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1.
应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-LTR,PPT起始于终止密码子内10 bp处,3′-LTR的起始标志末端倒转重复序列(inverted repeat,IR)TG紧随其后。LTR_(10)的正链和反链均含有多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box,α-淀粉酶启动子的保守序列及受不同胁迫条件作用的调控元件,如AuxRE、ABRE、HSE等。利用A-SAP技术研究了LTR_(10)逆转座子在苹果属8个野生种和22个栽培品种中的遗传多样性,多态性片段比例为86.5%;品种长祝较祝光少1条约400 bp的特异性扩增条带。  相似文献
2.
SSAP(sequence-specificam plification polymorphism,序列特异扩增多态性)是种质遗传多样性分析和系统进化研究的有力工具之一。根据10个SSAP引物组合对28份柿属基因型的扩增结果探讨内切酶因素对SSAP逆转座子分子标记扩增的影响。结果表明,在以MseI和EcoRI组合消化的SSAP反应系统,且均以3个碱基作为末端选择性碱基的前提下,MseI与逆转座子引物组合的SSAP扩增性能优于EcoRI与逆转座子引物组合。研究结果为有目的和高效选择内切酶引物进行植物种质资源SSAP分析提供参考。  相似文献
3.
根据Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,从10份梨属(Prrus)材料中扩增该逆转座子片段.扩增产物经纯化后克隆于pMD 18-T质粒载体,选择阳性克隆,再经菌落PCR鉴定、测序及序列分析,获得了14条梨Ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列.这些核苷酸序列长度为250~267 bp,具有较高的异质性,主要表现为缺失突变,通过核苷酸聚类可将14条序列分为4个家族.对这些片段的氨基酸序列进行分析,结果显示有2个序列发生了终止密码子突变.该研究获得的梨属植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶氨基酸序列与已报道的其他生物的相应序列有较高的一致性.  相似文献
4.
近年来研究发现真核生物基因组中的许多重复序列以及基因的内含子参与基因表达的调控。在这些重复序列中,有一种广泛分布于基因组中的逆转座子LINE-1,目前发现其对细胞的增殖与分化以及肿瘤的发生起着非常重要的作用,具体表现为影响基因的转录及整个基因组的稳定性、参与X染色体失活及基因组进化等。在正常细胞的分化调控中,基因的激活与沉默具有时间与空间的特异性,实现其"预定"的、有序的、不可逆转的分化过程。主要阐述了逆转座子LINE-1的结构特征和其在基因组中的调控作用及这些作用影响基因表达从而调节生物体的生命活动。研究LINE-1的调控机制对认识细胞的时空调控以及癌症的发生与发展具有重要的价值。  相似文献
5.
徐玲  杨静  刘林  李成云 《广西农业科学》2014,45(8):1340-1346
【目的】在水稻悬浮细胞培养不同时期研究3个具有多逆境应答特征逆转座子相关基因的转录与转座特性,为揭示该类基因的生物学功能奠定理论基础。【方法】以水稻品种月亮谷为材料进行悬浮细胞培养,以实时荧光定量PCR检测不同培养时期材料的3个逆转座子相关基因Tos17、Os05g24920和Os01g02040相对表达量及拷贝数的变化,初步分析其转录活性与转座活性。【结果】在培养期间,Os01g02040、Os05g24920、Tos17转录活性呈先升高后下降的变化趋势,其最高转录活性分别出现在培养期的第3个月和第6个月,相对表达量分别为71.84、41.26和53.20倍;Tos17保持较稳定的转录活性,其他2个基因在组培6个月后转录活性迅速下降。在培养3个月后,Os01g02040和Os05g24920的转座活性变化较稳定,相对拷贝数变化范围为2.14-2.64和2.76-5.03倍;Tos17转座活性变化极明显,拷贝数不断提高,至第14个月达12.13倍,明显高于其他两个基因。【结论】在细胞悬浮培养过程中3个逆转座子相关基因均被强烈激活进行转录,但其转录调控和转座调控途径不同。  相似文献
6.
为建立萝卜逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,基于萝卜Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守序列设计引物,对IRAP-PCR反应主要因素进行分析.建立的萝卜IRAP标记技术体系(20 μl)为:20 ng基因组DNA模板,1×PCR buffer,0.25 mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L Mg2+,0.4 μmol/L引物,1 U Taq DNA聚合酶.将所建立的IRAP标记技术体系应用于14个萝卜品种指纹图谱分析,结果显示,筛选出的2个特异引物RsTy1F5和RsTy1F10在14份萝卜材料中共扩增得到了16个多态性条带,可以将14份萝卜材料完全区分开,每份种质都有独特的指纹图谱,表明IRAP技术可以有效地应用于萝卜种质鉴定和指纹图谱的构建.  相似文献
7.
基于黄瓜Ty1-copia类逆转座子的长末端重复序列信息,通过引物设计、选择性扩增体系筛选以及银染显色技术等,建立起了适合黄瓜的SSAP(sequence-specific amplification polymorphism)标记技术体系。通过与AFLP标记比较,确定SSAP标记具有更高的多态性检测效率。进一步将该SSAP标记系统用于不同生态型黄瓜材料间的多态性分析,发现该标记系统能有效地探测不同栽培黄瓜品种间的多态性。  相似文献
8.
俞朝  冯英 《浙江农业学报》2008,20(3):213-218
微小倒转重复转座因子(Ininialure inverted—repea transposable elements;MITEs)是动植物中广泛存在的非自主DNA因子,在基因组结构的进化中扮演重要的角色。文章综述了自MITEs在植物基因组中发现10多年来的研究进展,包括它们的特征、分类与应用,并探讨了植物MITEs研究面临的挑战。  相似文献
9.
从棉花BAC序列中鉴定了1个Tyl-copia类逆转座子,根据RNAseH-LTR连接区序列信息设计了特异引物,通过优化试验条件建立了一套经济、高效的SSAP(Sequence-specific amplification polymorphjsm)标记体系.分析棉属不同种的SSAP发现,SSAP在棉属不同种中均有丰富的扩增位点,而且棉花中SSAP多态性位点远高于AFLP(Fragment length poiymorphic markers).这一标记系统可增加棉花染色体端粒区域的标记密度,促进棉花高密度遗传图谱的构建.  相似文献
10.
利用已获得的苹果Ty1-copia类逆转座子LTRs建立了苹果逆转座子间扩增多态性(IRAP)技术体系,对影响IRAP-PCR扩增结果的若干因子进行了研究.优化的反应体系包含:2.5 μL 10×buffer,50 ng模板DNA,2.5 mmol·L-1 Mg2+,0.2 mmol·L-1 dNTPs,0.4 μmol·L-1引物,1 U Taq DNA聚合酶,反应体积为25 μL;优化的PCR扩增程序为:94℃ 2 min; 94℃ 1 min,退火1 min,72℃ 2 min,循环35次;72℃延伸10 min;退火温度根据引物温度设定.该IRAP体系分别用于‘元帅'和‘富士'的短枝和着色芽变指纹图谱的分析,构建的指纹图谱可以作为芽变鉴定的依据,表明这些突变可能系逆转座子转座插入或逆转座子间重组所致.  相似文献
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