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1.
一株丛枝菌根真菌的形态与分子鉴定   总被引:6,自引:1,他引:5       下载免费PDF全文
从广东酸性土壤分离得到一种编号为2-1A1的丛枝菌根真菌.其孢子在土壤中单生,未见孢子果,椭圆形,黄色至褐色,孢子较大(170μm×230μm),孢壁一层,厚约11μm,M elzer s反应为黄色.其形态特征与Glomus flavispo-rum的特征描述相一致.提取其单孢子DNA,Nested PCR扩增其18S rDNA的NS31-AM1区,经序列测定,并在Gene-Bank上比对,进行系统进化树分析,结果表明,2-1A1与Glomussp.(DQ371674)的亲缘关系最近,序列同源性为98%.分子鉴定的方法只能将其鉴定到球囊霉属Glomus.  相似文献
2.
线粒体基因组(mtDNA)的研究进展   总被引:5,自引:0,他引:5  
汪泰初  刘朝良  肖林珍 《安徽农业科学》2006,34(10):2068-2068,2071
就线粒体DNA的结构特点和功能,以及线粒体DNA在遗传学上的特点和进化研究作简要综述。  相似文献
3.
东北野猪的起源与分化   总被引:4,自引:0,他引:4  
应用PCR方法对黑龙江省小兴安岭东北野猪的D—loop基因序列进行克隆测序,参考GenBank上提供的中国6个地方猪种、2个引进猪种和3个野猪猪种的D—loop序列,利用DNAStar软件构建了系统进化树。推测东北野猪与藏猪血缘关系最近,与日本野猪和中国的地方家猪都起源于同一个祖先。  相似文献
4.
班皮桉及其近邻树种CCR基因分子变异分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
选取伞房属班皮桉及其近邻树种共5部类16个样本提取基因组DNA,用2对引物进行PCR扩增,采用凝胶直接纯化,改进测序反应后测序.以Eucalyptus gunniiCCR作对照,通过ClustalW进行比对分析序列变异和MEGA 3进行系统进化分析.结果显示:在所得到的伞房属16个样本CCR序列中,A,C,G和T 4种核苷酸所占比例分别为24.92%,23.18%,23.22%和28.67%,A T含量明显高于G C.共发现292个变异位点,占分析位点总数的9.71%,变异除118个转换和97个颠换外,有93个位点的插入/缺失,其中简约信息位点185个,占63.36%.部分变异位点重叠.转换与颠换比值为1.22∶1.00.CCR系统发育树显示:E.gunnii是一个单独分枝,5部类亲缘可以分辨开来,Rufaria尤其明显.Rufaria最早产生分歧,其次是Ochraria和Cadagaria,Blakearia分歧属最迟进化.  相似文献
5.
鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析.用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析、16S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树.结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌.  相似文献
6.
猪流行性乙型脑炎病毒种猪精液分离株的鉴定及进化分析   总被引:2,自引:2,他引:0  
利用RT-PCR技术对河南省某规模化猪场乙脑疑似病例的种猪精液进行分析,从部分样本中扩增出与流行性乙型脑炎病毒(JEV)M基因和E基因具有高度同源性的预期产物。在3日龄乳鼠脑内接种种猪精液上清,10 d左右即出现典型神经症状,并且病死鼠脑组织RT-PCR结果均为阳性。用病死鼠脑组织研磨上清接种BHK-21细胞,感染60 h后用JEV单抗进行间接免疫荧光鉴定均为阳性,这表明分离毒株均为JEV流行毒株,分别命名为BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3。对新分离毒株进行体外细胞培养,BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3连续传代3次后病毒量均获得明显增加,最高分别可达104.5±0.1TCID50/mL和104.2±0.2TCID50/mL。用生物学软件MEGA 4.0分别构建JEV基因的系统进化树,发现BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3处于同一进化分支,均属于基因Ⅲ型。  相似文献
7.
普通烟草CDPK基因家族的克隆及表达分析   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
 【目的】从烟草中分离更多CDPK基因,分析该基因家族的序列特征、进化关系和表达谱,为全面揭示其功能奠定基础。【方法】采用RT-PCR、RACE和生物信息学的方法,分离普通烟草CDPK基因;采用MEGA4.0软件构建系统进化树;利用RT-PCR研究普通烟草全长基因的表达谱。【结果】分离到普通烟草CDPK基因8个,其中3个可以找到完整的开放读码框;系统进化树分析显示,烟草属11个全长CDPK基因位于4个亚家族,预测的2对普通烟草和拟南芥的直系同源基因在功能上可能非常保守;3个普通烟草全长基因虽然在所有的组织中都能检测到,但是它们的表达谱在不同的组织间存在明显差异。【结论】分离到8个未报道的普通烟草CDPK基因,结合已有的报道,目前在普通烟草中获得了15个CDPK基因,为在基因组范围内研究普通烟草CDPK基因家族的功能奠定了基础。  相似文献
8.
番木瓜环斑病毒海南分离物全基因组结构分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
从感病的海南番木瓜叶片中提取总RNA,经RT-PCR和RACE方法分段扩增番木瓜环斑病毒(PRSV)全基因组序列.序列拼接结果显示,PRSV中国海南分离株(HaiNan-P)基因组除3'-末端polyA尾巴外,由10323个核苷酸组成,编码3343个氨基酸.同源性分析表明,HaiNan-P编码的氨基酸序列与GenBank中公布的11株PRSV同源性为89.8%~93.2%,略高于全长核苷酸的82.3%~89.1%.P1蛋白编码区同源性较低,仅为65.4%~80.1%,而HC-Pro、CI及CP同源性相对较高.运用MEGA 3.1软件、NJ法绘制系统进化树,分析结果显示,PRSV分离株类群分化与地理分布有一定的相关性.  相似文献
9.
新现猪Delta冠状病毒RT-PCR检测方法的建立及其应用   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
【目的】猪Delta冠状病毒(Porcine Deltacoronavirus, PDCoV)是近年来新发现的可引起猪只,特别是新生仔猪腹泻的冠状病毒,其引发的腹泻具有较高的发病率和死亡率,是造成新生仔猪死亡的重要原因之一。试验拟建立新现PDCoV RT-PCR检测方法,并调查当前江西腹泻猪群中PDCoV的感染情况。【方法】通过对GenBank数据库中PDCoV全基因组序列的比对分析,找出保守序列,用Primer 3.0在线软件设计1对扩增PDCoV核衣壳(N)蛋白基因片段的特异性引物,基于该引物建立PDCoV RT-PCR检测方法;用建立的方法检测腹泻猪粪便及肠道样品,挑选阳性扩增产物进行克隆、测序;用本试验获得的PDCoV序列与其他国家或地区的PDCoV序列以及猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)共同构建进化树,分析PDCoV各毒株及其与PEDV和TGEV之间的进化关系;以PEDV、TGEV、猪库布病毒(PKoV)、猪星状病毒(PAstV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)及猪瘟病毒(CSFV)RNA为模板验证引物的特异性;构建PDCoV核衣壳蛋白基因片段重组质粒,并以系列稀释的重组质粒为模板确定所建立的PDCoV RT-PCR方法的敏感性;应用建立的RT-PCR方法调查249份2012—2015年江西省猪群腹泻样品中PDCoV的存在情况,随机抽取一定数量的RT-PCR阳性扩增产物进行克隆、测序进一步验证反应的特异性。【结果】①以腹泻猪粪便样品RNA为模板,应用所设计的特异性引物扩增出了329 bp的单一条带,与预期目的片段大小一致,扩增产物经克隆后测序,将获得的序列与NCBI GenBank数据库序列进行比对,比对结果表明试验所获得的序列与数据库中PDCoV序列的同源性高达99.1%,证明所扩增的序列属于PDCoV;②将8条本试验获得的PDCoV N基因片段序列与18株其他国家或地区的PDCoV毒株以及PEDV、TGEV的相应N基因片段序列构建进化树,结果表明26条PDCoV序列属于同一个分支,而PEDV和TGEV则分别属于不同的分支。试验获得的PDCoV序列与韩国PDCoV毒株KNU14-04亲缘关系最近,同源性高达99.1%;与两株香港毒株HKU 15-44和HKU 15-155亲缘关系相对较远;③本试验建立的RT-PCR方法特异性强,仅能扩增出PDCoV,而对PEDV、TGEV、PKoV、PAstV、PRRSV及CSFV核酸无交叉扩增现象;④所建立的RT-PCR方法灵敏度高,将含扩增片段的重组质粒以1.0×106拷贝/μL为起始浓度依次10倍稀释至1.0×101拷贝/μL作为模板验证方法的灵敏度,结果表明所建立的方法对PDCoV最低可检出量为1.0×103拷贝/μL;⑤应用建立的RT-PCR方法检测了249份2012—2015年采集自江西省各地区的腹泻母猪粪便及腹泻仔猪粪便/肠道样本,结果显示腹泻样本中PDCoV的检出率为31.33%(78/249),母猪粪便中PDCoV的检出率(27.78%)稍低于仔猪粪便及肠道样品PDCoV的检出率(31.92%),最早可从2012年的样品中检测出PDCoV。【结论】试验成功建立了检测新现PDCoV的RT-PCR方法;应用所建立的RT-PCR方法检测了249份2012—2015年江西地区猪群临床腹泻样品中PDCoV存在情况,结果表明PDCoV是一种普遍存在于腹泻猪群中的病毒;研究建立的RT-PCR方法对猪群PDCoV的临床诊断和流行病学调查等具有应用价值。  相似文献
10.
猪乙脑病毒河南分离株CSF.ZMD-3的分离鉴定及分子进化分析   总被引:1,自引:1,他引:1  
采集河南省规模化猪场流产母猪死胎脑脊液作为样本,通过细胞盲传培养分离乙型脑炎病毒流行毒株,对新分离的病毒进行分子生物学鉴定,获得1株分离株并命名为CSF.ZMD-3。DNA序列测定及比对分析该分离株与已报道毒株基因的序列同源性,确定该分离毒株为乙脑病毒。使用MEGA3.1软件对CSF.ZMD-3毒株主要结构蛋白E蛋白的基因序列进行分子进化分析,确定CSF.ZMD-3为基因Ⅲ型乙脑病毒。  相似文献
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