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1.
苏淮猪VRTN基因克隆、组织表达特征与多态性分析   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织cDNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用BioEdit 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用Clustal W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用UCSC基因组浏览器与NCBI基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用SMART软件预测蛋白质功能域,CPHmodels软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取组织总RNA,采用RT-PCR技术分析苏淮猪VRTN基因的组织表达谱。采集106头成年苏淮猪繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用 PCR-凝胶电泳分析苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态性。【结果】苏淮猪VRTN基因编码区序列全长为2 097bp,与其它哺乳动物如人、小鼠、牛和羊的一致性分别为84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而与鸡的一致性只有54.42%。基因组结构分析发现猪VRTN基因由2个外显子和1个内含子构成,定位在猪7号染色体上。苏淮猪VRTN基因编码蛋白含有698个氨基酸残基,与人、小鼠、牛和羊等的一致性分别为85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但与鸡的一致性只有51.17%,可见哺乳动物VRTN基因在进化过程中比较保守。氨基酸组分分析显示苏淮猪VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20种氨基酸,其中Leu(亮氨酸)含量最高,达到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白结构分析发现苏淮猪VRTN蛋白含有 HTH结构域等典型结构域,由6个α螺旋、5个β折叠以及若干无规则卷曲组成。RT-PCR分析表明VRTN基因在苏淮猪心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、卵巢和肌肉组织等组织中均有表达,说明VRTN基因是一个广泛表达的基因。在苏淮猪群体中检测到VRTN基因ins291位点的3种基因型,其中仅有93bp条带的为野生纯合型(wt/wt),仅有384bp条带的为突变纯合型(Q/Q),含有384和93bp条带的为杂合型(wt/Q)。在苏淮猪群体中wt/wt型为优势基因型,基因型频率为0.717;wt为优势等位基因,基因频率是0.816;高脊椎数等位基因Q的频率为0.184。遗传多态性分析发现苏淮猪VRTN基因ins291位点的多态信息含量为0.331,为中度多态位点,杂合度为0.40,变异程度相对较低。【结论】 获得了苏淮猪VRTN基因序列,其表达无组织特异性;苏淮猪群体中存在高脊椎数等位基因Q。  相似文献
2.
为了解团头鲂MHCⅠ类基因的结构,采用cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术,首次成功克隆了团头鲂“浦江I号” F0基础群体及选育F8世代的MHCⅠ类基因,共获得3条cDNA全长序列。序列全长为2 040~2 079 bp,含有87~102 bp的5′-UTR,1 035~1 044 bp的编码区(包括信号肽,alpha 1、alpha 2和alpha 3三个结构域,跨膜区和胞质区)及911~946 bp的3′-UTR区,分别编码347、344个氨基酸。F8世代序列的核苷酸/氨基酸的同源性很高,为89.0%/93.0%,而与F0世代的同源性较低(75.3%~77.0 % 和71.1%~71.4%),呈现出明显的分子多态性。分析表明,团头鲂具有经典的MHCⅠ类分子的空间结构,与人类HLA-A2的抗原肽结合区的晶体结构相比,二者的差异主要集中在5个(I~V)区上。在Neighbor-joining(NJ)法构建的分子进化树中,团头鲂与草鱼的亲缘关系最近,与鲑鳟鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类及人类的亲缘关系则渐远。RT-PCR组织表达分析表明,团头鲂MHCⅠ类基因在所检测的的8个组织中均表达,在鳃、头肾和血液中有较强的转录本,中等强度表达于肝脏和脾脏,在后肾、肠和肌肉中表达较弱。  相似文献
3.
 【目的】旨在克隆大足黑山羊卵泡抑素(follistatin)的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异。【方法】采用RT-PCR方法从大足黑山羊卵巢组织总RNA中克隆出follistatin的cDNA序列,用相关软件进行序列分析,并利用real-time PCR技术检测follistatin基因在不同组织中的表达。【结果】序列分析表明,大足黑山羊follistatin的cDNA序列全长为1 217 bp,包括该基因完整的开放阅读框(open reading frame,ORF)1 035 bp,编码344个氨基酸。与牛的核苷酸序列比对同源性高达98%。real-time PCR结果表明,follistatin基因能在心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、卵巢和垂体中检测出来,在肾脏中表达量相对较高,在垂体中表达量较低。肾脏中follistatin mRNA含量显著高于垂体中follistatin mRNA含量(P<0.05);心脏中follistatin mRNA含量显著高于垂体中follistatin mRNA含量(P<0.05);其余各组织间follistatin mRNA含量差异均不显著(P>0.05)。【结论】成功克隆出大足黑山羊follistatin基因cDNA序列,该基因在肾脏中的表达高于其它组织。  相似文献
4.
 【目的】研究中红侧沟茧蜂Microplitis mediator非典型气味受体的表达谱。【方法】使用RT-PCR法克隆得到中红侧沟茧蜂非典型气味受体基因序列。使用实时荧光定量PCR法研究其表达谱。【结果】克隆得到中红侧沟茧蜂非典型气味受体全长基因。该基因在触角中特异性表达。在雌虫触角中羽化当天达到最大表达量,雄虫触角中在羽化前d阶段达到最大表达量。【结论】该非典型气味受体在中红侧沟茧蜂触角中特异存在。  相似文献
5.
瓜实蝇普通气味结合蛋白基因的克隆及原核表达   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
利用RT-PCR和RACE方法克隆获得瓜实蝇Bactrocera cucurbitae (Coquillett)普通气味结合蛋白(general odorant binding protein,GOBP)基因的cDNA全长序列,命名为BcucOBP.测序结果表明,BcucOBP开放阅读框全长447 bp,编码149个氨基酸.氨基酸序列比对及三维结构同源建模表明,此序列具有OBPs的典型特征,序列中具有6个保守的半胱氨酸和6个a螺旋区域.构建了重组表达载体pET28a(+)-BcucOBP,并转化大肠杆菌BL21(DE3)中.SDS-PAGE及Western blotting分析表明,在IPTG进行诱导下目标蛋白以His-标签融合蛋白的形式在宿主菌中得到稳定表达.荧光定量PCR分析表明,BcucOBP mRNA在除雌虫腹节外的各个组织中都有表达,但在触角中的表达量最高.另外,BcucOBP mRNA在昆虫前足和生殖节中具有明显的性别差异表达特征,推测其不仅具有普通气味蛋白的功能,还可能参与了信息素的运输过程,在瓜实蝇交配行为中发挥重要作用.  相似文献
6.
根据本实验室构建的斑节对虾(Penaeus monodon) cDNA文库得到的EST序列,利用RACE技术获得了斑节对虾谷氨酰胺合成酶基因(PmGS)的cDNA序列。该序列全长1420bp,开放阅读框(ORF)为1086bp,3"非编码区(UTR)为294bp,包括含有27个碱基的poly(A)尾,5"非编码区(UTR)为40bp。ORF可编码361个氨基酸,预测分子量为40.423KD,理论等电点为6.19。序列含有一个谷氨酰胺结合结构域(Gln-synt_C),8个磷酸化位点,2个糖基化位点。通过同源性、相似性以及系统进化树分析,与斑节对虾的GS基因同源性和相似性最高的是与中国明对虾的GS基因,与其聚为一支。采用荧光定量的方法研究了PmGS基因在斑节对虾不同组织、氨氮胁迫过程中差异表达情况。结果表明:PmGS的mRNA在各组织中都有表达,其中,在淋巴组织中表达量最高,其次为鳃组织,在胸神经中的表达量最低。96h氨氮胁迫后,荧光定量PCR分析结果表明PmGS在肝胰腺和鳃组织中的表达与对照组相比具有显著差异(P < 0.05),表明PmGS在氨氮代谢方面具有重要的作用,参与了斑节对虾机体的急性氨氮胁迫应答反应。  相似文献
7.
松江鲈MyoG基因cDNA的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
动物的肌肉生长是一个复杂的过程,受到包括MRFs家族在内的多种细胞内转录因子及其他体内外因素的调控.MyoG是MRFs家族成员中的一员,也属于碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)蛋白超家族,在控制肌细胞生成过程中起重要的调节作用.运用RT-PCR、5’-RACE、3’-RACE等方法扩增得到松江鲈MyoG基因cDNA全长序列,测序后发现松江鲈MyoG基因cDNA全长1 669 bp,包含了750个核苷酸的开放性阅读框,翻译编码249个氨基酸.MyoG具有保守的碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)结构域,位于1~153位氨基酸上.用生物信息学方法分析与其他物种的系统进化关系,表明松江鲈MyoG与梭鲈亲缘关系最近.不同组织中MyoG基因的半定量PCR分析表明,MyoG基因在成年松江鲈中仅在肌肉中表达,表明它在成年松江鲈肌肉中发挥着重要作用.  相似文献
8.
通过同源克隆方法和cDNA末端快速扩增技术(RACE),获得了大珠母贝(Pinctada maxima)组织蛋白酶D基因(命名为pmCTSD)的cDNA全长序列1 742 bp,其中5’非翻译区(UTR)38 bp,3’UTR 534 bp,开放阅读框1 170 bp,编码390个氨基酸,分子量约为41.9 ku,等电点约为7.57。序列特征分析表明,pmCTSD蛋白由信号肽(Met1-Ala18)、前体域(Leu19-Lys47)和成熟域(Thr48-Asn390)3部分组成。同源性分析表明,pmCTSD氨基酸序列与其他物种高度保守,相似性介于64%~70%之间。进化分析表明,pmCTSD与栉孔扇贝亲缘关系最近,与传统分类结果基本一致。组织表达荧光定量分析发现,pmCTSD在闭壳肌、性腺、肝胰脏、外套膜和鳃组织中都有表达,但在性腺中表达量最高,肝胰脏次之。  相似文献
9.
南疆不同品种绵羊MSTN基因克隆及其组织表达谱分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
本研究旨在对山区型和田羊、平原型和田羊、卡拉库尔羊的MSTN基因进行组织表达谱分析。参考GenBank上(登录号:NM_001009428.1)绵羊MSTN基因序列设计引物,采用RT-PCR技术克隆绵羊MSTN基因序列,进行组织表达谱分析。结果表明:MSTN基因在各品种绵羊不同组织中表达的差异较大,MSTN在各品种绵羊的肌肉、肾脏和脾脏中都有表达,其中肌肉中表达量最高,其次是肾脏和脾脏;MSTN在山区型、平原型和田羊的心脏中表达丰度较低,而在卡拉库尔羊心脏中则几乎无表达;MSTN在山区型、平原型和田羊的肝脏中几乎无表达,而在卡拉库尔羊肝脏中则有一定量表达;MSTN在山区型和田羊、平原型和田羊与卡拉库尔羊的肺脏中则都无表达。  相似文献
10.
淮亚红  许尚忠 《安徽农业科学》2009,37(18):8385-8388
[目的]探讨牛Trf2基因的生物学功能,为进一步研究该基因对牛精液品质的影响奠定基础。[方法]以牛睾丸组织为材料,根据GenBank中发表的人Trf2基因序列,结合生物信息学技术,设计并合成3对引物,采用RT-PCR方法克隆牛Trf2cDNA,并运用DNA-MAN软件及在线工具对所得到的序列进行生物信息学分析。采用牛肾脏、肝脏、睾丸、肺、瘤胃、子宫、小肠、心脏、脾脏、卵巢和脂肪组织共11个组织,以牛β-actin基因为内参基因,对牛Trf2基因的组织表达谱进行分析。[结果]牛Trf2基因cDNA长度为1701bp(Gen-Bank登录号EU140625)。包含由561个碱基组成的开放读码框(ORF),该ORF包含1个UGA终止密码子,编码186个氨基酸;在进化关系上,牛首先和人、大鼠、狗聚成一类,然后与袋鼠聚成第1群,再与小鼠聚成第2群。Trf2蛋白舍有2个结构域TLF和SPT15。牛Trf2基因在各个组织中都有表达,在睾丸组织中表达最高。[结论]获得了牛Trf2基因的cDNA序列(GenBank登录号EU140625);牛Trf2蛋白可能对牛精液品质有影响。  相似文献
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