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1.
本研究在前期构建的刺参(Apostichopus japonicus)高密度遗传连锁图谱和QTL分析的基础上,筛选出26个与体长、体重、体宽、棘刺总数、抗病力相关的SNP位点,设计出可用于HRM检测的SNP扩增引物13对。在扩大群体中利用HRM小片段法对这13个刺参重要经济性状相关的候选SNP位点进行分型和多态性检测,并结合扩大群体的相关性状数据进行了QTL位点验证。多态性结果显示,13个位点中有3个单态性位点,其余10个多态性位点中有3个位点为低等位多态性,7个位点为中等位多态性。10个多态性位点的最小等位基因频率(MAF)介于0.016(SNP113)~ 0.332(SNP160)之间,平均值为0.173;各位点的观测杂合度(Ho)介于0.031(SNP113)~0.818(SNP9)之间,平均值为0.433;期望杂合度(He)介于0.031(SNP113)~0.834(SNP9)之间,平均值为0.402;多态信息含量(PIC)介于0.030(SNP113)~0.393(SNP160)之间,平均为0.248,有6个位点偏离Hardy- Weinberg平衡。QTL验证结果表明,SNP40和SNP160位点为与生长(体长、体重、体宽)相关的位点,各位点的优势基因型分别为SNP40(CC)和SNP160(AA);SNP88、SNP112和SNP126这3个位点为与抗病力相关的位点,各位点的优势基因型为SNP88(CC)、SNP112(AA)和SNP126(TT)。基于这5个位点构建生长和抗病二倍型,发现二倍型K1(CC AA TT)抗病力最强,S1(CC AA)、S3(CC AC)在生长方面优势显著,相关研究结果可为分子标记辅助育种在生产中应用提供基础数据。  相似文献   
2.
【目的】对水稻甲磺酸乙酯(EMS)诱变产生的雄性不育突变体oss125进行遗传分析,并利用改进的MutMap方法克隆突变基因,为进一步探讨该基因功能及在农业生产上的应用奠定基础。【方法】用化学诱变剂EMS处理籼稻品种黄华占,通过观察表型,从突变体库中筛选出一株雄性不育突变体,记为oss125。将oss125与野生型黄华占进行杂交,调查F1的育性和F2群体的育性分离情况。随机挑取F2中30个雄性不育表型的株系,提取DNA后等量混合形成DNA池,采用IlluminaHiseq2000进行高通量测序。利用改进的MutMap方法分析测序数据获得候选突变位点,并进一步采用高分辨率溶解(HRM)方法确定突变基因与不育表型的连锁关系。对候选基因进行序列分析,同时利用RT-PCR分析该候选基因的表达模式。【结果】oss125突变体在营养生长期表型与野生型黄华占相同,进入生殖生长后,花粉经1%I2-KI染色显示,以碘败为主(85%),15%能正常染色,但植株表现为完全雄性不育。oss125作为花粉受体与野生型黄华占杂交能够正常结实,F1表现为可育,F2群体的可育植株与不育植株分离比为3﹕1,表明雄性不育表型由1对隐性核基因控制。利用改进的MutMap方法分析突变体测序数据,得到4个候选位点,其中3个位于基因间区,1个位于OsRPA1a的第二个外显子区,编码区A663位点突变为C,导致其编码的氨基酸从谷氨酰胺(Q)突变成脯氨酸(P),HRM分析显示该突变与雄性不育性状紧密连锁。【结论】OsRPA1a是控制突变体oss125表型的基因,OsRPA1a编码区A663位点突变为C,导致花粉发育异常,植株表现为雄性全不育,但雌性发育正常。OsRPA1a参与水稻雄配子和雌配子发育过程,为水稻减数分裂和体细胞DNA修复所必需。前人报道OsRPA1a的T-DNA插入突变体表现为雌性全不育而雄性半不育,但oss125突变体表现为雄性全不育而雌性可育,说明该基因控制雄性发育和雌性发育的功能可能分布在蛋白质的不同区域,oss125突变体中的OsRPA1a点突变可能坐落于雄性发育功能区,不影响雌性发育功能。  相似文献   
3.
基于SNP标记的黄瓜杂交种纯度鉴定方法   总被引:2,自引:0,他引:2  
根据国际葫芦科基因组数据库CuGenDB中序列信息,应用高分辨率熔解曲线技术筛选出用于黄瓜杂交种纯度鉴定的SNP位点CLA6(A/G),该位点在33个市售黄瓜品种中的多态信息量为0.401,处于中度多态|结合焦磷酸测序技术,建立基于CLA6位点的SNP-Pyrosequencing黄瓜杂交种纯度鉴定方法。利用该鉴定方法检测黄瓜杂交种优一90粒种子,结果其种子纯度为96.7%,该结果与CLA0位点及SSR鉴定结果相符,表明该鉴定技术适于黄瓜杂交种纯度鉴定,具有用于DUS测试分析的潜力。  相似文献   
4.
The prevalence of Bartonella spp. in wild rodents was studied in 19 geographical locations in Israel. One hundred and twelve rodents belonging to five species (Mus musculus, Rattus rattus, Microtus socialis, Acomys cahirinus and Apodemus sylvaticus) were included in the survey. In addition, 156 ectoparasites were collected from the rodents. Spleen sample from each rodent and the ectoparasites were examined for the presence of Bartonella DNA using high resolution melt (HRM) real-time PCR. The method was designed for the simultaneous detection and differentiation of eight Bartonella spp. according to the nucleotide variation in each of two gene fragments (rpoB and gltA) and the 16S–23S intergenic spacer (ITS) locus, using the same PCR protocol which allowed the simultaneous amplification of the three different loci. Bartonella DNA was detected in spleen samples of 19 out of 79 (24%) black rats (R. rattus) and in 1 of 4 (25%) Cairo spiny mice (A. cahirinus). In addition, 15 of 34 (44%) flea pools harbored Bartonella DNA. Only rat flea (Xenopsyla cheopis) pools collected from black rats (R. rattus) were positive for Bartonella DNA. The Bartonella sp. detected in spleen samples from black rats (R. rattus) was closely related to both B. tribocorum and B. elizabethae. The species detected in the Cairo spiny mouse (A. cahirinus) spleen sample was closely related to the zoonotic pathogen, B. elizabethae. These results indicate that Bartonella species are highly prevalent in suburban rodent populations and their ectoparasites in Israel. Further investigation of the prevalence and zoonotic potential of the Bartonella species detected in the black rats and the Cairo spiny mouse is warranted.  相似文献   
5.
张永生 《安徽农业科学》2005,33(12):2416-2417,2420
从价值链理论(Value Chain)发展而来的人力资源价值链(HR Value Chain)肯定了HRM实践是企业价值的来源。在概要介绍HR Value Chain的基础上,着重分析企业内部针对农民工的HRM实践所存在的问题,并提出了相应的改进措施。  相似文献   
6.
大白菜叶色突变体的HRM鉴定及其叶绿素荧光参数分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
 将大白菜经甲基磺酸乙酯(EMS)诱变种子获得的42株叶色突变体按照生殖时期叶片颜色和叶绿素含量分为9种类型:深绿色、灰绿色、绿色、浅绿色、白绿色、白浅绿色、黄绿色、黄浅绿色、黄色;利用高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)技术对叶绿素荧光基因HCF164突变进行了筛选并结合叶绿素荧光参数测定,获得了1株黄绿色高光合效率突变体A29,1株黄绿色光合结构损伤突变体A35和1株浅绿色光合电子传递受阻突变体A21;对另外7个叶色相关基因的突变进行了HRM鉴定,表明叶绿素相关基因ATRCCR、CLH2、PORA突变可能是造成18个突变体叶色变化的主要原因,黄叶特异基因家族YLS突变与叶色变化也有关系。  相似文献   
7.
为了开发出一种高通量的TaGW2-6A基因等位变异分子检测技术,利用高分辨率熔解曲线分析技术(High resolution melting curve analysis,HRM)检测了316份小麦材料的TaGW2-6A基因编码区T碱基插入等位变异以及启动子区Hap-6A-A(-593A和-739G)和Hap-6A-G(-593G和-739A)等位变异,同时利用桑格测序和Hap-6A-P1/P2分子标记验证HRM的分析结果。结果表明,HRM技术能够准确、高效的检测TaGW2-6A基因的等位变异。在316份材料中,检测到61份T碱基插入等位变异材料(命名为TT基因型)和255份无T碱基插入的等位变异材料(命名为tt基因型);其中,189份为Hap-6A-A单倍型材料,127份为Hap-6A-G单倍型材料。  相似文献   
8.
HRM及其在植物育种中的应用展望   总被引:1,自引:0,他引:1  
HRM(high resolution melting,高分辨率熔解曲线)分析基于监测双链DNA升温变性解链的熔解曲线,是新发展起的一种基因突变扫描及SNPs(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)鉴定技术。由于在灵敏度和准确性上具有突出的优点,HRM近几年来在突变扫描、基因分型、DNA甲基化研究中得到广泛应用。本文简述了HRM的原理及特点,同时结合HRM分析植物群体的实例,对HRM在植物育种中的应用进行了展望。  相似文献   
9.
寇程  高欣  李立群  李扬  王中华  李学军 《作物学报》2015,41(11):1640-1647
位于6A染色体的Ta GW2是控制小麦籽粒大小的关键基因,已发现其第8外显子有一个T碱基插入等位变异,其启动子区存在Hap-6A?A及Hap-6A?G等位变异。利用高分辨率熔解曲线分析技术(high resolution melting curve analysis,HRM)和Hap-6A-P1/P2分子标记检测了316份小麦品种(系)的Ta GW2-6A基因在上述2个位点的等位变异,分析了其不同等位变异与粒长、粒宽和千粒重的相关性,并以大面积推广的大粒品种周麦22为例,解析Ta GW2-6A基因优异等位变异在系谱选育中的遗传传递。共检测到61份T碱基插入等位变异(命名为977T基因型)和255份无T碱基插入的等位变异(977?基因型)材料;在977T基因型中,Hap-6A?A(TA)和Hap-6A?G(TG)单倍型材料分别为29份和32份,在977?基因型中,Hap-6A?A(?A)和Hap-6A?G(?G)单倍型材料分别为160份和95份。关联分析表明,977T基因型与977?基因型的粒长(P0.05)、粒宽(P0.001)和千粒重(P0.001)均有显著差异,Hap-6A?A单倍型与Hap-6A?G单倍型的粒长(P0.05)、粒宽(P0.05)和千粒重(P0.001)也有显著差异。Ta GW2-6A基因编码区和启动子区等位变异之间存在相互作用,共同调控小麦籽粒的大小,其中TA单倍型比TG、?A、?G单倍型更能增加小麦的粒宽和粒重,是优异的等位变异组合。周麦22为TA单倍型,系谱分析表明,该等位变异并非来源于亲本周8425B,而是来源于亲本辉县红,且TA单倍型能够稳定遗传,但是在常规育种选择过程中可能会丢失。本研究筛选出的Ta GW2-6A优异等位变异TA单倍型材料及高通量分子检测方法为分子标记辅助育种提供材料和方法依据。  相似文献   
10.
Mycosphaerella graminicola is a fungal pathogen that causes Septoria leaf blotch in wheat, resulting in substantial crop losses in years conducive to infection. The disease is mainly controlled by the use of sterol 14α-demethylation inhibitor (DMI) fungicides, which target the CYP51 protein involved in sterol biosynthesis in the fungus. The field efficacy of these chemicals has however been declining in the latest years, mainly due to single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the target gene, leading to reduced binding of the resulting protein to these fungicides. Therefore, DMIs are nowadays used in mixes and alternate spraying schemes, together with new generation compounds belonging to the succinate dehydrogenase class of chemicals. To allow knowledgeable and sustainable control of the disease, monitoring of the field populations is paramount. Molecular characterization of field strains is currently mostly based on amplification of the CYP51 gene followed by classic Sanger sequencing. In this study, we optimized a simpler and more cost-effective genotyping method based on the high-resolution melting (HRM) technology. We demonstrate that this protocol can be used to detect and genotype the most common and resistance-determining SNPs in the M. graminicola CYP51 gene.  相似文献   
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