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1.
奇楠沉香为极具收藏及药用价值的上品沉香,其鉴定目前以化学方法为主,但其种苗从苗期至采香之间则难以用传统分类和化学方法进行鉴定,DNA条形码的发展为这一产业难题的解决提供了新的思路。本研究在明确白木香良种‘热科2号’可产奇楠沉香的基础上,采用11对植物DNA条形码通用引物对‘热科2号’和普通白木香两个沉香品种进行分子鉴定探索,发现改良的CTAB法更适合白木香叶片样本的DNA提取,继而发现ITSITS2和源自叶绿体的8个DNA条形码在两个品种均无变异,而ITS1序列的第159个碱基在‘热科2号’中为T,在普通白木香中为A,多样本实验证明该变异位点可以作为‘热科2号’和普通白木香种苗鉴定的分子标记。本研究结果为白木香良种‘热科2号’及其幼苗的鉴定提供分子水平的技术支持,也为白木香良种的溯源提供新的思路。  相似文献   
2.
为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究。结果表明:供试材料的ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为246、230、160~161 bp;ITS1与ITS2序列存在变异位点426个,信息位点232个;5.8S序列存在202个变异位点,信息位点84个。根据ITS序列构建进化树:供试材料可分为2支,锦香草与短毛熊巴掌在进化树中聚为一支,分支内部互相嵌入;长柄熊巴掌单独聚成一支。以上结果显示,锦香草、短毛熊巴掌亲缘关系较近,它们与长柄熊巴掌亲缘关系较远,该结果支持《Flora of China》将短毛熊巴掌处理为锦香草的异名,长柄熊巴掌为独立种。  相似文献   
3.
Dothistroma needle blight (DNB) has been observed in Slovakia during the last two decades. Up until 2017, Dothistroma septosporum has only been detected and molecularly confirmed to cause DNB in Slovakia. Here, we report the detection of Dothistroma pini at six localities around Slovakia, representing different plantation types. Four pine species (Pinus sylvestris, P. nigra, P. mugo and P. jeffreyi) were confirmed as hosts of D. pini in Slovakia, of which only P. mugo has been previously reported as host in Slovakia. Three gene regions (ITS, EF1 –α, and ß-tubulin) of each of the 13 isolates were sequenced and assigned as D. pini. Based on ITS sequences, the studied isolates represent the haplotypes Dp_HAP.1, Dp_HAP.2. Both mating types were detected but at different localities. Our results suggest that in addition to D. septosporum, D. pini may contribute to DNB also in Slovakia.  相似文献   
4.
ITS2 (Internal transcribed spacer 2)是位于核糖体5.8S和28S基因之间的非编码序列。为了探讨该片段的多样性特征以及进化模式,本研究选取了鲈形目(Perciformes) 5科11种鱼类为研究对象,共获得了444条ITS2克隆序列,其长度范围为332~515 bp。比较种内不同序列的长度发现,金带细鲹(Selaroides leptolepis)在种内存在24 bp的差异,剑鱼(Xiphias gladius)在种内存在32 bp的差异,这2种鱼类的差异较为明显;其余9种鱼类的长度相对比较保守,长度差异小于14 bp。依据11种鱼类的保守位点数、变异位点数、简约信息位点数、单倍型数、保守位点比例、单倍型多样性指数、核苷酸多样性等特征分析发现,种内存在着不同程度差异,特别是金带细鲹的ITS2序列存在着Type A、Type B和Type C 3种类型,各类型间差异较大。根据序列的多样性特征推断,金带细鲹和剑鱼的进化方式为非协同进化;蓝圆鲹(Decapterus maruadsi)、大甲鲹(Megalaspis cordyla)、吉打副叶鲹(Alepes djedaba)和日本竹筴鱼(Trachurus japonicas)的长度和变异位点均存在着一定程度的差异,但差异并不明显,视为不严格的协同进化;泰拉鰆鲹(Scomberoides tala)、布氏鲳鲹(Trachinotus blochii)、尖吻鲈(Lates calcarifer)、射水鱼(Toxotes chatareus)和军曹鱼(Rachycentron canadum) 5种鱼类为协同进化;另外,协同和非协同进化状态与分类系统没有相关性。序列比对发现,大甲鲹种内存在着由协同进化方式演变为非严格的协同进化方式的过度序列;在金带细鲹的3个不同个体中,序列间存在着从协同进化、非严格的协同进化演变为非协同进化的3种进化方式。基于ITS2序列构建的11种鱼类的邻接系统树显示,每种鱼类的克隆都分别按种单独聚为一支,鲹科7属鱼类各属也是单独聚支,表明ITS2不仅可以用在种类的分子鉴定,同时也可以作为分子标记应用于鲹科和属级水平的系统关系研究。  相似文献   
5.
2007~2016年在河北各地采集玉米小斑病标样,对分离出的356株玉米小斑病菌菌株进行生理小种鉴定。结果表明,在鉴定的年度范围内,玉米小斑病菌T小种、C小种、S生理型、O小种的分离频率在年度间存有差异,O小种的平均分离频率94.94%,是河北省玉米小斑病菌的优势小种;O小种对主栽品种郑单958和自交系C103的致病力呈下降趋势,在C103上致病力下降幅度小于郑单958。对河北省石家庄、保定、衡水、沧州邯郸、邢台采集的45株菌株进行ITS序列分析构建UPGMA进化树,分析表明,河北省内玉米小斑病菌株的遗传进化与地域有一定关系,差异不明显。  相似文献   
6.
为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。  相似文献   
7.
基于ITS序列的竹亚科植物分子鉴定研究   总被引:1,自引:1,他引:0       下载免费PDF全文
利用ITS序列对竹亚科13个属76个竹种进行DNA条形码分子鉴定.该研究提取慈竹属、刚竹属、箬竹属、唐竹属、矢竹属、大明竹属、赤竹属、巴山木竹属、倭竹属、短穗竹属、簕竹属、酸竹属及少穗竹属共13个属62个竹种DNA,对其内转录间隔区ITS序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列与GenBank数据库下载的14条ITS序列共76个竹种序列用Clustal X软件比对,再利用MEGA6.06软件构建K2P距离法的NJ系统发育树.结果显示,种内遗传距离为0~3.907,平均遗传距离为0.370;种间遗传距离为0~4.394,平均遗传距离为2.287,种内遗传距离远小于种间遗传距离.ITS序列可用于竹类资源的物种鉴定研究.  相似文献   
8.
从南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)根部树皮内表皮中分离得到69株内生真菌,通过HPLC检测发酵液中紫杉醇含量,共获得7种紫杉醇产生菌,同时,通过形态学分析以及ITS序列分析确定分别属于链格孢属(Alternaria)、葡萄孢盘菌属(Botryotinia sp.)、刺盘孢属(Colletotrichum)、拟茎点霉属(Phomopsis)和枝孢菌(Cladosporium),其中链格孢属真菌紫杉醇产量最高,平均为271.54μg/L,是目前见诸报道的产量最高的链格孢菌,亦是从红豆杉根部树皮中筛选出的紫杉醇产量较高的野生菌株之一。该菌株的发现为紫杉醇高产菌的选育提供了又一优良的种质资源。  相似文献   
9.
利用核糖体DNA第一内转录间隔区(Internal transcribed spacer 1, ITS1)序列,对中国大连(CD)、朝鲜罗津( KN)和俄罗斯海参崴( RV)仿刺参Apostichopus japonicus 3个群体的遗传结构进行分析。结果表明:经PCR扩增、克隆测序,获得长度为517~519 bp、524 bp两种类型的ITS1核苷酸序列,平均G+C含量(64.5%)显著高于A+T含量(35.5%);在仿刺参30个个体61条序列中共检测到49个变异位点,多态位点比例为9.33%,其中有4个简约信息位点,共有40种基因型,群体共享基因型为2个;遗传多样性分析表明,3个群体的遗传多样性丰富;分子方差分析显示,88.65%的变异来自于群体内部,群体间遗传分化较弱或中度分化;根据群体间遗传距离进行的聚类分析发现, KN群体与RV群体的亲缘关系较近, CD群体与KN、 RV群体的亲缘关系较远。  相似文献   
10.
郝芳芳  王秀然  张天柱  刘思阳  王岩  卢天成 《安徽农业科学》2014,(31):10848-10850,10897
[目的]利用生物信息学方法初步探讨虫草属日本拟青霉的分类地位。[方法]提取日本拟青霉的基因组,并利用通用引物ITSL和ITS4采用PCR技术扩增rDNA18S-28S ITS序列。采用Clustalx1.83和MEGA5软件构建系统发育树,生物信息学比较分析确定其分类地位。[结果]PCR扩增产物为603 bp。将日本拟青霉重新命名为雪花高雄山虫草(Cordyceps takaomontana strain JLsnow)。将虫草重新分类,并对该类群及其特征进行了描述。[结论]从分子水平上说明日本拟青霉与其他虫草之间的差异,该研究为虫草属真菌的分类提供新思路。  相似文献   
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