的吸收转运。硫是维持植物生长发育的必需元素之一,可由于植物对S的需要并不如N,P,K大量,现代农业在对土壤进行施肥过程中往往将其忽略,因此土壤缺S正逐渐成为中国农业发展的限制因素。为了解决以上问题,本文将主要对AMF影响植物吸收土壤元素的途径及生理机制进行总结分析。并根据其作用方式特点进一步分析AM共生对植物吸收转运硫素的影响,指出AMF作为生物化肥的可行性,以期为解决现代化肥的替代问题以及土壤缺硫问题提供新的思路。 相似文献
8.
以已公布的棉铃虫线粒体DNA序列对来自4头棉铃虫雄蛹的DNA的三代测序数据进行筛选,获得了11条与线粒体DNA有同源性的三代read序列,并根据其中的read 66003鉴定出了一种膨胀的线粒体基因组。该线粒体基因组大小为27 113 bp,其保守区域包含13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因以及1个AT富集区,与已公布的棉铃虫线粒体基因组的结构相似。膨胀区域位于cox1基因编码区内部,大小为11 467 bp,经预测含有一个完整的真核基因(依赖ATP的RNA解旋酶)以及多种转座元件的片段,但与线粒体DNA无同源性,也无I类或Ⅱ类内含子存在的证据。对田间和室内棉铃虫DNA样品的PCR扩增未能检测到膨胀线粒体基因组的存在。以上结果表明膨胀片段可能是细胞核DNA序列通过偶然的水平转移事件而整合到线粒体基因组中的,且该种膨胀方式的发生概率极低。本文报道的膨胀线粒体基因组为日后动物线粒体基因组学的研究提示了一种独特的变异方式。 相似文献
9.
旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel_circ_0013580、novel_circ_0012931、novel_circ_0011886、novel_circ_0013588、novel_circ_0007737和novel_circ_0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel_circ_0013580和novel_circ_0013588,两者能够同时结合novel_409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。 相似文献
10.