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1.
桑种质资源ITS序列与系统进化分析   总被引:6,自引:1,他引:5       下载免费PDF全文
 【目的】分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。【方法】利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属Morus ITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。【结果】获得ITS完整序列,基本序列全长576 bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174 bp,G+C含量61.49%,ITS2:302 bp,G+C含量62.25%,5.8S:100 bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M. bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M. nigra),北美默里桑(M. murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M. alba)→华桑(M. cathayana)→长穗桑(M. wittiorum)。【结论】ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。  相似文献
2.
牛线粒体CYTB基因的序列分析及进化关系   总被引:6,自引:0,他引:6  
对CYTB基因全长1140bp序列进行分析的结果表明,10个品种的20条CYTB碱基序列中共发现10种单倍型,黄牛中单倍型较少.共检测到98个变异位点,未发现插入和缺失,牦牛和黄牛除了异亮氨酸以外有着相同的密码子偏好.将核酸序列转换成氨基酸序列后,黄牛表现的遗传差异更小,18个个体分享5种氨基酸序列单倍型,共有6个氨基酸突变位点,8个突变氨基酸.  相似文献
3.
 【目的】研究烟草属不同亚属以及不同类型栽培烟草的遗传相似性关系,为明确烟草野生种和栽培烟草的遗传多样性水平、研究栽培烟草起源演化提供依据。【方法】利用CEQ8000遗传分析系统,对烟草属内4种类型的5份栽培烟草以及28份烟草野生种进行荧光AFLP分析,估算其遗传相似系数,并对28份烟草野生种、5份栽培烟草及其可能的祖先种分别进行UPGMA聚类分析。【结果】利用10对AFLP引物在33份种质中共扩增到2 423个片段,2 394个具有多态性。烟草属33份种质的遗传相似系数在0.021—0.860,平均为0.269。当相似系数为0.309时,28份野生烟草按其亚属聚为3类。2个栽培烟草种的5份不同类型烟草与其对应的可能祖先种首先聚为一类。在不同类型普通烟草中扩增到的AFLP共有片段,有97.7%可以在其可能的祖先种中找到。【结论】烟草属植物具有丰富的遗传多样性。栽培烟草进化过程中,其假设的祖先亲本都有一定贡献,其中N.sylvestris对普通烟草的形成贡献最大。  相似文献
4.
文登奶山羊、辽宁绒山羊和安徽白山羊分另为奶山羊、绒山羊和板皮用山羊的典型代表,利用微卫星标记对其进行遗传多样性检测.同时以波尔山羊作为对照,分析北京本地山羊与上述3个山羊品种的进化关系.结果显示,上述4个中国山羊品种的有效等位基因数(NEA)、Nei's无偏基因多样性(H)和等位基因丰富度(AR)分别为5.16 ~ 6.72、0.80 ~ 0.85和7.30 ~ 7.89,表明中国4个山羊品种具有丰富的遗传多样性.然而,杂合子缺失的结果提示波尔山羊和北京本地山羊品种内可能存在一定程度的近亲交配或人工选择.上述5种山羊品种间存在一定程度的遗传分化(FST=0.063),与之前报道的其他国家或地区的山羊结果类似.进化树和主成分分析显示,北京山羊与辽宁绒山羊遗传关系最近,与安徽白山羊的遗传关系较远,与文登奶山羊的遗传关系最远,这4个品种为进化的一个分支,而波尔山羊为另一个分支.该进化关系与产区气候条件和育种目标一致.  相似文献
5.
[目的]分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值.[方法]67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系.[结果]桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576-590 bp,G+C含量为59.55%--62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920-924 bp,A+T含量为65.87%-66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923-929 bp,A+T含量为67.28%-67.49%,17个信息位点.3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率-混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点.分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑.[结论]桑属traL-F和rps16序列信,息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然.基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型.  相似文献
6.
通过野外观察,运用人工授粉、噻唑蓝(MTT)、柱头压片等方法,对广玉兰开花动态、花粉活力、柱头可授性、雌雄异熟机制进行研究。结果表明:1)在广玉兰为期5~6d的单花开花过程中,存在二次开合现象;2)广玉兰开花后花粉活力随开花进程逐渐减弱,初次开放阶段是柱头最佳可授期,对异株异花、同株异花及自花授粉皆具可授性;3)广玉兰自花授粉在柱头表面及花柱道内不发生自交不亲和,并可座果结籽,具有自交亲和的潜在可能;4)从繁育角度推测,玉兰亚属可能比木兰亚属更原始;5)广玉兰的雌性先熟是通过主动控制花药开裂时间,降低雌雄功能干扰,有效减少自花授粉。  相似文献
7.
为了揭示黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus ,CGMMV)河北分离物分子变异及系统进化情况。本研究自河北省5个代表性西瓜产区采集病样,分离纯化获得5个CGM M V河北分离物,经RT‐PCR扩增、基因克隆获各分离物的外壳蛋白(Coat protein ,CP)基因序列。使用 Vector NTI 10.0软件(Infor‐max ,Frederick ,MD ,USA)和MEGA5.0软件(Koichiro ,Tokyo ,Japan)对河北省5个分离物及GenBank已登录其它分离物CP进行序列分析,构建系统发育树。系统进化关系分析表明:所有CGM M V分离物可划分为5个组,CGM M V河北分离物与中、日、韩三国分离物亲缘关系较近,位于同一组别。与希腊2个分离物(CGM‐MV‐GR5、GR3)亲缘关系最远。CGMMV CP序列相似性分析结果表明:河北省5个分离物CP核苷酸、氨基酸序列相似性在99%~100%之间,与其它17个分离物序列相似性在92%~100%之间。与中国LN及Liaoning两个分离物及韩国Watermelon分离物相似性最高为100%,与希腊2个分离物(GR5、GR3)序列相似性最低为92%~99%。揭示了C G M M V河北分离物的分类地位及其与不同来源分离物之间的遗传进化关系,为进一步研究CGM M V株系划分、基因遗传变异提供了理论基础。  相似文献
8.
为了探讨犬免疫球蛋白IgM所包含的生物学信息及其与其他物种的亲缘和进化关系,对犬IgM重链恒定区进行了研究。采用3′RACE及RT-PCR方法,获得了犬IgM重链恒定区全长基因(包括分泌型和跨膜型),犬具有哺乳动物IgM的典型特征,其恒定区包括CH1~CH4 4个区,其中CH3与CH4区序列相对保守,分泌尾的同源性更高,靠近分子的羧基端同源性有增加的趋势。种系发生树分析发现,犬与大熊猫及猫等食肉目动物位于一个进化树分支上。DNAMAN软件分析显示,犬与大熊猫和猫的核酸序列同源性分别为87.88%和81.58%。  相似文献
9.
以5种裸腹溞Moina为试验材料进行了染色体数目和核型的研究。染色体制片采用气干法,依据Levan等和Stebbins的标准进行染色体分类。结果表明:蒙古裸腹溞M.mongolica的核型公式为2N=6M+18T,NF=30,1A;多刺裸腹溞M.macrocopa,2N=10M+12T,NF=32,1A;直额裸腹溞M.rectirostris,2N=12M+12T,NF=36,1B;微型裸腹溞M.micrura,2N=10M+14T,NF=34,1A;近亲裸腹溞M.affinis,2N=12M+14T,NF=38,1B。在此基础上进一步探讨了5种裸腹溞的亲缘进化关系,认为5种裸腹溞按进化地位的高低顺序依次为直额裸腹溞〉近亲裸腹溞〉多刺裸腹溞〉微型裸腹溞〉蒙古裸腹溞。  相似文献
10.
[Objective] The study was to analyze the phylogenesis of Anas platyrhynchos. [Method] Complete sequence of mitochondrial ND2 gene of 4 Anas platyrhynchos was determined by direct DNA sequencing based on PCR products. Combined with ND2 gene sequences of the Anas Linnaeus accessed in GenBank, phylogenetic tree was constructed by Neighbor-joining and maximum parsimony methods. [Result] The ND2 gene sequences of 4 Anas platyrhynchos were identical(1 041 bp in length; the nucleotide contents of A, G, T, and C were 28.91%, 13.35%, 20.75% and 36.98% respectively; A+T content approximated to that of C+G). Sequences of ND2 gene of mallard were same as spotbill duck, and had high homology with others. The phylogenetic trees indicated mallard and spotbilled duck were close in genetic relationship, both shared a haplotype; then Philippine duck, green-winged teal and northern pintail fell into branch 'A". [Conclusion] The domestic duck may be domesticated from mallard and spotbilled duck.  相似文献
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