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1.
为了解苋菜LBD基因家族,本研究利用转录组数据筛选和鉴定苋菜LBD基因家族成员,并命名为AtrLBD。结果表明:1)从‘全红’苋菜转录组中共鉴定得到16个AtrLBD基因,均为不稳定蛋白,氨基酸长度在91~351aa,相对分子质量为9.396~38.250ku;二级结构主要以α-螺旋和无规卷曲为主;亚细胞定位预测,AtrLBD定位在细胞核、叶绿体和线粒体;MEME分析结果表明,16个AtrLBD共有10个保守氨基酸序列;2)系统进化树显示,16个AtrLBD与拟南芥LBD蛋白分为第一类(ClassⅠ)和第二类(ClassⅡ)2大类,细分为Class Ia、Ib、Ic、Id、Ie和Class IIa、IIb等7个亚类;miRNA预测结果显示,有4个AtrLBD是miRNA靶基因;3)qRT-PCR结果显示,除AtrLBD4、AtrLBD5、AtrLBD10和AtrLBD16以外,AtrLBD均受到蓝光的诱导表达。上述结果为深入研究苋菜LBD基因家族的功能及进化分析奠定了基础。  相似文献   
2.
苋菜AmSPL基因家族转录组鉴定及表达分析   总被引:1,自引:1,他引:0  
为明确SPL(Squamosa Promoter Binding Protein Like)在苋菜中的功能,基于‘全红’苋菜转录组数据库筛选获得17个SPL家族成员,并进行生物信息学分析预测。结果表明,17 个AmSPL蛋白分别由186~777 个氨基酸组成,相对分子量从20.53~88.27 ku。构建AmSPL与拟南芥(Arabidopsis thaliana L.)16个AtSPL成员系统进化树,并根据AtSPLs基因家族的分类标准将AmSPL成员分为6组。实时荧光定量PCR分析表明,在黑暗条件下,AmSPLs的表达量均高于蓝光下,推测AmSPLs的表达可能通过某种方式受到蓝光的负调控。预测分析其中的8 个AmSPL可能是miR156的靶基因。  相似文献   
3.
为了研究苋菜亚硝酸还原酶基因NiR对不同铵硝配比及红蓝复合光配比调控氮代谢的响应,采用RT-PCR结合qRT-PCR的方法从大红苋菜中克隆出一个NiR基因,命名为AtrNiR (GenBank登录号:MT374155),对其相对表达量进行分析,并测定材料NiR酶活性。结果表明:1)苋菜AtrNiR基因含一个1 785bp开放阅读框,编码594个氨基酸;2)生物信息学分析表明,苋菜AtrNiR的蛋白分子式为C_(2937)H_(4692)N_(828)O_(873)S_(28),相对分子质量为66.47ku,AtrNiR为亲水性较强的蛋白;3)系统进化树分析表明,苋菜AtrNiR蛋白序列与甜菜、藜麦和菠菜的NiR蛋白同源性最高,具有类似的功能;4)苋菜幼苗NiR酶含量分析表明,不同铵硝配比处理3d时,硝态氮(NH_4~+-N)与铵态氮(NO_3~--N)摩尔比值为10∶0时NiR酶活性最高,处理6d时,NH_4~+-N与NO_3~--N摩尔比值为3∶7时NiR酶活性最高;不同红蓝光配比处理3d时,红光(Red)∶蓝光(Blue)=2∶8处理下NiR酶活性最高,可见,NO_3~--N和蓝光能提高苋菜幼苗NiR酶活性;5)qRT-PCR分析结果表明,不同铵硝配比处理3d时,NH_4~+-N与NO_3~--N摩尔比值为5∶5时AtrNiR表达量最高;不同红蓝复合光配比处理3d时,R∶B=2∶8处理下AtrNiR表达量最高。研究表明,适宜比例的氮素和红蓝复合光能提高AtrNiR转录水平,改善苋菜幼苗的氮代谢,为优质苋菜工厂化生产提供理论支撑。  相似文献   
4.
ADH基因在甜菜色素合成酪过程氨酸途径中发挥着重要作用,为探究苋菜酪氨酸途径的关键基因AtrADH2在苋菜中的功能,本研究以‘苏苋1号’‘苏苋2号’苋菜品种为试验材料,利用RT-PCR技术等研究方法克隆获得1个AtrADH2基因(GenBank登录号:MT982371)。结果表明:1)苋菜AtrADH2基因的ORF长为1 197 bp,编码398个氨基酸;2)AtrADH2蛋白属于NADB_Rossmann超级家族,含有1个NADB保守结构域;3)系统进化树分析表明,AtrADH2蛋白与甜菜BvADHα蛋白亲缘关系最近;4)‘苏苋1号’中甜菜色素含量受到光周期的影响;与其它组织部位相比,叶中的甜菜色素含量最高;与幼苗期相比,开花期叶和茎的甜菜色素含量均有所下降;5)qRT-PCR分析表明,AtrADH2基因表达趋势与AtrCYP76AD1AtrDODAAtrMYB1基因表达趋势相反。综上,AtrADH2基因可能对苋菜甜菜色素合成具有负调控作用,为进一步研究AtrADH2基因的功能提供了参考依据。  相似文献   
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