中国荷斯坦牛STAT5A基因遗传多态性与泌乳性状的相关分析

 【目的】研究STAT5A基因多态性与中国荷斯坦牛泌乳性状的相关性，为进一步加快育种进程提供参考依据。【方法】利用PCR-SSCP技术对279头中国荷斯坦牛的STAT5A基因的P1和P2两个位点进行群体遗传学检测；计算其基因频率和基因型频率，并对多态性与泌乳性状进行相关性分析。【结果】发现在STAT5AP1和STAT5AP2两个位点上分别存在3种多态以及7种单倍型组合。STAT5AP1位点的AA、GG和AG的基因型频率分别为0.2401、0.1470和0.6129，A和G的基因频率分别为0.5466和0.4534，不同基因型对第1胎产奶量、乳蛋白率和第2胎乳蛋白率存在显著影响；STAT5AP2位点的CC、TT和CT的基因型频率分别为0.7527、0.0036和0.2437，C和T的基因频率分别为0.8746和0.1254，不同基因型对第2胎乳蛋白率有显著影响；7种单倍型组合AACC、AGCC、AACT、AGCT、GGCT、GGCC和AATT的频率分别为0.1864、0.4624、0.0502、0.1505、0.0430、0.1039和0.0036，不同单倍型与第1和2胎产奶量以及乳蛋白率存在相关性。【结论】STAT5A基因不同基因型和单倍型组合与中国荷斯坦牛产奶量和乳蛋白率存在相关性，但与乳脂率不相关。  

中国荷斯坦牛白介素8受体基因编码区多态性与乳腺炎的关联分析

 【目的】通过研究中国荷斯坦牛白介素8受体的亚基A和B（IL8RA和IL8RB）基因编码区多态性与乳腺炎的关联性,找到与乳腺炎相关SNPs,为乳腺炎抗性分子育种提供可用的分子标记。【方法】采用巢氏PCR、DNA测序和CRS-PCR-RFLP方法,对中国荷斯坦牛的IL8RA和IL8RB编码区的遗传多态性进行了研究,分别利用SHEsis 软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】找到了8个SNPs,其中5个为新SNPs,分别为IL8RA的980（G/A）、995（G/A）和1008（C/T）和IL8RB的938（C/T）、959（C/T）,这8个位点均不连锁。对IL8RA和IL8RB的单倍型分析发现,单倍型频率大于0.01的有15种。各SNPs与中国荷斯坦牛体细胞评分（SCS）和产奶量的关联分析表明,IL8RA 735（C/G）、816（C/A）、819（A/G）位点与SCS、产奶量相关,IL8RA的735（C/G）、 816（C/A）、819（A/G）位点的C、C、G等位基因和IL8RB的938（C/T）、959（C/T）位点的T等位基因均为低SCS、高产奶量的优秀等位基因。另外,IL8RA的CCGAAC单倍型纯合个体的SCS极显著低于CAGGGT和GCAGGC单倍型纯合个体（P＜0.01）,而其305 d产奶量极显著高于另外两种单倍型纯合子;IL8RB CT单倍型纯合个体的SCS显著低于CC、TC和TT单倍型个体,其305 d产奶量显著或极显著高于其余3种单倍型。【结论】IL8RA和IL8RB的单倍型CCGAAC和 CT在SCS 和产奶量方面是优良的单倍型,可作为选择抗乳腺炎的分子标记。  

大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性分析

[目的]大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系.[方法]以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系.[结果]在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26 bp检测到一个多态性位点.在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDe1,二者的频率分别为1/310和1/169.Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5'-UTR及3'-UTR区域为变异富集区,其它区域变异较小.外显子2和内含子1区域所承受的选择压力较小.单倍型分析表明,第1种单倍型中包括所有低直链淀粉含量的材料.[结论]大麦Wx的多态性与直链淀粉含量之间存在明显的对应关系.  

H-FABP和HSL基因多态性对苏淮猪胴体性状的影响

应用PCR—RFLP方法检测了H-FABP、HSL基因在83头苏淮猪中的多态性分布。结果表明：H-FABP基因的3个变异位点和HSL基因都存在多态性。H-FABPHinfI位点HH基因型个体的背膘厚为19．81mm，极显著低于hh基因型个体（20．16mm）（P〈0．01），Hh基因型个体的背膘厚为19．86mm，显著低于hh基因型个体（P〈0．05）。HH基因型个体的瘦肉率为59．69％，极显著高于hh型个体（54．84％）（P〈0．01），Hh基因型个体的瘦肉率为58．69％，显著高于hh型个体（P〈0．05）。HH—Dd—Aa单倍型背膘最薄（19．73mm）、瘦肉率最高（60．92％），但没有达到显著水平。HSL基因GG基因型个体的背膘厚为19．79mm，极显著低于AA基因型个体（20．23mm）（P〈0．01），AG基因型个体的背膘厚为19．88mm，显著低于AA基因型个体（P〈0．05）。GG基因型个体的瘦肉率为59．89％，极显著高于AA型个体（54．04％）（P〈0．01），AG基因型个体的瘦肉率为58．52％，显著高于AA型个体（P〈0．05）。提示：H-FABP、HSL基因可以作为胴体性状的候选基因用于猪的辅助选育。  

关中马mtDNA D-loop区遗传多态性分析

利用测序技术和生物信息学分析技术,对关中马27个个体的线粒体DNA D-loop 247 bp序列的遗传多态性及系统进化进行分析,检测到9种单倍型,其核苷酸多态位点19个,约占所测核苷酸总长的7.69%,均为转换。关中马mtDNA D-loop区核苷酸多样度(π值)为0.0219±0.0076,单倍型多样度(H)为0.843±0.041,表明关中马mtDNA遗传多态性丰富。根据mtDNA序列构建了关中马的NJ分子系统树,发现存在A、C、D、F和G共5个支系,表明关中马是多起源的。  

小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单核苷酸多态性分析及其定位

 【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因，研究6-SFT-A的多态性，分析其与小麦苗期抗旱性的关系，并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料，通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性（SNP）及其与抗旱性的关系；开发基因分子标记，利用RIL群体（偃展1号×内乡188）对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点，包括13个SNP和1个InDel，平均234 bp检测到一个多态性位点，仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变；在4份乌拉尔图小麦中检测到28个SNP和4个InDel，其频率明显高于普通小麦。该基因的内含子1、2、3和外显子3为变异富集区，其它区域变异较小，外显子2变异最小，π值为0。34份材料分为3种单倍型，HaplⅠ主要包括中等抗旱材料和水敏感材料，Hapl Ⅲ中主要包括强抗旱材料和中等抗旱材料。利用RIL群体将该基因定位于染色体4A的标记Xcwm-27与Xwpt688之间，遗传距离分别为5.3和7.9 cM。【结论】单倍型分析表明，小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单倍型与小麦苗期抗旱性有一定的相关性。  

小麦抗旱相关基因TaCRT-D单核苷酸多态性分析

 【目的】钙网蛋白（CRT）是细胞内质网膜上的钙结合蛋白，参与多种细胞功能的调节。研究小麦钙网蛋白基因TaCRT-D单核苷酸多态性，并分析其与抗旱性的关系。【方法】以苗期抗旱性不同的37份六倍体普通小麦和3份普通小麦D基因组供体种粗山羊草为材料，通过直接测序分析TaCRT-D基因的单核苷酸多态性（SNP）及其与抗旱性的关系。【结果】TaCRT-D基因DNA长度为4 001 bp，在长达160 040 bp的核苷酸序列中共检测到105个单核苷酸变异位点，包括84个SNP和21个InDel，二者出现的频率分别为1/1 905和1/7 621，编码区的核苷酸多样性值（π）小于非编码区，说明编码区所承受的选择压力较大，遗传变异小于非编码区。单倍型分析表明，40份供试材料分为8种单倍型，其中单倍型H1中11份材料包括4份中等抗旱材料和7份干旱敏感材料;单倍型H3、H4和H7既有抗旱性强的材料也有干旱敏感材料;单倍型H5只包括3份小麦D基因组供体种材料。【结论】普通小麦TaCRT-D基因中SNP频率较低，TaCRT-D基因单核苷酸多态性与小麦苗期抗旱性之间没有明显的对应关系。  

9个地方绵羊品种mtDNA D-loop高变区序列分析

对中国9个绵羊品种的103个个体mtDNA D-loop高变区(763 bp)进行了研究,结果表明:获得的序列长度范围为522～683 bp,可归为21种分子类型,各分子类型在绵羊品种间分布趋于一致,不存在特异性,而在品种内却存在异质性;绵羊mtDNA D-loop区序列长度变异主要是由于75 bp基元重复序列重复次数的不同(2、3或4个)和少数碱基的插入或缺失造成的;103个个体mtDNA D-loop区序列中A T碱基组成比例(64.7%)明显高于G C碱基组成比例(35.3%),说明了绵羊mtDNA D-loop区是A、T碱基富集区,且为高突变区,碱基突变类型包括转换、颠换、插入和缺失,且碱基转换频率远高于碱基颠换频率.  

鸡FATP1基因多态性与屠体性状的相关分析

 【目的】研究FATP1基因多态性与优质肉鸡屠体性状的相关性,为进一步加快育种进程提供参考依据。【方法】利用PCR-SSCP技术对381只大恒优质鸡FATP1基因的部分外显子进行群体遗传学检测,计算基因频率和基因型频率,对多态性与屠体性状进行相关分析。【结果】在FATP1 P3和P4两个位点上分别存在3种多态以及9种单倍型组合。P3位点不同基因型对活重、屠体重、半净膛、全净膛、胸肌重和腿肌重有显著影响,P4位点不同基因型对腿肌重和腹脂率有显著影响。9种单倍型组合AAMM、AAMN、AGMM、AGMN、AANN、AGNN、GGMM、GGMN和GGNN的频率分别为0.538、0.052、0.265、0.029、0.045、0.037、0.024、0.005和0.005,不同单倍型与腹脂重、胸肌重和胸肌率存在相关性。【结论】鸡FATP1不同基因型和单倍型组合与部分屠体性状和腹脂率存在相关性。  

云南致病疫霉交配型、甲霜灵敏感性、mtDNA单倍型及其群体演替研究

【目的】对致病疫霉群体特征的认识，是控制晚疫病危害的必要前提。【方法】对云南32个马铃薯和番茄产区的致病疫霉群体的交配型、甲霜灵敏感性、mtDNA单倍型进行了研究。【结果】云南马铃薯致病疫霉群体主要由A1交配型组成，番茄致病疫霉全部为A1交配型。A2 交配型和自育型菌株总体发生频率较低，分别为3.4％和4.4％。自从2002年以后，致病疫霉的群体结构发生了明显的变化，没有检测到A2交配型或自育型菌株。致病疫霉对甲霜灵敏感性的离体测定显示马铃薯和番茄上均存在抗性、中抗和敏感菌株。甲霜灵抗性、中抗、敏感菌株分别占测定菌株的13.2％ 、9.4％和 77.4％。分离自番茄的甲霜灵抗性菌株比例高于分离自马铃薯的菌株。Ⅰa 、Ⅱa 和 Ⅰb 三种mtDNA 单倍型被检测到，马铃薯致病疫霉有Ⅰa 和 Ⅱa 两种单倍型，全部为第二次全球迁移后出现的“新”群体。Ⅰa 单倍型在群体中的比例为96％，分布于所有马铃薯产区；番茄致病疫霉则为Ⅰa 和Ⅰb 两种单倍型，“新”、“旧”群体共存。【结论】马铃薯和番茄致病疫霉群体的遗传结构有明显差异；致病疫霉“新”、“旧”群体在云南已发生演替，马铃薯致病疫霉“新”群体已成功替代了“旧”群体；迁移和有限的有性生殖可能在云南致病疫霉群体的演替中担当了重要的作用。