水稻中富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点(LRR-NBS)基因家族的生物信息学分析

 采用HMM(HiddenMarkovModel) ,对源于日本晴的粳稻 (国际水稻测序计划 ,IRGSP)基因组和 9311的籼稻基因组 (北京华大 ,BGI)的蛋白质数据库进行了搜索 ,分别获得了 32 5和 344个富含亮氨酸的重复序列和核苷酸结合位点 (leucinerichrepeat-nucleotidebindingsite ,LRR -NBS)类的抗病基因的蛋白序列 ,并得到了与这些蛋白相应的cDNA序列。对粳稻蛋白功能结构域的分析表明 ,多个蛋白具有与植物防卫反应相关的结构域 ,还发现多个蛋  

电子克隆技术及其在植物基因工程中的应用

电子克隆是随着基因组计划和EST计划的实施而发展起来的,是利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。它具有投入低、速度快、技术要求低和针对性强等优点。因此,电子克隆技术必将成为植物基因工程中获得新基因的重要手段。阐述了电子克隆应用所依据的数据库与生物信息资源,介绍了利用电子克隆获得功能基因的方法,及其在植物基因工程中的应用现状与前景。  

大豆分子育种研究进展

 大豆分子育种代表了大豆育种的发展方向，主要包括分子标记育种、转基因育种和品种分子设计育种三个方面。通过综合利用基因组学、生物信息学、计算机模拟与遗传育种学等多个学科的理论和方法，大豆分子育种可对大豆从表型到分子等多个层次进行遗传操作，有助于大幅度提高育种效率，最终实现大豆品种的定向遗传改良。本文介绍了中国大豆分子标记育种、转基因育种和品种分子设计育种三个方面的开创者，将国内的主要研究进展与国外相关的最新研究成果进行了综述和比较，由于知识所限对未提及的做出重要贡献的科学家在此致歉。通过比较发现，中国大豆分子育种与国外相关研究的差距普遍存在，然而，有些分子育种相关研究如基因克隆及功能研究等方面则与国外的差距正在逐渐缩小。笔者认为，大豆分子育种正朝着遗传图谱信息多元化、基因发掘规模化、分子育种技术高效化、分子育种理论系统化的方向发展。  

生物技术在植物育种上的新应用

生物技术又称生物工程,是生物科学与技术科学相结合的产物.它是综合利用遗传学、生物化学、微生物学和生化工程理论、基因剪裁重组、细胞融合、核移植技术来改造生物,创造新物种的技术总称.传统生物技术包括发酵工程、细胞工程、酶工程和遗传育种等几大领域.目前,生物技术已发展到以基因工程、克隆技术和生物信息学为核心的现代生物技术时代.  

芝麻发育转录组分析

【目的】系统了解芝麻发育及种子形成转录组特征，丰富芝麻转录组数据信息。【方法】选用6份芝麻样品（5个不同芝麻品种的完整植株、1份不同发育阶段的芝麻籽粒），构建转录组测序文库并进行Illumina RNA-seq双端测序及生物信息学分析。【结果】共获得原始数据12.69 Gb，有效数据8.80 Gb。通过de novo拼接获得了长度大于100 bp的转录物26 837条（http://www. ncbi.nlm.nih.gov/genbank/TSA.html，登录号：JP631635—JP668414）；转录物总长度18.35 Mb，平均长度683 bp，N50长度1 006 bp。转录物注释结果显示，25 331条转录物序列具有同源比对信息；1 506条转录物序列无匹配（no hits）序列信息，可能为芝麻特有的基因序列。采用COG、GO功能分类工具可将已注释转录物序列划分为24个或42个功能类别，共涉及物质及能量代谢、信号传导、转录调控及防卫反应等诸多生理生化过程。通过比较不同材料间转录物序列及表达水平，初步确定1 277条序列在种子形成过程中表达量下调10倍以上，990条序列仅在芝麻植株中表达而未在籽粒中表达；660条序列在种子形成过程中表达量上调10倍以上，296条序列可能与种子形成特异相关。【结论】利用高通量测序技术对芝麻野生种和不同栽培种现蕾期植株以及种子形成过程的转录组进行研究，揭示了芝麻发育转录组的整体表达特征，在得到大量芝麻转录组unigene序列的同时，获得了一批在芝麻生长发育及籽粒形成过程中有重要功能的基因序列。为深入开展芝麻生长发育、籽粒发育相关基因功能及调控以及芝麻分子标记开发等研究提供了丰富的数据资源。  

新时期我国农业信息技术发展方向

文中分析了我国农业信息技术的发展现状及发展趋势，提出了21世纪初期我国农业信息技术应优先发展的领域：农业信息资源数据库建设和应用技术，科技信息的电子化传播技术，农业生物信息学技术，精确农业支持技术，高附加值农产品的生产管理和市场信息化技术，农业多媒体制作技术和声象技术，“信息落地”技术以及农产品电子商务技术。  

现代生物信息学及其主要研究领域

综合分析了生物信息学这一现代新兴学科的定义和内涵，据此提出现代生物信息学是采用计算机技术和信息论方法研究生命科学中各种生物信息的表述、采集、储存、传递、检索、分析和解读的科学，是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学、化学等学科相互渗透和高度交叉形成的学科，介绍了近年来国内外对于现代生物信息学的认识及其主要研究领域。  

茶树紫黄素脱环氧化酶基因的cDNA克隆及其生物信息学分析

根据GenBank中已登录的植物紫黄素脱环氧化酶（VDE）基因序列，以其高度保守的氨基酸序列设计一对简并引物，采用RT-PCR与3′/5′-RACE相结合的方法，从茶树（Camellia sinensi)中克隆出VDE的全长cDNA，长度为1632bp，分析表明，该序列的5′-端和3′-端的非编码序列长度分别为61bp和140bp，开放阅读框为1422bp，编码473个氨基酸。其转运肽长度为132个氨基酸。成熟蛋白的氨基酸序列与拟南芥，莴苣，菠菜及烟草的同源性分别为83.5%。82.7%,82.1%和83.6%。且有3个特殊的结构域；半胱氨酸富集区，脂肪结合蛋白特征区和由谷氨酸富集的高电荷区，分析表明，茶树VDE具有热稳定性。  

生物信息学研究进展与展望

1　国外生物信息学研究概述随着信息高速公路的快速发展 ,国际生物信息学研究迅速崛起 ,各种专业研究机构和公司如雨后春笋般涌现 ,生物科技公司和制药公司内部的生物信息学研究部门与日俱增 ,几乎因特网所到之处 ,都有各种机构联网、建立数据库 ,开展生物信息学研究。美国、欧  

生物信息学及其在农业上的应用前景

1生物信息学的概念 21世纪是生命科学的时代,也是信息的时代.随着人类基因组计划的实施,有关核酸、蛋白质的序列和结构数据呈指数增长,面对大量而复杂的数据,只能运用计算机技术进行数据管理、误差控制和相关分析.同时随着计算机处理能力的提高和因特网技术的扩展,为全世界范围内存贮和传递海量的生物信息提供了硬件基础和便利,从而也产生了新的交叉学科,生物信息学(Bioinformatics)[1].